133 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1622 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_1622  phage integrase family protein  100 
 
 		 361 aa  744    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.487409  normal  0.202066 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3455  putative integrase/recombinase  57.14 
 
 		 362 aa  437  1e-121  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.375642  normal  0.439237 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2363  phage integrase family site specific recombinase  51.25 
 
 		 368 aa  381  1e-105  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1711  integrase family protein  51.25 
 
 		 380 aa  382  1e-105  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213299  hitchhiker  0.00000987295 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2030  phage integrase family protein  45.71 
 
 		 365 aa  317  3e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.755048  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2042  integrase family protein  39.94 
 
 		 350 aa  219  6e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0960893  normal  0.874493 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0354  phage integrase family site specific recombinase  36.12 
 
 		 355 aa  202  9.999999999999999e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0745  phage integrase family protein  35.8 
 
 		 357 aa  196  6e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.107824 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5550  phage integrase family protein  35.88 
 
 		 365 aa  194  1e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4490  phage integrase family protein  35.88 
 
 		 365 aa  194  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.6537  normal  0.0343494 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1049  integrase family protein  36.28 
 
 		 380 aa  188  1e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1421  phage integrase family protein  35.54 
 
 		 351 aa  187  2e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3233  phage integrase  35.82 
 
 		 356 aa  187  3e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0798  integrase family protein  34.63 
 
 		 354 aa  181  2e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000196141 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0773  phage integrase family protein  34.63 
 
 		 354 aa  181  2e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0805  phage integrase family protein  34.33 
 
 		 354 aa  181  2e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.431807 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3586  phage integrase family protein  34.33 
 
 		 355 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2121  integrase family protein  35.06 
 
 		 405 aa  177  3e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0398  shufflon-specific DNA recombinase  32.42 
 
 		 356 aa  172  7.999999999999999e-42  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03598  site-specific recombinase, phage integrase family protein  32.84 
 
 		 380 aa  166  5.9999999999999996e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.951563  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1152  integrase family protein  30.73 
 
 		 365 aa  159  9e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.379304  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3971  integrase family protein  30.3 
 
 		 340 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.164476  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0397  shufflon-specific DNA recombinase  27.57 
 
 		 353 aa  118  9.999999999999999e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.759416  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0438  hypothetical protein  28.06 
 
 		 337 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3949  site-specific recombinase, phage integrase family  30.12 
 
 		 347 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0244166  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1571  site-specific integrase/recombinase  29.28 
 
 		 381 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2847  phage integrase  31.27 
 
 		 366 aa  110  4.0000000000000004e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32670  hypothetical protein  55.42 
 
 		 151 aa  107  4e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1679  phage integrase family site specific recombinase  28.83 
 
 		 356 aa  103  6e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.229259  normal  0.0687632 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2809  integrase family protein  26.3 
 
 		 338 aa  99.8  6e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3783  integrase family protein  27.54 
 
 		 334 aa  99.8  7e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0108  shufflon-specific DNA recombinase  30.88 
 
 		 395 aa  99  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0401  phage integrase family protein  27.46 
 
 		 332 aa  98.6  2e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3201  integrase family protein  28.53 
 
 		 351 aa  96.3  7e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.689071 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3048  integrase family protein  29.9 
 
 		 374 aa  94.7  2e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2854  integrase family protein  29.34 
 
 		 351 aa  94.7  2e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.820272 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2794  integrase family protein  27.27 
 
 		 330 aa  95.1  2e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7273  integrase family protein  33.19 
 
 		 380 aa  95.1  2e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.488643  normal  0.163849 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0847  integrase family protein  29.27 
 
 		 374 aa  93.6  4e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.136673  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0969  integrase family protein  26.48 
 
 		 348 aa  92  1e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.23183  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2661  phage integrase  27.03 
 
 		 347 aa  89.7  6e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0679447  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0446  phage integrase family protein  27.03 
 
 		 347 aa  89.7  6e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.286621  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2123  hypothetical protein  25.98 
 
 		 353 aa  89.4  8e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1554  putative integrase/recombinase protein  23.98 
 
 		 354 aa  89.4  9e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0022  shufflon-specific DNA recombinase  28.92 
 
 		 375 aa  88.2  2e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0639  integrase family protein  28.92 
 
 		 374 aa  87.8  3e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.988788  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1234  putative integrase/recombinase  52.27 
 
 		 103 aa  86.7  6e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.493457  normal  0.825212 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3921  phage integrase family protein  24.57 
 
 		 327 aa  86.3  7e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.470105  hitchhiker  0.00183347 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3039  phage integrase  27.56 
 
 		 339 aa  86.3  8e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3654  Phage integrase  25.07 
 
 		 340 aa  83.2  0.000000000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000207497  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1173  putative integrase/recombinase  51.14 
 
