More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_2455 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_2455  phage integrase  100 
 
 		 370 aa  770    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3730  integrase family protein  45.93 
 
 		 381 aa  322  8e-87  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000165595  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2589  DNA integration/recombination/invertion protein  44.9 
 
 		 369 aa  310  4e-83  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2734  DNA integration/recombination/invertion protein  44.9 
 
 		 369 aa  308  1.0000000000000001e-82  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.117201  hitchhiker  0.0000120563 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2540  integrase family protein  43.4 
 
 		 373 aa  303  2.0000000000000002e-81  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000519986  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2205  DNA integration/recombination/invertion protein  45.33 
 
 		 369 aa  300  2e-80  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00883749  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0415  prophage LambdaBa04, site-specific recombinase phage integrase family protein protein  44.86 
 
 		 374 aa  296  3e-79  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.611975  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0427  prophage lambdaba04, site-specific recombinase phage integrase family protein protein  44.86 
 
 		 374 aa  296  3e-79  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1796  Phage integrase  41.9 
 
 		 390 aa  289  5.0000000000000004e-77  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0846  phage integrase family protein  45.38 
 
 		 368 aa  289  6e-77  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2267  phage integrase  44.29 
 
 		 392 aa  288  7e-77  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.000000397895  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0493  phage integrase family protein  40.75 
 
 		 383 aa  286  2.9999999999999996e-76  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000132895  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1463  site-specific recombinase, phage integrase family  39.79 
 
 		 385 aa  272  6e-72  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000119227  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0012  integrase family protein  42.37 
 
 		 383 aa  268  2e-70  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000168789  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1187  integrase family protein  40.05 
 
 		 370 aa  267  2e-70  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.474728  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0831  integrase family protein  38.64 
 
 		 378 aa  262  4.999999999999999e-69  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0883  phage integrase family site specific recombinase  37.63 
 
 		 435 aa  256  4e-67  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0113166  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0018  phage integrase family protein  36.83 
 
 		 388 aa  252  6e-66  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1474  phage integrase family site specific recombinase  38.89 
 
 		 386 aa  250  2e-65  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.0051357  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1029  integrase family protein  35.62 
 
 		 400 aa  239  8e-62  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2219  phage integrase  38.17 
 
 		 378 aa  232  7.000000000000001e-60  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1927  phage integrase  39.03 
 
 		 379 aa  231  2e-59  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0252061  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1592  phage integrase  38.6 
 
 		 377 aa  227  3e-58  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0419  integrase family protein  36.84 
 
 		 414 aa  226  7e-58  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00000230336  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2026  integrase family protein  35 
 
 		 392 aa  220  3.9999999999999997e-56  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03620  phage integrase family protein  36.8 
 
 		 391 aa  218  1e-55  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000382884  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0923  integrase family protein  35.96 
 
 		 363 aa  218  2e-55  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1179  integrase family protein  33.94 
 
 		 387 aa  217  2.9999999999999998e-55  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.208584 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1336  integrase family protein  33.87 
 
 		 391 aa  213  5.999999999999999e-54  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2252  phage integrase  40.69 
 
 		 305 aa  207  2e-52  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.442177  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0747  integrase family protein  38.22 
 
 		 325 aa  207  3e-52  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.194299  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3662  integrase family protein  32.9 
 
 		 389 aa  197  2.0000000000000003e-49  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000552191  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5518  integrase family protein  31.9 
 
 		 477 aa  188  1e-46  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0834932  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4536  integrase family protein  32.14 
 
 		 409 aa  185  9e-46  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0709  phage integrase family protein  31.19 
 
 		 386 aa  185  1.0000000000000001e-45  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0820  integrase family protein  32.03 
 
 		 378 aa  184  2.0000000000000003e-45  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5534  integrase family protein  30.97 
 
 		 426 aa  178  1e-43  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1849  integrase family protein  31.22 
 
 		 413 aa  178  2e-43  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2978  integrase family protein  30.26 
 
 		 377 aa  176  6e-43  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.230554  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3691  site-specific integrase  33.43 
 
 		 370 aa  176  6e-43  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1190  integrase family protein  28.64 
 
 		 463 aa  174  2.9999999999999996e-42  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1966  phage integrase family protein  31.2 
 
 		 403 aa  171  1e-41  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  hitchhiker  0.00610288  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1062  integrase family protein  31.58 
 
 		 391 aa  169  9e-41  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.489924  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1422  phage integrase  35.29 
 
 		 442 aa  169  1e-40  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1440  phage integrase family protein  35.29 
 
 		 393 aa  168  1e-40  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1487  phage integrase  29.51 
 
 		 376 aa  167  2e-40  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.16076  normal  0.536181 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3836  prophage LambdaBa02, site-specific recombinase phage integrase family protein protein  29.36 
 
 		 376 aa  162  6e-39  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4134  prophage lambdaba02, site-specific recombinase phage integrase family protein protein  29.36 
 
 		 376 aa  162  6e-39  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.62629  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3508  integrase family protein  31.65 
 
