More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3996 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_3996  phage integrase family protein  100 
 
 		 389 aa  800    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.243095  normal  0.464149 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1839  phage integrase family protein  49.87 
 
 		 414 aa  376  1e-103  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0306  site-specific recombinase, phage integrase family  44.85 
 
 		 410 aa  326  4.0000000000000003e-88  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.644103 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3149  integrase family protein  43.19 
 
 		 402 aa  320  3e-86  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1403  integrase family protein  42.16 
 
 		 404 aa  319  5e-86  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2870  integrase family protein  42.16 
 
 		 404 aa  318  1e-85  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2875  phage integrase family protein  43.85 
 
 		 422 aa  317  2e-85  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.698524  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1377  integrase family protein  41.9 
 
 		 404 aa  317  3e-85  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.421262  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0299  phage integrase family site specific recombinase  44.33 
 
 		 394 aa  314  1.9999999999999998e-84  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000127187 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0484  phage integrase family protein  42.3 
 
 		 421 aa  313  1.9999999999999998e-84  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4153  phage integrase family site specific recombinase  42.93 
 
 		 397 aa  311  1e-83  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.448481  normal  0.0214927 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03516  Int  42.89 
 
 		 394 aa  310  2e-83  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.465426  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03468  hypothetical protein  42.89 
 
 		 394 aa  310  2e-83  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.457385  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0329  site-specific recombinase, phage integrase family protein  44.33 
 
 		 402 aa  311  2e-83  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.0019463  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0927  integrase family protein  43.38 
 
 		 422 aa  310  4e-83  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3617  phage integrase family protein  43.93 
 
 		 390 aa  308  8e-83  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3281  integrase family protein  43.81 
 
 		 387 aa  307  2.0000000000000002e-82  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0884  phage integrase family site specific recombinase  42.6 
 
 		 404 aa  306  3e-82  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0925  integrase family protein  42.6 
 
 		 404 aa  306  3e-82  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5032  integrase  42.89 
 
 		 417 aa  306  3e-82  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0968  cp4-like integrase protein  45.55 
 
 		 391 aa  306  4.0000000000000004e-82  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1354  phage integrase  44.62 
 
 		 404 aa  306  4.0000000000000004e-82  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.226935  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3853  phage integrase family site specific recombinase  42.38 
 
 		 404 aa  306  5.0000000000000004e-82  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0234676 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2638  integrase  41.28 
 
 		 409 aa  303  3.0000000000000004e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  decreased coverage  9.23997e-16 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3887  integrase family protein  41.56 
 
 		 404 aa  303  5.000000000000001e-81  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1254  integrase family protein  42.67 
 
 		 406 aa  301  1e-80  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1100  site-specific recombinase, phage integrase family  44.1 
 
 		 395 aa  300  2e-80  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2828  integrase family protein  42.24 
 
 		 396 aa  300  2e-80  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0061  integrase family protein  42.12 
 
 		 396 aa  299  6e-80  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0666  integrase  42.78 
 
 		 395 aa  298  1e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.214947  hitchhiker  0.000000824162 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5324  integrase  44.96 
 
 		 395 aa  298  1e-79  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2300  phage integrase family protein  42.2 
 
 		 403 aa  297  2e-79  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2977  integrase family protein  42.26 
 
 		 429 aa  295  8e-79  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0374  site-specific recombinase, phage integrase family  42.42 
 
 		 396 aa  295  9e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.324346  normal  0.794104 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1823  prophage P4 integrase  42.36 
 
 		 421 aa  293  4e-78  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0003918  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2483  integrase family protein  43.33 
 
 		 404 aa  292  6e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2233  integrase family protein  42.46 
 
 		 397 aa  291  2e-77  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0126025 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40500  Phage integrase  43.3 
 
 		 401 aa  291  2e-77  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0681  integrase family protein  42.12 
 
 		 401 aa  291  2e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4002  phage integrase family site specific recombinase  39.18 
 
 		 387 aa  289  6e-77  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2365  Phage integrase  42.86 
 
 		 404 aa  288  1e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3253  integrase family protein  43.73 
 
 		 406 aa  288  1e-76  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.274925  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0108  integrase family protein  39.95 
 
 		 389 aa  286  5e-76  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5344  site-specific recombinase, phage integrase family  42.01 
 
 		 402 aa  283  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.803856  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1442  phage integrase  42.78 
 
 		 404 aa  283  5.000000000000001e-75  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2993  integrase family protein  41.31 
 
 		 411 aa  283  5.000000000000001e-75  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0241673  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0053  integrase family protein  38.66 
 
 		 391 aa  281  1e-74  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.613927 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4738  integrase  39.79 
 
 		 396 aa  280  4e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.657187  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3444  integrase family protein  43.47 
 
 		 401 aa  280  4e-74  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.950055  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1627  phage integrase family protein  40.36 
 
