More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3585 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0395  phage integrase family protein  77.75 
 
 		 397 aa  634    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.887583 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3585  phage integrase  100 
 
 		 411 aa  846    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.597607 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3738  hypothetical protein  52.6 
 
 		 384 aa  402  1e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3091  phage integrase family protein  53.12 
 
 		 384 aa  398  9.999999999999999e-111  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3122  phage integrase family protein  52.3 
 
 		 393 aa  398  1e-109  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2959  phage integrase family protein  41.34 
 
 		 444 aa  287  2e-76  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0924112  normal  0.542634 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2622  integrase protein  41.19 
 
 		 400 aa  286  2.9999999999999996e-76  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.561112  normal  0.109435 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1182  putative phage integrase  40.31 
 
 		 400 aa  283  4.0000000000000003e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.383522  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4137  phage integrase family protein  40.31 
 
 		 400 aa  283  4.0000000000000003e-75  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.031573  normal  0.207643 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2625  phage integrase family protein  41.16 
 
 		 400 aa  281  2e-74  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.046264 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4029  integrase family protein  38.6 
 
 		 467 aa  279  6e-74  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.161912  normal  0.0270341 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0671  phage integrase family protein  40.46 
 
 		 401 aa  279  6e-74  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.707055 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36120  Phage integrase  40.41 
 
 		 400 aa  278  1e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3747  integrase  40.41 
 
 		 399 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0341835  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2745  integrase family protein  40.53 
 
 		 415 aa  272  7e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.99512  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3045  phage integrase  40.53 
 
 		 415 aa  272  7e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.172973 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2601  integrase family protein  40.53 
 
 		 399 aa  272  8.000000000000001e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.533125 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1236  phage integrase  40.16 
 
 		 399 aa  271  1e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.449507  normal  0.10874 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1865  integrase family protein  41.09 
 
 		 401 aa  271  2e-71  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.94549  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3540  integrase family protein  40 
 
 		 399 aa  271  2e-71  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31280  putative integrase  41.09 
 
 		 401 aa  271  2e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000488668  unclonable  4.84268e-22 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1244  phage integrase family protein  39.85 
 
 		 399 aa  269  5.9999999999999995e-71  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.797454  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0497  integrase family protein  40.93 
 
 		 412 aa  267  2.9999999999999995e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3213  integrase family protein  40 
 
 		 388 aa  261  2e-68  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1247  putative phage related integrase  38.44 
 
 		 434 aa  251  1e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.578843 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0831  Phage integrase  33.33 
 
 		 400 aa  207  3e-52  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.00496745  hitchhiker  0.00000971423 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1584  phage integrase family protein  35.39 
 
 		 376 aa  203  4e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0044  phage integrase family site specific recombinase  35.31 
 
 		 376 aa  202  7e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.374231  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3721  phage integrase family protein  35.39 
 
 		 376 aa  202  9e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4399  integrase family protein  35.39 
 
 		 376 aa  202  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.685705  normal  0.0426652 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4157  integrase family protein  36.17 
 
 		 432 aa  192  8e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.225884  normal  0.636127 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1864  integrase family protein  34.43 
 
 		 429 aa  192  8e-48  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1583  phage integrase family protein  34.05 
 
 		 451 aa  182  9.000000000000001e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3720  phage integrase family protein  34.31 
 
 		 451 aa  182  1e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3806  phage integrase  32.75 
 
 		 451 aa  182  1e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0304559  n/a   
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4398  integrase family protein  33.78 
 
 		 451 aa  180  4e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0364227  hitchhiker  0.00879025 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2535  phage integrase  31.57 
 
 		 463 aa  180  4e-44  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0045  phage integrase family site specific recombinase  33.51 
 
 		 456 aa  178  2e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.869382  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7820  putative phage integrase  30.43 
 
 		 451 aa  175  9.999999999999999e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0154  phage integrase family protein  32.75 
 
 		 451 aa  172  7.999999999999999e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.543339  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3565  phage integrase family protein  33.33 
 
 		 402 aa  172  1e-41  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000473566  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0620  integrase family protein  31.84 
 
 		 452 aa  171  2e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2770  integrase family protein  30.9 
 
 		 452 aa  168  1e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.251515  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0322  phage integrase family protein  29.82 
 
 		 379 aa  155  9e-37  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  decreased coverage  0.00211784  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3752  phage integrase family protein  31.44 
 
 		 422 aa  154  2.9999999999999998e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.538338  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0255  phage integrase  32.39 
 
 		 430 aa  150  4e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4340  phage integrase family protein  31.7 
 
 		 420 aa  149  7e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.185587  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2964  phage integrase  32.38 
 
