197 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_3233 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_3233  phage integrase  100 
 
 		 356 aa  735    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0805  phage integrase family protein  83 
 
 		 354 aa  632  1e-180  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.431807 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0798  integrase family protein  83.57 
 
 		 354 aa  631  1e-180  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000196141 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0773  phage integrase family protein  83.57 
 
 		 354 aa  632  1e-180  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3586  phage integrase family protein  83.24 
 
 		 355 aa  629  1e-179  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0745  phage integrase family protein  51.83 
 
 		 357 aa  395  1e-109  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.107824 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4490  phage integrase family protein  51.69 
 
 		 365 aa  392  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.6537  normal  0.0343494 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5550  phage integrase family protein  51.69 
 
 		 365 aa  392  1e-108  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0354  phage integrase family site specific recombinase  52.27 
 
 		 355 aa  385  1e-106  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03598  site-specific recombinase, phage integrase family protein  39.22 
 
 		 380 aa  265  7e-70  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.951563  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0398  shufflon-specific DNA recombinase  38.7 
 
 		 356 aa  258  1e-67  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2363  phage integrase family site specific recombinase  36.26 
 
 		 368 aa  216  7e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1711  integrase family protein  33.33 
 
 		 380 aa  204  3e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213299  hitchhiker  0.00000987295 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1049  integrase family protein  36.26 
 
 		 380 aa  200  3e-50  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3455  putative integrase/recombinase  32.55 
 
 		 362 aa  189  4e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.375642  normal  0.439237 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1622  phage integrase family protein  35.82 
 
 		 361 aa  187  3e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.487409  normal  0.202066 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2121  integrase family protein  36.73 
 
 		 405 aa  180  4e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2030  phage integrase family protein  34.47 
 
 		 365 aa  177  4e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.755048  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1421  phage integrase family protein  33.73 
 
 		 351 aa  172  7.999999999999999e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2042  integrase family protein  32.45 
 
 		 350 aa  169  5e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0960893  normal  0.874493 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1152  integrase family protein  33.05 
 
 		 365 aa  156  4e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.379304  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0397  shufflon-specific DNA recombinase  29.13 
 
 		 353 aa  155  9e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.759416  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2809  integrase family protein  29.57 
 
 		 338 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3783  integrase family protein  26.25 
 
 		 334 aa  97.4  3e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3971  integrase family protein  26.65 
 
 		 340 aa  95.9  9e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.164476  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0438  hypothetical protein  23.44 
 
 		 337 aa  88.2  2e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1679  phage integrase family site specific recombinase  27.74 
 
 		 356 aa  87  5e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.229259  normal  0.0687632 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3949  site-specific recombinase, phage integrase family  24.45 
 
 		 347 aa  84.3  0.000000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0244166  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2659  integrase family protein  32.63 
 
 		 531 aa  84.3  0.000000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3654  Phage integrase  24.72 
 
 		 340 aa  82.8  0.000000000000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000207497  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1554  putative integrase/recombinase protein  24.07 
 
 		 354 aa  81.3  0.00000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1571  site-specific integrase/recombinase  27.1 
 
 		 381 aa  80.5  0.00000000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2794  integrase family protein  25.15 
 
 		 330 aa  79  0.0000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0401  phage integrase family protein  25.99 
 
 		 332 aa  77  0.0000000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0969  integrase family protein  25.41 
 
 		 348 aa  75.5  0.000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.23183  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0495  integrase family protein  23.69 
 
 		 328 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.701129  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32670  hypothetical protein  42.31 
 
 		 151 aa  74.3  0.000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2847  phage integrase  34.69 
 
 		 366 aa  73.2  0.000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_04371  hypothetical protein  23.78 
 
 		 321 aa  73.2  0.000000000006  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3921  phage integrase family protein  25.15 
 
 		 327 aa  72.8  0.000000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.470105  hitchhiker  0.00183347 
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0022  shufflon-specific DNA recombinase  33.09 
 
 		 375 aa  72.8  0.00000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1722  hypothetical protein  25.07 
 
 		 339 aa  72  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.178853  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2234  integrase family protein  24.02 
 
 		 341 aa  71.2  0.00000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.533752  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3201  integrase family protein  24.13 
 
 		 351 aa  70.9  0.00000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.689071 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1808  phage integrase family site specific recombinase  26.65 
 
 		 352 aa  70.5  0.00000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.595703  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3132  phage integrase family site specific recombinase  29.63 
 
 		 222 aa  70.9  0.00000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3039  phage integrase  24.21 
 
 		 339 aa  69.3  0.0000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2854  integrase family protein  23.32 
 
 		 351 aa  68.2  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.820272 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1522  phage integrase family site specific recombinase  25.07 
 
 		 339 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2661  phage integrase  23.72 
 
 		 347 aa  67.8  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0679447  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0446  phage integrase family protein  23.72 
 
 		 347 aa  67.8  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.286621  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0807  phage integrase family protein  24.92 
 
