More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_2403 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_3466  integrase family protein  93.42 
 
 		 644 aa  819    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1097  putative phage integrase  79.63 
 
 		 643 aa  699    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0408493  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2403  phage integrase  100 
 
 		 444 aa  898    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000050364  decreased coverage  0.00000383819 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1597  integrase family protein  67.91 
 
 		 602 aa  528  1e-149  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.754785  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1340  phage integrase family protein  87.12 
 
 		 487 aa  464  1e-129  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.680009  normal  0.929089 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0697  integrase family protein  59.11 
 
 		 618 aa  464  1e-129  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3372  integrase family protein  59.19 
 
 		 601 aa  457  1e-127  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1977  phage integrase family protein  60 
 
 		 617 aa  451  1e-125  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.602154  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2408  integrase (int)  58.63 
 
 		 617 aa  448  1.0000000000000001e-124  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.71715  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4139  integrase family protein  50.9 
 
 		 642 aa  394  1e-108  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.217214  hitchhiker  0.0000125149 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1213  phage integrase family protein  96.13 
 
 		 411 aa  361  1e-98  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.550435  normal  0.724829 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1403  integrase family protein  42.79 
 
 		 404 aa  156  9e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2870  integrase family protein  42.92 
 
 		 404 aa  155  2e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1377  integrase family protein  42.92 
 
 		 404 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.421262  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2638  integrase  40.29 
 
 		 409 aa  150  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  decreased coverage  9.23997e-16 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0329  site-specific recombinase, phage integrase family protein  41.79 
 
 		 402 aa  149  9e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.0019463  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0299  phage integrase family site specific recombinase  42.42 
 
 		 394 aa  147  3e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000127187 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40500  Phage integrase  40.95 
 
 		 401 aa  147  4.0000000000000006e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0061  integrase family protein  38.32 
 
 		 396 aa  145  2e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0884  phage integrase family site specific recombinase  41.06 
 
 		 404 aa  145  2e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0925  integrase family protein  41.06 
 
 		 404 aa  145  2e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3853  phage integrase family site specific recombinase  41.06 
 
 		 404 aa  144  2e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0234676 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2828  integrase family protein  39.51 
 
 		 396 aa  144  4e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0306  site-specific recombinase, phage integrase family  39.3 
 
 		 410 aa  144  4e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.644103 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3887  integrase family protein  39.23 
 
 		 404 aa  144  4e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4738  integrase  39.71 
 
 		 396 aa  143  6e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.657187  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3149  integrase family protein  40.28 
 
 		 402 aa  143  7e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3112  site-specific recombinase, phage integrase family protein  40.1 
 
 		 394 aa  142  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0338398 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3377  site-specific recombinase, phage integrase family protein  40.1 
 
 		 394 aa  142  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5344  site-specific recombinase, phage integrase family  39.9 
 
 		 402 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.803856  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4347  integrase family protein  41.97 
 
 		 402 aa  140  4.999999999999999e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000357829 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4002  phage integrase family site specific recombinase  36.23 
 
 		 387 aa  139  7e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0374  site-specific recombinase, phage integrase family  40.28 
 
 		 396 aa  139  8.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.324346  normal  0.794104 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4153  phage integrase family site specific recombinase  39.13 
 
 		 397 aa  139  1e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.448481  normal  0.0214927 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03516  Int  37.62 
 
 		 394 aa  136  7.000000000000001e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.465426  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03468  hypothetical protein  37.62 
 
 		 394 aa  136  7.000000000000001e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.457385  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0681  integrase family protein  38.53 
 
 		 401 aa  136  8e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1752  phage integrase  37.14 
 
 		 404 aa  136  9e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3281  integrase family protein  36.76 
 
 		 387 aa  136  9e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2364  phage integrase family protein  37.14 
 
 		 404 aa  136  9e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5032  integrase  37.26 
 
 		 417 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0053  integrase family protein  37.2 
 
 		 391 aa  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.613927 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1290  prophage CP4-like integrase  36.67 
 
 		 404 aa  134  3e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1354  phage integrase  39.42 
 
 		 404 aa  134  3e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.226935  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2459  integrase family protein  37.73 
 
 		 428 aa  132  1.0000000000000001e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2400  phage integrase family protein  35.98 
 
 		 404 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0432428  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1586  integrase family protein  38.74 
 
 		 425 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.97396  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2421  phage integrase family protein  36.19 
 
 		 404 aa  130  3e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.359769  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0484  phage integrase family protein  39.91 
 
 		 421 aa  130  5.0000000000000004e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1727  integrase family protein  35.43 
 
