More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_2005 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_2005  cp4-like integrase protein  100 
 
 		 425 aa  881    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0943  putative integrase prophage protein  46.31 
 
 		 400 aa  338  9.999999999999999e-92  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1577  integrase family protein  46.45 
 
 		 407 aa  334  2e-90  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03516  Int  44.5 
 
 		 394 aa  333  4e-90  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.465426  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03468  hypothetical protein  44.5 
 
 		 394 aa  333  4e-90  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.457385  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0968  cp4-like integrase protein  45.84 
 
 		 391 aa  332  1e-89  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5032  integrase  44.64 
 
 		 417 aa  331  2e-89  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1290  prophage CP4-like integrase  45.93 
 
 		 404 aa  330  4e-89  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1254  integrase family protein  44.88 
 
 		 406 aa  328  8e-89  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2977  integrase family protein  46.56 
 
 		 429 aa  326  5e-88  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3253  integrase family protein  45.15 
 
 		 406 aa  325  1e-87  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.274925  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2184  Phage integrase  45.1 
 
 		 403 aa  325  1e-87  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.264722  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1871  putative integrase prophage protein  46.25 
 
 		 405 aa  323  3e-87  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00740779  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1823  prophage P4 integrase  44.88 
 
 		 421 aa  321  1.9999999999999998e-86  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0003918  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2072  integrase family protein  46.02 
 
 		 407 aa  320  1.9999999999999998e-86  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.841134  normal  0.685608 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1752  phage integrase  45.68 
 
 		 404 aa  319  7e-86  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2364  phage integrase family protein  45.68 
 
 		 404 aa  319  7e-86  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2073  putative integrase prophage protein  44.93 
 
 		 445 aa  318  1e-85  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.343069  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2421  phage integrase family protein  45.19 
 
 		 404 aa  315  8e-85  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.359769  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2643  phage integrase family protein  45.63 
 
 		 413 aa  315  9.999999999999999e-85  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.914723  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2400  phage integrase family protein  45.63 
 
 		 404 aa  314  1.9999999999999998e-84  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0432428  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3149  integrase family protein  40.45 
 
 		 402 aa  311  2e-83  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2870  integrase family protein  40.65 
 
 		 404 aa  310  2e-83  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1377  integrase family protein  40.65 
 
 		 404 aa  310  2.9999999999999997e-83  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.421262  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0053  integrase family protein  41.84 
 
 		 391 aa  310  4e-83  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.613927 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1403  integrase family protein  40.15 
 
 		 404 aa  309  5.9999999999999995e-83  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0912  phage integrase family protein  45.65 
 
 		 413 aa  309  6.999999999999999e-83  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4002  phage integrase family site specific recombinase  41.33 
 
 		 387 aa  308  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2300  phage integrase family protein  43.32 
 
 		 403 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2993  integrase family protein  44.07 
 
 		 411 aa  306  5.0000000000000004e-82  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0241673  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4153  phage integrase family site specific recombinase  41.52 
 
 		 397 aa  305  7e-82  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.448481  normal  0.0214927 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0108  integrase family protein  40.25 
 
 		 389 aa  304  2.0000000000000002e-81  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1610  integrase family protein  42.96 
 
 		 394 aa  303  4.0000000000000003e-81  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0939795  normal  0.722179 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0061  integrase family protein  41.1 
 
 		 396 aa  303  5.000000000000001e-81  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3122  integrase family protein  43.98 
 
 		 404 aa  303  5.000000000000001e-81  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0928  phage integrase family site specific recombinase  43.88 
 
 		 438 aa  300  2e-80  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0249275  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1135  integrase family protein  40.87 
 
 		 420 aa  301  2e-80  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.660437  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3314  site-specific recombinase, phage integrase family protein  43.55 
 
 		 420 aa  299  5e-80  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.426306  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2638  integrase  41.94 
 
 		 409 aa  300  5e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  decreased coverage  9.23997e-16 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0747  integrase family protein  43.31 
 
 		 420 aa  299  6e-80  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0631504 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4495  integrase family protein  44.79 
 
 		 409 aa  299  7e-80  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.338332  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3878  integrase family protein  43.03 
 
 		 421 aa  299  8e-80  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.642125  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2365  Phage integrase  44.28 
 
 		 404 aa  298  9e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40500  Phage integrase  41.85 
 
 		 401 aa  297  2e-79  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3112  site-specific recombinase, phage integrase family protein  41.46 
 
 		 394 aa  297  2e-79  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0338398 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4738  integrase  41.21 
 
 		 396 aa  297  3e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.657187  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1354  phage integrase  42.86 
 
 		 404 aa  296  6e-79  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.226935  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3377  site-specific recombinase, phage integrase family protein  40.95 
 
 		 394 aa  295  8e-79  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0718  integrase family protein  42.03 
 
 		 419 aa  295  1e-78  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0871  integrase family protein  42.03 
 
 		 419 aa  294  2e-78  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2233  integrase family protein  40.95 
 
 		 397 aa  294  2e-78  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0126025 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0809  phage integrase family site specific recombinase  42.59 
 
