More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_4002 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010468  EcolC_0053  integrase family protein  95.09 
 
 		 391 aa  769    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.613927 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4002  phage integrase family site specific recombinase  100 
 
 		 387 aa  803    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4153  phage integrase family site specific recombinase  80.36 
 
 		 397 aa  673    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.448481  normal  0.0214927 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0108  integrase family protein  86.01 
 
 		 389 aa  707    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03516  Int  70.83 
 
 		 394 aa  592  1e-168  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.465426  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03468  hypothetical protein  70.83 
 
 		 394 aa  592  1e-168  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.457385  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5032  integrase  69.53 
 
 		 417 aa  583  1.0000000000000001e-165  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0061  integrase family protein  68.65 
 
 		 396 aa  580  1e-164  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2638  integrase  64.51 
 
 		 409 aa  540  9.999999999999999e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  decreased coverage  9.23997e-16 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2828  integrase family protein  62.95 
 
 		 396 aa  533  1e-150  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0306  site-specific recombinase, phage integrase family  61.76 
 
 		 410 aa  520  1e-146  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.644103 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3281  integrase family protein  63.28 
 
 		 387 aa  511  1e-143  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3887  integrase family protein  59.33 
 
 		 404 aa  510  1e-143  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3149  integrase family protein  58.59 
 
 		 402 aa  504  9.999999999999999e-143  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1403  integrase family protein  57.29 
 
 		 404 aa  496  1e-139  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2870  integrase family protein  57.03 
 
 		 404 aa  495  1e-139  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1377  integrase family protein  57.03 
 
 		 404 aa  493  9.999999999999999e-139  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.421262  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0925  integrase family protein  58.55 
 
 		 404 aa  486  1e-136  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3853  phage integrase family site specific recombinase  58.55 
 
 		 404 aa  486  1e-136  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0234676 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0884  phage integrase family site specific recombinase  58.55 
 
 		 404 aa  486  1e-136  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0329  site-specific recombinase, phage integrase family protein  57.81 
 
 		 402 aa  484  1e-135  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.0019463  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0299  phage integrase family site specific recombinase  57.29 
 
 		 394 aa  479  1e-134  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000127187 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0374  site-specific recombinase, phage integrase family  57.47 
 
 		 396 aa  469  1.0000000000000001e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.324346  normal  0.794104 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4738  integrase  54.69 
 
 		 396 aa  459  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.657187  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3377  site-specific recombinase, phage integrase family protein  54.17 
 
 		 394 aa  456  1e-127  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3112  site-specific recombinase, phage integrase family protein  54.43 
 
 		 394 aa  457  1e-127  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0338398 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0666  integrase  53.89 
 
 		 395 aa  448  1e-125  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.214947  hitchhiker  0.000000824162 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3266  site-specific recombinase, phage integrase family  58.15 
 
 		 367 aa  447  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.220935  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0681  integrase family protein  53.63 
 
 		 401 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1309  integrase family protein  47.53 
 
 		 385 aa  375  1e-103  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00894189  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3582  integrase  47.27 
 
 		 397 aa  371  1e-101  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000010448 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0968  cp4-like integrase protein  44.82 
 
 		 391 aa  366  1e-100  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1354  phage integrase  45.66 
 
 		 404 aa  365  1e-100  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.226935  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40500  Phage integrase  44.19 
 
 		 401 aa  362  6e-99  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5344  site-specific recombinase, phage integrase family  43.67 
 
 		 402 aa  353  2.9999999999999997e-96  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.803856  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4347  integrase family protein  45.74 
 
 		 402 aa  351  2e-95  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000357829 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1290  prophage CP4-like integrase  42.67 
 
 		 404 aa  345  8.999999999999999e-94  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1752  phage integrase  42.93 
 
 		 404 aa  340  2.9999999999999998e-92  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2364  phage integrase family protein  42.93 
 
 		 404 aa  340  2.9999999999999998e-92  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2421  phage integrase family protein  42.42 
 
 		 404 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.359769  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1823  prophage P4 integrase  44.7 
 
 		 421 aa  332  6e-90  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0003918  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2365  Phage integrase  43.04 
 
 		 404 aa  332  8e-90  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6353  P4-like integrase  43.48 
 
 		 407 aa  330  2e-89  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.276221  normal  0.142283 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3444  integrase family protein  44.13 
 
 		 401 aa  329  4e-89  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.950055  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3253  integrase family protein  44.47 
 
 		 406 aa  327  3e-88  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.274925  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0928  phage integrase family site specific recombinase  41.6 
 
 		 438 aa  326  5e-88  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0249275  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1254  integrase family protein  41.13 
 
 		 406 aa  322  9.000000000000001e-87  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4814  site-specific recombinase, phage integrase family protein  41.04 
 
 		 422 aa  319  6e-86  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.751833  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2400  phage integrase family protein  41.9 
 
 		 404 aa  318  1e-85  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0432428  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0463  phage integrase family protein  39.7 
 
 		 420 aa  317  3e-85  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0356989 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1610  integrase family protein  41.65 
 
