More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3213 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_3213  integrase family protein  100 
 
 		 388 aa  793    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0831  Phage integrase  43.85 
 
 		 400 aa  300  4e-80  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.00496745  hitchhiker  0.00000971423 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0395  phage integrase family protein  43.6 
 
 		 397 aa  281  1e-74  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.887583 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3738  hypothetical protein  41.9 
 
 		 384 aa  271  1e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3091  phage integrase family protein  41.9 
 
 		 384 aa  268  1e-70  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3585  phage integrase  40 
 
 		 411 aa  261  2e-68  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.597607 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3122  phage integrase family protein  40.59 
 
 		 393 aa  254  1.0000000000000001e-66  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1247  putative phage related integrase  33.57 
 
 		 434 aa  209  5e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.578843 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4029  integrase family protein  33.17 
 
 		 467 aa  206  4e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.161912  normal  0.0270341 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1865  integrase family protein  35.46 
 
 		 401 aa  203  4e-51  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.94549  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31280  putative integrase  35.46 
 
 		 401 aa  203  4e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000488668  unclonable  4.84268e-22 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2625  phage integrase family protein  35.03 
 
 		 400 aa  196  7e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.046264 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2622  integrase protein  32.06 
 
 		 400 aa  189  1e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.561112  normal  0.109435 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2959  phage integrase family protein  32.56 
 
 		 444 aa  187  4e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0924112  normal  0.542634 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3747  integrase  31.3 
 
 		 399 aa  186  5e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0341835  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4137  phage integrase family protein  30.79 
 
 		 400 aa  183  5.0000000000000004e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.031573  normal  0.207643 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1182  putative phage integrase  30.79 
 
 		 400 aa  183  5.0000000000000004e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.383522  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36120  Phage integrase  31.98 
 
 		 400 aa  181  2e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1016  integrase family protein  33.97 
 
 		 412 aa  181  2e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0671  phage integrase family protein  31.14 
 
 		 401 aa  181  2e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.707055 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1236  phage integrase  31.9 
 
 		 399 aa  177  3e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.449507  normal  0.10874 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2964  phage integrase  34.38 
 
 		 387 aa  175  9.999999999999999e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.187641  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2601  integrase family protein  30.89 
 
 		 399 aa  173  5e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.533125 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3540  integrase family protein  30.38 
 
 		 399 aa  172  9e-42  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1244  phage integrase family protein  30.38 
 
 		 399 aa  171  1e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.797454  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3045  phage integrase  30.79 
 
 		 415 aa  171  2e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.172973 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2745  integrase family protein  30.79 
 
 		 415 aa  171  2e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.99512  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0497  integrase family protein  31.55 
 
 		 412 aa  170  4e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2535  phage integrase  29.88 
 
 		 463 aa  166  8e-40  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3565  phage integrase family protein  32.74 
 
 		 402 aa  166  9e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000473566  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4157  integrase family protein  34.31 
 
 		 432 aa  162  7e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.225884  normal  0.636127 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0255  phage integrase  32.36 
 
 		 430 aa  162  1e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0044  phage integrase family site specific recombinase  31.3 
 
 		 376 aa  156  6e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.374231  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1584  phage integrase family protein  30.9 
 
 		 376 aa  156  7e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3721  phage integrase family protein  31.54 
 
 		 376 aa  155  8e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4399  integrase family protein  31.54 
 
 		 376 aa  155  1e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.685705  normal  0.0426652 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0805  site-specific recombinase/integrase  31.31 
 
 		 396 aa  155  2e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0116297  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0620  integrase family protein  31.37 
 
 		 452 aa  153  5e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0322  phage integrase family protein  27.72 
 
 		 379 aa  150  5e-35  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  decreased coverage  0.00211784  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5143  phage integrase family site specific recombinase  29.02 
 
 		 404 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0463539  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3806  phage integrase  29.1 
 
 		 451 aa  144  3e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0304559  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7820  putative phage integrase  27.49 
 
 		 451 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0810  site-specific recombinase/integrase  30.54 
 
 		 482 aa  140  4.999999999999999e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0879139  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0154  phage integrase family protein  28.43 
 
 		 451 aa  139  1e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.543339  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1864  integrase family protein  30.58 
 
 		 429 aa  138  2e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0919  integrase family protein  27.9 
 
 		 448 aa  137  3.0000000000000003e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.295922  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1281  integrase family protein  28.74 
 
 		 429 aa  136  8e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0441454  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0636  integrase family protein  37.25 
 
