More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2301 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_2301  integrase family protein  100 
 
 		 403 aa  832    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0308484  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2643  phage integrase family protein  64.14 
 
 		 413 aa  529  1e-149  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.914723  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2200  integrase family protein  63.82 
 
 		 415 aa  498  1e-140  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.158333 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2767  phage integrase family protein  57.29 
 
 		 421 aa  456  1e-127  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00105965 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4495  integrase family protein  55.42 
 
 		 409 aa  402  1e-111  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.338332  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0912  phage integrase family protein  52.14 
 
 		 413 aa  393  1e-108  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0943  putative integrase prophage protein  50.37 
 
 		 400 aa  389  1e-107  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1254  integrase family protein  48.61 
 
 		 406 aa  370  1e-101  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1823  prophage P4 integrase  47.88 
 
 		 421 aa  366  1e-100  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0003918  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1135  integrase family protein  47.25 
 
 		 420 aa  366  1e-100  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.660437  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2993  integrase family protein  49 
 
 		 411 aa  366  1e-100  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0241673  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0997  integrase family protein  45.52 
 
 		 410 aa  364  2e-99  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1577  integrase family protein  49.5 
 
 		 407 aa  361  1e-98  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2184  Phage integrase  46.85 
 
 		 403 aa  361  2e-98  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.264722  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3469  integrase family protein  47.98 
 
 		 433 aa  359  5e-98  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0423889 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1871  putative integrase prophage protein  46.38 
 
 		 405 aa  352  5e-96  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00740779  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3253  integrase family protein  48.11 
 
 		 406 aa  352  8e-96  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.274925  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2072  integrase family protein  46.48 
 
 		 407 aa  350  2e-95  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.841134  normal  0.685608 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2483  integrase family protein  47.24 
 
 		 404 aa  348  1e-94  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1442  phage integrase  48.24 
 
 		 404 aa  346  4e-94  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2300  phage integrase family protein  45.16 
 
 		 403 aa  346  5e-94  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3164  integrase family protein  45.12 
 
 		 428 aa  344  1e-93  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3122  integrase family protein  45.23 
 
 		 404 aa  343  2.9999999999999997e-93  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2977  integrase family protein  45.37 
 
 		 429 aa  342  5e-93  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1315  phage integrase family protein  47.7 
 
 		 378 aa  341  1e-92  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00318446  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2073  putative integrase prophage protein  46.98 
 
 		 445 aa  335  1e-90  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.343069  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2830  phage integrase  45.41 
 
 		 412 aa  332  5e-90  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.209333  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1627  phage integrase family protein  45.8 
 
 		 419 aa  328  1.0000000000000001e-88  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3669  prophage CP4-like integrase  45.66 
 
 		 462 aa  327  3e-88  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.18314  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2704  Phage integrase  46.42 
 
 		 404 aa  325  6e-88  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000143842  hitchhiker  0.00000139825 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1229  integrase family protein  43.42 
 
 		 402 aa  325  1e-87  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.308607  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3112  integrase family protein  46.44 
 
 		 412 aa  316  6e-85  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.053252  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2428  phage integrase family protein  44.55 
 
 		 398 aa  315  8e-85  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0129894  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1610  integrase family protein  43.54 
 
 		 394 aa  312  5.999999999999999e-84  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0939795  normal  0.722179 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0478  integrase family protein  42.48 
 
 		 427 aa  309  5e-83  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2460  phage integrase family protein  42.36 
 
 		 413 aa  306  3e-82  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.269087  normal  0.494365 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1143  phage integrase family protein  41.79 
 
 		 412 aa  302  7.000000000000001e-81  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0968  cp4-like integrase protein  43.39 
 
 		 391 aa  302  9e-81  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0329  site-specific recombinase, phage integrase family protein  41.97 
 
 		 402 aa  301  2e-80  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.0019463  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0061  integrase family protein  41.22 
 
 		 396 aa  300  4e-80  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0299  phage integrase family site specific recombinase  41.28 
 
 		 394 aa  298  1e-79  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000127187 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2233  integrase family protein  41.25 
 
 		 397 aa  298  1e-79  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0126025 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03516  Int  40.45 
 
 		 394 aa  296  5e-79  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.465426  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03468  hypothetical protein  40.45 
 
 		 394 aa  296  5e-79  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.457385  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1557  integrase family protein  44.72 
 
 		 403 aa  295  8e-79  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3853  phage integrase family site specific recombinase  41.95 
 
 		 404 aa  295  9e-79  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0234676 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0884  phage integrase family site specific recombinase  41.69 
 
 		 404 aa  294  2e-78  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0925  integrase family protein  41.69 
 
 		 404 aa  294  2e-78  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5032  integrase  41.06 
 
 		 417 aa  293  3e-78  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3149  integrase family protein  39.95 
 
 		 402 aa  292  9e-78  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0666  integrase  39.64 
 
 		 395 aa  291  1e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.214947  hitchhiker  0.000000824162 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0628  phage integrase  42.68 
 