 		 323 aa  67.8  0.0000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0108  shufflon-specific DNA recombinase  29.51 
 
 		 395 aa  66.2  0.0000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0847  integrase family protein  24.22 
 
 		 374 aa  65.9  0.000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.136673  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3493  integrase  29.7 
 
 		 571 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1655  integrase/recombinase protein  25.39 
 
 		 334 aa  64.7  0.000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3048  integrase family protein  24.19 
 
 		 374 aa  65.1  0.000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0639  integrase family protein  32.37 
 
 		 374 aa  64.3  0.000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.988788  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_03811  site-specific recombinase XerD  23.2 
 
 		 327 aa  63.9  0.000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7273  integrase family protein  23.46 
 
 		 380 aa  63.9  0.000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.488643  normal  0.163849 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1220  integrase  29.23 
 
 		 286 aa  63.5  0.000000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3398  phage integrase family site specific recombinase  26.5 
 
 		 407 aa  61.2  0.00000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2435  integrase family protein  28.57 
 
 		 389 aa  60.5  0.00000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.061585  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5143  phage integrase family site specific recombinase  31.36 
 
 		 404 aa  58.5  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0463539  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2069  phage integrase  31.58 
 
 		 359 aa  59.3  0.0000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.244007  hitchhiker  0.000737798 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3178  phage integrase family protein  22.8 
 
 		 339 aa  58.9  0.0000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0368902  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2123  hypothetical protein  22.51 
 
 		 353 aa  57.4  0.0000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2455  phage integrase  21.94 
 
 		 370 aa  56.2  0.0000009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7113  integrase family protein  22.59 
 
 		 347 aa  55.5  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00596865 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3390  phage integrase  28.63 
 
 		 380 aa  55.8  0.000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.457937 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0548  hypothetical protein  29.77 
 
 		 334 aa  55.8  0.000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.271041 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0382  putative site-specific integrase/recombinase  25.19 
 
 		 204 aa  55.1  0.000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4036  prophage LambdaBa02, site-specific recombinase, phage integrase family  22.16 
 
 		 376 aa  54.3  0.000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.000000192232  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2540  integrase family protein  23.03 
 
 		 373 aa  54.3  0.000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000519986  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_04481  hypothetical protein  32.1 
 
 		 93 aa  53.9  0.000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3836  prophage LambdaBa02, site-specific recombinase phage integrase family protein protein  23.39 
 
 		 376 aa  53.9  0.000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4134  prophage lambdaba02, site-specific recombinase phage integrase family protein protein  23.39 
 
 		 376 aa  53.9  0.000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.62629  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1281  integrase family protein  29.87 
 
 		 429 aa  53.5  0.000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0441454  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1271  integrase family protein  25.55 
 
 		 331 aa  53.1  0.000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.828065  normal  0.193617 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1556  site-specific recombinase, phage integrase family  25.55 
 
 		 331 aa  52.8  0.000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2589  DNA integration/recombination/invertion protein  23.78 
 
 		 369 aa  52.8  0.000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0322  phage integrase family protein  23.01 
 
 		 379 aa  52.8  0.000009  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  decreased coverage  0.00211784  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3350  integrase  25.13 
 
 		 308 aa  52.8  0.00001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00359362  decreased coverage  0.00980373 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0636  integrase family protein  29.05 
 
 		 397 aa  52.4  0.00001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00117125  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0399  phage integrase family protein  30.28 
 
 		 337 aa  52  0.00001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0395  phage integrase family protein  25.79 
 
 		 397 aa  52.4  0.00001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.887583 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1463  site-specific recombinase, phage integrase family  23.96 
 
 		 385 aa  52  0.00002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000119227  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3805  integrase  25.56 
 
 		 332 aa  51.2  0.00002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.239705  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3278  phage integrase family site specific recombinase  29.6 
 
 		 146 aa  52  0.00002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1451  integrase family protein  24.15 
 
 		 371 aa  51.6  0.00002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0776  phage integrase  25.65 
 
 		 334 aa  51.6  0.00002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.228831  normal  0.0322595 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2734  DNA integration/recombination/invertion protein  24.2 
 
 		 369 aa  52  0.00002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.117201  hitchhiker  0.0000120563 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1721  phage integrase family protein  26.11 
 
 		 332 aa  52  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.108351  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3213  integrase family protein  28.41 
 
 		 388 aa  50.8  0.00003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0923  integrase family protein  25.6 
 
 		 363 aa  51.2  0.00003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0046  Phage integrase  26.02 
 
 		 251 aa  50.8  0.00003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.380307  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0832  Phage integrase  26.19 
 
 		 341 aa  50.8  0.00003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3933  integrase family protein  25.52 
 
 		 344 aa  50.8  0.00003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00343242  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3091  phage integrase family protein  31.25 
 
 		 384 aa  51.2  0.00003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1794  integrase family protein  23.31 
 
 		 343 aa  50.1  0.00006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0543031  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>