More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc2489 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc2489  putative integrase protein  100 
 
 		 417 aa  858    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2751  integrase family protein  83.09 
 
 		 415 aa  723    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.606598  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3149  integrase family protein  35.61 
 
 		 402 aa  266  4e-70  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0666  integrase  35.04 
 
 		 395 aa  258  1e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.214947  hitchhiker  0.000000824162 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2870  integrase family protein  34.53 
 
 		 404 aa  252  8.000000000000001e-66  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1377  integrase family protein  34.27 
 
 		 404 aa  251  2e-65  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.421262  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1403  integrase family protein  34.53 
 
 		 404 aa  251  2e-65  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0925  integrase family protein  34.57 
 
 		 404 aa  246  6e-64  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0884  phage integrase family site specific recombinase  34.57 
 
 		 404 aa  246  6e-64  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3853  phage integrase family site specific recombinase  34.57 
 
 		 404 aa  246  8e-64  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0234676 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4738  integrase  34.69 
 
 		 396 aa  243  3e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.657187  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3377  site-specific recombinase, phage integrase family protein  34.95 
 
 		 394 aa  243  3.9999999999999997e-63  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0308  integrase or site-specific recombinase  38.15 
 
 		 414 aa  243  5e-63  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0112  phage integrase family site specific recombinase  38.15 
 
 		 409 aa  242  7.999999999999999e-63  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.246788  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3112  site-specific recombinase, phage integrase family protein  34.69 
 
 		 394 aa  242  7.999999999999999e-63  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0338398 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3887  integrase family protein  33.09 
 
 		 404 aa  242  7.999999999999999e-63  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0097  phage integrase family site specific recombinase  37.91 
 
 		 409 aa  241  1e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.89883  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0299  phage integrase family site specific recombinase  34.41 
 
 		 394 aa  241  2e-62  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000127187 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0484  phage integrase family protein  34.24 
 
 		 421 aa  239  5e-62  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3996  phage integrase family protein  37.34 
 
 		 389 aa  238  2e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.243095  normal  0.464149 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0329  site-specific recombinase, phage integrase family protein  33.76 
 
 		 402 aa  237  3e-61  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.0019463  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2828  integrase family protein  34.1 
 
 		 396 aa  236  4e-61  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3455  integrase family protein  36.79 
 
 		 410 aa  235  9e-61  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1290  prophage CP4-like integrase  35.05 
 
 		 404 aa  231  2e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3617  phage integrase family protein  32.15 
 
 		 390 aa  230  4e-59  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3266  site-specific recombinase, phage integrase family  35.46 
 
 		 367 aa  228  2e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.220935  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2638  integrase  32.31 
 
 		 409 aa  226  4e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  decreased coverage  9.23997e-16 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0306  site-specific recombinase, phage integrase family  32.74 
 
 		 410 aa  226  9e-58  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.644103 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1354  phage integrase  33.25 
 
 		 404 aa  225  1e-57  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.226935  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1752  phage integrase  34.07 
 
 		 404 aa  225  1e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2364  phage integrase family protein  34.07 
 
 		 404 aa  225  1e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2546  phage integrase family protein  35.91 
 
 		 400 aa  224  2e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.40023  hitchhiker  0.00168033 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0374  site-specific recombinase, phage integrase family  32.23 
 
 		 396 aa  223  6e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.324346  normal  0.794104 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2421  phage integrase family protein  33.99 
 
 		 404 aa  222  8e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.359769  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0615  Phage integrase  35.16 
 
 		 399 aa  222  9e-57  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.862313  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0362  phage integrase family site specific recombinase  35.25 
 
 		 402 aa  221  9.999999999999999e-57  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.613827  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3232  phage integrase family site specific recombinase  36.29 
 
 		 409 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1100  site-specific recombinase, phage integrase family  31.65 
 
 		 395 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0927  integrase family protein  33.08 
 
 		 422 aa  221  1.9999999999999999e-56  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2233  integrase family protein  33.42 
 
 		 397 aa  221  1.9999999999999999e-56  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0126025 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3353  phage integrase family protein  34.84 
 
 		 393 aa  221  3e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2875  phage integrase family protein  32.07 
 
 		 422 aa  219  6e-56  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.698524  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2656  phage integrase family site specific recombinase  35.4 
 
 		 395 aa  219  7e-56  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000325439  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03516  Int  31.9 
 
 		 394 aa  219  7.999999999999999e-56  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.465426  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004339  integrase  35.66 
 
 		 398 aa  219  7.999999999999999e-56  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03468  hypothetical protein  31.9 
 
 		 394 aa  219  7.999999999999999e-56  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.457385  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0928  phage integrase family site specific recombinase  34.51 
 
 		 438 aa  219  1e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0249275  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0108  integrase family protein  32.74 
 