 		 387 aa  148  1.0000000000000001e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.187641  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1016  integrase family protein  27.94 
 
 		 412 aa  143  5e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0807  integrase protein  41.81 
 
 		 181 aa  140  6e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0636  integrase family protein  31.46 
 
 		 397 aa  132  7.999999999999999e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00117125  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0805  site-specific recombinase/integrase  29.36 
 
 		 396 aa  127  5e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0116297  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1227  integrase family protein  31.59 
 
 		 424 aa  126  7e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.149921  normal  0.536296 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0810  site-specific recombinase/integrase  28.61 
 
 		 482 aa  122  9e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0879139  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5143  phage integrase family site specific recombinase  27.94 
 
 		 404 aa  120  6e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0463539  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3853  integrase family protein  26.74 
 
 		 500 aa  116  6.9999999999999995e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0287  site-specific recombinase, phage integrase family  28.72 
 
 		 412 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2486  hypothetical protein  29.52 
 
 		 413 aa  115  1.0000000000000001e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1126  phage integrase family protein  30.67 
 
 		 367 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.665365  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1679  phage-related integrase  27.82 
 
 		 410 aa  114  2.0000000000000002e-24  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1428  integrase family protein  26.51 
 
 		 421 aa  112  8.000000000000001e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0366  integrase family protein  27.9 
 
 		 439 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.134449 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1170  phage integrase family protein  29.26 
 
 		 412 aa  112  1.0000000000000001e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.00333929  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2460  integrase family protein  30.36 
 
 		 415 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0805  integrase family protein  26.67 
 
 		 433 aa  111  3e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00339873 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2240  Phage integrase  28.88 
 
 		 406 aa  110  6e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2399  hypothetical protein  49.06 
 
 		 137 aa  107  3e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.229698  normal  0.0250128 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1859  phage integrase family protein  26.13 
 
 		 427 aa  107  5e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0222826  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1281  integrase family protein  27.66 
 
 		 429 aa  106  9e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0441454  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1066  hypothetical protein  26.33 
 
 		 414 aa  105  1e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0306  phage integrase  29.92 
 
 		 417 aa  105  2e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2612  phage integrase family protein  28.28 
 
 		 443 aa  105  2e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0919  integrase family protein  24.94 
 
 		 448 aa  103  5e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.295922  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3121  phage integrase family protein  33.59 
 
 		 449 aa  103  5e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1088  hypothetical protein  25.94 
 
 		 414 aa  102  1e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3724  putative integrase protein  43.59 
 
 		 143 aa  100  3e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2093  integrase family protein  26.95 
 
 		 400 aa  100  4e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1844  phage integrase family protein  25.19 
 
 		 426 aa  100  5e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003284  integrase  27.39 
 
 		 401 aa  100  6e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0072  hypothetical protein  27.3 
 
 		 406 aa  99.8  9e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1337  integrase family protein  28.3 
 
 		 392 aa  98.2  2e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0155558  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2136  phage integrase family protein  27.42 
 
 		 389 aa  97.8  3e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0404563  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0357  integrase family protein  26.94 
 
 		 389 aa  97.1  5e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1456  integrase family protein  26.59 
 
 		 337 aa  96.7  6e-19  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.699839  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0112  phage integrase family protein  27.35 
 
 		 413 aa  95.5  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.525516  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1237  integrase family protein  28.2 
 
 		 401 aa  95.1  2e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.184026  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0241  Phage integrase  23.26 
 
 		 377 aa  94  4e-18  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3658  putative bacteriophage integrase  25.52 
 
 		 444 aa  93.6  7e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.626735 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2751  integrase family protein  27.23 
 
 		 415 aa  90.9  4e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.606598  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3823  phage-related integrase  27.84 
 
 		 403 aa  90.1  6e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3867  phage integrase  30.89 
 
 		 400 aa  90.1  6e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0046  Phage integrase  32.61 
 
 		 251 aa  89  1e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.380307  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2123  hypothetical protein  28.09 
 
 		 353 aa  87.4  4e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6722  integrase family protein  24.65 
 
 		 413 aa  87.4  4e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0064  integrative genetic element Gsu32, integrase  26.6 
 
 		 439 aa  87  5e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2489  putative integrase protein  27.61 
 
 		 417 aa  86.7  6e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0065  hypothetical protein  25.14 
 
 		 417 aa  85.9  0.000000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2499  phage integrase family protein  27.97 
 
 		 381 aa  86.3  0.000000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.005662  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5317  integrase family protein  30.07 
 
 		 354 aa  85.1  0.000000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5334  integrase family protein  30.07 
 
 		 354 aa  85.1  0.000000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>