More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0847 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012880  Dd703_3048  integrase family protein  96.52 
 
 		 374 aa  742    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0847  integrase family protein  100 
 
 		 374 aa  768    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.136673  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0639  integrase family protein  79.14 
 
 		 374 aa  616  1e-175  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.988788  n/a   
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0108  shufflon-specific DNA recombinase  63.16 
 
 		 395 aa  481  1e-135  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0022  shufflon-specific DNA recombinase  53.48 
 
 		 375 aa  352  5.9999999999999994e-96  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7273  integrase family protein  47.98 
 
 		 380 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.488643  normal  0.163849 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0438  hypothetical protein  39.58 
 
 		 337 aa  190  2.9999999999999997e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3654  Phage integrase  37.58 
 
 		 340 aa  186  8e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000207497  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0535  site-specific recombinase, phage integrase family  43.77 
 
 		 413 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3783  integrase family protein  37.19 
 
 		 334 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3201  integrase family protein  41.36 
 
 		 351 aa  182  1e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.689071 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2661  phage integrase  41.5 
 
 		 347 aa  181  2e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0679447  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0446  phage integrase family protein  41.5 
 
 		 347 aa  181  2e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.286621  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2794  integrase family protein  38.68 
 
 		 330 aa  180  4e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1679  phage integrase family site specific recombinase  38.62 
 
 		 356 aa  178  1e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.229259  normal  0.0687632 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2854  integrase family protein  39.74 
 
 		 351 aa  178  2e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.820272 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2847  phage integrase  37.72 
 
 		 366 aa  177  2e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3971  integrase family protein  42.09 
 
 		 340 aa  176  6e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.164476  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3949  site-specific recombinase, phage integrase family  39.57 
 
 		 347 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0244166  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2809  integrase family protein  36.73 
 
 		 338 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1554  putative integrase/recombinase protein  38.23 
 
 		 354 aa  173  3.9999999999999995e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3921  phage integrase family protein  38.77 
 
 		 327 aa  171  2e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.470105  hitchhiker  0.00183347 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0969  integrase family protein  39.53 
 
 		 348 aa  169  6e-41  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.23183  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0401  phage integrase family protein  38.25 
 
 		 332 aa  164  3e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0495  integrase family protein  37.46 
 
 		 328 aa  163  5.0000000000000005e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.701129  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0807  phage integrase family protein  37.3 
 
 		 323 aa  156  4e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1571  site-specific integrase/recombinase  33.56 
 
 		 381 aa  155  1e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1722  hypothetical protein  36 
 
 		 339 aa  153  4e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.178853  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1522  phage integrase family site specific recombinase  36.58 
 
 		 339 aa  149  6e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0242  integrase family protein  35.22 
 
 		 373 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1808  phage integrase family site specific recombinase  36.57 
 
 		 352 aa  142  9.999999999999999e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.595703  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1220  integrase  34.29 
 
 		 286 aa  140  4.999999999999999e-32  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1655  integrase/recombinase protein  33.92 
 
 		 334 aa  139  1e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3132  phage integrase family site specific recombinase  37.5 
 
 		 222 aa  137  2e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1794  integrase family protein  33.21 
 
 		 343 aa  133  5e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0543031  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3039  phage integrase  34.71 
 
 		 339 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2123  hypothetical protein  31.32 
 
 		 353 aa  117  3.9999999999999997e-25  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2234  integrase family protein  31.23 
 
 		 341 aa  114  4.0000000000000004e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.533752  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3125  Phage integrase  31.27 
 
 		 364 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7113  integrase family protein  31.1 
 
 		 347 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00596865 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0046  Phage integrase  32.77 
 
 		 251 aa  111  2.0000000000000002e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.380307  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2121  integrase family protein  37.5 
 
 		 405 aa  110  5e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1126  phage integrase family protein  31.01 
 
 		 367 aa  109  9.000000000000001e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.665365  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2069  phage integrase  34.32 
 
 		 359 aa  107  3e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.244007  hitchhiker  0.000737798 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2659  integrase family protein  27.93 
 
 		 531 aa  107  4e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0272  phage integrase family site specific recombinase  30.18 
 
 		 386 aa  107  5e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_03811  site-specific recombinase XerD  33.57 
 
 		 327 aa  105  1e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2042  integrase family protein  32.13 
 
 		 350 aa  105  2e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0960893  normal  0.874493 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0397  shufflon-specific DNA recombinase  42.65 
 
 		 353 aa  104  2e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.759416  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3178  phage integrase family protein  30.58 
 
 		 339 aa  103  5e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0368902  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5334  integrase family protein  30.38 
 
 		 354 aa  102  1e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5317  integrase family protein  30.38 
 
 		 354 aa  102  1e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_04371  hypothetical protein  28.87 
 