 		 419 aa  278  1e-73  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6353  P4-like integrase  42.42 
 
 		 407 aa  278  2e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.276221  normal  0.142283 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3122  integrase family protein  42.05 
 
 		 404 aa  278  2e-73  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0628  phage integrase  41.69 
 
 		 405 aa  277  2e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.173679  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3377  site-specific recombinase, phage integrase family protein  39.28 
 
 		 394 aa  277  2e-73  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3112  site-specific recombinase, phage integrase family protein  39.53 
 
 		 394 aa  277  2e-73  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0338398 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1557  integrase family protein  43.11 
 
 		 403 aa  276  4e-73  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0912  phage integrase family protein  41.71 
 
 		 413 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3702  integrase family protein  40.94 
 
 		 418 aa  274  2.0000000000000002e-72  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1610  integrase family protein  40 
 
 		 394 aa  273  3e-72  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0939795  normal  0.722179 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0718  integrase family protein  40.3 
 
 		 419 aa  273  3e-72  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2428  phage integrase family protein  40.15 
 
 		 398 aa  273  4.0000000000000004e-72  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0129894  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1586  integrase family protein  38.14 
 
 		 425 aa  272  9e-72  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.97396  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1752  phage integrase  39.49 
 
 		 404 aa  271  1e-71  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0662  phage integrase family protein  41.48 
 
 		 417 aa  271  1e-71  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.421315  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2364  phage integrase family protein  39.49 
 
 		 404 aa  271  1e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1135  integrase family protein  38.9 
 
 		 420 aa  271  2e-71  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.660437  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1290  prophage CP4-like integrase  40 
 
 		 404 aa  271  2e-71  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1669  integrase family protein  38.25 
 
 		 421 aa  271  2e-71  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.553774  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3266  site-specific recombinase, phage integrase family  41.74 
 
 		 367 aa  270  2.9999999999999997e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.220935  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0928  phage integrase family site specific recombinase  40.82 
 
 		 438 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0249275  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0871  integrase family protein  40.05 
 
 		 419 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2400  phage integrase family protein  41.94 
 
 		 404 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0432428  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3669  prophage CP4-like integrase  41.48 
 
 		 462 aa  270  4e-71  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.18314  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2459  integrase family protein  38.24 
 
 		 428 aa  270  4e-71  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2421  phage integrase family protein  38.72 
 
 		 404 aa  270  5e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.359769  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0943  putative integrase prophage protein  40.83 
 
 		 400 aa  269  7e-71  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2073  putative integrase prophage protein  40.15 
 
 		 445 aa  268  1e-70  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.343069  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2068  integrase  37.25 
 
 		 424 aa  267  2.9999999999999995e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000306631  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1766  integrase family protein  37.41 
 
 		 425 aa  266  5e-70  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0264741  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3164  integrase family protein  40.83 
 
 		 428 aa  266  5.999999999999999e-70  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4051  phage integrase family site specific recombinase  38.46 
 
 		 419 aa  265  8e-70  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.102635  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3541  integrase family protein  40.45 
 
 		 418 aa  265  8e-70  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3314  site-specific recombinase, phage integrase family protein  40.15 
 
 		 420 aa  265  8.999999999999999e-70  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.426306  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2305  integrase  36.92 
 
 		 424 aa  265  1e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.000673705  hitchhiker  1.06104e-16 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0447  integrase family protein  41.44 
 
 		 419 aa  265  1e-69  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1871  putative integrase prophage protein  38.97 
 
 		 405 aa  264  2e-69  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00740779  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0747  integrase family protein  40.4 
 
 		 420 aa  264  2e-69  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0631504 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2184  Phage integrase  39.59 
 
 		 403 aa  263  3e-69  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.264722  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3412  integrase family protein  38.15 
 
 		 424 aa  263  4e-69  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.357921  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2072  integrase family protein  38.21 
 
 		 407 aa  263  6e-69  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.841134  normal  0.685608 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3878  integrase family protein  39.9 
 
 		 421 aa  262  8.999999999999999e-69  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.642125  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02085  prophage CP4-like integrase  39.14 
 
 		 412 aa  262  1e-68  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00159504  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3676  integrase family protein  38.46 
 
 		 421 aa  261  1e-68  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.329272  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0463  phage integrase family protein  37.75 
 
 		 420 aa  262  1e-68  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0356989 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3540  phage integrase family site specific recombinase  37.93 
 
 		 411 aa  261  1e-68  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000292707  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3353  phage integrase family protein  38.52 
 
 		 393 aa  261  1e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4495  integrase family protein  41.58 
 
 		 409 aa  260  3e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.338332  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0809  phage integrase family site specific recombinase  39.4 
 
 		 419 aa  260  3e-68  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4814  site-specific recombinase, phage integrase family protein  37.25 
 
 		 422 aa  259  4e-68  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.751833  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0294  phage integrase  40.67 
 
 		 399 aa  259  6e-68  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>