More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_0287 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_0287  site-specific recombinase, phage integrase family  100 
 
 		 412 aa  841    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5143  phage integrase family site specific recombinase  56.68 
 
 		 404 aa  456  1e-127  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0463539  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1428  integrase family protein  43.38 
 
 		 421 aa  317  3e-85  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1281  integrase family protein  42.09 
 
 		 429 aa  296  7e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0441454  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003284  integrase  38.5 
 
 		 401 aa  247  2e-64  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2002  phage integrase  51.55 
 
 		 188 aa  161  2e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1136  phage integrase family protein  33.66 
 
 		 513 aa  152  8.999999999999999e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1126  phage integrase family protein  32.04 
 
 		 367 aa  147  3e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.665365  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3658  putative bacteriophage integrase  28.71 
 
 		 444 aa  144  3e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.626735 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3424  integrase family protein  28.68 
 
 		 437 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.728899 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3213  integrase family protein  30.12 
 
 		 388 aa  130  6e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3122  phage integrase family protein  29.21 
 
 		 393 aa  127  3e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0395  phage integrase family protein  30.24 
 
 		 397 aa  123  5e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.887583 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3274  phage integrase family site specific recombinase  43.05 
 
 		 159 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0322  phage integrase family protein  28.05 
 
 		 379 aa  121  1.9999999999999998e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  decreased coverage  0.00211784  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0046  Phage integrase  34.17 
 
 		 251 aa  120  4.9999999999999996e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.380307  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3986  phage integrase family site specific recombinase  41.46 
 
 		 172 aa  116  6.9999999999999995e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3585  phage integrase  28.72 
 
 		 411 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.597607 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3565  phage integrase family protein  28.27 
 
 		 402 aa  114  3e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000473566  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3398  phage integrase family site specific recombinase  31.72 
 
 		 407 aa  110  3e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2123  hypothetical protein  31.3 
 
 		 353 aa  110  5e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3561  Phage integrase  31.79 
 
 		 275 aa  108  1e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5317  integrase family protein  30.47 
 
 		 354 aa  108  1e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5334  integrase family protein  30.47 
 
 		 354 aa  108  1e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0995  site-specific recombinase, phage integrase family  31.06 
 
 		 349 aa  108  2e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  unclonable  0.00503137  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0272  phage integrase family site specific recombinase  32.27 
 
 		 386 aa  107  5e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0789  phage integrase family protein  28.78 
 
 		 444 aa  105  2e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1092  phage integrase  29.15 
 
 		 276 aa  102  2e-20  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.00970061  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3091  phage integrase family protein  30.2 
 
 		 384 aa  101  2e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1554  putative integrase/recombinase protein  29 
 
 		 354 aa  100  3e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2069  phage integrase  30.12 
 
 		 359 aa  100  4e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.244007  hitchhiker  0.000737798 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0770  phage integrase family protein  36.71 
 
 		 387 aa  100  6e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.17567  normal  0.038003 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0548  hypothetical protein  34.15 
 
 		 334 aa  99.4  1e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.271041 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0636  integrase family protein  29.45 
 
 		 397 aa  99.4  1e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00117125  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4029  integrase family protein  25.18 
 
 		 467 aa  98.2  2e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.161912  normal  0.0270341 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3738  hypothetical protein  28.75 
 
 		 384 aa  98.2  2e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0831  Phage integrase  25.95 
 
 		 400 aa  97.8  3e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.00496745  hitchhiker  0.00000971423 
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4398  integrase family protein  28.57 
 
 		 451 aa  97.8  3e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0364227  hitchhiker  0.00879025 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2622  integrase protein  24.05 
 
 		 400 aa  97.4  4e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.561112  normal  0.109435 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0805  site-specific recombinase/integrase  26.87 
 
 		 396 aa  97.4  4e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0116297  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0832  Phage integrase  28.72 
 
 		 341 aa  97.4  4e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3720  phage integrase family protein  28.67 
 
 		 451 aa  97.1  5e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3540  integrase family protein  24.82 
 
 		 399 aa  96.7  7e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0399  phage integrase family protein  32.24 
 
 		 337 aa  96.3  9e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1583  phage integrase family protein  28.33 
 
 		 451 aa  95.5  1e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2745  integrase family protein  24.82 
 
 		 415 aa  95.5  1e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.99512  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3045  phage integrase  24.82 
 
 		 415 aa  95.5  1e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.172973 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2601  integrase family protein  24.82 
 
 		 399 aa  95.5  1e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.533125 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00486  predicted integrase  36.13 
 
 		 387 aa  95.1  2e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0045  phage integrase family site specific recombinase  28.43 
 
 		 456 aa  95.5  2e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.869382  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00491  hypothetical protein  36.13 
 
