More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3163 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3163  integrase family protein  100 
 
 		 429 aa  865    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0193699 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1087  prophage CP4-like integrase  50.88 
 
 		 402 aa  379  1e-104  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0686158  normal  0.733302 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3853  phage integrase family site specific recombinase  38.81 
 
 		 404 aa  293  4e-78  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0234676 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0925  integrase family protein  38.56 
 
 		 404 aa  292  8e-78  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0884  phage integrase family site specific recombinase  38.56 
 
 		 404 aa  292  8e-78  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1290  prophage CP4-like integrase  41.34 
 
 		 404 aa  289  7e-77  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3444  integrase family protein  42.93 
 
 		 401 aa  288  1e-76  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.950055  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1752  phage integrase  41.58 
 
 		 404 aa  288  2e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2364  phage integrase family protein  41.58 
 
 		 404 aa  288  2e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2365  Phage integrase  41.58 
 
 		 404 aa  283  3.0000000000000004e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3887  integrase family protein  37.12 
 
 		 404 aa  283  3.0000000000000004e-75  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3164  integrase family protein  41.63 
 
 		 428 aa  283  4.0000000000000003e-75  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4738  integrase  38.29 
 
 		 396 aa  283  5.000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.657187  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3112  site-specific recombinase, phage integrase family protein  38.23 
 
 		 394 aa  280  2e-74  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0338398 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3377  site-specific recombinase, phage integrase family protein  38.23 
 
 		 394 aa  281  2e-74  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2421  phage integrase family protein  41.25 
 
 		 404 aa  280  3e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.359769  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3112  integrase family protein  40.84 
 
 		 412 aa  280  5e-74  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.053252  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02085  prophage CP4-like integrase  40.54 
 
 		 412 aa  278  1e-73  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00159504  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6353  P4-like integrase  41.65 
 
 		 407 aa  277  2e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.276221  normal  0.142283 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1610  integrase family protein  40.82 
 
 		 394 aa  276  4e-73  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0939795  normal  0.722179 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2977  integrase family protein  41.32 
 
 		 429 aa  276  4e-73  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0329  site-specific recombinase, phage integrase family protein  37.5 
 
 		 402 aa  276  7e-73  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.0019463  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0299  phage integrase family site specific recombinase  37.69 
 
 		 394 aa  274  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000127187 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3149  integrase family protein  37.18 
 
 		 402 aa  274  2.0000000000000002e-72  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1254  integrase family protein  41.23 
 
 		 406 aa  274  2.0000000000000002e-72  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0374  site-specific recombinase, phage integrase family  38.38 
 
 		 396 aa  275  2.0000000000000002e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.324346  normal  0.794104 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2870  integrase family protein  36.2 
 
 		 404 aa  273  4.0000000000000004e-72  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2400  phage integrase family protein  39.85 
 
 		 404 aa  273  4.0000000000000004e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0432428  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0757  integrase family protein  38.1 
 
 		 419 aa  272  8.000000000000001e-72  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.731198  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0306  site-specific recombinase, phage integrase family  40.1 
 
 		 410 aa  272  9e-72  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.644103 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0968  cp4-like integrase protein  39.9 
 
 		 391 aa  271  1e-71  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1403  integrase family protein  36.46 
 
 		 404 aa  271  1e-71  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1377  integrase family protein  36.46 
 
 		 404 aa  271  1e-71  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.421262  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2073  putative integrase prophage protein  41.44 
 
 		 445 aa  270  2.9999999999999997e-71  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.343069  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03516  Int  37.18 
 
 		 394 aa  270  4e-71  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.465426  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03468  hypothetical protein  37.18 
 
 		 394 aa  270  4e-71  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.457385  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40500  Phage integrase  40.3 
 
 		 401 aa  270  5e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1229  integrase family protein  40.2 
 
 		 402 aa  269  7e-71  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.308607  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1354  phage integrase  39.95 
 
 		 404 aa  269  8e-71  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.226935  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4153  phage integrase family site specific recombinase  37.47 
 
 		 397 aa  269  8.999999999999999e-71  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.448481  normal  0.0214927 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4495  integrase family protein  41.95 
 
 		 409 aa  268  1e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.338332  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2993  integrase family protein  40 
 
 		 411 aa  267  2e-70  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0241673  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0928  phage integrase family site specific recombinase  39.59 
 
 		 438 aa  267  2e-70  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0249275  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5032  integrase  36.66 
 
 		 417 aa  268  2e-70  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0061  integrase family protein  35.73 
 
 		 396 aa  267  2e-70  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2828  integrase family protein  36.98 
 
 		 396 aa  266  4e-70  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3253  integrase family protein  42.05 
 
 		 406 aa  266  7e-70  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.274925  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2638  integrase  37.47 
 
 		 409 aa  266  7e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  decreased coverage  9.23997e-16 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1823  prophage P4 integrase  40.28 
 
