More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_5518 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009921  Franean1_5518  integrase family protein  100 
 
 
477 aa  964    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0834932  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1796  Phage integrase  39.36 
 
 
390 aa  282  1e-74  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1927  phage integrase  44.41 
 
 
379 aa  269  5.9999999999999995e-71  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0252061  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2978  integrase family protein  41.69 
 
 
377 aa  268  2e-70  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.230554  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0114  phage integrase  38.87 
 
 
431 aa  260  4e-68  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.646267 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1029  integrase family protein  36.92 
 
 
400 aa  259  1e-67  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5323  integrase family protein  38.78 
 
 
422 aa  255  1.0000000000000001e-66  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0388032 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5534  integrase family protein  41.35 
 
 
426 aa  254  2.0000000000000002e-66  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1144  phage integrase  37.9 
 
 
422 aa  249  7e-65  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.132159  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0419  integrase family protein  37.6 
 
 
414 aa  248  1e-64  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00000230336  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0476  integrase family protein  41.71 
 
 
371 aa  247  4e-64  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2219  phage integrase  39.23 
 
 
378 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2026  integrase family protein  34.28 
 
 
392 aa  245  1.9999999999999999e-63  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6303  integrase family protein  35.64 
 
 
416 aa  234  2.0000000000000002e-60  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.66477  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5395  integrase family protein  39.18 
 
 
402 aa  230  5e-59  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1187  integrase family protein  32.88 
 
 
370 aa  224  3e-57  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.474728  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1592  phage integrase  38.02 
 
 
377 aa  221  3e-56  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03620  phage integrase family protein  32.11 
 
 
391 aa  219  7.999999999999999e-56  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000382884  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0923  integrase family protein  35.59 
 
 
363 aa  218  2e-55  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2923  phage integrase  37.74 
 
 
379 aa  216  9.999999999999999e-55  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2967  phage integrase family protein  37.74 
 
 
379 aa  216  9.999999999999999e-55  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.132884  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2252  phage integrase  38.78 
 
 
305 aa  207  4e-52  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.442177  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0747  integrase family protein  34.49 
 
 
325 aa  207  4e-52  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.194299  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0493  phage integrase family protein  32.88 
 
 
383 aa  198  2.0000000000000003e-49  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000132895  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1179  integrase family protein  33.16 
 
 
387 aa  198  2.0000000000000003e-49  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.208584 
 
 
-
 
NC_002936  DET1474  phage integrase family site specific recombinase  32.46 
 
 
386 aa  193  7e-48  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.0051357  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0883  phage integrase family site specific recombinase  34.21 
 
 
435 aa  188  2e-46  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0113166  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0415  prophage LambdaBa04, site-specific recombinase phage integrase family protein protein  31.56 
 
 
374 aa  188  2e-46  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.611975  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0427  prophage lambdaba04, site-specific recombinase phage integrase family protein protein  31.56 
 
 
374 aa  188  2e-46  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2455  phage integrase  31.9 
 
 
370 aa  188  2e-46  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4726  integrase family protein  37.57 
 
 
404 aa  188  2e-46  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.981437  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1190  integrase family protein  32.98 
 
 
463 aa  187  3e-46  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1463  site-specific recombinase, phage integrase family  33.9 
 
 
385 aa  186  7e-46  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000119227  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3730  integrase family protein  32.96 
 
 
381 aa  184  2.0000000000000003e-45  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000165595  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0644  integrase family protein  33.17 
 
 
406 aa  184  4.0000000000000006e-45  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4274  phage integrase  33.42 
 
 
407 aa  181  2e-44  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.173259  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1351  integrase family protein  36.29 
 
 
416 aa  182  2e-44  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2734  DNA integration/recombination/invertion protein  28.49 
 
 
369 aa  181  2.9999999999999997e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.117201  hitchhiker  0.0000120563 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2589  DNA integration/recombination/invertion protein  28.49 
 
 
369 aa  181  2.9999999999999997e-44  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0846  phage integrase family protein  32.65 
 
 
368 aa  180  5.999999999999999e-44  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2205  DNA integration/recombination/invertion protein  30.57 
 
 
369 aa  179  1e-43  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00883749  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0012  integrase family protein  33.05 
 
 
383 aa  172  1e-41  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000168789  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3662  integrase family protein  27.78 
 
 
389 aa  171  2e-41  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000552191  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1407  integrase family protein  34.74 
 
 
374 aa  171  3e-41  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0609363  normal  0.0878514 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2540  integrase family protein  29.05 
 
 
373 aa  168  2e-40  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000519986  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0018  phage integrase family protein  29.6 
 
 
388 aa  168  2e-40  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0407  phage integrase  30.92 
 
 
503 aa  167  2.9999999999999998e-40  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.995866 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0172  integrase family protein  31.93 
 
 
437 aa  166  1.0000000000000001e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.398776  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2267  phage integrase  28.53 
 