 		 387 aa  95.1  2e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3747  integrase  24.22 
 
 		 399 aa  95.5  2e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0341835  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0089  phage integrase family protein  29.59 
 
 		 400 aa  95.5  2e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36120  Phage integrase  23.54 
 
 		 400 aa  94.7  3e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0996  phage integrase family protein  35.26 
 
 		 387 aa  94.7  3e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000294682 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0600  prophage DLP12 integrase  36.13 
 
 		 387 aa  94  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000371504 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0603  prophage DLP12 integrase  35.48 
 
 		 387 aa  94  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.591827  normal  0.109932 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0671  phage integrase family protein  23.46 
 
 		 401 aa  93.6  6e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.707055 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2959  phage integrase family protein  24.82 
 
 		 444 aa  93.6  6e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0924112  normal  0.542634 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1244  phage integrase family protein  23.54 
 
 		 399 aa  93.2  7e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.797454  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0366  site-specific recombinase, phage integrase family  37.34 
 
 		 387 aa  93.2  8e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.529105  hitchhiker  0.00000000819042 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3128  integrase family protein  35.22 
 
 		 384 aa  92.4  1e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.169868  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1997  site specific recombinase  28.97 
 
 		 279 aa  92  2e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.151252 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0290  integrase  36.31 
 
 		 324 aa  92  2e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0955438  normal  0.658855 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1456  integrase family protein  24.29 
 
 		 337 aa  91.3  3e-17  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.699839  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2809  integrase family protein  29.43 
 
 		 338 aa  91.3  3e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0810  site-specific recombinase/integrase  26.1 
 
 		 482 aa  90.9  4e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0879139  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0923  integrase family protein  26.97 
 
 		 363 aa  90.9  4e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1796  Phage integrase  26.8 
 
 		 390 aa  90.5  5e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2219  phage integrase  31.37 
 
 		 378 aa  90.1  6e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3047  phage integrase  30 
 
 		 381 aa  90.1  7e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.182322  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2797  phage integrase family protein  25.37 
 
 		 451 aa  89  1e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1532  phage integrase family site specific recombinase  29.79 
 
 		 369 aa  89  1e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3005  phage integrase family site specific recombinase  29.79 
 
 		 369 aa  89  1e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3300  phage integrase family site specific recombinase  29.79 
 
 		 369 aa  89  1e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.248425  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1633  Phage integrase  25 
 
 		 368 aa  89.4  1e-16  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.576304  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1236  phage integrase  23.7 
 
 		 399 aa  89  1e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.449507  normal  0.10874 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3070  prophage DLP12 integrase  29.79 
 
 		 369 aa  89  1e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2978  integrase family protein  27.81 
 
 		 377 aa  89  2e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.230554  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2564  phage integrase family protein  38.19 
 
 		 417 aa  88.6  2e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.326638  hitchhiker  0.000921348 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0497  integrase family protein  24.03 
 
 		 412 aa  87.8  3e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0165  integrase family protein  34.46 
 
 		 369 aa  88.2  3e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0447  phage integrase  30 
 
 		 381 aa  87.8  3e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0926  phage integrase family protein  30 
 
 		 381 aa  87.8  3e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2964  phage integrase  25.3 
 
 		 387 aa  87  5e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.187641  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1037  phage integrase family protein  27.68 
 
 		 372 aa  87  5e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.197081  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1927  phage integrase  29.67 
 
 		 379 aa  86.7  6e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0252061  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3995  phage integrase family protein  39.29 
 
 		 415 aa  86.7  7e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000158235  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2359  integrase family protein  37.06 
 
 		 398 aa  86.3  8e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.522134  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2535  phage integrase  26.05 
 
 		 463 aa  86.3  9e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0419  integrase family protein  29.03 
 
 		 414 aa  85.9  0.000000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00000230336  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3132  phage integrase family site specific recombinase  27.8 
 
 		 222 aa  85.5  0.000000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1337  integrase family protein  28.7 
 
 		 392 aa  84.7  0.000000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0155558  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0114  phage integrase  32.07 
 
 		 431 aa  84.3  0.000000000000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.646267 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1182  putative phage integrase  23.13 
 
 		 400 aa  84  0.000000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.383522  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4137  phage integrase family protein  23.13 
 
 		 400 aa  84  0.000000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.031573  normal  0.207643 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3783  integrase family protein  27.27 
 
 		 334 aa  84  0.000000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2297  integrative genetic element Ppu40, integrase  26.82 
 
 		 274 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.880812  normal  0.023746 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1465  integrase family protein  26.04 
 
 		 334 aa  82.8  0.00000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.890522 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0452  tyrosine recombinase XerC subunit  30.32 
 
 		 335 aa  82.8  0.00000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.577676  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>