More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_E4662 on replicon NC_010658
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010468  EcolC_0747  integrase family protein  96.6 
 
 		 420 aa  645    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0631504 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3314  site-specific recombinase, phage integrase family protein  96.91 
 
 		 420 aa  650    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.426306  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4272  site-specific recombinase, phage integrase family protein  98.15 
 
 		 421 aa  655    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.451693  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3878  integrase family protein  98.15 
 
 		 421 aa  654    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.642125  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4662  site-specific recombinase, phage integrase family protein  100 
 
 		 334 aa  689    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02760  hypothetical protein  95.24 
 
 		 319 aa  576  1.0000000000000001e-163  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000757589  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02797  integrase  94.8 
 
 		 294 aa  525  1e-148  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000596142  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0809  phage integrase family site specific recombinase  72.22 
 
 		 419 aa  489  1e-137  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3540  phage integrase family site specific recombinase  65.23 
 
 		 411 aa  446  1.0000000000000001e-124  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000292707  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3676  integrase family protein  65.23 
 
 		 421 aa  443  1e-123  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.329272  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0463  phage integrase family protein  63.19 
 
 		 420 aa  441  1e-123  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0356989 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4051  phage integrase family site specific recombinase  64.31 
 
 		 419 aa  439  9.999999999999999e-123  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.102635  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4753  phage integrase family site specific recombinase  60.74 
 
 		 421 aa  429  1e-119  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4814  site-specific recombinase, phage integrase family protein  59.02 
 
 		 422 aa  416  9.999999999999999e-116  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.751833  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1669  integrase family protein  61.47 
 
 		 421 aa  414  1e-114  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.553774  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3727  integrase family protein  58.8 
 
 		 396 aa  385  1e-106  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04136  predicted integrase  58.47 
 
 		 396 aa  384  1e-105  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04100  hypothetical protein  58.47 
 
 		 396 aa  384  1e-105  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2887  phage integrase family protein  61.73 
 
 		 416 aa  384  1e-105  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.416458  normal  0.252984 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0871  integrase family protein  57.1 
 
 		 419 aa  368  1e-101  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0718  integrase family protein  57.1 
 
 		 419 aa  367  1e-100  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3702  integrase family protein  52.58 
 
 		 418 aa  354  1e-96  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3541  integrase family protein  52.28 
 
 		 418 aa  353  2.9999999999999997e-96  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2459  integrase family protein  50.15 
 
 		 428 aa  353  2.9999999999999997e-96  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1586  integrase family protein  49.85 
 
 		 425 aa  352  5e-96  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.97396  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4836  integrase  49.7 
 
 		 421 aa  350  2e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.466297  normal  0.712135 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1766  integrase family protein  49.55 
 
 		 425 aa  349  4e-95  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0264741  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3554  integrase family protein  49.69 
 
 		 419 aa  348  9e-95  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3717  integrase family protein  49.69 
 
 		 419 aa  348  1e-94  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3537  integrase family protein  49.54 
 
 		 419 aa  345  6e-94  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3412  integrase family protein  48.61 
 
 		 424 aa  343  2.9999999999999997e-93  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.357921  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2068  integrase  50.3 
 
 		 424 aa  342  5e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000306631  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4773  integrase  51.06 
 
 		 449 aa  342  5.999999999999999e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.368119  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2305  integrase  50 
 
 		 424 aa  341  8e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.000673705  hitchhiker  1.06104e-16 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0501  integrase family protein  48.3 
 
 		 419 aa  339  4e-92  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0447  integrase family protein  51.38 
 
 		 419 aa  338  7e-92  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3034  integrase family protein  48.3 
 
 		 419 aa  337  1.9999999999999998e-91  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3419  integrase family protein  48.3 
 
 		 419 aa  335  5.999999999999999e-91  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.837092  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0858  integrase family protein  47.37 
 
 		 419 aa  333  3e-90  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1727  integrase family protein  48.06 
 
 		 425 aa  326  3e-88  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2104  phage integrase family site specific recombinase  49.54 
 
 		 420 aa  318  1e-85  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000885987  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5797  prophage P4 integrase  56.32 
 
 		 275 aa  318  1e-85  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.264973  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1514  integrase family protein  47.69 
 
 		 423 aa  312  4.999999999999999e-84  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0979  site-specific recombinase, phage integrase family protein  48.62 
 
 		 420 aa  312  5.999999999999999e-84  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000444866  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1693  integrase family protein  46.46 
 
 		 423 aa  309  5e-83  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03516  Int  43.12 
 
 		 394 aa  288  7e-77  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.465426  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03468  hypothetical protein  43.12 
 
 		 394 aa  288  7e-77  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.457385  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3064  Phage integrase  45.12 
 
 		 438 aa  285  8e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0561705 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4935  integrase family protein  46.04 
 
 		 439 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.020057  hitchhiker  0.000000122122 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3149  integrase family protein  42.81 
 
