More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3253 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_3253  integrase family protein  100 
 
 		 406 aa  835    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.274925  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1254  integrase family protein  72.21 
 
 		 406 aa  600  1e-170  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0997  integrase family protein  67.91 
 
 		 410 aa  563  1.0000000000000001e-159  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2300  phage integrase family protein  68.62 
 
 		 403 aa  559  1e-158  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2993  integrase family protein  66.5 
 
 		 411 aa  555  1e-157  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0241673  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1823  prophage P4 integrase  62.95 
 
 		 421 aa  535  1e-151  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0003918  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1135  integrase family protein  61.74 
 
 		 420 aa  530  1e-149  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.660437  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1315  phage integrase family protein  66.67 
 
 		 378 aa  522  1e-147  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00318446  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2184  Phage integrase  60.45 
 
 		 403 aa  513  1e-144  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.264722  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0943  putative integrase prophage protein  61.21 
 
 		 400 aa  510  1e-143  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0912  phage integrase family protein  59.56 
 
 		 413 aa  508  1e-143  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3122  integrase family protein  59.95 
 
 		 404 aa  489  1e-137  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1871  putative integrase prophage protein  59.8 
 
 		 405 aa  486  1e-136  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00740779  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2072  integrase family protein  59.2 
 
 		 407 aa  478  1e-134  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.841134  normal  0.685608 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2073  putative integrase prophage protein  57.18 
 
 		 445 aa  455  1e-127  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.343069  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1577  integrase family protein  55.64 
 
 		 407 aa  449  1e-125  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3669  prophage CP4-like integrase  56.72 
 
 		 462 aa  445  1.0000000000000001e-124  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.18314  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2704  Phage integrase  56.82 
 
 		 404 aa  441  9.999999999999999e-123  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000143842  hitchhiker  0.00000139825 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1442  phage integrase  54.98 
 
 		 404 aa  441  9.999999999999999e-123  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2483  integrase family protein  54.23 
 
 		 404 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1627  phage integrase family protein  56.59 
 
 		 419 aa  441  9.999999999999999e-123  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3164  integrase family protein  52.29 
 
 		 428 aa  421  1e-116  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3112  integrase family protein  53.85 
 
 		 412 aa  417  9.999999999999999e-116  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.053252  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1610  integrase family protein  50.64 
 
 		 394 aa  405  1.0000000000000001e-112  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0939795  normal  0.722179 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4495  integrase family protein  53.58 
 
 		 409 aa  405  1.0000000000000001e-112  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.338332  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2977  integrase family protein  50 
 
 		 429 aa  392  1e-108  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0478  integrase family protein  48.46 
 
 		 427 aa  387  1e-106  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2767  phage integrase family protein  49.87 
 
 		 421 aa  382  1e-105  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00105965 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3469  integrase family protein  49.15 
 
 		 433 aa  378  1e-103  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0423889 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1354  phage integrase  49.14 
 
 		 404 aa  375  1e-103  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.226935  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2643  phage integrase family protein  49.51 
 
 		 413 aa  373  1e-102  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.914723  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1229  integrase family protein  47.83 
 
 		 402 aa  369  1e-101  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.308607  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2870  integrase family protein  47.16 
 
 		 404 aa  370  1e-101  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0968  cp4-like integrase protein  49.23 
 
 		 391 aa  367  1e-100  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1403  integrase family protein  47.09 
 
 		 404 aa  366  1e-100  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1377  integrase family protein  47.34 
 
 		 404 aa  367  1e-100  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.421262  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1557  integrase family protein  50.74 
 
 		 403 aa  365  1e-99  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2200  integrase family protein  47.8 
 
 		 415 aa  361  1e-98  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.158333 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3149  integrase family protein  47.19 
 
 		 402 aa  360  2e-98  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0306  site-specific recombinase, phage integrase family  47.81 
 
 		 410 aa  356  3.9999999999999996e-97  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.644103 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2301  integrase family protein  48.11 
 
 		 403 aa  356  5e-97  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0308484  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2233  integrase family protein  47.72 
 
 		 397 aa  353  2.9999999999999997e-96  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0126025 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3853  phage integrase family site specific recombinase  44.86 
 
 		 404 aa  353  4e-96  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0234676 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0925  integrase family protein  44.61 
 
 		 404 aa  351  1e-95  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0884  phage integrase family site specific recombinase  44.61 
 
 		 404 aa  351  1e-95  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03516  Int  44.92 
 
 		 394 aa  349  6e-95  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.465426  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03468  hypothetical protein  44.92 
 
 		 394 aa  349  6e-95  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.457385  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0061  integrase family protein  46.31 
 
 		 396 aa  348  9e-95  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3887  integrase family protein  42.61 
 
 		 404 aa  347  2e-94  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2400  phage integrase family protein  48.14 
 
 		 404 aa  347  2e-94  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0432428  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1143  phage integrase family protein  46.27 
 
 		 412 aa  346  4e-94  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1752  phage integrase  45.89 
 
 		 404 aa  346  4e-94  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2364  phage integrase family protein  45.89 
 