 		 389 aa  218  1e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3281  integrase family protein  32.65 
 
 		 387 aa  217  2.9999999999999998e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1726  phage integrase family protein  35.31 
 
 		 395 aa  216  5.9999999999999996e-55  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15350  putative integrase  34.66 
 
 		 400 aa  216  7e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.0000000000000770896  unclonable  1.43377e-21 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0053  integrase family protein  32.56 
 
 		 391 aa  215  9.999999999999999e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.613927 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0628  phage integrase  34.89 
 
 		 405 aa  215  9.999999999999999e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.173679  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0061  integrase family protein  32.23 
 
 		 396 aa  215  9.999999999999999e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1823  prophage P4 integrase  33.1 
 
 		 421 aa  215  1.9999999999999998e-54  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0003918  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5032  integrase  31.17 
 
 		 417 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2300  phage integrase family protein  34.43 
 
 		 403 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02509  Fels-2 prophage protein  32.92 
 
 		 409 aa  214  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.291445  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0354  Phage integrase  35.66 
 
 		 402 aa  214  2.9999999999999995e-54  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02473  hypothetical protein  32.92 
 
 		 409 aa  214  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.36664  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2905  phage integrase family protein  32.92 
 
 		 436 aa  214  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4002  phage integrase family site specific recombinase  31.89 
 
 		 387 aa  214  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0681  integrase family protein  31.97 
 
 		 401 aa  213  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0968  cp4-like integrase protein  31.65 
 
 		 391 aa  213  5.999999999999999e-54  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1839  phage integrase family protein  34.06 
 
 		 414 aa  212  1e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5324  integrase  32.99 
 
 		 395 aa  211  2e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4153  phage integrase family site specific recombinase  32.48 
 
 		 397 aa  211  2e-53  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.448481  normal  0.0214927 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5344  site-specific recombinase, phage integrase family  32.68 
 
 		 402 aa  209  7e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.803856  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1610  integrase family protein  32.66 
 
 		 394 aa  208  1e-52  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0939795  normal  0.722179 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3163  integrase family protein  34.68 
 
 		 429 aa  208  1e-52  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0193699 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3101  phage integrase family protein  32 
 
 		 395 aa  207  3e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.241472 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2892  phage integrase family protein  31.42 
 
 		 423 aa  207  3e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.196545 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2365  Phage integrase  33.08 
 
 		 404 aa  206  5e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0294  phage integrase  34.6 
 
 		 399 aa  206  6e-52  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1135  integrase family protein  31.58 
 
 		 420 aa  206  7e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.660437  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1370  prophage CP4-57 integrase  32.32 
 
 		 399 aa  206  7e-52  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000288538  normal  0.0147519 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0662  phage integrase family protein  32.74 
 
 		 417 aa  206  8e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.421315  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3702  integrase family protein  34.88 
 
 		 418 aa  206  8e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2993  integrase family protein  32.32 
 
 		 411 aa  206  9e-52  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0241673  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1237  integrase family protein  33.5 
 
 		 401 aa  204  2e-51  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.184026  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2073  putative integrase prophage protein  33.5 
 
 		 445 aa  204  2e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.343069  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1254  integrase family protein  32.49 
 
 		 406 aa  204  2e-51  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2142  phage integrase  34.08 
 
 		 418 aa  204  2e-51  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.306676  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3676  integrase family protein  32.78 
 
 		 421 aa  204  3e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.329272  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1262  integrase family protein  33.58 
 
 		 418 aa  204  3e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.528936  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02085  prophage CP4-like integrase  32.37 
 
 		 412 aa  203  4e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00159504  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2428  phage integrase family protein  32.08 
 
 		 398 aa  203  5e-51  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0129894  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3717  integrase family protein  32.11 
 
 		 419 aa  202  8e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3253  integrase family protein  32.32 
 
 		 406 aa  202  9e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.274925  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1053  integrase family protein  31.04 
 
 		 413 aa  202  9.999999999999999e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3554  integrase family protein  32.11 
 
 		 419 aa  202  9.999999999999999e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2021  phage integrase family protein  32.92 
 
 		 418 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.713949  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2743  phage integrase  30.81 
 
 		 417 aa  201  1.9999999999999998e-50  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0469991  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2777  phage integrase family protein  30.4 
 
 		 414 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.179227 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2400  phage integrase family protein  33.92 
 
 		 404 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0432428  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004301  phage integrase  30.12 
 
 		 415 aa  201  1.9999999999999998e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1229  integrase family protein  31.38 
 
 		 402 aa  201  3e-50  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.308607  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1172  integrase family protein  33.91 
 
 		 418 aa  200  5e-50  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.69238  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3563  integrase family protein  33.91 
 
 		 418 aa  200  5e-50  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1281  integrase family protein  31.55 
 
 		 410 aa  199  5e-50  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.250481  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>