More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3039 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3039  phage integrase  100 
 
 		 339 aa  698    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0438  hypothetical protein  40.88 
 
 		 337 aa  227  3e-58  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0969  integrase family protein  39.71 
 
 		 348 aa  220  3e-56  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.23183  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2794  integrase family protein  41.43 
 
 		 330 aa  202  6e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2661  phage integrase  38.04 
 
 		 347 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0679447  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0446  phage integrase family protein  38.04 
 
 		 347 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.286621  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0242  integrase family protein  36.59 
 
 		 373 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3921  phage integrase family protein  39.14 
 
 		 327 aa  191  1e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.470105  hitchhiker  0.00183347 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3949  site-specific recombinase, phage integrase family  41.3 
 
 		 347 aa  189  7e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0244166  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3201  integrase family protein  36.52 
 
 		 351 aa  189  7e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.689071 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2854  integrase family protein  36.42 
 
 		 351 aa  188  1e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.820272 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3971  integrase family protein  39.75 
 
 		 340 aa  188  1e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.164476  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0535  site-specific recombinase, phage integrase family  36.57 
 
 		 413 aa  181  2e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3783  integrase family protein  37.62 
 
 		 334 aa  181  2e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0401  phage integrase family protein  34.94 
 
 		 332 aa  180  2.9999999999999997e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2809  integrase family protein  35.11 
 
 		 338 aa  172  5.999999999999999e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1808  phage integrase family site specific recombinase  36.65 
 
 		 352 aa  172  7.999999999999999e-42  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.595703  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3278  phage integrase family site specific recombinase  59.7 
 
 		 146 aa  171  1e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0495  integrase family protein  36.78 
 
 		 328 aa  169  7e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.701129  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1722  hypothetical protein  35.52 
 
 		 339 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.178853  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3654  Phage integrase  37.38 
 
 		 340 aa  165  1.0000000000000001e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000207497  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1522  phage integrase family site specific recombinase  35.33 
 
 		 339 aa  160  4e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1554  putative integrase/recombinase protein  31.59 
 
 		 354 aa  159  7e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2123  hypothetical protein  34.43 
 
 		 353 aa  155  1e-36  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1571  site-specific integrase/recombinase  35.46 
 
 		 381 aa  154  2e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0022  shufflon-specific DNA recombinase  37.41 
 
 		 375 aa  152  8e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1679  phage integrase family site specific recombinase  35.05 
 
 		 356 aa  150  4e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.229259  normal  0.0687632 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2847  phage integrase  37.1 
 
 		 366 aa  146  6e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0108  shufflon-specific DNA recombinase  36.27 
 
 		 395 aa  145  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7273  integrase family protein  35.31 
 
 		 380 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.488643  normal  0.163849 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1655  integrase/recombinase protein  34.7 
 
 		 334 aa  136  5e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0639  integrase family protein  35.74 
 
 		 374 aa  134  3e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.988788  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0847  integrase family protein  34.71 
 
 		 374 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.136673  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3048  integrase family protein  35.69 
 
 		 374 aa  129  5.0000000000000004e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1220  integrase  32.27 
 
 		 286 aa  124  3e-27  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0807  phage integrase family protein  31.97 
 
 		 323 aa  122  9.999999999999999e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2659  integrase family protein  27.92 
 
 		 531 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3132  phage integrase family site specific recombinase  37.1 
 
 		 222 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3493  integrase  27.68 
 
 		 571 aa  112  6e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3193  integrase family protein  31.21 
 
 		 365 aa  109  7.000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.175664  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3178  phage integrase family protein  27.63 
 
 		 339 aa  107  3e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0368902  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_04371  hypothetical protein  30.56 
 
 		 321 aa  105  1e-21  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7113  integrase family protein  26.76 
 
 		 347 aa  103  5e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00596865 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0471  integrase family protein  27.86 
 
 		 398 aa  98.2  2e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.116709  hitchhiker  0.000616461 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2234  integrase family protein  28.31 
 
 		 341 aa  95.5  1e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.533752  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2435  integrase family protein  28.45 
 
 		 389 aa  95.1  1e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.061585  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03598  site-specific recombinase, phage integrase family protein  27.01 
 
 		 380 aa  92.8  8e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.951563  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1126  phage integrase family protein  31.84 
 
 		 367 aa  90.5  3e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.665365  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1049  integrase family protein  27.65 
 
 		 380 aa  90.5  4e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3125  Phage integrase  28.95 
 
 		 364 aa  88.2  2e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3980  phage integrase family protein  29.58 
 
 		 365 aa  86.7  5e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.356268  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_03811  site-specific recombinase XerD  29.53 
 
 		 327 aa  86.3  6e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1794  integrase family protein  25.78 
 
 		 343 aa  86.7  6e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0543031  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1622  phage integrase family protein  27.56 
 