 		 394 aa  317  3e-85  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0939795  normal  0.722179 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1237  integrase family protein  42.89 
 
 		 401 aa  313  3.9999999999999997e-84  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.184026  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3540  phage integrase family site specific recombinase  38.5 
 
 		 411 aa  312  6.999999999999999e-84  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000292707  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2993  integrase family protein  41.33 
 
 		 411 aa  312  7.999999999999999e-84  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0241673  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2300  phage integrase family protein  42.89 
 
 		 403 aa  311  1e-83  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3676  integrase family protein  38.06 
 
 		 421 aa  309  4e-83  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.329272  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3353  phage integrase family protein  40.52 
 
 		 393 aa  310  4e-83  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4753  phage integrase family site specific recombinase  38.96 
 
 		 421 aa  309  6.999999999999999e-83  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4051  phage integrase family site specific recombinase  37.56 
 
 		 419 aa  308  9e-83  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.102635  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2005  cp4-like integrase protein  41.33 
 
 		 425 aa  308  1.0000000000000001e-82  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2072  integrase family protein  40.51 
 
 		 407 aa  308  1.0000000000000001e-82  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.841134  normal  0.685608 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1669  integrase family protein  38.31 
 
 		 421 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.553774  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1871  putative integrase prophage protein  40.77 
 
 		 405 aa  307  2.0000000000000002e-82  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00740779  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0943  putative integrase prophage protein  40.05 
 
 		 400 aa  306  3e-82  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3122  integrase family protein  41.33 
 
 		 404 aa  306  3e-82  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3385  site-specific recombinase, phage integrase family  41.04 
 
 		 391 aa  305  6e-82  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.059991  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0997  integrase family protein  43.5 
 
 		 410 aa  305  6e-82  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3702  integrase family protein  38.46 
 
 		 418 aa  302  7.000000000000001e-81  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3314  site-specific recombinase, phage integrase family protein  39.3 
 
 		 420 aa  302  9e-81  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.426306  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3617  phage integrase family protein  39.06 
 
 		 390 aa  301  1e-80  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0747  integrase family protein  39.05 
 
 		 420 aa  301  2e-80  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0631504 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3878  integrase family protein  39.05 
 
 		 421 aa  300  3e-80  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.642125  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0912  phage integrase family protein  40.15 
 
 		 413 aa  300  4e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2184  Phage integrase  41.65 
 
 		 403 aa  298  8e-80  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.264722  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4272  site-specific recombinase, phage integrase family protein  39.05 
 
 		 421 aa  298  1e-79  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.451693  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1315  phage integrase family protein  42.66 
 
 		 378 aa  297  3e-79  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00318446  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3541  integrase family protein  37.97 
 
 		 418 aa  296  4e-79  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1627  phage integrase family protein  40.31 
 
 		 419 aa  296  4e-79  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2233  integrase family protein  39.85 
 
 		 397 aa  296  6e-79  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0126025 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0697  integrase family protein  41.36 
 
 		 618 aa  295  8e-79  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0958  integrase family protein  38.76 
 
 		 403 aa  294  2e-78  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1135  integrase family protein  40.3 
 
 		 420 aa  293  5e-78  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.660437  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0723  integrase family protein  39.27 
 
 		 402 aa  291  1e-77  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0718  integrase family protein  39.05 
 
 		 419 aa  290  2e-77  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0871  integrase family protein  39.05 
 
 		 419 aa  291  2e-77  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3101  phage integrase family protein  37.98 
 
 		 395 aa  290  3e-77  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.241472 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2952  phage integrase family protein  39.06 
 
 		 397 aa  290  3e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  3.20289e-17 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1087  prophage CP4-like integrase  39.95 
 
 		 402 aa  290  3e-77  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0686158  normal  0.733302 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0447  integrase family protein  37.47 
 
 		 419 aa  290  4e-77  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02085  prophage CP4-like integrase  39.75 
 
 		 412 aa  289  5.0000000000000004e-77  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00159504  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1063  integrase family protein  38.54 
 
 		 398 aa  289  6e-77  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3996  phage integrase family protein  39.18 
 
 		 389 aa  289  6e-77  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.243095  normal  0.464149 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3537  integrase family protein  37.25 
 
 		 419 aa  288  1e-76  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1839  phage integrase family protein  41.03 
 
 		 414 aa  287  2e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3372  integrase family protein  38.28 
 
 		 601 aa  288  2e-76  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3412  integrase family protein  37.25 
 
 		 424 aa  286  4e-76  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.357921  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3164  integrase family protein  37.9 
 
 		 428 aa  285  8e-76  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2073  putative integrase prophage protein  40.41 
 
 		 445 aa  284  2.0000000000000002e-75  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.343069  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0809  phage integrase family site specific recombinase  37.47 
 
 		 419 aa  284  2.0000000000000002e-75  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2887  phage integrase family protein  39.55 
 
 		 416 aa  283  5.000000000000001e-75  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.416458  normal  0.252984 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>