 		 419 aa  293  4e-78  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3853  phage integrase family site specific recombinase  39.7 
 
 		 404 aa  293  6e-78  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0234676 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0997  integrase family protein  41.55 
 
 		 410 aa  292  8e-78  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3444  integrase family protein  43.32 
 
 		 401 aa  291  1e-77  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.950055  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0884  phage integrase family site specific recombinase  39.45 
 
 		 404 aa  291  1e-77  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0925  integrase family protein  39.45 
 
 		 404 aa  291  1e-77  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4272  site-specific recombinase, phage integrase family protein  42.3 
 
 		 421 aa  291  2e-77  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.451693  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3887  integrase family protein  38.37 
 
 		 404 aa  290  3e-77  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2483  integrase family protein  42.79 
 
 		 404 aa  290  3e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0463  phage integrase family protein  41.32 
 
 		 420 aa  290  4e-77  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0356989 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0628  phage integrase  42.57 
 
 		 405 aa  290  5.0000000000000004e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.173679  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4753  phage integrase family site specific recombinase  41.56 
 
 		 421 aa  288  9e-77  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1669  integrase family protein  41.12 
 
 		 421 aa  288  1e-76  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.553774  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6353  P4-like integrase  43.34 
 
 		 407 aa  287  2.9999999999999996e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.276221  normal  0.142283 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3702  integrase family protein  41.75 
 
 		 418 aa  287  2.9999999999999996e-76  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1627  phage integrase family protein  41.95 
 
 		 419 aa  286  4e-76  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1442  phage integrase  42.12 
 
 		 404 aa  285  8e-76  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3669  prophage CP4-like integrase  41.38 
 
 		 462 aa  285  9e-76  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.18314  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4836  integrase  42.61 
 
 		 421 aa  285  1.0000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.466297  normal  0.712135 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0374  site-specific recombinase, phage integrase family  42.21 
 
 		 396 aa  285  1.0000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.324346  normal  0.794104 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0666  integrase  39.65 
 
 		 395 aa  284  2.0000000000000002e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.214947  hitchhiker  0.000000824162 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0979  site-specific recombinase, phage integrase family protein  39.38 
 
 		 420 aa  284  3.0000000000000004e-75  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000444866  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0478  integrase family protein  42.09 
 
 		 427 aa  283  3.0000000000000004e-75  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2301  integrase family protein  42.64 
 
 		 403 aa  283  5.000000000000001e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0308484  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2828  integrase family protein  40.46 
 
 		 396 aa  282  9e-75  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1315  phage integrase family protein  43.72 
 
 		 378 aa  282  9e-75  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00318446  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3541  integrase family protein  41.5 
 
 		 418 aa  280  3e-74  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4814  site-specific recombinase, phage integrase family protein  40.59 
 
 		 422 aa  280  3e-74  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.751833  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0329  site-specific recombinase, phage integrase family protein  40.77 
 
 		 402 aa  280  4e-74  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.0019463  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3676  integrase family protein  40.83 
 
 		 421 aa  279  9e-74  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.329272  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4051  phage integrase family site specific recombinase  40.59 
 
 		 419 aa  278  2e-73  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.102635  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2704  Phage integrase  41.52 
 
 		 404 aa  277  3e-73  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000143842  hitchhiker  0.00000139825 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2068  integrase  39.9 
 
 		 424 aa  277  3e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000306631  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5344  site-specific recombinase, phage integrase family  38.5 
 
 		 402 aa  276  4e-73  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.803856  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3164  integrase family protein  40.24 
 
 		 428 aa  276  4e-73  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1557  integrase family protein  41.15 
 
 		 403 aa  276  5e-73  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0299  phage integrase family site specific recombinase  40.46 
 
 		 394 aa  275  9e-73  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000127187 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1766  integrase family protein  39.14 
 
 		 425 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0264741  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3540  phage integrase family site specific recombinase  40.25 
 
 		 411 aa  275  1.0000000000000001e-72  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000292707  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0447  integrase family protein  41.02 
 
 		 419 aa  273  3e-72  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4347  integrase family protein  41.13 
 
 		 402 aa  273  3e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000357829 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3281  integrase family protein  40.51 
 
 		 387 aa  273  4.0000000000000004e-72  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2887  phage integrase family protein  41.22 
 
 		 416 aa  272  9e-72  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.416458  normal  0.252984 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3266  site-specific recombinase, phage integrase family  43.37 
 
 		 367 aa  271  1e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.220935  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1586  integrase family protein  38.66 
 
 		 425 aa  271  1e-71  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.97396  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2104  phage integrase family site specific recombinase  37.11 
 
 		 420 aa  270  2.9999999999999997e-71  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000885987  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2459  integrase family protein  38.42 
 
 		 428 aa  270  4e-71  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2305  integrase  39.04 
 
 		 424 aa  270  4e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.000673705  hitchhiker  1.06104e-16 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1143  phage integrase family protein  39.6 
 
 		 412 aa  270  5e-71  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>