More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_0535 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_0535  site-specific recombinase, phage integrase family  100 
 
 		 413 aa  850    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2661  phage integrase  68.59 
 
 		 347 aa  500  1e-140  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0679447  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3201  integrase family protein  67.62 
 
 		 351 aa  501  1e-140  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.689071 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0446  phage integrase family protein  68.59 
 
 		 347 aa  500  1e-140  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.286621  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2854  integrase family protein  67.34 
 
 		 351 aa  497  1e-139  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.820272 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1808  phage integrase family site specific recombinase  40.86 
 
 		 352 aa  230  4e-59  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.595703  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0401  phage integrase family protein  38.24 
 
 		 332 aa  226  8e-58  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1722  hypothetical protein  40.56 
 
 		 339 aa  216  5.9999999999999996e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.178853  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0438  hypothetical protein  39.37 
 
 		 337 aa  214  2.9999999999999995e-54  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1522  phage integrase family site specific recombinase  40.17 
 
 		 339 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3654  Phage integrase  39.39 
 
 		 340 aa  212  1e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000207497  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0969  integrase family protein  38.33 
 
 		 348 aa  206  5e-52  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.23183  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2809  integrase family protein  37.78 
 
 		 338 aa  205  1e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3971  integrase family protein  40.06 
 
 		 340 aa  204  3e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.164476  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3949  site-specific recombinase, phage integrase family  37.84 
 
 		 347 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0244166  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3783  integrase family protein  39.22 
 
 		 334 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2794  integrase family protein  40.69 
 
 		 330 aa  197  4.0000000000000005e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3921  phage integrase family protein  36.36 
 
 		 327 aa  191  2e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.470105  hitchhiker  0.00183347 
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0108  shufflon-specific DNA recombinase  43.62 
 
 		 395 aa  189  7e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0022  shufflon-specific DNA recombinase  43.15 
 
 		 375 aa  189  1e-46  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7273  integrase family protein  42.23 
 
 		 380 aa  188  2e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.488643  normal  0.163849 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0639  integrase family protein  43.14 
 
 		 374 aa  186  7e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.988788  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3048  integrase family protein  44.41 
 
 		 374 aa  185  1.0000000000000001e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0847  integrase family protein  43.77 
 
 		 374 aa  185  2.0000000000000003e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.136673  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3039  phage integrase  36.57 
 
 		 339 aa  181  2.9999999999999997e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2123  hypothetical protein  35.78 
 
 		 353 aa  172  7.999999999999999e-42  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1554  putative integrase/recombinase protein  33.99 
 
 		 354 aa  172  1e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0495  integrase family protein  33.43 
 
 		 328 aa  172  1e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.701129  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1679  phage integrase family site specific recombinase  38.68 
 
 		 356 aa  164  3e-39  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.229259  normal  0.0687632 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0242  integrase family protein  33.76 
 
 		 373 aa  156  6e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0807  phage integrase family protein  35.4 
 
 		 323 aa  155  9e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0416  phage integrase family site specific recombinase  78.16 
 
 		 98 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3132  phage integrase family site specific recombinase  36.63 
 
 		 222 aa  144  3e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2847  phage integrase  34.81 
 
 		 366 aa  144  3e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0046  Phage integrase  39.08 
 
 		 251 aa  139  7e-32  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.380307  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1571  site-specific integrase/recombinase  31.31 
 
 		 381 aa  135  1.9999999999999998e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1655  integrase/recombinase protein  32.78 
 
 		 334 aa  130  4.0000000000000003e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3178  phage integrase family protein  29.43 
 
 		 339 aa  126  7e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0368902  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7113  integrase family protein  26.42 
 
 		 347 aa  116  6e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00596865 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1421  phage integrase family protein  27.92 
 
 		 351 aa  111  2.0000000000000002e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5334  integrase family protein  32.43 
 
 		 354 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5317  integrase family protein  32.43 
 
 		 354 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01212  site-specific recombinase, resolvase family protein  24.38 
 
 		 336 aa  108  1e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2069  phage integrase  33.21 
 
 		 359 aa  107  3e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.244007  hitchhiker  0.000737798 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1126  phage integrase family protein  31.56 
 
 		 367 aa  106  7e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.665365  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3980  phage integrase family protein  27.2 
 
 		 365 aa  105  1e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.356268  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_04371  hypothetical protein  28.9 
 
 		 321 aa  105  1e-21  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1049  integrase family protein  26.33 
 
 		 380 aa  103  5e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1794  integrase family protein  27.57 
 
 		 343 aa  101  2e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0543031  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2121  integrase family protein  29.05 
 
 		 405 aa  100  6e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3070  prophage DLP12 integrase  31.75 
 
 		 369 aa  96.7  6e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3005  phage integrase family site specific recombinase  31.75 
 
 		 369 aa  96.7  6e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1532  phage integrase family site specific recombinase  31.75 
 
