More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0858 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013421  Pecwa_3419  integrase family protein  95.7 
 
 		 419 aa  840    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.837092  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0501  integrase family protein  94.75 
 
 		 419 aa  835    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3537  integrase family protein  94.03 
 
 		 419 aa  827    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3412  integrase family protein  94.95 
 
 		 424 aa  828    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.357921  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0858  integrase family protein  100 
 
 		 419 aa  876    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3034  integrase family protein  93.79 
 
 		 419 aa  830    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1693  integrase family protein  57.38 
 
 		 423 aa  506  9.999999999999999e-143  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1514  integrase family protein  56.43 
 
 		 423 aa  499  1e-140  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3702  integrase family protein  56.42 
 
 		 418 aa  489  1e-137  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3541  integrase family protein  56.42 
 
 		 418 aa  484  1e-136  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3314  site-specific recombinase, phage integrase family protein  53.03 
 
 		 420 aa  484  1e-136  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.426306  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0447  integrase family protein  55.64 
 
 		 419 aa  481  1e-134  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1669  integrase family protein  53.62 
 
 		 421 aa  478  1e-134  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.553774  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3878  integrase family protein  52.3 
 
 		 421 aa  480  1e-134  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.642125  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0747  integrase family protein  52.78 
 
 		 420 aa  480  1e-134  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0631504 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0979  site-specific recombinase, phage integrase family protein  55.48 
 
 		 420 aa  477  1e-133  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000444866  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4272  site-specific recombinase, phage integrase family protein  52.06 
 
 		 421 aa  476  1e-133  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.451693  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0809  phage integrase family site specific recombinase  53.85 
 
 		 419 aa  476  1e-133  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0463  phage integrase family protein  53.75 
 
 		 420 aa  474  1e-132  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0356989 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4753  phage integrase family site specific recombinase  54.24 
 
 		 421 aa  474  1e-132  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4814  site-specific recombinase, phage integrase family protein  54.11 
 
 		 422 aa  471  1.0000000000000001e-131  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.751833  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0718  integrase family protein  54.59 
 
 		 419 aa  468  1.0000000000000001e-131  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0871  integrase family protein  54.59 
 
 		 419 aa  468  9.999999999999999e-131  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4051  phage integrase family site specific recombinase  53.35 
 
 		 419 aa  463  1e-129  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.102635  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3676  integrase family protein  54.11 
 
 		 421 aa  464  1e-129  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.329272  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4836  integrase  52.05 
 
 		 421 aa  455  1e-127  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.466297  normal  0.712135 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3554  integrase family protein  53 
 
 		 419 aa  456  1e-127  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2104  phage integrase family site specific recombinase  53.49 
 
 		 420 aa  453  1.0000000000000001e-126  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000885987  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3717  integrase family protein  52.77 
 
 		 419 aa  454  1.0000000000000001e-126  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4773  integrase  50.12 
 
 		 449 aa  441  1e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.368119  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3727  integrase family protein  53.33 
 
 		 396 aa  442  1e-123  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3540  phage integrase family site specific recombinase  53.63 
 
 		 411 aa  444  1e-123  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000292707  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04136  predicted integrase  53.08 
 
 		 396 aa  441  9.999999999999999e-123  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04100  hypothetical protein  53.08 
 
 		 396 aa  441  9.999999999999999e-123  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1586  integrase family protein  49.53 
 
 		 425 aa  433  1e-120  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.97396  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2459  integrase family protein  48.7 
 
 		 428 aa  431  1e-119  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1766  integrase family protein  48.93 
 
 		 425 aa  429  1e-119  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0264741  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2887  phage integrase family protein  51.94 
 
 		 416 aa  422  1e-117  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.416458  normal  0.252984 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4935  integrase family protein  51.68 
 
 		 439 aa  422  1e-117  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.020057  hitchhiker  0.000000122122 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2068  integrase  49.17 
 
 		 424 aa  422  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000306631  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1727  integrase family protein  49.05 
 
 		 425 aa  424  1e-117  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2305  integrase  48.46 
 
 		 424 aa  415  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.000673705  hitchhiker  1.06104e-16 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3064  Phage integrase  51.08 
 
 		 438 aa  411  1e-113  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0561705 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4662  site-specific recombinase, phage integrase family protein  47.37 
 
 		 334 aa  333  3e-90  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02085  prophage CP4-like integrase  41.49 
 
 		 412 aa  315  8e-85  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00159504  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1610  integrase family protein  42.75 
 
 		 394 aa  313  4.999999999999999e-84  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0939795  normal  0.722179 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2638  integrase  39.4 
 
 		 409 aa  303  3.0000000000000004e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  decreased coverage  9.23997e-16 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02760  hypothetical protein  48.12 
 
 		 319 aa  303  5.000000000000001e-81  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000757589  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40500  Phage integrase  40.8 
 
 		 401 aa  301  1e-80  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5344  site-specific recombinase, phage integrase family  40.65 
 
