163 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_4274 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_4274  phage integrase  100 
 
 
407 aa  827    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.173259  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5323  integrase family protein  43.6 
 
 
422 aa  299  5e-80  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0388032 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1144  phage integrase  42.75 
 
 
422 aa  297  2e-79  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.132159  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0114  phage integrase  40.4 
 
 
431 aa  268  8.999999999999999e-71  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.646267 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5395  integrase family protein  41.67 
 
 
402 aa  260  3e-68  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1927  phage integrase  35.06 
 
 
379 aa  186  9e-46  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0252061  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0476  integrase family protein  32.66 
 
 
371 aa  184  2.0000000000000003e-45  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5518  integrase family protein  34.07 
 
 
477 aa  181  1e-44  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0834932  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2978  integrase family protein  32.09 
 
 
377 aa  167  2e-40  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.230554  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0923  integrase family protein  30.97 
 
 
363 aa  160  4e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2026  integrase family protein  26.52 
 
 
392 aa  159  6e-38  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6303  integrase family protein  30.83 
 
 
416 aa  157  3e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.66477  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2219  phage integrase  31.09 
 
 
378 aa  153  5.9999999999999996e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5534  integrase family protein  30.52 
 
 
426 aa  152  1e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1592  phage integrase  31.71 
 
 
377 aa  146  5e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1796  Phage integrase  27.96 
 
 
390 aa  146  6e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0747  integrase family protein  27.7 
 
 
325 aa  146  7.0000000000000006e-34  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.194299  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03620  phage integrase family protein  27.02 
 
 
391 aa  145  9e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000382884  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1029  integrase family protein  28.23 
 
 
400 aa  144  2e-33  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0407  phage integrase  31.53 
 
 
503 aa  136  6.0000000000000005e-31  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.995866 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0419  integrase family protein  29.43 
 
 
414 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00000230336  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2923  phage integrase  29.63 
 
 
379 aa  132  1.0000000000000001e-29  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2967  phage integrase family protein  29.63 
 
 
379 aa  132  1.0000000000000001e-29  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.132884  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2589  DNA integration/recombination/invertion protein  24.78 
 
 
369 aa  131  3e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2734  DNA integration/recombination/invertion protein  24.78 
 
 
369 aa  130  3e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.117201  hitchhiker  0.0000120563 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2205  DNA integration/recombination/invertion protein  26.33 
 
 
369 aa  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00883749  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0846  phage integrase family protein  28.35 
 
 
368 aa  122  8e-27  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1187  integrase family protein  28.38 
 
 
370 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.474728  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1179  integrase family protein  27.8 
 
 
387 aa  115  1.0000000000000001e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.208584 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1407  integrase family protein  28.24 
 
 
374 aa  114  2.0000000000000002e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0609363  normal  0.0878514 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2455  phage integrase  24.48 
 
 
370 aa  113  7.000000000000001e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1463  site-specific recombinase, phage integrase family  26.2 
 
 
385 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000119227  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2252  phage integrase  26.03 
 
 
305 aa  111  2.0000000000000002e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.442177  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0172  integrase family protein  27.56 
 
 
437 aa  111  3e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.398776  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0415  prophage LambdaBa04, site-specific recombinase phage integrase family protein protein  24.05 
 
 
374 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.611975  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0427  prophage lambdaba04, site-specific recombinase phage integrase family protein protein  24.05 
 
 
374 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0018  phage integrase family protein  28.06 
 
 
388 aa  110  6e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2786  phage integrase family protein  32.51 
 
 
471 aa  108  2e-22  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.522283 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3747  phage integrase family protein  32.51 
 
 
471 aa  107  3e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.51033  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0644  integrase family protein  26.87 
 
 
406 aa  107  3e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1190  integrase family protein  28.44 
 
 
463 aa  107  4e-22  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0012  integrase family protein  26.88 
 
 
383 aa  107  4e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000168789  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6721  integrase family protein  26.98 
 