 		 404 aa  346  4e-94  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0329  site-specific recombinase, phage integrase family protein  47.44 
 
 		 402 aa  345  6e-94  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.0019463  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2830  phage integrase  45.12 
 
 		 412 aa  345  8e-94  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.209333  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0676  phage integrase family site specific recombinase  58.8 
 
 		 303 aa  344  1e-93  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.825642  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2460  phage integrase family protein  45.63 
 
 		 413 aa  345  1e-93  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.269087  normal  0.494365 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5032  integrase  45.41 
 
 		 417 aa  345  1e-93  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0666  integrase  44.64 
 
 		 395 aa  343  2e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.214947  hitchhiker  0.000000824162 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1290  prophage CP4-like integrase  45.14 
 
 		 404 aa  344  2e-93  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2428  phage integrase family protein  47.22 
 
 		 398 aa  340  2e-92  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0129894  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0108  integrase family protein  45.48 
 
 		 389 aa  340  2e-92  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4153  phage integrase family site specific recombinase  44.99 
 
 		 397 aa  340  2.9999999999999998e-92  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.448481  normal  0.0214927 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2421  phage integrase family protein  45.52 
 
 		 404 aa  340  2.9999999999999998e-92  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.359769  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0299  phage integrase family site specific recombinase  47.29 
 
 		 394 aa  338  9.999999999999999e-92  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000127187 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4738  integrase  46.94 
 
 		 396 aa  337  2.9999999999999997e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.657187  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2638  integrase  44.47 
 
 		 409 aa  336  5e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  decreased coverage  9.23997e-16 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3112  site-specific recombinase, phage integrase family protein  46.94 
 
 		 394 aa  335  5.999999999999999e-91  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0338398 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3377  site-specific recombinase, phage integrase family protein  46.94 
 
 		 394 aa  335  7e-91  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4002  phage integrase family site specific recombinase  44.47 
 
 		 387 aa  335  9e-91  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3266  site-specific recombinase, phage integrase family  47.37 
 
 		 367 aa  334  2e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.220935  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0628  phage integrase  45.83 
 
 		 405 aa  333  2e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.173679  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2005  cp4-like integrase protein  45.26 
 
 		 425 aa  332  6e-90  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6353  P4-like integrase  45.72 
 
 		 407 aa  332  8e-90  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.276221  normal  0.142283 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2828  integrase family protein  44.76 
 
 		 396 aa  332  9e-90  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0662  phage integrase family protein  45.32 
 
 		 417 aa  330  3e-89  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.421315  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0747  integrase family protein  44.47 
 
 		 420 aa  329  4e-89  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0631504 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3281  integrase family protein  45.99 
 
 		 387 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3314  site-specific recombinase, phage integrase family protein  44.69 
 
 		 420 aa  328  1.0000000000000001e-88  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.426306  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4753  phage integrase family site specific recombinase  45.43 
 
 		 421 aa  328  1.0000000000000001e-88  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0374  site-specific recombinase, phage integrase family  45.69 
 
 		 396 aa  327  2.0000000000000001e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.324346  normal  0.794104 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2365  Phage integrase  44.58 
 
 		 404 aa  326  4.0000000000000003e-88  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3878  integrase family protein  44.69 
 
 		 421 aa  326  4.0000000000000003e-88  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.642125  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0809  phage integrase family site specific recombinase  45.3 
 
 		 419 aa  325  6e-88  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0053  integrase family protein  43.33 
 
 		 391 aa  325  9e-88  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.613927 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0463  phage integrase family protein  42.89 
 
 		 420 aa  324  1e-87  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0356989 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3540  phage integrase family site specific recombinase  44.34 
 
 		 411 aa  325  1e-87  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000292707  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0657  phage integrase family protein  45.37 
 
 		 412 aa  322  6e-87  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.907789  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5344  site-specific recombinase, phage integrase family  42.18 
 
 		 402 aa  322  7e-87  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.803856  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3676  integrase family protein  44.34 
 
 		 421 aa  322  9.999999999999999e-87  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.329272  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4272  site-specific recombinase, phage integrase family protein  44.2 
 
 		 421 aa  320  3e-86  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.451693  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4051  phage integrase family site specific recombinase  43.61 
 
 		 419 aa  319  3.9999999999999996e-86  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.102635  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0928  phage integrase family site specific recombinase  44.22 
 
 		 438 aa  320  3.9999999999999996e-86  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0249275  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3444  integrase family protein  45.91 
 
 		 401 aa  319  7e-86  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.950055  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0718  integrase family protein  43.24 
 
 		 419 aa  313  2.9999999999999996e-84  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0871  integrase family protein  43.24 
 
 		 419 aa  311  2e-83  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1669  integrase family protein  44.31 
 
 		 421 aa  310  4e-83  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.553774  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2014  phage integrase  44.05 
 
 		 416 aa  308  1.0000000000000001e-82  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0681  integrase family protein  42.49 
 
 		 401 aa  307  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0294  phage integrase  44.39 
 
 		 399 aa  305  6e-82  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>