More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_2408 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_2408  phage-related integrase  100 
 
 		 206 aa  424  1e-118  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00105004  decreased coverage  0.00000355943 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1213  phage integrase family protein  93.14 
 
 		 411 aa  390  1e-108  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.550435  normal  0.724829 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3466  integrase family protein  92.16 
 
 		 644 aa  388  1e-107  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1097  putative phage integrase  72.41 
 
 		 643 aa  304  7e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0408493  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1340  phage integrase family protein  70.94 
 
 		 487 aa  298  3e-80  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.680009  normal  0.929089 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1597  integrase family protein  71.07 
 
 		 602 aa  291  3e-78  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.754785  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2408  integrase (int)  66.83 
 
 		 617 aa  284  5.999999999999999e-76  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.71715  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1977  phage integrase family protein  66.83 
 
 		 617 aa  283  2.0000000000000002e-75  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.602154  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0697  integrase family protein  64.36 
 
 		 618 aa  272  2.0000000000000002e-72  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3372  integrase family protein  59.11 
 
 		 601 aa  252  3e-66  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4139  integrase family protein  55.22 
 
 		 642 aa  240  1e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.217214  hitchhiker  0.0000125149 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3353  phage integrase family protein  48.02 
 
 		 393 aa  176  2e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3385  site-specific recombinase, phage integrase family  47.03 
 
 		 391 aa  172  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.059991  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40500  Phage integrase  42 
 
 		 401 aa  143  1e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5344  site-specific recombinase, phage integrase family  39.81 
 
 		 402 aa  142  3e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.803856  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2828  integrase family protein  39 
 
 		 396 aa  139  1.9999999999999998e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3701  phage integrase  39.59 
 
 		 276 aa  138  3.9999999999999997e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0108  integrase family protein  40.1 
 
 		 389 aa  138  7e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3149  integrase family protein  38.12 
 
 		 402 aa  136  2e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4347  integrase family protein  41.09 
 
 		 402 aa  134  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000357829 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2483  integrase family protein  41.41 
 
 		 404 aa  134  7.000000000000001e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3887  integrase family protein  36.14 
 
 		 404 aa  134  7.000000000000001e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4002  phage integrase family site specific recombinase  38.73 
 
 		 387 aa  133  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3669  prophage CP4-like integrase  44.44 
 
 		 462 aa  132  3e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.18314  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3122  integrase family protein  38.78 
 
 		 404 aa  132  3e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0053  integrase family protein  38.73 
 
 		 391 aa  132  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.613927 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4153  phage integrase family site specific recombinase  38.73 
 
 		 397 aa  132  5e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.448481  normal  0.0214927 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1377  integrase family protein  37.07 
 
 		 404 aa  132  5e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.421262  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1254  integrase family protein  39.01 
 
 		 406 aa  132  5e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1871  putative integrase prophage protein  39.8 
 
 		 405 aa  131  6e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00740779  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1403  integrase family protein  36.59 
 
 		 404 aa  131  6e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0968  cp4-like integrase protein  37.76 
 
 		 391 aa  131  6.999999999999999e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0943  putative integrase prophage protein  39.5 
 
 		 400 aa  131  7.999999999999999e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2870  integrase family protein  36.59 
 
 		 404 aa  130  1.0000000000000001e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6353  P4-like integrase  37.06 
 
 		 407 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.276221  normal  0.142283 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1442  phage integrase  38.38 
 
 		 404 aa  129  3e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0306  site-specific recombinase, phage integrase family  37.81 
 
 		 410 aa  129  3e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.644103 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0299  phage integrase family site specific recombinase  39.69 
 
 		 394 aa  128  8.000000000000001e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000127187 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3377  site-specific recombinase, phage integrase family protein  35.44 
 
 		 394 aa  127  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2638  integrase  37.25 
 
 		 409 aa  127  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  decreased coverage  9.23997e-16 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3112  site-specific recombinase, phage integrase family protein  34.95 
 
 		 394 aa  126  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0338398 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4738  integrase  34.95 
 
 		 396 aa  126  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.657187  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0329  site-specific recombinase, phage integrase family protein  39.18 
 
 		 402 aa  125  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.0019463  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3281  integrase family protein  40.2 
 
 		 387 aa  125  4.0000000000000003e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3253  integrase family protein  40.59 
 
 		 406 aa  125  4.0000000000000003e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.274925  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2072  integrase family protein  37.76 
 
 		 407 aa  125  6e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.841134  normal  0.685608 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1823  prophage P4 integrase  39 
 
 		 421 aa  124  9e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0003918  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2993  integrase family protein  39.04 
 
 		 411 aa  124  1e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0241673  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2300  phage integrase family protein  37.11 
 
