More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_2854 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_3201  integrase family protein  96.3 
 
 		 351 aa  689    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.689071 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2854  integrase family protein  100 
 
 		 351 aa  713    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.820272 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2661  phage integrase  87.5 
 
 		 347 aa  625  1e-178  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0679447  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0446  phage integrase family protein  87.5 
 
 		 347 aa  625  1e-178  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.286621  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0535  site-specific recombinase, phage integrase family  67.34 
 
 		 413 aa  497  1e-139  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0401  phage integrase family protein  40.29 
 
 		 332 aa  220  3e-56  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1808  phage integrase family site specific recombinase  39.95 
 
 		 352 aa  216  5.9999999999999996e-55  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.595703  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0438  hypothetical protein  38.57 
 
 		 337 aa  215  9.999999999999999e-55  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0969  integrase family protein  40.4 
 
 		 348 aa  214  1.9999999999999998e-54  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.23183  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3921  phage integrase family protein  37.9 
 
 		 327 aa  211  2e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.470105  hitchhiker  0.00183347 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3949  site-specific recombinase, phage integrase family  39.35 
 
 		 347 aa  206  4e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0244166  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7273  integrase family protein  42.71 
 
 		 380 aa  205  7e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.488643  normal  0.163849 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2809  integrase family protein  40.52 
 
 		 338 aa  204  1e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2794  integrase family protein  39.76 
 
 		 330 aa  202  9e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3971  integrase family protein  40.48 
 
 		 340 aa  200  3e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.164476  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3654  Phage integrase  40.34 
 
 		 340 aa  199  9e-50  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000207497  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1722  hypothetical protein  38.97 
 
 		 339 aa  198  9e-50  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.178853  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1522  phage integrase family site specific recombinase  40.11 
 
 		 339 aa  194  2e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3783  integrase family protein  38.31 
 
 		 334 aa  194  2e-48  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3039  phage integrase  36.42 
 
 		 339 aa  188  1e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0108  shufflon-specific DNA recombinase  42.71 
 
 		 395 aa  187  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0022  shufflon-specific DNA recombinase  40.89 
 
 		 375 aa  187  2e-46  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0639  integrase family protein  42.57 
 
 		 374 aa  179  8e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.988788  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3048  integrase family protein  41.36 
 
 		 374 aa  178  1e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0847  integrase family protein  39.74 
 
 		 374 aa  178  2e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.136673  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2123  hypothetical protein  34.99 
 
 		 353 aa  176  4e-43  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1679  phage integrase family site specific recombinase  41.94 
 
 		 356 aa  172  6.999999999999999e-42  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.229259  normal  0.0687632 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1554  putative integrase/recombinase protein  33.42 
 
 		 354 aa  167  2.9999999999999998e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0242  integrase family protein  33.94 
 
 		 373 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0495  integrase family protein  32.18 
 
 		 328 aa  160  3e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.701129  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0807  phage integrase family protein  35.67 
 
 		 323 aa  156  6e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3132  phage integrase family site specific recombinase  38.24 
 
 		 222 aa  143  5e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1571  site-specific integrase/recombinase  30.79 
 
 		 381 aa  140  4.999999999999999e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1049  integrase family protein  32.31 
 
 		 380 aa  140  4.999999999999999e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2847  phage integrase  34.15 
 
 		 366 aa  138  2e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0416  phage integrase family site specific recombinase  75 
 
 		 98 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0046  Phage integrase  36.44 
 
 		 251 aa  134  3e-30  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.380307  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1655  integrase/recombinase protein  33.9 
 
 		 334 aa  132  6.999999999999999e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2121  integrase family protein  31.77 
 
 		 405 aa  125  1e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3178  phage integrase family protein  30.57 
 
 		 339 aa  124  2e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0368902  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5317  integrase family protein  34.46 
 
 		 354 aa  124  3e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5334  integrase family protein  34.46 
 
 		 354 aa  124  3e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1421  phage integrase family protein  29.78 
 
 		 351 aa  121  1.9999999999999998e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7113  integrase family protein  30.95 
 
 		 347 aa  120  3e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00596865 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1152  integrase family protein  28.37 
 
 		 365 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.379304  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2069  phage integrase  30.46 
 
 		 359 aa  116  5e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.244007  hitchhiker  0.000737798 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2042  integrase family protein  28.53 
 
 		 350 aa  111  2.0000000000000002e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0960893  normal  0.874493 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0322  phage integrase family protein  28.67 
 
 		 379 aa  110  3e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  decreased coverage  0.00211784  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1794  integrase family protein  28.49 
 
 		 343 aa  105  1e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0543031  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0399  phage integrase family protein  32.03 
 
 		 337 aa  105  2e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3125  Phage integrase  30.51 
 
 		 364 aa  102  9e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01212  site-specific recombinase, resolvase family protein  25.07 
 
