More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_1909 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_1909  integrase family protein  100 
 
 		 333 aa  679    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.838759  hitchhiker  0.00000212902 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2283  phage integrase family protein  27.24 
 
 		 331 aa  86.3  8e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1271  integrase family protein  31.7 
 
 		 331 aa  85.5  0.000000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.828065  normal  0.193617 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1556  site-specific recombinase, phage integrase family  31.7 
 
 		 331 aa  85.1  0.000000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1126  phage integrase family protein  32.45 
 
 		 367 aa  83.6  0.000000000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.665365  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0847  integrase family protein  31.19 
 
 		 374 aa  81.3  0.00000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.136673  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7273  integrase family protein  31.25 
 
 		 380 aa  79.7  0.00000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.488643  normal  0.163849 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0639  integrase family protein  32.3 
 
 		 374 aa  78.6  0.0000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.988788  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3048  integrase family protein  30.73 
 
 		 374 aa  78.2  0.0000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0322  phage integrase family protein  25.81 
 
 		 379 aa  75.1  0.000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  decreased coverage  0.00211784  n/a   
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0022  shufflon-specific DNA recombinase  30.39 
 
 		 375 aa  73.9  0.000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0438  hypothetical protein  29.14 
 
 		 337 aa  72.8  0.000000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3654  Phage integrase  27.85 
 
 		 340 aa  70.9  0.00000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000207497  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2661  phage integrase  28.03 
 
 		 347 aa  71.2  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0679447  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0446  phage integrase family protein  28.03 
 
 		 347 aa  71.2  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.286621  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3949  site-specific recombinase, phage integrase family  29.38 
 
 		 347 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0244166  n/a   
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0108  shufflon-specific DNA recombinase  28.97 
 
 		 395 aa  67.4  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2069  phage integrase  28.5 
 
 		 359 aa  67.8  0.0000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.244007  hitchhiker  0.000737798 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3201  integrase family protein  28.46 
 
 		 351 aa  67  0.0000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.689071 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0636  integrase family protein  24.67 
 
 		 397 aa  67  0.0000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00117125  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3971  integrase family protein  30.73 
 
 		 340 aa  66.6  0.0000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.164476  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3921  phage integrase family protein  28.44 
 
 		 327 aa  66.6  0.0000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.470105  hitchhiker  0.00183347 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1349  integrase family protein  27.84 
 
 		 291 aa  66.2  0.0000000007  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2794  integrase family protein  26.84 
 
 		 330 aa  66.2  0.0000000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2123  hypothetical protein  24.83 
 
 		 353 aa  66.2  0.0000000007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0807  phage integrase family protein  25.8 
 
 		 323 aa  66.2  0.0000000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2809  integrase family protein  29.66 
 
 		 338 aa  65.9  0.0000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5317  integrase family protein  25.4 
 
 		 354 aa  65.9  0.0000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5334  integrase family protein  25.4 
 
 		 354 aa  65.9  0.0000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0969  integrase family protein  25.9 
 
 		 348 aa  65.5  0.000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.23183  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2854  integrase family protein  28.57 
 
 		 351 aa  64.7  0.000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.820272 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1554  putative integrase/recombinase protein  26.79 
 
 		 354 aa  63.9  0.000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1281  integrase family protein  30.32 
 
 		 429 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0441454  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1082  integrase family protein  26.34 
 
 		 290 aa  63.9  0.000000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1571  site-specific integrase/recombinase  26.64 
 
 		 381 aa  62  0.00000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4399  integrase family protein  26.85 
 
 		 376 aa  62  0.00000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.685705  normal  0.0426652 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3721  phage integrase family protein  27.03 
 
 		 376 aa  61.6  0.00000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2499  phage integrase family protein  28.16 
 
 		 381 aa  61.2  0.00000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.005662  normal  1 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0044  phage integrase family site specific recombinase  27.03 
 
 		 376 aa  61.2  0.00000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.374231  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0535  site-specific recombinase, phage integrase family  26.25 
 
 		 413 aa  60.8  0.00000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1619  phage integrase family protein  26.11 
 
 		 286 aa  60.8  0.00000003  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1583  phage integrase family protein  30.56 
 
 		 451 aa  60.8  0.00000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0046  Phage integrase  26.16 
 
 		 251 aa  60.5  0.00000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.380307  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1584  phage integrase family protein  27.03 
 
 		 376 aa  60.5  0.00000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1465  integrase family protein  24.92 
 
 		 334 aa  60.1  0.00000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.890522 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2847  phage integrase  27.27 
 
 		 366 aa  60.1  0.00000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3565  phage integrase family protein  26.49 
 
 		 402 aa  60.1  0.00000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000473566  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3122  phage integrase family protein  32.59 
 
 		 393 aa  59.7  0.00000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0045  phage integrase family site specific recombinase  31.25 
 
 		 456 aa  59.3  0.00000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.869382  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3398  phage integrase family site specific recombinase  27.1 
 