 		 425 aa  130  7.000000000000001e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1766  integrase family protein  37.73 
 
 		 425 aa  130  7.000000000000001e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0264741  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0928  phage integrase family site specific recombinase  39.32 
 
 		 438 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0249275  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0108  integrase family protein  35.24 
 
 		 389 aa  129  9.000000000000001e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0666  integrase  36.36 
 
 		 395 aa  126  9e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.214947  hitchhiker  0.000000824162 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2875  phage integrase family protein  38.32 
 
 		 422 aa  125  2e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.698524  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0968  cp4-like integrase protein  37.2 
 
 		 391 aa  124  3e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0444  phage integrase  39.65 
 
 		 417 aa  124  4e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.159341  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0927  integrase family protein  37.1 
 
 		 422 aa  124  4e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1087  prophage CP4-like integrase  38.99 
 
 		 402 aa  123  6e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0686158  normal  0.733302 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2365  Phage integrase  37.68 
 
 		 404 aa  119  7.999999999999999e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3353  phage integrase family protein  33.84 
 
 		 393 aa  119  9e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1610  integrase family protein  38.27 
 
 		 394 aa  119  9.999999999999999e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0939795  normal  0.722179 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1100  site-specific recombinase, phage integrase family  37.57 
 
 		 395 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3444  integrase family protein  37.96 
 
 		 401 aa  118  1.9999999999999998e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.950055  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5324  integrase  37.36 
 
 		 395 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02085  prophage CP4-like integrase  36.44 
 
 		 412 aa  118  1.9999999999999998e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00159504  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3412  integrase family protein  35.81 
 
 		 424 aa  117  5e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.357921  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4836  integrase  38.94 
 
 		 421 aa  117  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.466297  normal  0.712135 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3385  site-specific recombinase, phage integrase family  35.32 
 
 		 391 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.059991  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2383  integrase family protein  40.56 
 
 		 427 aa  115  2.0000000000000002e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2351  phage integrase  33.18 
 
 		 452 aa  114  2.0000000000000002e-24  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0439669  hitchhiker  0.00873644 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3541  integrase family protein  35.21 
 
 		 418 aa  114  3e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3034  integrase family protein  35.48 
 
 		 419 aa  114  3e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3717  integrase family protein  36 
 
 		 419 aa  114  3e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3554  integrase family protein  36.7 
 
 		 419 aa  114  4.0000000000000004e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3702  integrase family protein  36.11 
 
 		 418 aa  113  5e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3419  integrase family protein  36.53 
 
 		 419 aa  114  5e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.837092  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0501  integrase family protein  35.48 
 
 		 419 aa  113  6e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3537  integrase family protein  34.91 
 
 		 419 aa  113  7.000000000000001e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3617  phage integrase family protein  33.33 
 
 		 390 aa  112  9e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2191  Phage integrase  34.42 
 
 		 418 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2073  putative integrase prophage protein  38.5 
 
 		 445 aa  112  2.0000000000000002e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.343069  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4773  integrase  33.78 
 
 		 449 aa  110  4.0000000000000004e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.368119  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1631  integrase family protein  35.29 
 
 		 409 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1557  integrase family protein  37.89 
 
 		 403 aa  110  5e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2887  phage integrase family protein  35.35 
 
 		 416 aa  110  5e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.416458  normal  0.252984 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0858  integrase family protein  33.95 
 
 		 419 aa  110  6e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1237  integrase family protein  34.3 
 
 		 401 aa  110  7.000000000000001e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.184026  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2977  integrase family protein  37.71 
 
 		 429 aa  109  9.000000000000001e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2233  integrase family protein  38.07 
 
 		 397 aa  109  9.000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0126025 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0463  phage integrase family protein  35.71 
 
 		 420 aa  108  1e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0356989 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0958  integrase family protein  33.5 
 
 		 403 aa  108  1e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1669  integrase family protein  36.23 
 
 		 421 aa  109  1e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.553774  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1442  phage integrase  39.89 
 
 		 404 aa  108  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1839  phage integrase family protein  34.78 
 
 		 414 aa  108  2e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1823  prophage P4 integrase  35.87 
 
 		 421 aa  107  3e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0003918  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4814  site-specific recombinase, phage integrase family protein  36.32 
 
 		 422 aa  108  3e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.751833  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3878  integrase family protein  36.1 
 
 		 421 aa  107  3e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.642125  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3164  integrase family protein  35.56 
 
 		 428 aa  107  4e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1370  prophage CP4-57 integrase  33.17 
 
 		 399 aa  107  6e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000288538  normal  0.0147519 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>