More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3949 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3949  site-specific recombinase, phage integrase family  100 
 
 		 347 aa  711    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0244166  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3971  integrase family protein  79.69 
 
 		 340 aa  540  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.164476  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0969  integrase family protein  47.28 
 
 		 348 aa  292  6e-78  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.23183  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0438  hypothetical protein  41.64 
 
 		 337 aa  239  5.999999999999999e-62  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2794  integrase family protein  41.82 
 
 		 330 aa  228  8e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0401  phage integrase family protein  41.42 
 
 		 332 aa  224  2e-57  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3201  integrase family protein  39.76 
 
 		 351 aa  212  5.999999999999999e-54  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.689071 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3783  integrase family protein  37.69 
 
 		 334 aa  208  9e-53  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3654  Phage integrase  36.81 
 
 		 340 aa  208  1e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000207497  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2854  integrase family protein  39.35 
 
 		 351 aa  206  4e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.820272 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2661  phage integrase  39.64 
 
 		 347 aa  206  6e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0679447  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0446  phage integrase family protein  39.64 
 
 		 347 aa  206  6e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.286621  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2809  integrase family protein  39.09 
 
 		 338 aa  205  1e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1679  phage integrase family site specific recombinase  42.63 
 
 		 356 aa  204  3e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.229259  normal  0.0687632 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1522  phage integrase family site specific recombinase  37.68 
 
 		 339 aa  203  4e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3921  phage integrase family protein  36.97 
 
 		 327 aa  203  5e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.470105  hitchhiker  0.00183347 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0535  site-specific recombinase, phage integrase family  37.84 
 
 		 413 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1722  hypothetical protein  37.14 
 
 		 339 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.178853  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2847  phage integrase  40.18 
 
 		 366 aa  198  1.0000000000000001e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1808  phage integrase family site specific recombinase  39.11 
 
 		 352 aa  196  4.0000000000000005e-49  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.595703  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0242  integrase family protein  36.53 
 
 		 373 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3039  phage integrase  41.3 
 
 		 339 aa  189  7e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0495  integrase family protein  35.54 
 
 		 328 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.701129  normal  1 
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0108  shufflon-specific DNA recombinase  40.94 
 
 		 395 aa  181  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0847  integrase family protein  39.57 
 
 		 374 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.136673  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3048  integrase family protein  39.57 
 
 		 374 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0022  shufflon-specific DNA recombinase  40.07 
 
 		 375 aa  172  1e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0639  integrase family protein  40.79 
 
 		 374 aa  171  1e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.988788  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1554  putative integrase/recombinase protein  34.76 
 
 		 354 aa  170  4e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0807  phage integrase family protein  36.2 
 
 		 323 aa  163  4.0000000000000004e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7273  integrase family protein  36.52 
 
 		 380 aa  162  1e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.488643  normal  0.163849 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1655  integrase/recombinase protein  34.31 
 
 		 334 aa  153  2.9999999999999998e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1571  site-specific integrase/recombinase  31.6 
 
 		 381 aa  149  7e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2123  hypothetical protein  32.94 
 
 		 353 aa  144  2e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7113  integrase family protein  31.41 
 
 		 347 aa  143  4e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00596865 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1152  integrase family protein  32.22 
 
 		 365 aa  142  6e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.379304  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1049  integrase family protein  30.84 
 
 		 380 aa  133  3.9999999999999996e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3125  Phage integrase  32.48 
 
 		 364 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1421  phage integrase family protein  28.19 
 
 		 351 aa  131  1.0000000000000001e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3132  phage integrase family site specific recombinase  32.74 
 
 		 222 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2121  integrase family protein  31.21 
 
 		 405 aa  124  3e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2042  integrase family protein  30.56 
 
 		 350 aa  117  1.9999999999999998e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0960893  normal  0.874493 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1220  integrase  32.73 
 
 		 286 aa  117  3e-25  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2234  integrase family protein  30.86 
 
 		 341 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.533752  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5334  integrase family protein  32.08 
 
 		 354 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5317  integrase family protein  32.08 
 
 		 354 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1622  phage integrase family protein  30.12 
 
 		 361 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.487409  normal  0.202066 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4490  phage integrase family protein  27.81 
 
 		 365 aa  110  4.0000000000000004e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.6537  normal  0.0343494 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5550  phage integrase family protein  27.53 
 
 		 365 aa  108  9.000000000000001e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3178  phage integrase family protein  27.22 
 
 		 339 aa  108  1e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0368902  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1794  integrase family protein  28.85 
 
 		 343 aa  107  3e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0543031  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2069  phage integrase  33.73 
 
 		 359 aa  107  4e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.244007  hitchhiker  0.000737798 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1711  integrase family protein  27.48 
 
