More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0697 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_4139  integrase family protein  63.13 
 
 		 642 aa  707    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.217214  hitchhiker  0.0000125149 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2408  integrase (int)  83.66 
 
 		 617 aa  1037    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.71715  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1597  integrase family protein  63.29 
 
 		 602 aa  742    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.754785  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1977  phage integrase family protein  84.14 
 
 		 617 aa  1043    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.602154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1097  putative phage integrase  60.16 
 
 		 643 aa  724    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0408493  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3466  integrase family protein  61.93 
 
 		 644 aa  748    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0697  integrase family protein  100 
 
 		 618 aa  1254    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3372  integrase family protein  56.48 
 
 		 601 aa  694    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1340  phage integrase family protein  66.24 
 
 		 487 aa  615  1e-175  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.680009  normal  0.929089 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1213  phage integrase family protein  69.71 
 
 		 411 aa  547  1e-154  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.550435  normal  0.724829 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2403  phage integrase  58.66 
 
 		 444 aa  463  1e-129  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000050364  decreased coverage  0.00000383819 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2638  integrase  42.01 
 
 		 409 aa  306  5.0000000000000004e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  decreased coverage  9.23997e-16 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40500  Phage integrase  42.51 
 
 		 401 aa  296  5e-79  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3353  phage integrase family protein  40.35 
 
 		 393 aa  296  6e-79  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4002  phage integrase family site specific recombinase  41.36 
 
 		 387 aa  295  1e-78  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2828  integrase family protein  41.23 
 
 		 396 aa  294  4e-78  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0053  integrase family protein  41.61 
 
 		 391 aa  290  6e-77  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.613927 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0108  integrase family protein  40.78 
 
 		 389 aa  289  1e-76  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4153  phage integrase family site specific recombinase  41.73 
 
 		 397 aa  288  2e-76  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.448481  normal  0.0214927 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0306  site-specific recombinase, phage integrase family  41.12 
 
 		 410 aa  287  4e-76  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.644103 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3887  integrase family protein  40.92 
 
 		 404 aa  283  5.000000000000001e-75  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2870  integrase family protein  40.29 
 
 		 404 aa  283  9e-75  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3281  integrase family protein  42.57 
 
 		 387 aa  283  9e-75  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5344  site-specific recombinase, phage integrase family  39.56 
 
 		 402 aa  282  2e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.803856  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3385  site-specific recombinase, phage integrase family  39.6 
 
 		 391 aa  281  4e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.059991  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1403  integrase family protein  40.24 
 
 		 404 aa  280  6e-74  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1377  integrase family protein  40.29 
 
 		 404 aa  280  8e-74  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.421262  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3149  integrase family protein  40.54 
 
 		 402 aa  278  1e-73  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4738  integrase  40.29 
 
 		 396 aa  279  1e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.657187  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3377  site-specific recombinase, phage integrase family protein  40.29 
 
 		 394 aa  278  2e-73  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3112  site-specific recombinase, phage integrase family protein  40.29 
 
 		 394 aa  277  4e-73  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0338398 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0329  site-specific recombinase, phage integrase family protein  40.69 
 
 		 402 aa  275  1.0000000000000001e-72  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.0019463  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0061  integrase family protein  40.29 
 
 		 396 aa  274  4.0000000000000004e-72  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0299  phage integrase family site specific recombinase  40.99 
 
 		 394 aa  273  7e-72  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000127187 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2408  phage-related integrase  64.36 
 
 		 206 aa  273  9e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00105004  decreased coverage  0.00000355943 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4347  integrase family protein  41.25 
 
 		 402 aa  271  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000357829 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03516  Int  39.51 
 
 		 394 aa  271  4e-71  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.465426  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03468  hypothetical protein  39.51 
 
 		 394 aa  271  4e-71  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.457385  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5032  integrase  38.29 
 
 		 417 aa  264  3e-69  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3853  phage integrase family site specific recombinase  37.83 
 
 		 404 aa  258  3e-67  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0234676 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0884  phage integrase family site specific recombinase  37.59 
 
 		 404 aa  256  9e-67  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0925  integrase family protein  37.59 
 
 		 404 aa  256  9e-67  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0374  site-specific recombinase, phage integrase family  38.88 
 
 		 396 aa  251  2e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.324346  normal  0.794104 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1290  prophage CP4-like integrase  36.1 
 
 		 404 aa  248  3e-64  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0681  integrase family protein  39.07 
 
 		 401 aa  245  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3702  integrase family protein  37.05 
 
 		 418 aa  244  3e-63  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3541  integrase family protein  37.53 
 
 		 418 aa  242  1e-62  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1354  phage integrase  37.38 
 
 		 404 aa  242  1e-62  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.226935  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0666  integrase  36.92 
 
 		 395 aa  241  2e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.214947  hitchhiker  0.000000824162 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1752  phage integrase  36.34 
 