 		 103 aa  82.4  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.246477  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1522  phage integrase family site specific recombinase  24.31 
 
 		 339 aa  77.8  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1722  hypothetical protein  24.24 
 
 		 339 aa  76.3  0.0000000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.178853  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0807  phage integrase family protein  27.52 
 
 		 323 aa  75.5  0.000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0242  integrase family protein  26.18 
 
 		 373 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1808  phage integrase family site specific recombinase  26.32 
 
 		 352 aa  72.4  0.00000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.595703  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3132  phage integrase family site specific recombinase  28.99 
 
 		 222 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2069  phage integrase  27.13 
 
 		 359 aa  71.6  0.00000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.244007  hitchhiker  0.000737798 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2659  integrase family protein  31.85 
 
 		 531 aa  70.5  0.00000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0535  site-specific recombinase, phage integrase family  26.19 
 
 		 413 aa  70.1  0.00000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7113  integrase family protein  24.58 
 
 		 347 aa  67  0.0000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00596865 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1126  phage integrase family protein  25.74 
 
 		 367 aa  66.6  0.0000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.665365  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_03811  site-specific recombinase XerD  22.98 
 
 		 327 aa  65.1  0.000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2435  integrase family protein  26.52 
 
 		 389 aa  63.9  0.000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.061585  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0495  integrase family protein  24.79 
 
 		 328 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.701129  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01212  site-specific recombinase, resolvase family protein  29.37 
 
 		 336 aa  60.5  0.00000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3493  integrase  27.33 
 
 		 571 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0322  phage integrase family protein  23.65 
 
 		 379 aa  58.2  0.0000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  decreased coverage  0.00211784  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1456  integrase family protein  24.64 
 
 		 337 aa  58.2  0.0000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.699839  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0548  hypothetical protein  27.34 
 
 		 334 aa  57.4  0.0000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.271041 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0471  integrase family protein  25.07 
 
 		 398 aa  56.6  0.0000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.116709  hitchhiker  0.000616461 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0046  Phage integrase  23.6 
 
 		 251 aa  56.6  0.0000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.380307  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1556  site-specific recombinase, phage integrase family  24.22 
 
 		 331 aa  56.2  0.0000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_04371  hypothetical protein  32.62 
 
 		 321 aa  56.2  0.0000009  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2234  integrase family protein  26.4 
 
 		 341 aa  56.2  0.0000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.533752  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0382  putative site-specific integrase/recombinase  32.62 
 
 		 204 aa  55.8  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1271  integrase family protein  24.22 
 
 		 331 aa  55.8  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.828065  normal  0.193617 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1990  hypothetical protein  47.37 
 
 		 73 aa  54.7  0.000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0749115 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3879  integrase family protein  29.29 
 
 		 349 aa  55.1  0.000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3398  phage integrase family site specific recombinase  23.95 
 
 		 407 aa  54.3  0.000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3294  phage integrase family protein  28.19 
 
 		 360 aa  52  0.00001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.550021  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1794  integrase family protein  24.29 
 
 		 343 aa  52.4  0.00001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0543031  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0600  prophage DLP12 integrase  24.26 
 
 		 387 aa  52.4  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000371504 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0603  prophage DLP12 integrase  24.68 
 
 		 387 aa  52.4  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.591827  normal  0.109932 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1655  integrase/recombinase protein  25.22 
 
 		 334 aa  52  0.00002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3623  putative integrase  27.94 
 
 		 373 aa  51.6  0.00002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.238631  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0636  integrase family protein  28.11 
 
 		 397 aa  51.2  0.00002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00117125  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19160  site-specific recombinase XerD  31.87 
 
 		 356 aa  51.2  0.00003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.768051  normal  0.148917 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1037  Phage integrase  22.02 
 
 		 338 aa  50.4  0.00005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1909  integrase family protein  25.76 
 
 		 333 aa  50.4  0.00005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.838759  hitchhiker  0.00000212902 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0399  phage integrase family protein  25.32 
 
 		 337 aa  50.1  0.00006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00486  predicted integrase  23.5 
 
 		 387 aa  49.7  0.00007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1220  integrase  23.38 
 
 		 286 aa  50.1  0.00007  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00491  hypothetical protein  23.5 
 
 		 387 aa  49.7  0.00007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3278  phage integrase family site specific recombinase  30.89 
 
 		 146 aa  48.9  0.0001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1527  integrase family protein  33.33 
 
 		 357 aa  49.3  0.0001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.115316 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0939  integrase family protein  31.82 
 
 		 357 aa  48.1  0.0002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0828563 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2499  phage integrase family protein  26.04 
 
 		 381 aa  47.8  0.0003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.005662  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_04481  hypothetical protein  33.72 
 
 		 93 aa  47.8  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5143  phage integrase family site specific recombinase  25.32 
 
 		 404 aa  47.8  0.0003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0463539  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>