More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_1679 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_1679  phage integrase family site specific recombinase  100 
 
 		 356 aa  719    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.229259  normal  0.0687632 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2847  phage integrase  53.74 
 
 		 366 aa  347  2e-94  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0969  integrase family protein  41.81 
 
 		 348 aa  228  1e-58  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.23183  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3971  integrase family protein  43.73 
 
 		 340 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.164476  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3949  site-specific recombinase, phage integrase family  42.63 
 
 		 347 aa  204  3e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0244166  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0438  hypothetical protein  38.21 
 
 		 337 aa  198  9e-50  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2809  integrase family protein  40.58 
 
 		 338 aa  197  3e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3783  integrase family protein  43.61 
 
 		 334 aa  196  6e-49  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3654  Phage integrase  36.96 
 
 		 340 aa  190  4e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000207497  normal  1 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7273  integrase family protein  39.22 
 
 		 380 aa  189  5e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.488643  normal  0.163849 
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0022  shufflon-specific DNA recombinase  39.05 
 
 		 375 aa  189  8e-47  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1808  phage integrase family site specific recombinase  40.6 
 
 		 352 aa  186  6e-46  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.595703  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3921  phage integrase family protein  37 
 
 		 327 aa  186  7e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.470105  hitchhiker  0.00183347 
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0108  shufflon-specific DNA recombinase  39.42 
 
 		 395 aa  184  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0495  integrase family protein  40.66 
 
 		 328 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.701129  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0639  integrase family protein  40 
 
 		 374 aa  179  5.999999999999999e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.988788  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1554  putative integrase/recombinase protein  39.71 
 
 		 354 aa  178  1e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3048  integrase family protein  39.71 
 
 		 374 aa  178  1e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0847  integrase family protein  38.62 
 
 		 374 aa  178  1e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.136673  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2661  phage integrase  40.78 
 
 		 347 aa  176  6e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0679447  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0446  phage integrase family protein  40.78 
 
 		 347 aa  176  6e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.286621  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2854  integrase family protein  41.94 
 
 		 351 aa  172  6.999999999999999e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.820272 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2794  integrase family protein  41.18 
 
 		 330 aa  172  1e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3201  integrase family protein  41.58 
 
 		 351 aa  171  2e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.689071 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0401  phage integrase family protein  34.69 
 
 		 332 aa  169  6e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0807  phage integrase family protein  38.1 
 
 		 323 aa  167  2e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1722  hypothetical protein  37.62 
 
 		 339 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.178853  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0535  site-specific recombinase, phage integrase family  38.68 
 
 		 413 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1522  phage integrase family site specific recombinase  36.14 
 
 		 339 aa  162  1e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3132  phage integrase family site specific recombinase  41.5 
 
 		 222 aa  155  8e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3039  phage integrase  35.05 
 
 		 339 aa  150  4e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1571  site-specific integrase/recombinase  31.56 
 
 		 381 aa  144  2e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1655  integrase/recombinase protein  34.63 
 
 		 334 aa  137  2e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1220  integrase  32.58 
 
 		 286 aa  131  1.0000000000000001e-29  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2123  hypothetical protein  31.88 
 
 		 353 aa  130  2.0000000000000002e-29  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0242  integrase family protein  30.39 
 
 		 373 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2659  integrase family protein  32.6 
 
 		 531 aa  127  3e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7113  integrase family protein  30.86 
 
 		 347 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00596865 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2234  integrase family protein  29.11 
 
 		 341 aa  119  9e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.533752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3493  integrase  31.47 
 
 		 571 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0046  Phage integrase  37.33 
 
 		 251 aa  109  7.000000000000001e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.380307  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5317  integrase family protein  34.85 
 
 		 354 aa  107  3e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5334  integrase family protein  34.85 
 
 		 354 aa  107  3e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2042  integrase family protein  37.23 
 
 		 350 aa  106  6e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0960893  normal  0.874493 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2069  phage integrase  35.22 
 
 		 359 aa  106  7e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.244007  hitchhiker  0.000737798 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2121  integrase family protein  39.46 
 
 		 405 aa  103  4e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1622  phage integrase family protein  28.83 
 
 		 361 aa  103  6e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.487409  normal  0.202066 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1421  phage integrase family protein  37.77 
 
 		 351 aa  103  6e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0745  phage integrase family protein  28.52 
 
 		 357 aa  100  4e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.107824 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5550  phage integrase family protein  28.87 
 
 		 365 aa  100  5e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1152  integrase family protein  28.21 
 
 		 365 aa  100  6e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.379304  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4490  phage integrase family protein  28.52 
 
 		 365 aa  99  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.6537  normal  0.0343494 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0399  phage integrase family protein  28.01 
 