 		 404 aa  241  2.9999999999999997e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2364  phage integrase family protein  36.34 
 
 		 404 aa  241  2.9999999999999997e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2400  phage integrase family protein  37.16 
 
 		 404 aa  239  6.999999999999999e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0432428  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1823  prophage P4 integrase  38.48 
 
 		 421 aa  239  1e-61  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0003918  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1610  integrase family protein  36.27 
 
 		 394 aa  238  2e-61  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0939795  normal  0.722179 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0968  cp4-like integrase protein  36.65 
 
 		 391 aa  236  8e-61  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2421  phage integrase family protein  35.37 
 
 		 404 aa  236  9e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.359769  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0447  integrase family protein  36.1 
 
 		 419 aa  229  1e-58  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0928  phage integrase family site specific recombinase  35.47 
 
 		 438 aa  228  3e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0249275  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0484  phage integrase family protein  38.14 
 
 		 421 aa  227  4e-58  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6353  P4-like integrase  36.25 
 
 		 407 aa  226  7e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.276221  normal  0.142283 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3122  integrase family protein  36.08 
 
 		 404 aa  226  1e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2365  Phage integrase  35.18 
 
 		 404 aa  223  7e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3266  site-specific recombinase, phage integrase family  37.63 
 
 		 367 aa  221  1.9999999999999999e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.220935  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4814  site-specific recombinase, phage integrase family protein  35.99 
 
 		 422 aa  222  1.9999999999999999e-56  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.751833  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1669  integrase family protein  36.87 
 
 		 421 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.553774  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0871  integrase family protein  36.1 
 
 		 419 aa  221  3e-56  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0463  phage integrase family protein  36.56 
 
 		 420 aa  221  3e-56  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0356989 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1254  integrase family protein  35.66 
 
 		 406 aa  221  3e-56  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0718  integrase family protein  36.34 
 
 		 419 aa  219  1e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3878  integrase family protein  35.17 
 
 		 421 aa  219  1e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.642125  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1839  phage integrase family protein  34.74 
 
 		 414 aa  218  2.9999999999999998e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3253  integrase family protein  37.05 
 
 		 406 aa  217  5e-55  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.274925  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1237  integrase family protein  35.94 
 
 		 401 aa  216  9.999999999999999e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.184026  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3314  site-specific recombinase, phage integrase family protein  34.93 
 
 		 420 aa  216  9.999999999999999e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.426306  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2459  integrase family protein  34.8 
 
 		 428 aa  215  1.9999999999999998e-54  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0501  integrase family protein  34.45 
 
 		 419 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2073  putative integrase prophage protein  35.75 
 
 		 445 aa  214  3.9999999999999995e-54  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.343069  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0747  integrase family protein  34.93 
 
 		 420 aa  214  4.9999999999999996e-54  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0631504 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1442  phage integrase  35 
 
 		 404 aa  214  4.9999999999999996e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1087  prophage CP4-like integrase  37.75 
 
 		 402 aa  213  5.999999999999999e-54  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0686158  normal  0.733302 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4836  integrase  36.12 
 
 		 421 aa  213  7.999999999999999e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.466297  normal  0.712135 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3034  integrase family protein  34.69 
 
 		 419 aa  213  9e-54  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1631  integrase family protein  36.17 
 
 		 409 aa  212  1e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3412  integrase family protein  34.13 
 
 		 424 aa  213  1e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.357921  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3419  integrase family protein  35.17 
 
 		 419 aa  212  1e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.837092  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4753  phage integrase family site specific recombinase  34.61 
 
 		 421 aa  211  2e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0912  phage integrase family protein  34.71 
 
 		 413 aa  212  2e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4272  site-specific recombinase, phage integrase family protein  34.69 
 
 		 421 aa  212  2e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.451693  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1766  integrase family protein  34.74 
 
 		 425 aa  211  3e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0264741  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1100  site-specific recombinase, phage integrase family  33.73 
 
 		 395 aa  211  3e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0858  integrase family protein  34.21 
 
 		 419 aa  211  3e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1586  integrase family protein  34.8 
 
 		 425 aa  211  4e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.97396  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3537  integrase family protein  35.08 
 
 		 419 aa  211  4e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3676  integrase family protein  35.53 
 
 		 421 aa  210  5e-53  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.329272  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2993  integrase family protein  35.78 
 
 		 411 aa  210  6e-53  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0241673  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2483  integrase family protein  35.02 
 
 		 404 aa  209  9e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02085  prophage CP4-like integrase  35.61 
 
 		 412 aa  209  2e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00159504  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1632  phage integrase  34.37 
 
 		 413 aa  208  2e-52  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.986406  hitchhiker  0.00880856 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1135  integrase family protein  34.31 
 
 		 420 aa  208  2e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.660437  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5324  integrase  33.97 
 
 		 395 aa  208  3e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>