 		 402 aa  299  5e-80  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.803856  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0329  site-specific recombinase, phage integrase family protein  37.44 
 
 		 402 aa  296  6e-79  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.0019463  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1254  integrase family protein  38.57 
 
 		 406 aa  295  8e-79  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3149  integrase family protein  38.15 
 
 		 402 aa  295  8e-79  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1823  prophage P4 integrase  39.51 
 
 		 421 aa  295  1e-78  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0003918  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0061  integrase family protein  36.66 
 
 		 396 aa  294  2e-78  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1354  phage integrase  40.68 
 
 		 404 aa  290  4e-77  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.226935  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0299  phage integrase family site specific recombinase  37.99 
 
 		 394 aa  289  7e-77  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000127187 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3281  integrase family protein  38.94 
 
 		 387 aa  287  2e-76  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3122  integrase family protein  39.7 
 
 		 404 aa  287  2e-76  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03516  Int  36.91 
 
 		 394 aa  286  4e-76  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.465426  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03468  hypothetical protein  36.91 
 
 		 394 aa  286  4e-76  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.457385  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2483  integrase family protein  37.65 
 
 		 404 aa  286  5.999999999999999e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4738  integrase  37.41 
 
 		 396 aa  285  7e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.657187  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0943  putative integrase prophage protein  37.89 
 
 		 400 aa  285  1.0000000000000001e-75  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1290  prophage CP4-like integrase  39.11 
 
 		 404 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1087  prophage CP4-like integrase  41.73 
 
 		 402 aa  285  1.0000000000000001e-75  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0686158  normal  0.733302 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3853  phage integrase family site specific recombinase  37.19 
 
 		 404 aa  285  1.0000000000000001e-75  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0234676 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0884  phage integrase family site specific recombinase  37.19 
 
 		 404 aa  284  2.0000000000000002e-75  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0925  integrase family protein  37.19 
 
 		 404 aa  284  2.0000000000000002e-75  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3112  site-specific recombinase, phage integrase family protein  37.41 
 
 		 394 aa  284  3.0000000000000004e-75  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0338398 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2870  integrase family protein  36.48 
 
 		 404 aa  283  5.000000000000001e-75  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3377  site-specific recombinase, phage integrase family protein  37.41 
 
 		 394 aa  283  5.000000000000001e-75  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5032  integrase  36.16 
 
 		 417 aa  283  6.000000000000001e-75  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1752  phage integrase  38.63 
 
 		 404 aa  282  7.000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2364  phage integrase family protein  38.63 
 
 		 404 aa  282  7.000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0666  integrase  37.22 
 
 		 395 aa  281  1e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.214947  hitchhiker  0.000000824162 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2400  phage integrase family protein  38.88 
 
 		 404 aa  281  1e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0432428  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1377  integrase family protein  36.23 
 
 		 404 aa  281  2e-74  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.421262  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1403  integrase family protein  35.98 
 
 		 404 aa  280  2e-74  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1135  integrase family protein  37.22 
 
 		 420 aa  280  2e-74  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.660437  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4347  integrase family protein  40.65 
 
 		 402 aa  281  2e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000357829 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3253  integrase family protein  38.74 
 
 		 406 aa  280  3e-74  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.274925  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0108  integrase family protein  35.73 
 
 		 389 aa  280  3e-74  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0306  site-specific recombinase, phage integrase family  37 
 
 		 410 aa  278  9e-74  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.644103 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1442  phage integrase  38.73 
 
 		 404 aa  277  2e-73  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2828  integrase family protein  36.32 
 
 		 396 aa  277  2e-73  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0374  site-specific recombinase, phage integrase family  37.22 
 
 		 396 aa  277  3e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.324346  normal  0.794104 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2977  integrase family protein  39.05 
 
 		 429 aa  276  6e-73  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0628  phage integrase  37.32 
 
 		 405 aa  275  7e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.173679  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2421  phage integrase family protein  37.71 
 
 		 404 aa  275  8e-73  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.359769  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0053  integrase family protein  35.25 
 
 		 391 aa  275  9e-73  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.613927 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4153  phage integrase family site specific recombinase  34.25 
 
 		 397 aa  275  1.0000000000000001e-72  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.448481  normal  0.0214927 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0968  cp4-like integrase protein  37.47 
 
 		 391 aa  275  1.0000000000000001e-72  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4002  phage integrase family site specific recombinase  36 
 
 		 387 aa  275  1.0000000000000001e-72  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2993  integrase family protein  38.05 
 
 		 411 aa  274  2.0000000000000002e-72  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0241673  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0997  integrase family protein  37.77 
 
 		 410 aa  273  4.0000000000000004e-72  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2365  Phage integrase  37.22 
 
 		 404 aa  273  5.000000000000001e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3887  integrase family protein  35.16 
 
 		 404 aa  272  8.000000000000001e-72  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02797  integrase  46.67 
 
 		 294 aa  271  2e-71  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000596142  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0912  phage integrase family protein  37.31 
 
 		 413 aa  269  7e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>