More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1465 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_3484  phage integrase family protein  77.16 
 
 		 418 aa  641    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1465  phage integrase  100 
 
 		 418 aa  863    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0137829  normal  0.595385 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1262  integrase family protein  80.62 
 
 		 418 aa  705    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.528936  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2021  phage integrase family protein  78.37 
 
 		 418 aa  685    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.713949  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3366  phage integrase family protein  76.53 
 
 		 394 aa  636    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.194461  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1130  integrase family protein  75 
 
 		 418 aa  633  1e-180  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3112  integrase family protein  66.75 
 
 		 418 aa  572  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3563  integrase family protein  64.35 
 
 		 418 aa  570  1e-161  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1172  integrase family protein  64.35 
 
 		 418 aa  570  1e-161  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.69238  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0496  phage integrase  63.86 
 
 		 418 aa  564  1.0000000000000001e-159  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2142  phage integrase  65.04 
 
 		 418 aa  561  1e-158  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.306676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3062  phage integrase  65.76 
 
 		 418 aa  545  1e-154  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.361431  normal  0.0996208 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2217  integrase family protein  61.37 
 
 		 418 aa  508  1e-143  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.664863  normal  0.427624 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2546  phage integrase family protein  56.85 
 
 		 400 aa  458  9.999999999999999e-129  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.40023  hitchhiker  0.00168033 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0615  Phage integrase  57.11 
 
 		 399 aa  460  9.999999999999999e-129  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.862313  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15350  putative integrase  56.85 
 
 		 400 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.0000000000000770896  unclonable  1.43377e-21 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1726  phage integrase family protein  56.35 
 
 		 395 aa  459  9.999999999999999e-129  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004339  integrase  56.31 
 
 		 398 aa  457  1e-127  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2656  phage integrase family site specific recombinase  56.85 
 
 		 395 aa  456  1e-127  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000325439  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0354  Phage integrase  56.35 
 
 		 402 aa  452  1.0000000000000001e-126  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0362  phage integrase family site specific recombinase  55.33 
 
 		 402 aa  445  1.0000000000000001e-124  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.613827  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3232  integrase family protein  52.78 
 
 		 434 aa  408  1e-113  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.068813  normal  0.462781 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1709  putative phage integrase  50.24 
 
 		 446 aa  392  1e-108  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.558135  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2336  Phage integrase  49.51 
 
 		 426 aa  390  1e-107  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.176522 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6547  integrase family protein  50.98 
 
 		 455 aa  391  1e-107  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00352142  normal  0.0182485 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1623  integrase or site-specific recombinase  45.5 
 
 		 466 aa  354  1e-96  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.262588 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2106  integrase  65.81 
 
 		 272 aa  346  4e-94  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0444  integrase family protein  44.55 
 
 		 461 aa  343  2.9999999999999997e-93  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.737271 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0554  CP4-like integrase  53.28 
 
 		 274 aa  286  5e-76  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1046  integrase family protein  40.82 
 
 		 410 aa  259  8e-68  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.000192278  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3823  phage-related integrase  38.78 
 
 		 403 aa  257  2e-67  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0097  phage integrase family site specific recombinase  37.22 
 
 		 409 aa  256  6e-67  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.89883  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0112  phage integrase family site specific recombinase  36.96 
 
 		 409 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.246788  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0308  integrase or site-specific recombinase  36.96 
 
 		 414 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3232  phage integrase family site specific recombinase  37.63 
 
 		 409 aa  251  1e-65  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2823  putative phage integrase  34.98 
 
 		 440 aa  248  1e-64  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.339344  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3455  integrase family protein  38.79 
 
 		 410 aa  246  4.9999999999999997e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3617  phage integrase family protein  35.09 
 
 		 390 aa  230  3e-59  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2870  integrase family protein  34.74 
 
 		 404 aa  224  2e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1377  integrase family protein  34.99 
 
 		 404 aa  224  3e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.421262  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1354  phage integrase  34.49 
 
 		 404 aa  223  6e-57  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.226935  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1403  integrase family protein  34.74 
 
 		 404 aa  222  8e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5344  site-specific recombinase, phage integrase family  33.33 
 
 		 402 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.803856  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40500  Phage integrase  33.66 
 
 		 401 aa  220  3e-56  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0925  integrase family protein  35.09 
 
 		 404 aa  219  7e-56  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0884  phage integrase family site specific recombinase  35.09 
 
 		 404 aa  219  7e-56  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4347  integrase family protein  36.75 
 
 		 402 aa  219  7.999999999999999e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000357829 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3853  phage integrase family site specific recombinase  35.09 
 
 		 404 aa  219  1e-55  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0234676 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3377  site-specific recombinase, phage integrase family protein  34.51 
 
