More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A0354 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013456  VEA_004339  integrase  86.55 
 
 
398 aa  731    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0362  phage integrase family site specific recombinase  87.31 
 
 
402 aa  727    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.613827  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2546  phage integrase family protein  93.65 
 
 
400 aa  773    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.40023  hitchhiker  0.00168033 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0615  Phage integrase  85.43 
 
 
399 aa  727    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.862313  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0354  Phage integrase  100 
 
 
402 aa  831    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15350  putative integrase  92.68 
 
 
400 aa  762    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.0000000000000770896  unclonable  1.43377e-21 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2656  phage integrase family site specific recombinase  86.51 
 
 
395 aa  725    Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000325439  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1726  phage integrase family protein  87.82 
 
 
395 aa  736    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0496  phage integrase  59.34 
 
 
418 aa  474  1e-132  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2142  phage integrase  57.82 
 
 
418 aa  470  1.0000000000000001e-131  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.306676  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2021  phage integrase family protein  57.07 
 
 
418 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.713949  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1262  integrase family protein  57.36 
 
 
418 aa  468  1.0000000000000001e-131  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.528936  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3112  integrase family protein  56.46 
 
 
418 aa  465  9.999999999999999e-131  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1172  integrase family protein  56.2 
 
 
418 aa  466  9.999999999999999e-131  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.69238  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3563  integrase family protein  56.2 
 
 
418 aa  466  9.999999999999999e-131  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3062  phage integrase  57.83 
 
 
418 aa  454  1e-127  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.361431  normal  0.0996208 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3484  phage integrase family protein  58.88 
 
 
418 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1130  integrase family protein  56.09 
 
 
418 aa  448  1.0000000000000001e-124  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1465  phage integrase  56.35 
 
 
418 aa  439  9.999999999999999e-123  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0137829  normal  0.595385 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2336  Phage integrase  52.4 
 
 
426 aa  436  1e-121  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.176522 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1709  putative phage integrase  52.67 
 
 
446 aa  434  1e-120  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.558135  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3232  integrase family protein  52.54 
 
 
434 aa  431  1e-119  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.068813  normal  0.462781 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3366  phage integrase family protein  56.22 
 
 
394 aa  431  1e-119  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.194461  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6547  integrase family protein  52.8 
 
 
455 aa  427  1e-118  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00352142  normal  0.0182485 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2217  integrase family protein  53.87 
 
 
418 aa  412  1e-114  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.664863  normal  0.427624 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0444  integrase family protein  45.22 
 
 
461 aa  353  2e-96  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.737271 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1623  integrase or site-specific recombinase  46.28 
 
 
466 aa  350  2e-95  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.262588 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2106  integrase  55.15 
 
 
272 aa  296  5e-79  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3823  phage-related integrase  39.15 
 
 
403 aa  266  5.999999999999999e-70  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1046  integrase family protein  40.91 
 
 
410 aa  260  4e-68  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.000192278  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2823  putative phage integrase  36.26 
 
 
440 aa  256  7e-67  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.339344  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3455  integrase family protein  36.7 
 
 
410 aa  251  2e-65  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0112  phage integrase family site specific recombinase  36.79 
 
 
409 aa  249  7e-65  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.246788  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0308  integrase or site-specific recombinase  36.79 
 
 
414 aa  249  8e-65  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0097  phage integrase family site specific recombinase  36.79 
 
 
409 aa  248  1e-64  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.89883  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3232  phage integrase family site specific recombinase  37.72 
 
 
409 aa  242  7e-63  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0554  CP4-like integrase  48.36 
 
 
274 aa  238  1e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3617  phage integrase family protein  34.76 
 
 
390 aa  230  3e-59  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4738  integrase  35.25 
 
 
396 aa  225  9e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.657187  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3377  site-specific recombinase, phage integrase family protein  36.11 
 
 
394 aa  224  2e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3112  site-specific recombinase, phage integrase family protein  35.7 
 
 
394 aa  223  4e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0338398 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2870  integrase family protein  37.38 
 
 
404 aa  220  3e-56  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40500  Phage integrase  36.03 
 
 
401 aa  220  3e-56  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1377  integrase family protein  35.91 
 
 
404 aa  218  1e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.421262  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1403  integrase family protein  36.63 
 
 
404 aa  216  4e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2751  integrase family protein  34.66 
 
 
415 aa  215  9.999999999999999e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.606598  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2489  putative integrase protein  34.66 
 
 
417 aa  211  2e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1100  site-specific recombinase, phage integrase family  32.84 
 
 
395 aa  209  9e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2828  integrase family protein  33.66 
 