 		 405 aa  291  1e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.173679  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0374  site-specific recombinase, phage integrase family  41.52 
 
 		 396 aa  290  2e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.324346  normal  0.794104 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3887  integrase family protein  39.52 
 
 		 404 aa  291  2e-77  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1290  prophage CP4-like integrase  42.64 
 
 		 404 aa  290  3e-77  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2005  cp4-like integrase protein  42.64 
 
 		 425 aa  287  2e-76  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0662  phage integrase family protein  40.65 
 
 		 417 aa  286  2.9999999999999996e-76  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.421315  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4738  integrase  41.62 
 
 		 396 aa  286  2.9999999999999996e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.657187  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0657  phage integrase family protein  41.5 
 
 		 412 aa  286  4e-76  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.907789  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1752  phage integrase  42.33 
 
 		 404 aa  286  5e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2364  phage integrase family protein  42.33 
 
 		 404 aa  286  5e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3377  site-specific recombinase, phage integrase family protein  40.72 
 
 		 394 aa  286  5.999999999999999e-76  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3112  site-specific recombinase, phage integrase family protein  40.98 
 
 		 394 aa  286  5.999999999999999e-76  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0338398 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0928  phage integrase family site specific recombinase  42.96 
 
 		 438 aa  285  7e-76  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0249275  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1403  integrase family protein  39.14 
 
 		 404 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2870  integrase family protein  38.54 
 
 		 404 aa  282  7.000000000000001e-75  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0463  phage integrase family protein  41.98 
 
 		 420 aa  281  1e-74  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0356989 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4153  phage integrase family site specific recombinase  39.35 
 
 		 397 aa  281  2e-74  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.448481  normal  0.0214927 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1377  integrase family protein  38.54 
 
 		 404 aa  278  9e-74  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.421262  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3540  phage integrase family site specific recombinase  41.98 
 
 		 411 aa  276  3e-73  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000292707  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2400  phage integrase family protein  43.9 
 
 		 404 aa  276  3e-73  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0432428  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4051  phage integrase family site specific recombinase  41.98 
 
 		 419 aa  276  4e-73  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.102635  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2421  phage integrase family protein  41.6 
 
 		 404 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.359769  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2828  integrase family protein  37.75 
 
 		 396 aa  273  3e-72  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3314  site-specific recombinase, phage integrase family protein  39.75 
 
 		 420 aa  273  3e-72  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.426306  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0306  site-specific recombinase, phage integrase family  37.59 
 
 		 410 aa  273  3e-72  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.644103 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2365  Phage integrase  40.99 
 
 		 404 aa  273  5.000000000000001e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3676  integrase family protein  42.22 
 
 		 421 aa  273  5.000000000000001e-72  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.329272  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1669  integrase family protein  40.74 
 
 		 421 aa  271  1e-71  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.553774  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0747  integrase family protein  39.75 
 
 		 420 aa  271  2e-71  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0631504 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0718  integrase family protein  40.1 
 
 		 419 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3878  integrase family protein  39.75 
 
 		 421 aa  270  2.9999999999999997e-71  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.642125  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2638  integrase  37.44 
 
 		 409 aa  270  4e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  decreased coverage  9.23997e-16 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0108  integrase family protein  37.44 
 
 		 389 aa  270  5e-71  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0053  integrase family protein  36.93 
 
 		 391 aa  269  5e-71  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.613927 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5344  site-specific recombinase, phage integrase family  40.3 
 
 		 402 aa  268  8e-71  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.803856  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0871  integrase family protein  40.1 
 
 		 419 aa  269  8e-71  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6353  P4-like integrase  39.51 
 
 		 407 aa  268  1e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.276221  normal  0.142283 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4272  site-specific recombinase, phage integrase family protein  39.26 
 
 		 421 aa  266  4e-70  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.451693  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0809  phage integrase family site specific recombinase  40 
 
 		 419 aa  266  4e-70  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4002  phage integrase family site specific recombinase  37.14 
 
 		 387 aa  265  1e-69  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0294  phage integrase  41.65 
 
 		 399 aa  264  2e-69  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4814  site-specific recombinase, phage integrase family protein  40.49 
 
 		 422 aa  265  2e-69  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.751833  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3266  site-specific recombinase, phage integrase family  41.44 
 
 		 367 aa  264  3e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.220935  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40500  Phage integrase  40.9 
 
 		 401 aa  263  4.999999999999999e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3444  integrase family protein  39.25 
 
 		 401 aa  262  6.999999999999999e-69  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.950055  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4753  phage integrase family site specific recombinase  39.26 
 
 		 421 aa  262  8e-69  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1216  phage integrase family protein  38.21 
 
 		 402 aa  261  1e-68  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.190832  normal  0.145773 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0757  integrase family protein  36.43 
 
 		 419 aa  259  7e-68  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.731198  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3281  integrase family protein  37.91 
 
 		 387 aa  258  2e-67  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>