 		 402 aa  281  1e-74  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5032  integrase  40.98 
 
 		 417 aa  278  6e-74  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2638  integrase  43.43 
 
 		 409 aa  276  3e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  decreased coverage  9.23997e-16 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0061  integrase family protein  43.43 
 
 		 396 aa  275  8e-73  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0299  phage integrase family site specific recombinase  41.9 
 
 		 394 aa  275  9e-73  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000127187 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1403  integrase family protein  42.51 
 
 		 404 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2870  integrase family protein  42.81 
 
 		 404 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0329  site-specific recombinase, phage integrase family protein  41.28 
 
 		 402 aa  273  3e-72  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.0019463  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0968  cp4-like integrase protein  44.48 
 
 		 391 aa  272  7e-72  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3112  site-specific recombinase, phage integrase family protein  43.43 
 
 		 394 aa  271  1e-71  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0338398 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1377  integrase family protein  42.51 
 
 		 404 aa  271  1e-71  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.421262  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4738  integrase  43.43 
 
 		 396 aa  271  1e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.657187  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3377  site-specific recombinase, phage integrase family protein  43.12 
 
 		 394 aa  270  2e-71  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1254  integrase family protein  43.64 
 
 		 406 aa  268  7e-71  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0374  site-specific recombinase, phage integrase family  42.25 
 
 		 396 aa  268  8e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.324346  normal  0.794104 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3853  phage integrase family site specific recombinase  42.51 
 
 		 404 aa  267  2e-70  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0234676 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0925  integrase family protein  42.2 
 
 		 404 aa  266  4e-70  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0884  phage integrase family site specific recombinase  42.2 
 
 		 404 aa  266  4e-70  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4153  phage integrase family site specific recombinase  40.98 
 
 		 397 aa  265  5.999999999999999e-70  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.448481  normal  0.0214927 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1290  prophage CP4-like integrase  43.64 
 
 		 404 aa  263  2e-69  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0912  phage integrase family protein  43.64 
 
 		 413 aa  263  3e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0306  site-specific recombinase, phage integrase family  40.06 
 
 		 410 aa  262  6.999999999999999e-69  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.644103 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3253  integrase family protein  43.94 
 
 		 406 aa  261  8.999999999999999e-69  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.274925  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2828  integrase family protein  41.64 
 
 		 396 aa  261  1e-68  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3266  site-specific recombinase, phage integrase family  40.87 
 
 		 367 aa  260  2e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.220935  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0666  integrase  40.06 
 
 		 395 aa  261  2e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.214947  hitchhiker  0.000000824162 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2421  phage integrase family protein  43.94 
 
 		 404 aa  260  2e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.359769  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2072  integrase family protein  42.12 
 
 		 407 aa  259  4e-68  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.841134  normal  0.685608 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1752  phage integrase  43.64 
 
 		 404 aa  259  4e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2364  phage integrase family protein  43.64 
 
 		 404 aa  259  4e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1871  putative integrase prophage protein  43.03 
 
 		 405 aa  259  5.0000000000000005e-68  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00740779  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3887  integrase family protein  40.43 
 
 		 404 aa  256  3e-67  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3281  integrase family protein  41.32 
 
 		 387 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4002  phage integrase family site specific recombinase  39.81 
 
 		 387 aa  253  3e-66  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0053  integrase family protein  39.63 
 
 		 391 aa  253  3e-66  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.613927 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1823  prophage P4 integrase  40.98 
 
 		 421 aa  251  1e-65  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0003918  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0108  integrase family protein  39.76 
 
 		 389 aa  251  1e-65  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2977  integrase family protein  40.76 
 
 		 429 aa  247  2e-64  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3122  integrase family protein  39.09 
 
 		 404 aa  246  3e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5344  site-specific recombinase, phage integrase family  42.38 
 
 		 402 aa  246  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.803856  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0943  putative integrase prophage protein  39.33 
 
 		 400 aa  244  1.9999999999999999e-63  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0928  phage integrase family site specific recombinase  42.07 
 
 		 438 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0249275  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2184  Phage integrase  40.91 
 
 		 403 aa  243  5e-63  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.264722  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2993  integrase family protein  39.34 
 
 		 411 aa  242  6e-63  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0241673  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2400  phage integrase family protein  41.52 
 
 		 404 aa  239  4e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0432428  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2300  phage integrase family protein  40.67 
 
 		 403 aa  239  5e-62  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0676  phage integrase family site specific recombinase  45.75 
 
 		 303 aa  238  8e-62  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.825642  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3164  integrase family protein  39.07 
 
 		 428 aa  237  2e-61  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2365  Phage integrase  40.73 
 
 		 404 aa  236  4e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40500  Phage integrase  39.94 
 
 		 401 aa  236  5.0000000000000005e-61  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1354  phage integrase  40.18 
 
 		 404 aa  235  6e-61  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.226935  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>