 		 407 aa  59.3  0.0000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4398  integrase family protein  30.56 
 
 		 451 aa  58.9  0.0000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0364227  hitchhiker  0.00879025 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3274  phage integrase family site specific recombinase  29.61 
 
 		 159 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1522  phage integrase family site specific recombinase  27.27 
 
 		 339 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1456  integrase family protein  23.11 
 
 		 337 aa  58.5  0.0000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.699839  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0526  phage integrase family protein  28.57 
 
 		 189 aa  58.9  0.0000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0707528  normal  0.625905 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3720  phage integrase family protein  30.56 
 
 		 451 aa  59.3  0.0000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2157  phage integrase  28.72 
 
 		 363 aa  58.5  0.0000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0421336  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0710  Integrase protein  30.52 
 
 		 343 aa  57.8  0.0000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3783  integrase family protein  31.3 
 
 		 334 aa  58.2  0.0000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0548  hypothetical protein  27.74 
 
 		 334 aa  58.2  0.0000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.271041 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3986  phage integrase family site specific recombinase  27.27 
 
 		 172 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2810  integrase  23.65 
 
 		 336 aa  57  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3738  hypothetical protein  29.93 
 
 		 384 aa  56.6  0.0000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1633  phage integrase  29.08 
 
 		 362 aa  56.6  0.0000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3213  integrase family protein  28.14 
 
 		 388 aa  56.6  0.0000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1421  phage integrase family protein  25.1 
 
 		 351 aa  56.6  0.0000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0399  phage integrase family protein  30.94 
 
 		 337 aa  56.6  0.0000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1711  integrase family protein  25 
 
 		 380 aa  56.2  0.0000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213299  hitchhiker  0.00000987295 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1722  hypothetical protein  26.72 
 
 		 339 aa  56.2  0.0000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.178853  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003284  integrase  27.73 
 
 		 401 aa  55.8  0.000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0092  integrase family protein  26.74 
 
 		 270 aa  55.8  0.000001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.554655  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2649  integrase family protein  26.34 
 
 		 333 aa  55.5  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.413706  hitchhiker  0.000000656425 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05002  integrase  22.9 
 
 		 345 aa  55.5  0.000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3455  putative integrase/recombinase  26.91 
 
 		 362 aa  55.1  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.375642  normal  0.439237 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0395  phage integrase family protein  31.82 
 
 		 397 aa  55.1  0.000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.887583 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3091  phage integrase family protein  29.93 
 
 		 384 aa  55.1  0.000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1100  phage integrase family protein  26.29 
 
 		 383 aa  53.9  0.000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0758  phage integrase family protein  23.5 
 
 		 304 aa  53.9  0.000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  decreased coverage  0.000222973  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3507  phage integrase family protein  22.22 
 
 		 345 aa  53.9  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000014558 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4851  integrase family protein  23.24 
 
 		 294 aa  53.5  0.000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1320  tyrosine recombinase XerD  25.2 
 
 		 302 aa  52.8  0.000008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0669  phage integrase family protein  34.85 
 
 		 343 aa  52.8  0.000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1152  integrase family protein  44.26 
 
 		 365 aa  52.4  0.00001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.379304  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0636  phage integrase family site specific recombinase  32.33 
 
 		 308 aa  52.4  0.00001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0037  integrase-recombinase protein  24.02 
 
 		 285 aa  52.4  0.00001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.491877  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1679  phage integrase family site specific recombinase  33.56 
 
 		 356 aa  52  0.00001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.229259  normal  0.0687632 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0211  integrase family protein  23.35 
 
 		 384 aa  52.4  0.00001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000967186 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0805  site-specific recombinase/integrase  29.1 
 
 		 396 aa  52  0.00001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0116297  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2647  phage integrase family protein  33.83 
 
 		 315 aa  52.4  0.00001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0631  phage integrase family site specific recombinase  32.33 
 
 		 308 aa  52.4  0.00001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.45439  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2344  phage integrase  25.37 
 
 		 322 aa  52  0.00001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0456613  normal  0.219342 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0926  phage integrase family site specific recombinase  22.46 
 
 		 354 aa  52.4  0.00001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.00000719898  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2105  tyrosine recombinase XerD  22.22 
 
 		 297 aa  52.4  0.00001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.179497  hitchhiker  0.00877552 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_03811  site-specific recombinase XerD  28.78 
 
 		 327 aa  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0818  tyrosine recombinase XerC  20.18 
 
 		 296 aa  51.2  0.00002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.368613  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1238  integrase family protein  27.67 
 
 		 617 aa  51.2  0.00002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.375916 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1137  phage integrase  26.42 
 
 		 296 aa  51.6  0.00002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2861  tyrosine recombinase XerD subunit  30.59 
 
 		 313 aa  51.6  0.00002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.67951  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1917  integrase  23.18 
 
 		 375 aa  51.6  0.00002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2497  integrase family protein  23.25 
 
 		 308 aa  51.2  0.00002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>