64 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_5073 on replicon NC_009508
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009508  Swit_5073  hypothetical protein  100 
 
 		 159 aa  323  5e-88  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0306  phage integrase  70.44 
 
 		 417 aa  234  3e-61  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0154  phage integrase family protein  40.74 
 
 		 451 aa  95.1  3e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.543339  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3122  phage integrase family protein  38.46 
 
 		 393 aa  91.7  4e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0620  integrase family protein  38.99 
 
 		 452 aa  89  3e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7820  putative phage integrase  36.88 
 
 		 451 aa  88.6  3e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2770  integrase family protein  38.22 
 
 		 452 aa  82.4  0.000000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.251515  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3806  phage integrase  36.31 
 
 		 451 aa  80.9  0.000000000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0304559  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1247  putative phage related integrase  41.44 
 
 		 434 aa  77.4  0.00000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.578843 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0395  phage integrase family protein  32.69 
 
 		 397 aa  75.1  0.0000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.887583 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3867  phage integrase  39.52 
 
 		 400 aa  74.7  0.0000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0831  Phage integrase  34.4 
 
 		 400 aa  71.2  0.000000000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.00496745  hitchhiker  0.00000971423 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3585  phage integrase  38.95 
 
 		 411 aa  67.4  0.00000000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.597607 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3213  integrase family protein  37.39 
 
 		 388 aa  67  0.0000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3738  hypothetical protein  32.28 
 
 		 384 aa  64.3  0.0000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2535  phage integrase  30.25 
 
 		 463 aa  63.9  0.0000000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3091  phage integrase family protein  33.97 
 
 		 384 aa  62.4  0.000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2240  Phage integrase  39.81 
 
 		 406 aa  62.4  0.000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3737  hypothetical protein  46.51 
 
 		 150 aa  59.3  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1844  phage integrase family protein  27.27 
 
 		 426 aa  58.5  0.00000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4157  integrase family protein  32.7 
 
 		 432 aa  58.5  0.00000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.225884  normal  0.636127 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2399  hypothetical protein  40 
 
 		 137 aa  57.4  0.00000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.229698  normal  0.0250128 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1227  integrase family protein  38.39 
 
 		 424 aa  57.4  0.00000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.149921  normal  0.536296 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3752  phage integrase family protein  30.43 
 
 		 422 aa  57.4  0.00000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.538338  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1679  phage-related integrase  39.53 
 
 		 410 aa  55.8  0.0000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4340  phage integrase family protein  29.8 
 
 		 420 aa  54.3  0.0000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.185587  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1864  integrase family protein  30.82 
 
 		 429 aa  53.1  0.000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1997  integrase family protein  26.38 
 
 		 400 aa  53.5  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.726133 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1326  phage integrase family protein  37.35 
 
 		 457 aa  52.8  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.558955  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0845  phage integrase  37.35 
 
 		 457 aa  52.8  0.000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1526  phage integrase  44.93 
 
 		 440 aa  52  0.000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0094  Phage integrase  36.19 
 
 		 449 aa  52  0.000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000297047  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0686  integrase family protein  36.47 
 
 		 472 aa  52.4  0.000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3853  integrase family protein  25.61 
 
 		 500 aa  51.6  0.000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2717  Phage integrase  35.11 
 
 		 479 aa  48.5  0.00004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1085  hypothetical protein  30.68 
 
 		 413 aa  45.4  0.0003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0065  hypothetical protein  30.43 
 
 		 417 aa  45.4  0.0003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2959  phage integrase family protein  29.63 
 
 		 444 aa  45.1  0.0004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0924112  normal  0.542634 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1237  integrase family protein  27.27 
 
 		 401 aa  44.7  0.0005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.184026  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1428  integrase family protein  35.37 
 
 		 421 aa  44.7  0.0005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1022  putative phage integrase  24.54 
 
 		 279 aa  43.5  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.599421  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1170  phage integrase family protein  33.71 
 
 		 412 aa  43.5  0.001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.00333929  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3323  integrase family protein  26.67 
 
 		 441 aa  43.5  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2622  integrase protein  25.61 
 
 		 400 aa  42.7  0.002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.561112  normal  0.109435 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2845  phage integrase family protein  27.74 
 
 		 409 aa  42.7  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.809863  normal  0.121401 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3340  phage integrase family protein  33.73 
 
 		 452 aa  42.4  0.002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.58116  normal  0.0453376 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3334  phage integrase family protein  29.17 
 
 		 398 aa  42.4  0.002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0241  Phage integrase  23.91 
 
 		 377 aa  42.7  0.002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0671  phage integrase family protein  26.83 
 
 		 401 aa  42  0.003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.707055 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1061  phage integrase family protein  27.62 
 
 		 464 aa  41.2  0.005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.69421  normal  0.669577 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4272  site-specific recombinase, phage integrase family protein  27.78 
 
 		 421 aa  41.6  0.005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.451693  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2625  phage integrase family protein  26.42 
 
 		 400 aa  41.2  0.006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.046264 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3747  integrase  24.54 
 
 		 399 aa  40.8  0.007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0341835  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1584  phage integrase family protein  25.93 
 
 		 376 aa  40.8  0.007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0747  integrase family protein  27.78 
 
 		 420 aa  40.8  0.007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0631504 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2211  phage integrase  28.48 
 
 		 423 aa  40.8  0.007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.684899  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3721  phage integrase family protein  25.93 
 
 		 376 aa  40.8  0.008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4399  integrase family protein  25.93 
 
 		 376 aa  40.8  0.008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.685705  normal  0.0426652 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0072  hypothetical protein  24.29 
 
 		 406 aa  40.8  0.009  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3314  site-specific recombinase, phage integrase family protein  29.46 
 
 		 420 aa  40.4  0.009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.426306  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0807  integrase protein  26.82 
 
 		 181 aa  40.4  0.009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0255  phage integrase  32.81 
 
 		 430 aa  40.4  0.009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3805  integrase family protein  32.26 
 
 		 450 aa  40.4  0.01  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4662  site-specific recombinase, phage integrase family protein  27.78 
 
 		 334 aa  40.4  0.01  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>