 		 443 aa  161  2e-38  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4036  prophage LambdaBa02, site-specific recombinase, phage integrase family  28.61 
 
 		 376 aa  160  5e-38  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.000000192232  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4726  integrase family protein  30.43 
 
 		 404 aa  159  6e-38  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.981437  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2923  phage integrase  30.86 
 
 		 379 aa  159  1e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2967  phage integrase family protein  30.86 
 
 		 379 aa  159  1e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.132884  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3468  integrase family protein  31.73 
 
 		 381 aa  155  1e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.459563  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2783  phage integrase family protein  31.79 
 
 		 367 aa  154  2.9999999999999998e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00148084  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2627  phage integrase family protein  28.69 
 
 		 376 aa  152  1e-35  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000511904  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3461  phage integrase  31.37 
 
 		 381 aa  150  4e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1351  integrase family protein  29.26 
 
 		 416 aa  148  2.0000000000000003e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5395  integrase family protein  29.47 
 
 		 402 aa  147  4.0000000000000006e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5323  integrase family protein  29.02 
 
 		 422 aa  145  9e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0388032 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1144  phage integrase  28.24 
 
 		 422 aa  145  2e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.132159  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0476  integrase family protein  29.17 
 
 		 371 aa  144  2e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1407  integrase family protein  27.87 
 
 		 374 aa  144  3e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0609363  normal  0.0878514 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0512  phage integrase  33.85 
 
 		 506 aa  143  5e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0000591844  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0457  integrase family protein  29.81 
 
 		 487 aa  140  3e-32  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0780809 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_14150  site-specific recombinase XerD  25.82 
 
 		 451 aa  140  3e-32  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0114  phage integrase  26.67 
 
 		 431 aa  139  4.999999999999999e-32  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.646267 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1568  integrase family protein  26.98 
 
 		 357 aa  136  7.000000000000001e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15860  site-specific recombinase XerD  29.71 
 
 		 398 aa  132  6.999999999999999e-30  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.0008266  hitchhiker  0.0000733221 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0993  phage integrase family protein  53.85 
 
 		 121 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0217  phage integrase family site specific recombinase  27.47 
 
 		 384 aa  127  3e-28  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.35128  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08320  site-specific recombinase XerD  26.47 
 
 		 460 aa  127  4.0000000000000003e-28  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.113738 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3446  integrase family protein  29.19 
 
 		 492 aa  125  1e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2157  hypothetical protein  53.85 
 
 		 120 aa  124  2e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00218836  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2095  phage integrase  53.85 
 
 		 120 aa  124  2e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000441723  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2312  hypothetical protein  53.85 
 
 		 120 aa  124  2e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.430324  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2337  hypothetical protein  53.85 
 
 		 120 aa  124  2e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6303  integrase family protein  26.26 
 
 		 416 aa  124  3e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.66477  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1096  integrase  27.61 
 
 		 374 aa  124  4e-27  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.077251  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1574  integrase family protein  28.61 
 
 		 385 aa  122  9.999999999999999e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.00294023  normal  0.46427 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26510  site-specific recombinase XerD  25.82 
 
 		 443 aa  120  3.9999999999999996e-26  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.938683  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2625  phage integrase family protein  27.2 
 
 		 409 aa  118  9.999999999999999e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0300817  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0567  integrase family protein  26.27 
 
 		 391 aa  119  9.999999999999999e-26  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.563798  hitchhiker  0.00485057 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0172  integrase family protein  25.26 
 
 		 437 aa  119  9.999999999999999e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.398776  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3350  integrase  27.42 
 
 		 308 aa  116  6e-25  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00359362  decreased coverage  0.00980373 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2786  phage integrase family protein  31.36 
 
 		 471 aa  115  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.522283 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3747  phage integrase family protein  31.36 
 
 		 471 aa  114  3e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.51033  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2777  integrase family protein  27.01 
 
 		 387 aa  113  5e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.684948  normal  0.708845 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4274  phage integrase  24.48 
 
 		 407 aa  113  5e-24  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.173259  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6718  integrase family protein  24.17 
 
 		 656 aa  113  5e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1182  phage integrase family protein  27.47 
 
 		 376 aa  113  7.000000000000001e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000913824  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1690  integrase  31.4 
 
 		 348 aa  112  7.000000000000001e-24  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3464  integrase family protein  27.75 
 
 		 377 aa  112  1.0000000000000001e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0644  integrase family protein  23.81 
 
 		 406 aa  111  2.0000000000000002e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6364  integrase family protein  26.23 
 
 		 398 aa  110  3e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0829  integrase  30.91 
 
 		 388 aa  110  3e-23  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.141939  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0926  integrase family protein  27.48 
 
 		 438 aa  109  7.000000000000001e-23  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6721  integrase family protein  23.13 
 
 		 494 aa  109  8.000000000000001e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.917048  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8572  DNA binding domain protein, excisionase family  25.45 
 
 		 507 aa  108  2e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0167813  normal  0.0589685 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1100  phage integrase family protein  24.86 
 
 		 383 aa  108  2e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>