 
396 aa  208  1e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5344  site-specific recombinase, phage integrase family  33.25 
 
 
402 aa  208  2e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.803856  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3887  integrase family protein  33.5 
 
 
404 aa  208  2e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3149  integrase family protein  34.22 
 
 
402 aa  204  2e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1354  phage integrase  33.75 
 
 
404 aa  203  3e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.226935  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1610  integrase family protein  33.25 
 
 
394 aa  204  3e-51  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0939795  normal  0.722179 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0628  phage integrase  34.47 
 
 
405 aa  203  4e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.173679  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0329  site-specific recombinase, phage integrase family protein  35.84 
 
 
402 aa  203  4e-51  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.0019463  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0061  integrase family protein  33.5 
 
 
396 aa  201  1.9999999999999998e-50  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2638  integrase  33.17 
 
 
409 aa  200  5e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  decreased coverage  9.23997e-16 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3853  phage integrase family site specific recombinase  34.34 
 
 
404 aa  199  7e-50  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0234676 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0108  integrase family protein  32.42 
 
 
389 aa  199  7.999999999999999e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0884  phage integrase family site specific recombinase  34.34 
 
 
404 aa  198  1.0000000000000001e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0925  integrase family protein  34.34 
 
 
404 aa  198  1.0000000000000001e-49  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0374  site-specific recombinase, phage integrase family  33.09 
 
 
396 aa  199  1.0000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.324346  normal  0.794104 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3353  phage integrase family protein  33.92 
 
 
393 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0666  integrase  33.17 
 
 
395 aa  197  3e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.214947  hitchhiker  0.000000824162 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0299  phage integrase family site specific recombinase  36.43 
 
 
394 aa  196  4.0000000000000005e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000127187 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3281  integrase family protein  33.91 
 
 
387 aa  194  3e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4153  phage integrase family site specific recombinase  32.51 
 
 
397 aa  194  3e-48  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.448481  normal  0.0214927 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2428  phage integrase family protein  32.91 
 
 
398 aa  193  6e-48  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0129894  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0053  integrase family protein  31.44 
 
 
391 aa  192  6e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.613927 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4347  integrase family protein  33.74 
 
 
402 aa  192  7e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000357829 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03516  Int  32.17 
 
 
394 aa  192  1e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.465426  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3983  integrase family protein  33.09 
 
 
404 aa  191  1e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03468  hypothetical protein  32.17 
 
 
394 aa  192  1e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.457385  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4470  putative phage integrase  32.84 
 
 
399 aa  191  2e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.052147 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2233  integrase family protein  32.16 
 
 
397 aa  189  5e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0126025 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5032  integrase  32.09 
 
 
417 aa  189  5.999999999999999e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4002  phage integrase family site specific recombinase  31.68 
 
 
387 aa  189  7e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0306  site-specific recombinase, phage integrase family  33.25 
 
 
410 aa  188  1e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.644103 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3385  site-specific recombinase, phage integrase family  33.42 
 
 
391 aa  187  2e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.059991  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1229  integrase family protein  32.07 
 
 
402 aa  187  2e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.308607  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5324  integrase  32.83 
 
 
395 aa  187  4e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0681  integrase family protein  32.1 
 
 
401 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6353  P4-like integrase  35.06 
 
 
407 aa  183  4.0000000000000006e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.276221  normal  0.142283 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1237  integrase family protein  35.25 
 
 
401 aa  182  8.000000000000001e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.184026  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1627  phage integrase family protein  33.75 
 
 
419 aa  181  2e-44  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0968  cp4-like integrase protein  32.02 
 
 
391 aa  179  7e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0858  integrase family protein  31.4 
 
 
419 aa  179  7e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0463  phage integrase family protein  31.94 
 
 
420 aa  179  1e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0356989 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0294  phage integrase  32.67 
 
 
399 aa  178  1e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0718  integrase family protein  30.83 
 
 
419 aa  176  6e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1290  prophage CP4-like integrase  30.81 
 
 
404 aa  176  6e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3034  integrase family protein  31.07 
 
 
419 aa  176  6e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4814  site-specific recombinase, phage integrase family protein  31.86 
 
 
422 aa  176  8e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.751833  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3996  phage integrase family protein  32.15 
 
 
389 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.243095  normal  0.464149 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2486  hypothetical protein  31.7 
 
 
413 aa  174  1.9999999999999998e-42  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4753  phage integrase family site specific recombinase  32.92 
 
 
421 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3412  integrase family protein  31.07 
 
 
424 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.357921  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3702  integrase family protein  31.33 
 
 
418 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3444  integrase family protein  32.92 
 
 
401 aa  174  2.9999999999999996e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.950055  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>