 		 336 aa  100  3e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_04371  hypothetical protein  28.28 
 
 		 321 aa  97.8  3e-19  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1667  phage integrase family protein  42.48 
 
 		 372 aa  97.4  4e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1126  phage integrase family protein  29.59 
 
 		 367 aa  97.1  5e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.665365  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0272  phage integrase family site specific recombinase  31.93 
 
 		 386 aa  96.3  8e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3493  integrase  29.64 
 
 		 571 aa  94.4  2e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1622  phage integrase family protein  29.34 
 
 		 361 aa  94.7  2e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.487409  normal  0.202066 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2234  integrase family protein  29.89 
 
 		 341 aa  94.4  3e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.533752  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1111  phage integrase family protein  27.94 
 
 		 329 aa  94.4  3e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.30334  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1633  Phage integrase  25 
 
 		 368 aa  93.2  6e-18  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.576304  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2363  phage integrase family site specific recombinase  28.27 
 
 		 368 aa  92.8  9e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3193  integrase family protein  28.18 
 
 		 365 aa  92.4  1e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.175664  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1220  integrase  29.48 
 
 		 286 aa  92  1e-17  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_03811  site-specific recombinase XerD  28.65 
 
 		 327 aa  91.7  2e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0636  integrase family protein  31.25 
 
 		 397 aa  90.9  3e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00117125  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0603  prophage DLP12 integrase  31.86 
 
 		 387 aa  90.1  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.591827  normal  0.109932 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0770  phage integrase family protein  30.7 
 
 		 387 aa  90.5  4e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.17567  normal  0.038003 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3455  putative integrase/recombinase  30.21 
 
 		 362 aa  90.1  6e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.375642  normal  0.439237 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0290  integrase  31.96 
 
 		 324 aa  89.4  8e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0955438  normal  0.658855 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0600  prophage DLP12 integrase  32.27 
 
 		 387 aa  88.2  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000371504 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2659  integrase family protein  26.3 
 
 		 531 aa  88.2  2e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1037  phage integrase family protein  26.88 
 
 		 372 aa  87.8  2e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.197081  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2499  phage integrase family protein  30.27 
 
 		 381 aa  87.8  3e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.005662  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2610  integrase family protein  30 
 
 		 338 aa  87  4e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0241311  unclonable  5.16639e-16 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2576  integrase family protein  30 
 
 		 338 aa  87  4e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.478177  hitchhiker  0.000378812 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1619  phage integrase family protein  34.05 
 
 		 286 aa  86.7  6e-16  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3565  phage integrase family protein  28.3 
 
 		 402 aa  86.3  7e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000473566  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0832  Phage integrase  24.91 
 
 		 341 aa  85.5  0.000000000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3980  phage integrase family protein  27.93 
 
 		 365 aa  85.9  0.000000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.356268  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0366  site-specific recombinase, phage integrase family  30.18 
 
 		 387 aa  85.5  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.529105  hitchhiker  0.00000000819042 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0548  hypothetical protein  31.84 
 
 		 334 aa  85.1  0.000000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.271041 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1281  integrase family protein  28.36 
 
 		 429 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0441454  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0471  integrase family protein  26.09 
 
 		 398 aa  84.7  0.000000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.116709  hitchhiker  0.000616461 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1807  integrase family protein  25.68 
 
 		 278 aa  84.3  0.000000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.73649  hitchhiker  0.0000891918 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3878  integrase family protein  27.27 
 
 		 380 aa  84.3  0.000000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5550  phage integrase family protein  25.41 
 
 		 365 aa  84  0.000000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3128  integrase family protein  31.3 
 
 		 384 aa  83.6  0.000000000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.169868  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00486  predicted integrase  31.53 
 
 		 387 aa  83.2  0.000000000000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4490  phage integrase family protein  25.41 
 
 		 365 aa  82.8  0.000000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.6537  normal  0.0343494 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00491  hypothetical protein  31.53 
 
 		 387 aa  83.2  0.000000000000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1009  shufflon-specific DNA recombinase  50 
 
 		 111 aa  82.4  0.00000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.173474  hitchhiker  0.000000000551255 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0996  phage integrase family protein  30.13 
 
 		 387 aa  81.3  0.00000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000294682 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3005  phage integrase family site specific recombinase  31.84 
 
 		 369 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3300  phage integrase family site specific recombinase  31.84 
 
 		 369 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.248425  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3070  prophage DLP12 integrase  31.84 
 
 		 369 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1532  phage integrase family site specific recombinase  31.84 
 
 		 369 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0165  integrase family protein  32.82 
 
 		 369 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3585  phage integrase  28.73 
 
 		 411 aa  80.5  0.00000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.597607 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1428  integrase family protein  24.27 
 
 		 421 aa  80.5  0.00000000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>