 		 337 aa  96.3  7e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0397  shufflon-specific DNA recombinase  29.55 
 
 		 353 aa  95.9  9e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.759416  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1667  phage integrase family protein  39.61 
 
 		 372 aa  94.4  3e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0636  integrase family protein  32.84 
 
 		 397 aa  94.4  3e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00117125  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1794  integrase family protein  26.91 
 
 		 343 aa  94.4  3e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0543031  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1049  integrase family protein  37.29 
 
 		 380 aa  93.2  6e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1807  integrase family protein  28.46 
 
 		 278 aa  91.7  2e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.73649  hitchhiker  0.0000891918 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03598  site-specific recombinase, phage integrase family protein  27.94 
 
 		 380 aa  91.3  2e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.951563  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_04371  hypothetical protein  33.15 
 
 		 321 aa  90.5  4e-17  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2435  integrase family protein  26.67 
 
 		 389 aa  90.1  5e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.061585  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0548  hypothetical protein  34.11 
 
 		 334 aa  89.4  8e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.271041 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3278  phage integrase family site specific recombinase  45.83 
 
 		 146 aa  88.6  1e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2030  phage integrase family protein  25.98 
 
 		 365 aa  88.2  2e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.755048  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0382  putative site-specific integrase/recombinase  31.46 
 
 		 204 aa  87.8  2e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0395  phage integrase family protein  30.37 
 
 		 397 aa  87.8  2e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.887583 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1126  phage integrase family protein  29.49 
 
 		 367 aa  87.8  2e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.665365  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3178  phage integrase family protein  27.6 
 
 		 339 aa  87.8  2e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0368902  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3233  phage integrase  27.74 
 
 		 356 aa  87  5e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3091  phage integrase family protein  32.08 
 
 		 384 aa  86.7  6e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2499  phage integrase family protein  33.17 
 
 		 381 aa  85.9  9e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.005662  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3005  phage integrase family site specific recombinase  36.78 
 
 		 369 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0600  prophage DLP12 integrase  25 
 
 		 387 aa  85.9  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000371504 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1532  phage integrase family site specific recombinase  36.78 
 
 		 369 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3070  prophage DLP12 integrase  36.78 
 
 		 369 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0798  integrase family protein  37.59 
 
 		 354 aa  85.5  0.000000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000196141 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0773  phage integrase family protein  37.59 
 
 		 354 aa  85.5  0.000000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3300  phage integrase family site specific recombinase  36.78 
 
 		 369 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.248425  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0603  prophage DLP12 integrase  24.93 
 
 		 387 aa  84.7  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.591827  normal  0.109932 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3586  phage integrase family protein  36.62 
 
 		 355 aa  85.1  0.000000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3122  phage integrase family protein  34.13 
 
 		 393 aa  84.7  0.000000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0805  phage integrase family protein  36.88 
 
 		 354 aa  84  0.000000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.431807 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0471  integrase family protein  25.89 
 
 		 398 aa  83.2  0.000000000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.116709  hitchhiker  0.000616461 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01212  site-specific recombinase, resolvase family protein  28.51 
 
 		 336 aa  83.2  0.000000000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0398  shufflon-specific DNA recombinase  35.71 
 
 		 356 aa  82.8  0.000000000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2363  phage integrase family site specific recombinase  33.93 
 
 		 368 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1711  integrase family protein  24.35 
 
 		 380 aa  80.1  0.00000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213299  hitchhiker  0.00000987295 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1633  Phage integrase  26.28 
 
 		 368 aa  80.5  0.00000000000005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.576304  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0354  phage integrase family site specific recombinase  28.37 
 
 		 355 aa  80.1  0.00000000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3125  Phage integrase  30.14 
 
 		 364 aa  79.7  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3455  putative integrase/recombinase  27.01 
 
 		 362 aa  79.3  0.00000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.375642  normal  0.439237 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3398  phage integrase family site specific recombinase  29.84 
 
 		 407 aa  79.3  0.00000000000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0165  integrase family protein  36.21 
 
 		 369 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2576  integrase family protein  27.21 
 
 		 338 aa  78.6  0.0000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.478177  hitchhiker  0.000378812 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3995  phage integrase family protein  31.91 
 
 		 415 aa  79  0.0000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000158235  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2610  integrase family protein  27.21 
 
 		 338 aa  78.6  0.0000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0241311  unclonable  5.16639e-16 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0322  phage integrase family protein  26.72 
 
 		 379 aa  77.8  0.0000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  decreased coverage  0.00211784  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3565  phage integrase family protein  30.36 
 
 		 402 aa  77.8  0.0000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000473566  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1092  phage integrase  29.2 
 
 		 276 aa  77.4  0.0000000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.00970061  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>