 		 403 aa  124  1e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03516  Int  36.27 
 
 		 394 aa  123  2e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.465426  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0374  site-specific recombinase, phage integrase family  39.9 
 
 		 396 aa  123  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.324346  normal  0.794104 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03468  hypothetical protein  36.27 
 
 		 394 aa  123  2e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.457385  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5032  integrase  35.61 
 
 		 417 aa  122  3e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1290  prophage CP4-like integrase  35.53 
 
 		 404 aa  122  3e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3702  integrase family protein  36.1 
 
 		 418 aa  122  5e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3266  site-specific recombinase, phage integrase family  36.14 
 
 		 367 aa  120  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.220935  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3541  integrase family protein  36.1 
 
 		 418 aa  120  9.999999999999999e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1135  integrase family protein  36.07 
 
 		 420 aa  119  3e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.660437  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2184  Phage integrase  36.26 
 
 		 403 aa  117  7.999999999999999e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.264722  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0478  integrase family protein  34.65 
 
 		 427 aa  117  9.999999999999999e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0061  integrase family protein  37.5 
 
 		 396 aa  117  9.999999999999999e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2428  phage integrase family protein  36.27 
 
 		 398 aa  117  9.999999999999999e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0129894  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2704  Phage integrase  38.07 
 
 		 404 aa  115  5e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000143842  hitchhiker  0.00000139825 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0912  phage integrase family protein  37.16 
 
 		 413 aa  115  5e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1839  phage integrase family protein  33.16 
 
 		 414 aa  115  5e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1610  integrase family protein  36.95 
 
 		 394 aa  115  5e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0939795  normal  0.722179 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2005  cp4-like integrase protein  36.73 
 
 		 425 aa  114  6.9999999999999995e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3853  phage integrase family site specific recombinase  34.65 
 
 		 404 aa  114  8.999999999999998e-25  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0234676 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0925  integrase family protein  34.16 
 
 		 404 aa  113  2.0000000000000002e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3996  phage integrase family protein  34.52 
 
 		 389 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.243095  normal  0.464149 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0628  phage integrase  37.13 
 
 		 405 aa  113  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.173679  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0294  phage integrase  37.16 
 
 		 399 aa  113  2.0000000000000002e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0884  phage integrase family site specific recombinase  34.16 
 
 		 404 aa  113  2.0000000000000002e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0447  integrase family protein  35.12 
 
 		 419 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02509  Fels-2 prophage protein  36.76 
 
 		 409 aa  112  3e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.291445  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1354  phage integrase  33.49 
 
 		 404 aa  112  3e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.226935  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02473  hypothetical protein  36.76 
 
 		 409 aa  112  3e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.36664  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0666  integrase  33.67 
 
 		 395 aa  112  4.0000000000000004e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.214947  hitchhiker  0.000000824162 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2421  phage integrase family protein  34.01 
 
 		 404 aa  112  4.0000000000000004e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.359769  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2905  phage integrase family protein  36.76 
 
 		 436 aa  112  5e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1143  phage integrase family protein  38.69 
 
 		 412 aa  112  5e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1752  phage integrase  34.52 
 
 		 404 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2364  phage integrase family protein  34.52 
 
 		 404 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0501  integrase family protein  35.32 
 
 		 419 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1309  integrase family protein  37.11 
 
 		 385 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00894189  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0681  integrase family protein  34.18 
 
 		 401 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0718  integrase family protein  34.52 
 
 		 419 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3537  integrase family protein  35.86 
 
 		 419 aa  110  2.0000000000000002e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0676  phage integrase family site specific recombinase  37.44 
 
 		 303 aa  109  3e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.825642  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0858  integrase family protein  35.32 
 
 		 419 aa  108  4.0000000000000004e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0871  integrase family protein  33.5 
 
 		 419 aa  108  5e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1237  integrase family protein  37.25 
 
 		 401 aa  108  5e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.184026  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3582  integrase  36.55 
 
 		 397 aa  108  7.000000000000001e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000010448 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2400  phage integrase family protein  36.87 
 
 		 404 aa  108  7.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0432428  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3419  integrase family protein  35.32 
 
 		 419 aa  108  7.000000000000001e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.837092  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2892  phage integrase family protein  36.27 
 
 		 423 aa  107  8.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.196545 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3412  integrase family protein  34.98 
 
 		 424 aa  107  9.000000000000001e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.357921  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3034  integrase family protein  35.32 
 
 		 419 aa  107  1e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1627  phage integrase family protein  36.55 
 
 		 419 aa  107  1e-22  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2643  phage integrase family protein  32.52 
 
 		 413 aa  106  2e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.914723  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>