More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_A2305 on replicon NC_011205
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013421  Pecwa_1586  integrase family protein  79.48 
 
 		 425 aa  724    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.97396  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2068  integrase  96.46 
 
 		 424 aa  830    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000306631  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1766  integrase family protein  78.54 
 
 		 425 aa  715    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0264741  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2305  integrase  100 
 
 		 424 aa  883    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.000673705  hitchhiker  1.06104e-16 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2459  integrase family protein  79.91 
 
 		 428 aa  724    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1727  integrase family protein  66.98 
 
 		 425 aa  607  1e-173  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4753  phage integrase family site specific recombinase  60.19 
 
 		 421 aa  525  1e-148  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0463  phage integrase family protein  60.43 
 
 		 420 aa  524  1e-147  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0356989 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4051  phage integrase family site specific recombinase  59 
 
 		 419 aa  513  1e-144  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.102635  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3878  integrase family protein  56.4 
 
 		 421 aa  511  1e-144  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.642125  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4814  site-specific recombinase, phage integrase family protein  58.77 
 
 		 422 aa  511  1e-144  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.751833  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0747  integrase family protein  56.64 
 
 		 420 aa  512  1e-144  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0631504 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3314  site-specific recombinase, phage integrase family protein  56.16 
 
 		 420 aa  510  1e-143  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.426306  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3676  integrase family protein  59 
 
 		 421 aa  510  1e-143  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.329272  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1669  integrase family protein  58.06 
 
 		 421 aa  511  1e-143  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.553774  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4272  site-specific recombinase, phage integrase family protein  55.92 
 
 		 421 aa  507  9.999999999999999e-143  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.451693  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3540  phage integrase family site specific recombinase  59.71 
 
 		 411 aa  499  1e-140  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000292707  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04136  predicted integrase  60.2 
 
 		 396 aa  492  9.999999999999999e-139  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3727  integrase family protein  60.45 
 
 		 396 aa  493  9.999999999999999e-139  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04100  hypothetical protein  60.2 
 
 		 396 aa  492  9.999999999999999e-139  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0809  phage integrase family site specific recombinase  55.56 
 
 		 419 aa  488  1e-136  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3541  integrase family protein  54.27 
 
 		 418 aa  486  1e-136  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3702  integrase family protein  54.5 
 
 		 418 aa  484  1e-135  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2887  phage integrase family protein  56.77 
 
 		 416 aa  478  1e-134  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.416458  normal  0.252984 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0447  integrase family protein  55.21 
 
 		 419 aa  476  1e-133  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0718  integrase family protein  55 
 
 		 419 aa  465  9.999999999999999e-131  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0871  integrase family protein  55.24 
 
 		 419 aa  464  1e-129  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3537  integrase family protein  51.07 
 
 		 419 aa  449  1e-125  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3034  integrase family protein  49.88 
 
 		 419 aa  442  1e-123  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3412  integrase family protein  50.12 
 
 		 424 aa  443  1e-123  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.357921  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1514  integrase family protein  52.24 
 
 		 423 aa  439  9.999999999999999e-123  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0501  integrase family protein  50.12 
 
 		 419 aa  441  9.999999999999999e-123  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3419  integrase family protein  49.64 
 
 		 419 aa  436  1e-121  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.837092  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4836  integrase  48.58 
 
 		 421 aa  432  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.466297  normal  0.712135 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0858  integrase family protein  48.46 
 
 		 419 aa  429  1e-119  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0979  site-specific recombinase, phage integrase family protein  50.35 
 
 		 420 aa  426  1e-118  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000444866  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1693  integrase family protein  49.41 
 
 		 423 aa  425  1e-118  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3064  Phage integrase  49.29 
 
 		 438 aa  422  1e-117  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0561705 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4935  integrase family protein  50.12 
 
 		 439 aa  422  1e-117  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.020057  hitchhiker  0.000000122122 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3554  integrase family protein  47.06 
 
 		 419 aa  419  1e-116  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3717  integrase family protein  46.93 
 
 		 419 aa  413  1e-114  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2104  phage integrase family site specific recombinase  49.65 
 
 		 420 aa  414  1e-114  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000885987  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4773  integrase  47.17 
 
 		 449 aa  408  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.368119  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4662  site-specific recombinase, phage integrase family protein  50 
 
 		 334 aa  355  7.999999999999999e-97  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02760  hypothetical protein  50.34 
 
 		 319 aa  322  7e-87  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000757589  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2870  integrase family protein  40.59 
 
 		 404 aa  321  9.999999999999999e-87  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3149  integrase family protein  40.1 
 
 		 402 aa  320  1.9999999999999998e-86  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1403  integrase family protein  40.59 
 
 		 404 aa  319  5e-86  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1377  integrase family protein  40.34 
 
 		 404 aa  318  7.999999999999999e-86  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.421262  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02085  prophage CP4-like integrase  43.37 
 
 		 412 aa  314  1.9999999999999998e-84  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00159504  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1254  integrase family protein  40.63 
 
