More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_0061 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_03516  Int  79.69 
 
 		 394 aa  672    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.465426  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5032  integrase  77.81 
 
 		 417 aa  662    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03468  hypothetical protein  79.69 
 
 		 394 aa  672    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.457385  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0061  integrase family protein  100 
 
 		 396 aa  815    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4153  phage integrase family site specific recombinase  70.21 
 
 		 397 aa  591  1e-168  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.448481  normal  0.0214927 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0108  integrase family protein  69.15 
 
 		 389 aa  585  1e-166  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4002  phage integrase family site specific recombinase  68.65 
 
 		 387 aa  580  1e-164  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0053  integrase family protein  67.88 
 
 		 391 aa  572  1.0000000000000001e-162  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.613927 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3853  phage integrase family site specific recombinase  64.62 
 
 		 404 aa  550  1e-155  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0234676 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0925  integrase family protein  64.62 
 
 		 404 aa  549  1e-155  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0884  phage integrase family site specific recombinase  64.62 
 
 		 404 aa  549  1e-155  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0329  site-specific recombinase, phage integrase family protein  64.43 
 
 		 402 aa  543  1e-153  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.0019463  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0299  phage integrase family site specific recombinase  63.99 
 
 		 394 aa  534  1e-150  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000127187 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0374  site-specific recombinase, phage integrase family  63.17 
 
 		 396 aa  528  1e-149  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.324346  normal  0.794104 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4738  integrase  61.38 
 
 		 396 aa  521  1e-146  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.657187  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3377  site-specific recombinase, phage integrase family protein  60.67 
 
 		 394 aa  514  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3149  integrase family protein  59.64 
 
 		 402 aa  515  1.0000000000000001e-145  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3112  site-specific recombinase, phage integrase family protein  60.93 
 
 		 394 aa  515  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0338398 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2870  integrase family protein  58.21 
 
 		 404 aa  506  9.999999999999999e-143  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1403  integrase family protein  58.46 
 
 		 404 aa  506  9.999999999999999e-143  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3887  integrase family protein  58.97 
 
 		 404 aa  507  9.999999999999999e-143  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0666  integrase  60.15 
 
 		 395 aa  507  9.999999999999999e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.214947  hitchhiker  0.000000824162 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1377  integrase family protein  58.21 
 
 		 404 aa  504  1e-141  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.421262  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2638  integrase  59.84 
 
 		 409 aa  499  1e-140  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  decreased coverage  9.23997e-16 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0306  site-specific recombinase, phage integrase family  58.23 
 
 		 410 aa  501  1e-140  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.644103 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2828  integrase family protein  57.62 
 
 		 396 aa  487  1e-136  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3266  site-specific recombinase, phage integrase family  62.18 
 
 		 367 aa  479  1e-134  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.220935  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3281  integrase family protein  59.64 
 
 		 387 aa  479  1e-134  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0681  integrase family protein  49.87 
 
 		 401 aa  443  1e-123  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1309  integrase family protein  50.13 
 
 		 385 aa  397  1e-109  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00894189  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0968  cp4-like integrase protein  49.1 
 
 		 391 aa  392  1e-108  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3582  integrase  49.74 
 
 		 397 aa  394  1e-108  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000010448 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40500  Phage integrase  46.15 
 
 		 401 aa  369  1e-101  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1354  phage integrase  44.81 
 
 		 404 aa  362  6e-99  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.226935  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4347  integrase family protein  47.44 
 
 		 402 aa  355  8.999999999999999e-97  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000357829 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5344  site-specific recombinase, phage integrase family  44.78 
 
 		 402 aa  350  3e-95  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.803856  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2365  Phage integrase  44.62 
 
 		 404 aa  350  3e-95  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1087  prophage CP4-like integrase  46.15 
 
 		 402 aa  347  2e-94  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0686158  normal  0.733302 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1669  integrase family protein  44.09 
 
 		 421 aa  347  2e-94  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.553774  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1254  integrase family protein  44.67 
 
 		 406 aa  345  8.999999999999999e-94  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0463  phage integrase family protein  42.82 
 
 		 420 aa  343  4e-93  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0356989 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0928  phage integrase family site specific recombinase  43.41 
 
 		 438 aa  339  5e-92  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0249275  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3253  integrase family protein  46.31 
 
 		 406 aa  337  1.9999999999999998e-91  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.274925  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3444  integrase family protein  46.33 
 
 		 401 aa  337  2.9999999999999997e-91  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.950055  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2072  integrase family protein  44.16 
 
 		 407 aa  335  9e-91  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.841134  normal  0.685608 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0871  integrase family protein  44.33 
 
 		 419 aa  335  9e-91  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4836  integrase  44.99 
 
 		 421 aa  334  2e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.466297  normal  0.712135 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0912  phage integrase family protein  45.25 
 
 		 413 aa  334  2e-90  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0718  integrase family protein  44.33 
 
 		 419 aa  333  3e-90  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1290  prophage CP4-like integrase  40.97 
 
