102 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_2234 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_2234  integrase family protein  100 
 
 		 341 aa  697    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.533752  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1794  integrase family protein  59.48 
 
 		 343 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0543031  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2576  integrase family protein  42.69 
 
 		 338 aa  243  5e-63  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.478177  hitchhiker  0.000378812 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2610  integrase family protein  42.69 
 
 		 338 aa  243  5e-63  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0241311  unclonable  5.16639e-16 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1655  integrase/recombinase protein  42.07 
 
 		 334 aa  228  1e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3178  phage integrase family protein  38.33 
 
 		 339 aa  217  2.9999999999999998e-55  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0368902  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1220  integrase  36.55 
 
 		 286 aa  159  5e-38  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3193  integrase family protein  32.29 
 
 		 365 aa  150  3e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.175664  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3971  integrase family protein  31.83 
 
 		 340 aa  123  5e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.164476  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3921  phage integrase family protein  29.46 
 
 		 327 aa  121  1.9999999999999998e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.470105  hitchhiker  0.00183347 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2794  integrase family protein  29.89 
 
 		 330 aa  119  6e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1679  phage integrase family site specific recombinase  29.11 
 
 		 356 aa  119  9e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.229259  normal  0.0687632 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1554  putative integrase/recombinase protein  30.17 
 
 		 354 aa  119  9.999999999999999e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0969  integrase family protein  30.28 
 
 		 348 aa  118  9.999999999999999e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.23183  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3949  site-specific recombinase, phage integrase family  30.86 
 
 		 347 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0244166  n/a   
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0108  shufflon-specific DNA recombinase  32.36 
 
 		 395 aa  115  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3654  Phage integrase  28.49 
 
 		 340 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000207497  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7113  integrase family protein  30.73 
 
 		 347 aa  114  3e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00596865 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0847  integrase family protein  31.23 
 
 		 374 aa  114  3e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.136673  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3048  integrase family protein  31.41 
 
 		 374 aa  112  8.000000000000001e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0639  integrase family protein  32.13 
 
 		 374 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.988788  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0401  phage integrase family protein  29.68 
 
 		 332 aa  111  2.0000000000000002e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0807  phage integrase family protein  29.25 
 
 		 323 aa  110  4.0000000000000004e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0242  integrase family protein  29.47 
 
 		 373 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1522  phage integrase family site specific recombinase  30.27 
 
 		 339 aa  110  5e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0022  shufflon-specific DNA recombinase  30.14 
 
 		 375 aa  110  5e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1722  hypothetical protein  30 
 
 		 339 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.178853  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0495  integrase family protein  28.24 
 
 		 328 aa  108  2e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.701129  normal  1 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7273  integrase family protein  28.81 
 
 		 380 aa  107  2e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.488643  normal  0.163849 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2809  integrase family protein  30.03 
 
 		 338 aa  107  3e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1571  site-specific integrase/recombinase  28.16 
 
 		 381 aa  102  9e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3783  integrase family protein  29.14 
 
 		 334 aa  97.8  2e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3039  phage integrase  28.31 
 
 		 339 aa  95.5  1e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2661  phage integrase  29.19 
 
 		 347 aa  95.1  1e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0679447  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0446  phage integrase family protein  29.19 
 
 		 347 aa  95.1  1e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.286621  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3201  integrase family protein  29.89 
 
 		 351 aa  95.5  1e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.689071 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2854  integrase family protein  29.89 
 
 		 351 aa  94.4  3e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.820272 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1808  phage integrase family site specific recombinase  29.38 
 
 		 352 aa  91.7  2e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.595703  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0535  site-specific recombinase, phage integrase family  26.1 
 
 		 413 aa  86.7  6e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0438  hypothetical protein  26.85 
 
 		 337 aa  86.3  7e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2847  phage integrase  26.82 
 
 		 366 aa  83.2  0.000000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0398  shufflon-specific DNA recombinase  23.93 
 
 		 356 aa  82  0.00000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3132  phage integrase family site specific recombinase  30.25 
 
 		 222 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0745  phage integrase family protein  26.23 
 
 		 357 aa  80.9  0.00000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.107824 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0397  shufflon-specific DNA recombinase  29.84 
 
 		 353 aa  80.1  0.00000000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.759416  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2123  hypothetical protein  27.3 
 
 		 353 aa  79.3  0.00000000000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0354  phage integrase family site specific recombinase  25.21 
 
 		 355 aa  76.3  0.0000000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03598  site-specific recombinase, phage integrase family protein  27.43 
 
 		 380 aa  76.3  0.0000000000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.951563  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_04371  hypothetical protein  26.98 
 
 		 321 aa  73.2  0.000000000006  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_03811  site-specific recombinase XerD  26.95 
 
 		 327 aa  72.4  0.00000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3233  phage integrase  24.02 
 
