More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2121 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_2121  integrase family protein  100 
 
 		 405 aa  827    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1049  integrase family protein  71.8 
 
 		 380 aa  513  1e-144  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1421  phage integrase family protein  62.39 
 
 		 351 aa  447  1.0000000000000001e-124  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2042  integrase family protein  53.33 
 
 		 350 aa  371  1e-101  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0960893  normal  0.874493 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4490  phage integrase family protein  40.06 
 
 		 365 aa  224  2e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.6537  normal  0.0343494 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5550  phage integrase family protein  40.06 
 
 		 365 aa  224  2e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1711  integrase family protein  38.3 
 
 		 380 aa  202  9e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213299  hitchhiker  0.00000987295 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1152  integrase family protein  34.73 
 
 		 365 aa  199  1.0000000000000001e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.379304  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2363  phage integrase family site specific recombinase  38.07 
 
 		 368 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0773  phage integrase family protein  38.7 
 
 		 354 aa  195  1e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0798  integrase family protein  38.7 
 
 		 354 aa  195  1e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000196141 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3586  phage integrase family protein  38.39 
 
 		 355 aa  194  2e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0805  phage integrase family protein  38.08 
 
 		 354 aa  194  3e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.431807 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2030  phage integrase family protein  37.31 
 
 		 365 aa  194  3e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.755048  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0745  phage integrase family protein  36.7 
 
 		 357 aa  192  8e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.107824 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3233  phage integrase  36.73 
 
 		 356 aa  187  3e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1622  phage integrase family protein  35.06 
 
 		 361 aa  183  5.0000000000000004e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.487409  normal  0.202066 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0354  phage integrase family site specific recombinase  35.38 
 
 		 355 aa  181  2e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0398  shufflon-specific DNA recombinase  35.03 
 
 		 356 aa  163  5.0000000000000005e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3455  putative integrase/recombinase  31.25 
 
 		 362 aa  157  4e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.375642  normal  0.439237 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03598  site-specific recombinase, phage integrase family protein  30.75 
 
 		 380 aa  150  4e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.951563  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0438  hypothetical protein  31.15 
 
 		 337 aa  137  4e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2661  phage integrase  30.53 
 
 		 347 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0679447  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0446  phage integrase family protein  30.53 
 
 		 347 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.286621  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0401  phage integrase family protein  32.19 
 
 		 332 aa  135  1.9999999999999998e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3201  integrase family protein  31.49 
 
 		 351 aa  133  6.999999999999999e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.689071 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2854  integrase family protein  31.77 
 
 		 351 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.820272 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3949  site-specific recombinase, phage integrase family  31.21 
 
 		 347 aa  130  3e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0244166  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1722  hypothetical protein  33.06 
 
 		 339 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.178853  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3783  integrase family protein  31.78 
 
 		 334 aa  129  7.000000000000001e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1808  phage integrase family site specific recombinase  32.25 
 
 		 352 aa  128  2.0000000000000002e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.595703  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1522  phage integrase family site specific recombinase  32.58 
 
 		 339 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3971  integrase family protein  31.09 
 
 		 340 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.164476  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2809  integrase family protein  28.87 
 
 		 338 aa  123  5e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0397  shufflon-specific DNA recombinase  28.45 
 
 		 353 aa  122  9.999999999999999e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.759416  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3654  Phage integrase  29.86 
 
 		 340 aa  121  3e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000207497  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3921  phage integrase family protein  31.1 
 
 		 327 aa  118  1.9999999999999998e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.470105  hitchhiker  0.00183347 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0639  integrase family protein  41.71 
 
 		 374 aa  117  3e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.988788  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0969  integrase family protein  29.69 
 
 		 348 aa  115  2.0000000000000002e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.23183  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0495  integrase family protein  29.68 
 
 		 328 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.701129  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0535  site-specific recombinase, phage integrase family  29.05 
 
 		 413 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3048  integrase family protein  38.42 
 
 		 374 aa  110  3e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0847  integrase family protein  37.5 
 
 		 374 aa  110  6e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.136673  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2794  integrase family protein  30.28 
 
 		 330 aa  106  6e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1554  putative integrase/recombinase protein  28.98 
 
 		 354 aa  104  2e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0108  shufflon-specific DNA recombinase  40.34 
 
 		 395 aa  104  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1679  phage integrase family site specific recombinase  39.46 
 
 		 356 aa  103  4e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.229259  normal  0.0687632 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2847  phage integrase  33.71 
 
 		 366 aa  101  3e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0022  shufflon-specific DNA recombinase  40.85 
 
 		 375 aa  96.3  8e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0807  phage integrase family protein  30.14 
 
 		 323 aa  96.3  9e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7273  integrase family protein  39.19 
 