 		 369 aa  96.7  6e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3300  phage integrase family site specific recombinase  31.75 
 
 		 369 aa  96.7  6e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.248425  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2042  integrase family protein  26.1 
 
 		 350 aa  96.3  1e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0960893  normal  0.874493 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0322  phage integrase family protein  31.33 
 
 		 379 aa  95.5  1e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  decreased coverage  0.00211784  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0636  integrase family protein  28.08 
 
 		 397 aa  95.1  2e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00117125  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_03811  site-specific recombinase XerD  30.23 
 
 		 327 aa  94.7  3e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0399  phage integrase family protein  32.11 
 
 		 337 aa  93.6  5e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3493  integrase  28.28 
 
 		 571 aa  92.4  1e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3565  phage integrase family protein  33.6 
 
 		 402 aa  92.4  1e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000473566  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1220  integrase  29.68 
 
 		 286 aa  91.7  2e-17  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2363  phage integrase family site specific recombinase  25.15 
 
 		 368 aa  92  2e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2576  integrase family protein  27.05 
 
 		 338 aa  91.3  3e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.478177  hitchhiker  0.000378812 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0382  putative site-specific integrase/recombinase  31.13 
 
 		 204 aa  90.9  3e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2610  integrase family protein  27.05 
 
 		 338 aa  91.3  3e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0241311  unclonable  5.16639e-16 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0272  phage integrase family site specific recombinase  28.57 
 
 		 386 aa  89.4  1e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0366  site-specific recombinase, phage integrase family  29.75 
 
 		 387 aa  88.6  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.529105  hitchhiker  0.00000000819042 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3193  integrase family protein  26.8 
 
 		 365 aa  88.6  2e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.175664  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1152  integrase family protein  25.41 
 
 		 365 aa  88.2  3e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.379304  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0290  integrase  29.34 
 
 		 324 aa  87  5e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0955438  normal  0.658855 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1340  phage integrase family protein  29.53 
 
 		 339 aa  86.7  6e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.755571  normal  0.273138 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3398  phage integrase family site specific recombinase  31.92 
 
 		 407 aa  87  6e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2234  integrase family protein  26.1 
 
 		 341 aa  86.7  7e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.533752  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3125  Phage integrase  27.87 
 
 		 364 aa  86.3  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0165  integrase family protein  32.31 
 
 		 369 aa  86.3  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1281  integrase family protein  27.91 
 
 		 429 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0441454  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1667  phage integrase family protein  36.6 
 
 		 372 aa  84.3  0.000000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0548  hypothetical protein  29.65 
 
 		 334 aa  83.2  0.000000000000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.271041 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0995  site-specific recombinase, phage integrase family  30.3 
 
 		 349 aa  82.8  0.00000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  unclonable  0.00503137  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1111  phage integrase family protein  28.16 
 
 		 329 aa  82.4  0.00000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.30334  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2499  phage integrase family protein  33.79 
 
 		 381 aa  82.8  0.00000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.005662  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1009  shufflon-specific DNA recombinase  48.39 
 
 		 111 aa  81.6  0.00000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.173474  hitchhiker  0.000000000551255 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0678  phage integrase family site specific recombinase  82.22 
 
 		 49 aa  82  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0231626  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3455  putative integrase/recombinase  26.87 
 
 		 362 aa  81.3  0.00000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.375642  normal  0.439237 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2622  integrase family protein  26.2 
 
 		 335 aa  80.9  0.00000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.647869  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1092  phage integrase  28.78 
 
 		 276 aa  80.1  0.00000000000007  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.00970061  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2659  integrase family protein  26.96 
 
 		 531 aa  79.7  0.00000000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0831  Phage integrase  31.98 
 
 		 400 aa  79.7  0.00000000000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.00496745  hitchhiker  0.00000971423 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2267  phage integrase  28.01 
 
 		 392 aa  79.7  0.00000000000009  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.000000397895  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2307  integrase family protein  28.01 
 
 		 335 aa  79.3  0.0000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.109793  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0909  phage integrase family site specific recombinase  27.78 
 
 		 343 aa  78.6  0.0000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.046478  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1807  integrase family protein  26.55 
 
 		 278 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.73649  hitchhiker  0.0000891918 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5143  phage integrase family site specific recombinase  33.33 
 
 		 404 aa  78.6  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0463539  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0397  shufflon-specific DNA recombinase  26.86 
 
 		 353 aa  79  0.0000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.759416  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2795  integrase family protein  27.86 
 
 		 350 aa  78.2  0.0000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0861235  normal  0.105042 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0600  prophage DLP12 integrase  28.29 
 
 		 387 aa  78.2  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000371504 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00832  hypothetical protein  28.44 
 
 		 338 aa  78.2  0.0000000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0428035  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3122  phage integrase family protein  27.37 
 
 		 393 aa  77.8  0.0000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1864  integrase family protein  27.04 
 
 		 429 aa  77.4  0.0000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>