 
392 aa  164  3e-39  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.000000397895  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0831  integrase family protein  35.25 
 
 
378 aa  162  2e-38  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0820  integrase family protein  28.71 
 
 
378 aa  158  2e-37  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2786  phage integrase family protein  39.33 
 
 
471 aa  149  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.522283 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3508  integrase family protein  25.32 
 
 
443 aa  149  2.0000000000000003e-34  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3747  phage integrase family protein  39.33 
 
 
471 aa  149  2.0000000000000003e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.51033  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0457  integrase family protein  34.42 
 
 
487 aa  147  4.0000000000000006e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0780809 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1336  integrase family protein  32.99 
 
 
391 aa  147  6e-34  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4536  integrase family protein  32.94 
 
 
409 aa  146  6e-34  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1568  integrase family protein  31.48 
 
 
357 aa  145  2e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3691  site-specific integrase  26.67 
 
 
370 aa  144  5e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3468  integrase family protein  26.44 
 
 
381 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.459563  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3461  phage integrase  26.14 
 
 
381 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8572  DNA binding domain protein, excisionase family  28.25 
 
 
507 aa  137  4e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0167813  normal  0.0589685 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0829  integrase  28.46 
 
 
388 aa  136  8e-31  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.141939  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6718  integrase family protein  29.72 
 
 
656 aa  131  2.0000000000000002e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1062  integrase family protein  29.77 
 
 
391 aa  130  4.0000000000000003e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.489924  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6721  integrase family protein  26.14 
 
 
494 aa  130  4.0000000000000003e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.917048  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_14150  site-specific recombinase XerD  27.47 
 
 
451 aa  129  9.000000000000001e-29  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3318  integrase family protein  25.4 
 
 
423 aa  129  1.0000000000000001e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.00000001885  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7037  hypothetical protein  29.52 
 
 
387 aa  129  1.0000000000000001e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.87328 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1966  phage integrase family protein  31.38 
 
 
403 aa  129  1.0000000000000001e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  hitchhiker  0.00610288  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6304  hypothetical protein  86.15 
 
 
69 aa  129  2.0000000000000002e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.772266  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1849  integrase family protein  24.65 
 
 
413 aa  129  2.0000000000000002e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2627  phage integrase family protein  28.62 
 
 
376 aa  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000511904  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1182  phage integrase family protein  25.81 
 
 
376 aa  127  5e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000913824  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1422  phage integrase  26.65 
 
 
442 aa  127  5e-28  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4036  prophage LambdaBa02, site-specific recombinase, phage integrase family  26.25 
 
 
376 aa  127  5e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.000000192232  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3836  prophage LambdaBa02, site-specific recombinase phage integrase family protein protein  27.47 
 
 
376 aa  127  6e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4134  prophage lambdaba02, site-specific recombinase phage integrase family protein protein  27.47 
 
 
376 aa  127  6e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.62629  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5535  hypothetical protein  84.62 
 
 
69 aa  126  7e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0512  phage integrase  29.02 
 
 
506 aa  126  9e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0000591844  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1440  phage integrase family protein  32.64 
 
 
393 aa  126  1e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0709  phage integrase family protein  25.27 
 
 
386 aa  121  1.9999999999999998e-26  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2777  integrase family protein  29.77 
 
 
387 aa  120  3.9999999999999996e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.684948  normal  0.708845 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3446  integrase family protein  29.28 
 
 
492 aa  119  9e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3464  integrase family protein  30.36 
 
 
377 aa  117  3e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3520  integrase family protein  33.86 
 
 
365 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1487  phage integrase  27.86 
 
 
376 aa  112  2.0000000000000002e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.16076  normal  0.536181 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0860  integrase family protein  29.73 
 
 
370 aa  110  4.0000000000000004e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2665  integrase family protein  27.43 
 
 
407 aa  110  5e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.000119591  normal  0.757223 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1615  phage integrase family protein  31.29 
 
 
368 aa  110  8.000000000000001e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0481425  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2020  LigA  33.45 
 
 
397 aa  108  2e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.389387  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1574  integrase family protein  30 
 
 
385 aa  108  2e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.00294023  normal  0.46427 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0993  phage integrase family protein  38.02 
 
 
121 aa  107  4e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26510  site-specific recombinase XerD  26.55 
 
 
443 aa  107  5e-22  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.938683  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2126  integrase family protein  26.29 
 
 
395 aa  107  6e-22  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.706316 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0926  integrase family protein  30.48 
 
 
438 aa  106  8e-22  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2625  phage integrase family protein  22.59 
 
 
409 aa  106  1e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0300817  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2783  phage integrase family protein  27.15 
 
 
367 aa  105  1e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00148084  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3878  integrase family protein  28.25 
 
 
380 aa  105  2e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0217  phage integrase family site specific recombinase  24.66 
 
 
384 aa  103  5e-21  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.35128  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>