 		 380 aa  105  1e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213299  hitchhiker  0.00000987295 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_03811  site-specific recombinase XerD  27.78 
 
 		 327 aa  103  4e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01212  site-specific recombinase, resolvase family protein  28.53 
 
 		 336 aa  103  5e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_04371  hypothetical protein  27.3 
 
 		 321 aa  102  9e-21  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0046  Phage integrase  32.91 
 
 		 251 aa  102  1e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.380307  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1126  phage integrase family protein  31.6 
 
 		 367 aa  102  1e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.665365  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2363  phage integrase family site specific recombinase  27.79 
 
 		 368 aa  101  2e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2030  phage integrase family protein  27.69 
 
 		 365 aa  99.4  7e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.755048  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2576  integrase family protein  30.17 
 
 		 338 aa  98.6  1e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.478177  hitchhiker  0.000378812 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3455  putative integrase/recombinase  26.28 
 
 		 362 aa  98.6  1e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.375642  normal  0.439237 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2610  integrase family protein  30.17 
 
 		 338 aa  98.6  1e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0241311  unclonable  5.16639e-16 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2659  integrase family protein  23.83 
 
 		 531 aa  98.2  2e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1667  phage integrase family protein  28.27 
 
 		 372 aa  98.2  2e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0745  phage integrase family protein  25.9 
 
 		 357 aa  97.4  3e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.107824 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1807  integrase family protein  28.68 
 
 		 278 aa  96.7  5e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.73649  hitchhiker  0.0000891918 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3493  integrase  23.57 
 
 		 571 aa  92.4  1e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0399  phage integrase family protein  26.93 
 
 		 337 aa  92  1e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0636  integrase family protein  24.92 
 
 		 397 aa  90.1  5e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00117125  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0354  phage integrase family site specific recombinase  26.45 
 
 		 355 aa  89.7  7e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0397  shufflon-specific DNA recombinase  25.82 
 
 		 353 aa  88.2  2e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.759416  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3398  phage integrase family site specific recombinase  25.68 
 
 		 407 aa  87  4e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0798  integrase family protein  26.02 
 
 		 354 aa  86.3  7e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000196141 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0773  phage integrase family protein  26.02 
 
 		 354 aa  86.3  7e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0805  phage integrase family protein  26.02 
 
 		 354 aa  86.3  7e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.431807 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3586  phage integrase family protein  25.62 
 
 		 355 aa  85.9  9e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3233  phage integrase  24.45 
 
 		 356 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3278  phage integrase family site specific recombinase  44.09 
 
 		 146 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0395  phage integrase family protein  28.07 
 
 		 397 aa  83.6  0.000000000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.887583 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1009  shufflon-specific DNA recombinase  45.56 
 
 		 111 aa  83.2  0.000000000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.173474  hitchhiker  0.000000000551255 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0382  putative site-specific integrase/recombinase  29.5 
 
 		 204 aa  82  0.00000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0398  shufflon-specific DNA recombinase  23.5 
 
 		 356 aa  82  0.00000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3565  phage integrase family protein  31.67 
 
 		 402 aa  81.6  0.00000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000473566  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3193  integrase family protein  25.76 
 
 		 365 aa  80.1  0.00000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.175664  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0471  integrase family protein  24.49 
 
 		 398 aa  78.2  0.0000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.116709  hitchhiker  0.000616461 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003284  integrase  25.33 
 
 		 401 aa  77.8  0.0000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3585  phage integrase  25.81 
 
 		 411 aa  77.4  0.0000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.597607 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1633  Phage integrase  24.69 
 
 		 368 aa  77  0.0000000000004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.576304  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3274  phage integrase family site specific recombinase  33.79 
 
 		 159 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3561  Phage integrase  26.69 
 
 		 275 aa  75.9  0.0000000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0548  hypothetical protein  30.16 
 
 		 334 aa  75.5  0.000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.271041 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2435  integrase family protein  24.7 
 
 		 389 aa  75.5  0.000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.061585  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3986  phage integrase family site specific recombinase  32.05 
 
 		 172 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0603  prophage DLP12 integrase  27.43 
 
 		 387 aa  74.7  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.591827  normal  0.109932 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0322  phage integrase family protein  25.62 
 
 		 379 aa  75.1  0.000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  decreased coverage  0.00211784  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0996  phage integrase family protein  29.55 
 
 		 387 aa  74.3  0.000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000294682 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1456  integrase family protein  22.49 
 
 		 337 aa  73.9  0.000000000004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.699839  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0669  phage integrase family protein  27.31 
 
 		 343 aa  73.6  0.000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2622  integrase family protein  30.96 
 
 		 335 aa  73.2  0.000000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.647869  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>