 		 404 aa  332  8e-90  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0747  integrase family protein  42.33 
 
 		 420 aa  331  1e-89  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0631504 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3878  integrase family protein  42.33 
 
 		 421 aa  331  1e-89  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.642125  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3314  site-specific recombinase, phage integrase family protein  42.08 
 
 		 420 aa  332  1e-89  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.426306  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4272  site-specific recombinase, phage integrase family protein  42.33 
 
 		 421 aa  329  4e-89  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.451693  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1871  putative integrase prophage protein  44.16 
 
 		 405 aa  329  5.0000000000000004e-89  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00740779  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6353  P4-like integrase  44.36 
 
 		 407 aa  329  6e-89  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.276221  normal  0.142283 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1752  phage integrase  40.97 
 
 		 404 aa  329  7e-89  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2364  phage integrase family protein  40.97 
 
 		 404 aa  329  7e-89  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0943  putative integrase prophage protein  43.73 
 
 		 400 aa  328  9e-89  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3122  integrase family protein  44.42 
 
 		 404 aa  327  2.0000000000000001e-88  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2421  phage integrase family protein  40.97 
 
 		 404 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.359769  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4753  phage integrase family site specific recombinase  40.84 
 
 		 421 aa  327  3e-88  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1610  integrase family protein  40.92 
 
 		 394 aa  325  7e-88  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0939795  normal  0.722179 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4814  site-specific recombinase, phage integrase family protein  41.34 
 
 		 422 aa  323  3e-87  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.751833  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3554  integrase family protein  42.86 
 
 		 419 aa  321  9.999999999999999e-87  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3717  integrase family protein  42.86 
 
 		 419 aa  321  1.9999999999999998e-86  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3676  integrase family protein  41.09 
 
 		 421 aa  321  1.9999999999999998e-86  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.329272  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2993  integrase family protein  42.57 
 
 		 411 aa  320  1.9999999999999998e-86  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0241673  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1237  integrase family protein  44.1 
 
 		 401 aa  320  1.9999999999999998e-86  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.184026  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3702  integrase family protein  42.01 
 
 		 418 aa  320  3e-86  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1823  prophage P4 integrase  43.75 
 
 		 421 aa  320  3e-86  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0003918  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4051  phage integrase family site specific recombinase  40.59 
 
 		 419 aa  320  3e-86  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.102635  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2300  phage integrase family protein  43.73 
 
 		 403 aa  319  5e-86  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0997  integrase family protein  43.07 
 
 		 410 aa  317  3e-85  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1135  integrase family protein  42.07 
 
 		 420 aa  316  4e-85  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.660437  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3541  integrase family protein  42.01 
 
 		 418 aa  316  4e-85  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3540  phage integrase family site specific recombinase  39.8 
 
 		 411 aa  316  6e-85  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000292707  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0809  phage integrase family site specific recombinase  40.94 
 
 		 419 aa  315  7e-85  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2400  phage integrase family protein  43.51 
 
 		 404 aa  315  9.999999999999999e-85  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0432428  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4773  integrase  41.67 
 
 		 449 aa  313  2.9999999999999996e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.368119  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2233  integrase family protein  41.79 
 
 		 397 aa  312  7.999999999999999e-84  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0126025 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2184  Phage integrase  43 
 
 		 403 aa  311  2e-83  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.264722  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1627  phage integrase family protein  43.04 
 
 		 419 aa  310  2.9999999999999997e-83  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0447  integrase family protein  41.23 
 
 		 419 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1063  integrase family protein  39.38 
 
 		 398 aa  303  4.0000000000000003e-81  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3164  integrase family protein  37.68 
 
 		 428 aa  303  4.0000000000000003e-81  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2005  cp4-like integrase protein  41.1 
 
 		 425 aa  303  5.000000000000001e-81  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3101  phage integrase family protein  38.86 
 
 		 395 aa  301  9e-81  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.241472 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02085  prophage CP4-like integrase  41.35 
 
 		 412 aa  301  1e-80  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00159504  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0958  integrase family protein  39.64 
 
 		 403 aa  301  1e-80  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2977  integrase family protein  40.05 
 
 		 429 aa  301  1e-80  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2483  integrase family protein  42.13 
 
 		 404 aa  301  2e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2887  phage integrase family protein  41.77 
 
 		 416 aa  301  2e-80  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.416458  normal  0.252984 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1442  phage integrase  41.62 
 
 		 404 aa  300  4e-80  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3996  phage integrase family protein  42.12 
 
 		 389 aa  299  6e-80  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.243095  normal  0.464149 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3034  integrase family protein  37.91 
 
 		 419 aa  297  2e-79  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1577  integrase family protein  42.82 
 
 		 407 aa  297  2e-79  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3412  integrase family protein  37.16 
 
 		 424 aa  297  2e-79  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.357921  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1315  phage integrase family protein  42.15 
 
 		 378 aa  298  2e-79  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00318446  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2952  phage integrase family protein  39.38 
 
 		 397 aa  296  4e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  3.20289e-17 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>