 		 397 aa  135  1.9999999999999998e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00117125  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4340  phage integrase family protein  29.9 
 
 		 420 aa  133  5e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.185587  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2770  integrase family protein  28.78 
 
 		 452 aa  132  7.999999999999999e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.251515  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0287  site-specific recombinase, phage integrase family  30.12 
 
 		 412 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1844  phage integrase family protein  28.16 
 
 		 426 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1066  hypothetical protein  27.75 
 
 		 414 aa  125  1e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1337  integrase family protein  31.39 
 
 		 392 aa  125  1e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0155558  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1088  hypothetical protein  27.47 
 
 		 414 aa  123  7e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4398  integrase family protein  30.69 
 
 		 451 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0364227  hitchhiker  0.00879025 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0046  Phage integrase  32.89 
 
 		 251 aa  121  1.9999999999999998e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.380307  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0807  integrase protein  35.52 
 
 		 181 aa  120  3e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3720  phage integrase family protein  30.69 
 
 		 451 aa  120  3e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0045  phage integrase family site specific recombinase  30.69 
 
 		 456 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.869382  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1583  phage integrase family protein  30.69 
 
 		 451 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2499  phage integrase family protein  34.56 
 
 		 381 aa  118  1.9999999999999998e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.005662  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2123  hypothetical protein  32.53 
 
 		 353 aa  116  6.9999999999999995e-25  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2486  hypothetical protein  27.52 
 
 		 413 aa  114  3e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3396  integrase family protein  29.8 
 
 		 414 aa  114  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.194125  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2093  integrase family protein  28.45 
 
 		 400 aa  113  4.0000000000000004e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1126  phage integrase family protein  34.09 
 
 		 367 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.665365  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3121  phage integrase family protein  29.9 
 
 		 449 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2612  phage integrase family protein  26.6 
 
 		 443 aa  111  3e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1428  integrase family protein  27.64 
 
 		 421 aa  110  3e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1170  phage integrase family protein  28.06 
 
 		 412 aa  110  4.0000000000000004e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.00333929  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0072  hypothetical protein  28.77 
 
 		 406 aa  110  5e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3455  integrase family protein  28.02 
 
 		 410 aa  107  4e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3995  phage integrase family protein  35.96 
 
 		 415 aa  107  4e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000158235  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0064  Phage integrase  29.59 
 
 		 420 aa  107  5e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0306  phage integrase  28.65 
 
 		 417 aa  106  6e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2359  integrase family protein  31.42 
 
 		 398 aa  106  6e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.522134  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1679  phage-related integrase  30.79 
 
 		 410 aa  105  9e-22  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3853  integrase family protein  28.05 
 
 		 500 aa  105  1e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0366  integrase family protein  27.27 
 
 		 439 aa  104  3e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.134449 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2015  phage integrase family site specific recombinase  25.21 
 
 		 390 aa  103  4e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0805  integrase family protein  27.56 
 
 		 433 aa  103  6e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00339873 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0253  integrase family protein  32.08 
 
 		 412 aa  103  6e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3867  phage integrase  31.32 
 
 		 400 aa  103  7e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1237  integrase family protein  27.07 
 
 		 401 aa  103  7e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.184026  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3752  phage integrase family protein  26.51 
 
 		 422 aa  102  8e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.538338  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1761  integrase family protein  30.98 
 
 		 361 aa  100  5e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2751  integrase family protein  28.16 
 
 		 415 aa  100  6e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.606598  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0970  phage integrase family protein  26.67 
 
 		 406 aa  99.8  7e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0357  integrase family protein  27.46 
 
 		 389 aa  99.8  8e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3935  site-specific recombinase, phage integrase family  26.68 
 
 		 420 aa  99.4  9e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.191126  decreased coverage  0.00000299734 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3274  phage integrase family site specific recombinase  37.01 
 
 		 159 aa  99.4  1e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2489  putative integrase protein  27.74 
 
 		 417 aa  98.6  2e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6722  integrase family protein  29.77 
 
 		 413 aa  98.6  2e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0308  integrase or site-specific recombinase  30.27 
 
 		 414 aa  98.6  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0112  phage integrase family site specific recombinase  30.27 
 
 		 409 aa  98.2  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.246788  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4470  putative phage integrase  29.19 
 
 		 399 aa  96.7  6e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.052147 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3232  phage integrase family site specific recombinase  30.77 
 
 		 409 aa  96.7  7e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2211  phage integrase  26.89 
 
 		 423 aa  96.3  7e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.684899  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3983  integrase family protein  28.62 
 
 		 404 aa  96.3  8e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>