 		 421 aa  265  8e-70  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0003918  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0108  integrase family protein  37.56 
 
 		 389 aa  265  1e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0943  putative integrase prophage protein  39.8 
 
 		 400 aa  263  4e-69  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1627  phage integrase family protein  39.56 
 
 		 419 aa  261  2e-68  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4347  integrase family protein  40.4 
 
 		 402 aa  259  4e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000357829 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0681  integrase family protein  36.06 
 
 		 401 aa  259  7e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2233  integrase family protein  39.7 
 
 		 397 aa  258  1e-67  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0126025 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5344  site-specific recombinase, phage integrase family  35.39 
 
 		 402 aa  257  3e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.803856  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2300  phage integrase family protein  39.5 
 
 		 403 aa  257  3e-67  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4814  site-specific recombinase, phage integrase family protein  36.39 
 
 		 422 aa  256  4e-67  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.751833  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2184  Phage integrase  38.86 
 
 		 403 aa  256  5e-67  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.264722  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3281  integrase family protein  36.14 
 
 		 387 aa  256  5e-67  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4002  phage integrase family site specific recombinase  36.27 
 
 		 387 aa  256  8e-67  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0053  integrase family protein  36.72 
 
 		 391 aa  255  8e-67  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.613927 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3469  integrase family protein  40.5 
 
 		 433 aa  254  2.0000000000000002e-66  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0423889 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0628  phage integrase  38.26 
 
 		 405 aa  251  1e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.173679  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0478  integrase family protein  38.76 
 
 		 427 aa  250  3e-65  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0666  integrase  34.62 
 
 		 395 aa  250  3e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.214947  hitchhiker  0.000000824162 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1135  integrase family protein  38.29 
 
 		 420 aa  249  7e-65  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.660437  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0767  prophage integrase  35.85 
 
 		 413 aa  249  8e-65  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.496617  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2743  phage integrase  36.45 
 
 		 417 aa  249  9e-65  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0469991  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1871  putative integrase prophage protein  38.67 
 
 		 405 aa  248  1e-64  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00740779  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1557  integrase family protein  39.9 
 
 		 403 aa  248  2e-64  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3702  integrase family protein  35.38 
 
 		 418 aa  247  3e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1631  integrase family protein  37.28 
 
 		 409 aa  246  4.9999999999999997e-64  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0997  integrase family protein  38.86 
 
 		 410 aa  246  4.9999999999999997e-64  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3676  integrase family protein  37.05 
 
 		 421 aa  246  6e-64  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.329272  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01122  integrase  34.17 
 
 		 410 aa  246  8e-64  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2072  integrase family protein  38.46 
 
 		 407 aa  246  8e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.841134  normal  0.685608 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1315  phage integrase family protein  39.28 
 
 		 378 aa  245  9e-64  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00318446  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2362  integrase family protein  35.95 
 
 		 416 aa  244  1.9999999999999999e-63  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.965631  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4753  phage integrase family site specific recombinase  36.12 
 
 		 421 aa  244  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0463  phage integrase family protein  35.65 
 
 		 420 aa  243  3.9999999999999997e-63  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0356989 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4051  phage integrase family site specific recombinase  36.34 
 
 		 419 aa  243  6e-63  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.102635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1442  phage integrase  37.65 
 
 		 404 aa  243  6e-63  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0294  phage integrase  41.27 
 
 		 399 aa  242  1e-62  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1357  phage family integrase  35.61 
 
 		 411 aa  241  2e-62  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.183355  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3541  integrase family protein  34.67 
 
 		 418 aa  240  4e-62  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1902  integrase family protein  35.19 
 
 		 416 aa  240  4e-62  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.41933  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02509  Fels-2 prophage protein  36.92 
 
 		 409 aa  239  5e-62  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.291445  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2892  phage integrase family protein  36.8 
 
 		 423 aa  239  5e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.196545 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02473  hypothetical protein  36.92 
 
 		 409 aa  239  5e-62  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.36664  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2905  phage integrase family protein  36.92 
 
 		 436 aa  239  5e-62  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0912  phage integrase family protein  37.65 
 
 		 413 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3353  phage integrase family protein  36.95 
 
 		 393 aa  239  5.999999999999999e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0809  phage integrase family site specific recombinase  36.75 
 
 		 419 aa  239  6.999999999999999e-62  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1577  integrase family protein  38.6 
 
 		 407 aa  239  6.999999999999999e-62  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2459  integrase family protein  34.75 
 
 		 428 aa  239  8e-62  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2887  phage integrase family protein  35.81 
 
 		 416 aa  239  8e-62  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.416458  normal  0.252984 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2005  cp4-like integrase protein  37.47 
 
 		 425 aa  239  8e-62  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3412  integrase family protein  35.42 
 
 		 424 aa  238  1e-61  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.357921  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2917  phage integrase family site specific recombinase  35.45 
 
 		 415 aa  238  1e-61  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.121366  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>