 		 361 aa  86.3  8e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.487409  normal  0.202066 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2042  integrase family protein  27.42 
 
 		 350 aa  82.8  0.000000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0960893  normal  0.874493 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0046  Phage integrase  32.84 
 
 		 251 aa  82.4  0.00000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.380307  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1152  integrase family protein  27.58 
 
 		 365 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.379304  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5317  integrase family protein  29.75 
 
 		 354 aa  79.3  0.00000000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5334  integrase family protein  29.75 
 
 		 354 aa  79.3  0.00000000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2576  integrase family protein  28.62 
 
 		 338 aa  78.2  0.0000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.478177  hitchhiker  0.000378812 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2030  phage integrase family protein  26.96 
 
 		 365 aa  78.2  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.755048  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2610  integrase family protein  28.62 
 
 		 338 aa  78.2  0.0000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0241311  unclonable  5.16639e-16 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2363  phage integrase family site specific recombinase  27.5 
 
 		 368 aa  77.4  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0710  Integrase protein  31.61 
 
 		 343 aa  77.4  0.0000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2121  integrase family protein  27.13 
 
 		 405 aa  77.4  0.0000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0548  hypothetical protein  32.02 
 
 		 334 aa  77  0.0000000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.271041 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01212  site-specific recombinase, resolvase family protein  25.7 
 
 		 336 aa  76.6  0.0000000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0745  phage integrase family protein  24.34 
 
 		 357 aa  76.6  0.0000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.107824 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0399  phage integrase family protein  32.53 
 
 		 337 aa  76.6  0.0000000000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1667  phage integrase family protein  37.16 
 
 		 372 aa  76.3  0.0000000000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0397  shufflon-specific DNA recombinase  24.93 
 
 		 353 aa  75.9  0.000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.759416  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2069  phage integrase  30.14 
 
 		 359 aa  75.9  0.000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.244007  hitchhiker  0.000737798 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1421  phage integrase family protein  26.18 
 
 		 351 aa  75.5  0.000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1711  integrase family protein  25.39 
 
 		 380 aa  73.6  0.000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213299  hitchhiker  0.00000987295 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0832  Phage integrase  31.22 
 
 		 341 aa  73.2  0.000000000007  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3130  integrase, putative  40.2 
 
 		 147 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.986552  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2499  phage integrase family protein  29.96 
 
 		 381 aa  71.6  0.00000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.005662  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0272  phage integrase family site specific recombinase  30.81 
 
 		 386 aa  70.9  0.00000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0366  site-specific recombinase, phage integrase family  29.25 
 
 		 387 aa  70.9  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.529105  hitchhiker  0.00000000819042 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2427  phage integrase family protein  31.58 
 
 		 414 aa  71.2  0.00000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3128  integrase family protein  30.63 
 
 		 384 aa  70.5  0.00000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.169868  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4490  phage integrase family protein  23.99 
 
 		 365 aa  70.1  0.00000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.6537  normal  0.0343494 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5550  phage integrase family protein  23.99 
 
 		 365 aa  69.7  0.00000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3070  prophage DLP12 integrase  30.62 
 
 		 369 aa  69.3  0.00000000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3005  phage integrase family site specific recombinase  30.62 
 
 		 369 aa  69.3  0.00000000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0770  phage integrase family protein  29.03 
 
 		 387 aa  69.7  0.00000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.17567  normal  0.038003 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0603  prophage DLP12 integrase  30.19 
 
 		 387 aa  69.7  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.591827  normal  0.109932 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1532  phage integrase family site specific recombinase  30.62 
 
 		 369 aa  69.3  0.00000000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3300  phage integrase family site specific recombinase  30.62 
 
 		 369 aa  69.3  0.00000000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.248425  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3233  phage integrase  24.21 
 
 		 356 aa  69.3  0.00000000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0798  integrase family protein  27.27 
 
 		 354 aa  68.9  0.0000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000196141 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0773  phage integrase family protein  27.27 
 
 		 354 aa  68.9  0.0000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0290  integrase  29.38 
 
 		 324 aa  69.3  0.0000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0955438  normal  0.658855 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0805  phage integrase family protein  27.27 
 
 		 354 aa  68.9  0.0000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.431807 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0398  shufflon-specific DNA recombinase  33.33 
 
 		 356 aa  68.9  0.0000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5143  phage integrase family site specific recombinase  32.09 
 
 		 404 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0463539  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0354  phage integrase family site specific recombinase  22.73 
 
 		 355 aa  68.2  0.0000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3586  phage integrase family protein  26.7 
 
 		 355 aa  68.6  0.0000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3122  phage integrase family protein  34.73 
 
 		 393 aa  68.2  0.0000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1556  site-specific recombinase, phage integrase family  33.14 
 
 		 331 aa  67.4  0.0000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>