 		 394 aa  217  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4738  integrase  33.33 
 
 		 396 aa  216  5e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.657187  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3112  site-specific recombinase, phage integrase family protein  33.59 
 
 		 394 aa  216  9e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0338398 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3887  integrase family protein  33.25 
 
 		 404 aa  214  1.9999999999999998e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1100  site-specific recombinase, phage integrase family  32.83 
 
 		 395 aa  209  6e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0329  site-specific recombinase, phage integrase family protein  34.11 
 
 		 402 aa  209  8e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.0019463  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3149  integrase family protein  33.83 
 
 		 402 aa  206  7e-52  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0299  phage integrase family site specific recombinase  33.93 
 
 		 394 aa  205  1e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000127187 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3353  phage integrase family protein  32.92 
 
 		 393 aa  204  3e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0053  integrase family protein  33.08 
 
 		 391 aa  202  9e-51  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.613927 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2489  putative integrase protein  33.75 
 
 		 417 aa  202  9.999999999999999e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3983  integrase family protein  34.43 
 
 		 404 aa  201  3e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2105  integrase  65.73 
 
 		 149 aa  200  3.9999999999999996e-50  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2751  integrase family protein  33 
 
 		 415 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.606598  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4470  putative phage integrase  34.68 
 
 		 399 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.052147 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4002  phage integrase family site specific recombinase  32.49 
 
 		 387 aa  196  4.0000000000000005e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1290  prophage CP4-like integrase  31.94 
 
 		 404 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2828  integrase family protein  32.16 
 
 		 396 aa  196  7e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3281  integrase family protein  32.25 
 
 		 387 aa  195  1e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03516  Int  34.41 
 
 		 394 aa  194  2e-48  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.465426  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03468  hypothetical protein  34.41 
 
 		 394 aa  194  2e-48  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.457385  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5032  integrase  33.58 
 
 		 417 aa  193  4e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2421  phage integrase family protein  32.03 
 
 		 404 aa  193  5e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.359769  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2638  integrase  31.41 
 
 		 409 aa  192  7e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  decreased coverage  9.23997e-16 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1752  phage integrase  32.43 
 
 		 404 aa  192  8e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2364  phage integrase family protein  32.43 
 
 		 404 aa  192  8e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4153  phage integrase family site specific recombinase  33 
 
 		 397 aa  192  1e-47  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.448481  normal  0.0214927 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0666  integrase  30.9 
 
 		 395 aa  192  1e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.214947  hitchhiker  0.000000824162 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0108  integrase family protein  32.66 
 
 		 389 aa  191  2e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0681  integrase family protein  30.23 
 
 		 401 aa  191  2e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0484  phage integrase family protein  29.24 
 
 		 421 aa  191  2e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2365  Phage integrase  33.83 
 
 		 404 aa  191  2.9999999999999997e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0374  site-specific recombinase, phage integrase family  31.16 
 
 		 396 aa  190  4e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.324346  normal  0.794104 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1610  integrase family protein  29.97 
 
 		 394 aa  190  4e-47  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0939795  normal  0.722179 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1229  integrase family protein  30.89 
 
 		 402 aa  189  5.999999999999999e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.308607  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6353  P4-like integrase  32.51 
 
 		 407 aa  189  1e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.276221  normal  0.142283 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5324  integrase  32.07 
 
 		 395 aa  188  2e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0061  integrase family protein  32 
 
 		 396 aa  184  3e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0928  phage integrase family site specific recombinase  30.65 
 
 		 438 aa  184  4.0000000000000006e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0249275  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2875  phage integrase family protein  30.51 
 
 		 422 aa  183  6e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.698524  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2073  putative integrase prophage protein  31.22 
 
 		 445 aa  182  1e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.343069  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1442  phage integrase  31.14 
 
 		 404 aa  182  1e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1839  phage integrase family protein  29.95 
 
 		 414 aa  181  2e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0306  site-specific recombinase, phage integrase family  31.42 
 
 		 410 aa  180  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.644103 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0628  phage integrase  33.25 
 
 		 405 aa  180  4e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.173679  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0927  integrase family protein  30.33 
 
 		 422 aa  180  4e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0968  cp4-like integrase protein  30.63 
 
 		 391 aa  180  4.999999999999999e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3266  site-specific recombinase, phage integrase family  31.52 
 
 		 367 aa  179  4.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.220935  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0871  integrase family protein  29.58 
 
 		 419 aa  178  1e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2428  phage integrase family protein  31.99 
 
 		 398 aa  178  1e-43  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0129894  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1254  integrase family protein  32.43 
 
 		 406 aa  179  1e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3444  integrase family protein  32.5 
 
 		 401 aa  177  4e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.950055  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>