 		 321 aa  102  1e-20  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01212  site-specific recombinase, resolvase family protein  29.73 
 
 		 336 aa  101  2e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1049  integrase family protein  36.02 
 
 		 380 aa  100  4e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0600  prophage DLP12 integrase  28.62 
 
 		 387 aa  100  6e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000371504 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0399  phage integrase family protein  32.51 
 
 		 337 aa  98.6  2e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1421  phage integrase family protein  31.62 
 
 		 351 aa  97.4  4e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2363  phage integrase family site specific recombinase  30.12 
 
 		 368 aa  96.7  6e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0382  putative site-specific integrase/recombinase  32.84 
 
 		 204 aa  95.9  9e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0603  prophage DLP12 integrase  27.92 
 
 		 387 aa  95.1  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.591827  normal  0.109932 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0398  shufflon-specific DNA recombinase  35.33 
 
 		 356 aa  94.4  3e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1622  phage integrase family protein  29.27 
 
 		 361 aa  93.6  5e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.487409  normal  0.202066 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0290  integrase  28.46 
 
 		 324 aa  92  1e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0955438  normal  0.658855 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1009  shufflon-specific DNA recombinase  55.68 
 
 		 111 aa  92.4  1e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.173474  hitchhiker  0.000000000551255 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1711  integrase family protein  27.65 
 
 		 380 aa  92.4  1e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213299  hitchhiker  0.00000987295 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0783  integrase family protein  31.02 
 
 		 465 aa  91.7  2e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.282397  normal  0.170816 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0636  integrase family protein  30.89 
 
 		 397 aa  91.7  2e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00117125  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3493  integrase  28.14 
 
 		 571 aa  91.7  2e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3980  phage integrase family protein  29.39 
 
 		 365 aa  90.9  3e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.356268  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3455  putative integrase/recombinase  29.41 
 
 		 362 aa  90.9  3e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.375642  normal  0.439237 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00486  predicted integrase  28.01 
 
 		 387 aa  90.9  4e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3193  integrase family protein  27.34 
 
 		 365 aa  90.5  4e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.175664  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00491  hypothetical protein  28.01 
 
 		 387 aa  90.9  4e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1281  integrase family protein  28.04 
 
 		 429 aa  90.5  4e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0441454  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0165  integrase family protein  31.77 
 
 		 369 aa  90.5  5e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3565  phage integrase family protein  31.28 
 
 		 402 aa  90.1  6e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000473566  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0366  site-specific recombinase, phage integrase family  27.94 
 
 		 387 aa  89.7  7e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.529105  hitchhiker  0.00000000819042 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0996  phage integrase family protein  27.24 
 
 		 387 aa  89  1e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000294682 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1152  integrase family protein  32.29 
 
 		 365 aa  87  4e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.379304  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0395  phage integrase family protein  28.42 
 
 		 397 aa  87.4  4e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.887583 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1456  integrase family protein  24.37 
 
 		 337 aa  85.9  0.000000000000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.699839  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0322  phage integrase family protein  30 
 
 		 379 aa  85.1  0.000000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  decreased coverage  0.00211784  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0548  hypothetical protein  28.38 
 
 		 334 aa  83.6  0.000000000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.271041 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3128  integrase family protein  29.28 
 
 		 384 aa  83.6  0.000000000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.169868  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5550  phage integrase family protein  27.88 
 
 		 365 aa  83.2  0.000000000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3005  phage integrase family site specific recombinase  31.18 
 
 		 369 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3070  prophage DLP12 integrase  31.18 
 
 		 369 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1532  phage integrase family site specific recombinase  31.18 
 
 		 369 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3300  phage integrase family site specific recombinase  31.18 
 
 		 369 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.248425  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1016  integrase family protein  32.52 
 
 		 412 aa  81.3  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2030  phage integrase family protein  27.49 
 
 		 365 aa  81.6  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.755048  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3122  phage integrase family protein  29.86 
 
 		 393 aa  81.6  0.00000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1909  integrase family protein  31.19 
 
 		 333 aa  81.3  0.00000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.838759  hitchhiker  0.00000212902 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4490  phage integrase family protein  27.97 
 
 		 365 aa  80.9  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.6537  normal  0.0343494 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1337  integrase family protein  30.37 
 
 		 392 aa  80.1  0.00000000000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0155558  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0770  phage integrase family protein  29.44 
 
 		 387 aa  78.2  0.0000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.17567  normal  0.038003 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3278  phage integrase family site specific recombinase  40.98 
 
 		 146 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2499  phage integrase family protein  30.49 
 
 		 381 aa  77.8  0.0000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.005662  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3585  phage integrase  29.63 
 
 		 411 aa  76.6  0.0000000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.597607 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>