 		 406 aa  298  9e-80  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03516  Int  39.36 
 
 		 394 aa  297  2e-79  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.465426  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0968  cp4-like integrase protein  39.76 
 
 		 391 aa  297  2e-79  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03468  hypothetical protein  39.36 
 
 		 394 aa  297  2e-79  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.457385  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4738  integrase  39.12 
 
 		 396 aa  296  4e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.657187  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3112  site-specific recombinase, phage integrase family protein  39.36 
 
 		 394 aa  296  6e-79  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0338398 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1752  phage integrase  40.68 
 
 		 404 aa  296  6e-79  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2364  phage integrase family protein  40.68 
 
 		 404 aa  296  6e-79  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5032  integrase  39.12 
 
 		 417 aa  295  9e-79  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0374  site-specific recombinase, phage integrase family  40 
 
 		 396 aa  294  2e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.324346  normal  0.794104 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1290  prophage CP4-like integrase  41.4 
 
 		 404 aa  294  2e-78  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3377  site-specific recombinase, phage integrase family protein  38.88 
 
 		 394 aa  294  2e-78  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5797  prophage P4 integrase  53.79 
 
 		 275 aa  292  9e-78  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.264973  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02797  integrase  49.82 
 
 		 294 aa  291  2e-77  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000596142  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0329  site-specific recombinase, phage integrase family protein  38.69 
 
 		 402 aa  288  1e-76  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.0019463  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2421  phage integrase family protein  40.05 
 
 		 404 aa  286  7e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.359769  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0943  putative integrase prophage protein  37.65 
 
 		 400 aa  284  2.0000000000000002e-75  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1354  phage integrase  41.69 
 
 		 404 aa  284  3.0000000000000004e-75  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.226935  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0884  phage integrase family site specific recombinase  38.63 
 
 		 404 aa  282  7.000000000000001e-75  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0925  integrase family protein  38.63 
 
 		 404 aa  282  7.000000000000001e-75  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3444  integrase family protein  39.9 
 
 		 401 aa  281  1e-74  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.950055  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0666  integrase  37.56 
 
 		 395 aa  282  1e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.214947  hitchhiker  0.000000824162 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3853  phage integrase family site specific recombinase  38.63 
 
 		 404 aa  282  1e-74  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0234676 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0299  phage integrase family site specific recombinase  38.48 
 
 		 394 aa  281  2e-74  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000127187 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1442  phage integrase  37.71 
 
 		 404 aa  280  3e-74  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0912  phage integrase family protein  38.78 
 
 		 413 aa  280  3e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2638  integrase  39.46 
 
 		 409 aa  280  5e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  decreased coverage  9.23997e-16 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0061  integrase family protein  37.41 
 
 		 396 aa  279  5e-74  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3887  integrase family protein  36.56 
 
 		 404 aa  278  2e-73  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2072  integrase family protein  37.32 
 
 		 407 aa  278  2e-73  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.841134  normal  0.685608 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1871  putative integrase prophage protein  36.98 
 
 		 405 aa  277  3e-73  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00740779  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1610  integrase family protein  38.59 
 
 		 394 aa  276  4e-73  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0939795  normal  0.722179 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3122  integrase family protein  37.56 
 
 		 404 aa  276  5e-73  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3253  integrase family protein  38.78 
 
 		 406 aa  276  5e-73  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.274925  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2828  integrase family protein  38.83 
 
 		 396 aa  276  6e-73  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4153  phage integrase family site specific recombinase  36.03 
 
 		 397 aa  273  3e-72  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.448481  normal  0.0214927 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2184  Phage integrase  37.71 
 
 		 403 aa  274  3e-72  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.264722  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5344  site-specific recombinase, phage integrase family  38.2 
 
 		 402 aa  273  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.803856  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3164  integrase family protein  36.32 
 
 		 428 aa  273  4.0000000000000004e-72  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2483  integrase family protein  37.86 
 
 		 404 aa  272  7e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2993  integrase family protein  37.47 
 
 		 411 aa  272  7e-72  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0241673  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0306  site-specific recombinase, phage integrase family  35.85 
 
 		 410 aa  272  8.000000000000001e-72  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.644103 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40500  Phage integrase  37.8 
 
 		 401 aa  271  1e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2005  cp4-like integrase protein  38.89 
 
 		 425 aa  270  2.9999999999999997e-71  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0628  phage integrase  37.23 
 
 		 405 aa  270  2.9999999999999997e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.173679  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3996  phage integrase family protein  36.92 
 
 		 389 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.243095  normal  0.464149 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2400  phage integrase family protein  40.72 
 
 		 404 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0432428  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6353  P4-like integrase  39.61 
 
 		 407 aa  269  7e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.276221  normal  0.142283 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2977  integrase family protein  37.35 
 
 		 429 aa  268  1e-70  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2300  phage integrase family protein  39.36 
 
 		 403 aa  267  2.9999999999999995e-70  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>