 		 380 aa  95.9  1e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.488643  normal  0.163849 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7113  integrase family protein  30.03 
 
 		 347 aa  95.1  2e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00596865 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0242  integrase family protein  28.91 
 
 		 373 aa  93.2  7e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2069  phage integrase  30.35 
 
 		 359 aa  92.4  1e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.244007  hitchhiker  0.000737798 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2123  hypothetical protein  26.74 
 
 		 353 aa  90.5  5e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01212  site-specific recombinase, resolvase family protein  34.31 
 
 		 336 aa  88.6  2e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1126  phage integrase family protein  27.73 
 
 		 367 aa  85.5  0.000000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.665365  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_04371  hypothetical protein  25.43 
 
 		 321 aa  84  0.000000000000004  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3039  phage integrase  28.26 
 
 		 339 aa  82  0.00000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1571  site-specific integrase/recombinase  26.76 
 
 		 381 aa  80.5  0.00000000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1281  integrase family protein  33.79 
 
 		 429 aa  79.3  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0441454  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3178  phage integrase family protein  27.22 
 
 		 339 aa  79  0.0000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0368902  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0832  Phage integrase  25.48 
 
 		 341 aa  77.4  0.0000000000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3132  phage integrase family site specific recombinase  29.95 
 
 		 222 aa  77  0.0000000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0548  hypothetical protein  32 
 
 		 334 aa  75.1  0.000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.271041 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32670  hypothetical protein  47.13 
 
 		 151 aa  75.1  0.000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003284  integrase  30.87 
 
 		 401 aa  73.9  0.000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0399  phage integrase family protein  32 
 
 		 337 aa  74.3  0.000000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5334  integrase family protein  28.29 
 
 		 354 aa  73.2  0.000000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5317  integrase family protein  28.29 
 
 		 354 aa  73.2  0.000000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2659  integrase family protein  34.04 
 
 		 531 aa  72.8  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0366  site-specific recombinase, phage integrase family  29.11 
 
 		 387 aa  71.2  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.529105  hitchhiker  0.00000000819042 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0382  putative site-specific integrase/recombinase  31.47 
 
 		 204 aa  70.9  0.00000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_03811  site-specific recombinase XerD  25.43 
 
 		 327 aa  70.5  0.00000000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00486  predicted integrase  28.03 
 
 		 387 aa  70.1  0.00000000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00491  hypothetical protein  28.03 
 
 		 387 aa  70.1  0.00000000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3278  phage integrase family site specific recombinase  37.5 
 
 		 146 aa  69.3  0.0000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0600  prophage DLP12 integrase  27.95 
 
 		 387 aa  68.2  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000371504 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0603  prophage DLP12 integrase  27.95 
 
 		 387 aa  68.6  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.591827  normal  0.109932 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2435  integrase family protein  34.53 
 
 		 389 aa  68.2  0.0000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.061585  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1667  phage integrase family protein  33.12 
 
 		 372 aa  67.8  0.0000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0290  integrase  27.22 
 
 		 324 aa  67.4  0.0000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0955438  normal  0.658855 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3300  phage integrase family site specific recombinase  27.81 
 
 		 369 aa  67.4  0.0000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.248425  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3005  phage integrase family site specific recombinase  27.81 
 
 		 369 aa  67.4  0.0000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1532  phage integrase family site specific recombinase  27.81 
 
 		 369 aa  67.4  0.0000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3070  prophage DLP12 integrase  27.81 
 
 		 369 aa  67.4  0.0000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2002  phage integrase  29.38 
 
 		 188 aa  67  0.0000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0046  Phage integrase  30.82 
 
 		 251 aa  66.6  0.0000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.380307  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0287  site-specific recombinase, phage integrase family  30.14 
 
 		 412 aa  65.5  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1794  integrase family protein  26.78 
 
 		 343 aa  66.2  0.000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0543031  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3274  phage integrase family site specific recombinase  28.48 
 
 		 159 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3493  integrase  30.86 
 
 		 571 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0322  phage integrase family protein  25.37 
 
 		 379 aa  65.1  0.000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  decreased coverage  0.00211784  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1428  integrase family protein  31.13 
 
 		 421 aa  65.1  0.000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1271  integrase family protein  27.91 
 
 		 331 aa  63.5  0.000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.828065  normal  0.193617 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1556  site-specific recombinase, phage integrase family  27.91 
 
 		 331 aa  63.5  0.000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1092  phage integrase  29.93 
 
 		 276 aa  63.5  0.000000006  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.00970061  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1655  integrase/recombinase protein  26.7 
 
 		 334 aa  63.2  0.000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3128  integrase family protein  29.53 
 
 		 384 aa  63.2  0.000000009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.169868  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3398  phage integrase family site specific recombinase  25.09 
 
 		 407 aa  63.2  0.000000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>