 		 356 aa  71.2  0.00000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1711  integrase family protein  25.58 
 
 		 380 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213299  hitchhiker  0.00000987295 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1049  integrase family protein  27.35 
 
 		 380 aa  67.4  0.0000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01212  site-specific recombinase, resolvase family protein  25.79 
 
 		 336 aa  66.6  0.0000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4490  phage integrase family protein  23.56 
 
 		 365 aa  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.6537  normal  0.0343494 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5550  phage integrase family protein  23.56 
 
 		 365 aa  65.9  0.000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1152  integrase family protein  25.27 
 
 		 365 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.379304  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1428  integrase family protein  23.99 
 
 		 421 aa  63.9  0.000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2363  phage integrase family site specific recombinase  25.47 
 
 		 368 aa  60.5  0.00000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2042  integrase family protein  24.09 
 
 		 350 aa  60.1  0.00000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0960893  normal  0.874493 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1421  phage integrase family protein  24.51 
 
 		 351 aa  59.7  0.00000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0798  integrase family protein  24.27 
 
 		 354 aa  59.3  0.00000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000196141 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0773  phage integrase family protein  24.27 
 
 		 354 aa  59.3  0.0000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3586  phage integrase family protein  23.85 
 
 		 355 aa  58.2  0.0000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0805  phage integrase family protein  24.27 
 
 		 354 aa  58.2  0.0000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.431807 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1622  phage integrase family protein  26.4 
 
 		 361 aa  56.2  0.0000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.487409  normal  0.202066 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2435  integrase family protein  23.51 
 
 		 389 aa  54.7  0.000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.061585  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3125  Phage integrase  24.4 
 
 		 364 aa  53.9  0.000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3130  integrase, putative  40 
 
 		 147 aa  52.4  0.00001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.986552  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2659  integrase family protein  30.83 
 
 		 531 aa  52.4  0.00001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1037  Phage integrase  28.92 
 
 		 338 aa  52  0.00002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3455  putative integrase/recombinase  23.89 
 
 		 362 aa  50.4  0.00004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.375642  normal  0.439237 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2951  phage integrase  23.32 
 
 		 336 aa  50.4  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.339524  hitchhiker  3.4545800000000002e-18 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003284  integrase  23.42 
 
 		 401 aa  50.4  0.00004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0471  integrase family protein  24.04 
 
 		 398 aa  50.4  0.00005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.116709  hitchhiker  0.000616461 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1795  Integrase  24.43 
 
 		 407 aa  48.9  0.0001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1807  integrase family protein  26.32 
 
 		 278 aa  48.5  0.0001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.73649  hitchhiker  0.0000891918 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3424  integrase family protein  25.55 
 
 		 437 aa  48.1  0.0002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.728899 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5317  integrase family protein  25.36 
 
 		 354 aa  48.1  0.0002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5334  integrase family protein  25.36 
 
 		 354 aa  48.1  0.0002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0046  Phage integrase  26.32 
 
 		 251 aa  47.8  0.0003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.380307  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3278  phage integrase family site specific recombinase  30.89 
 
 		 146 aa  47.4  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0996  phage integrase family protein  22.56 
 
 		 387 aa  47.8  0.0003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000294682 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1271  integrase family protein  27.63 
 
 		 331 aa  47  0.0004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.828065  normal  0.193617 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1556  site-specific recombinase, phage integrase family  27.63 
 
 		 331 aa  47  0.0005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0939  integrase family protein  24 
 
 		 357 aa  47  0.0005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0828563 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2121  integrase family protein  27.74 
 
 		 405 aa  45.8  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3152  integrase family protein  24.4 
 
 		 352 aa  45.4  0.001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0382  putative site-specific integrase/recombinase  27.2 
 
 		 204 aa  45.1  0.002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3350  integrase  21.63 
 
 		 308 aa  45.1  0.002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00359362  decreased coverage  0.00980373 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0956  site-specific recombinase, phage integrase family  25.98 
 
 		 323 aa  45.1  0.002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0783  integrase family protein  22.71 
 
 		 465 aa  45.1  0.002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.282397  normal  0.170816 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2002  phage integrase  28.17 
 
 		 188 aa  44.3  0.003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1092  phage integrase  29.44 
 
 		 276 aa  44.3  0.003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.00970061  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2069  phage integrase  25.49 
 
 		 359 aa  43.9  0.004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.244007  hitchhiker  0.000737798 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4150  phage integrase family protein  24.11 
 
 		 326 aa  43.9  0.004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0489444 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2649  integrase family protein  22.15 
 
 		 333 aa  43.9  0.004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.413706  hitchhiker  0.000000656425 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0805  integrase family protein  36 
 
 		 433 aa  43.9  0.004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00339873 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2882  phage integrase  23.26 
 
 		 341 aa  43.5  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.948794  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2455  phage integrase  24.39 
 
 		 370 aa  43.1  0.006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>