 
494 aa  105  2e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.917048  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1474  phage integrase family site specific recombinase  24.35 
 
 
386 aa  102  1e-20  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.0051357  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0493  phage integrase family protein  25 
 
 
383 aa  100  4e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000132895  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4726  integrase family protein  26.41 
 
 
404 aa  99.8  7e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.981437  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3464  integrase family protein  28.45 
 
 
377 aa  98.2  3e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3730  integrase family protein  24.93 
 
 
381 aa  97.8  3e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000165595  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1568  integrase family protein  27.71 
 
 
357 aa  97.1  5e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3446  integrase family protein  27.95 
 
 
492 aa  95.9  1e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0512  phage integrase  25.34 
 
 
506 aa  94.4  3e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0000591844  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1336  integrase family protein  32.7 
 
 
391 aa  93.2  7e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6718  integrase family protein  25.82 
 
 
656 aa  90.9  3e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2540  integrase family protein  23.56 
 
 
373 aa  89.7  8e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000519986  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0883  phage integrase family site specific recombinase  23.24 
 
 
435 aa  89.4  1e-16  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0113166  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2627  phage integrase family protein  23.78 
 
 
376 aa  89.4  1e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000511904  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4036  prophage LambdaBa02, site-specific recombinase, phage integrase family  23.43 
 
 
376 aa  87  5e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.000000192232  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1422  phage integrase  23.35 
 
 
442 aa  86.7  7e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1440  phage integrase family protein  23.35 
 
 
393 aa  86.3  9e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3691  site-specific integrase  25.45 
 
 
370 aa  84.3  0.000000000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3743  integrase family protein  25.5 
 
 
445 aa  84.3  0.000000000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3794  integrase family protein  25.5 
 
 
445 aa  84.3  0.000000000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0397442 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4536  integrase family protein  27.56 
 
 
409 aa  83.2  0.000000000000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3836  prophage LambdaBa02, site-specific recombinase phage integrase family protein protein  23.35 
 
 
376 aa  82.8  0.00000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4134  prophage lambdaba02, site-specific recombinase phage integrase family protein protein  23.35 
 
 
376 aa  82.8  0.00000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.62629  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0831  integrase family protein  27.42 
 
 
378 aa  80.5  0.00000000000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2267  phage integrase  22.39 
 
 
392 aa  79.7  0.00000000000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.000000397895  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1966  phage integrase family protein  26.03 
 
 
403 aa  78.2  0.0000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  hitchhiker  0.00610288  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8572  DNA binding domain protein, excisionase family  24.24 
 
 
507 aa  78.6  0.0000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0167813  normal  0.0589685 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7037  hypothetical protein  27.97 
 
 
387 aa  77.8  0.0000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.87328 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0457  integrase family protein  29.21 
 
 
487 aa  76.6  0.0000000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0780809 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1351  integrase family protein  26.98 
 
 
416 aa  75.9  0.000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0217  phage integrase family site specific recombinase  22.13 
 
 
384 aa  75.5  0.000000000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.35128  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2783  phage integrase family protein  24.09 
 
 
367 aa  74.3  0.000000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00148084  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1062  integrase family protein  23.1 
 
 
391 aa  73.6  0.000000000007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.489924  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3662  integrase family protein  22.54 
 
 
389 aa  73.2  0.000000000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000552191  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0820  integrase family protein  19.82 
 
 
378 aa  71.6  0.00000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2275  integrase  24.62 
 
 
393 aa  71.2  0.00000000003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0709  phage integrase family protein  22.22 
 
 
386 aa  70.5  0.00000000005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4016  phage integrase family protein  27.8 
 
 
487 aa  68.6  0.0000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1561  site-specific recombinase phage integrase family protein  21.95 
 
 
418 aa  68.6  0.0000000002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.885578  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0597  integrase family protein  26.82 
 
 
447 aa  67  0.0000000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3468  integrase family protein  20.18 
 
 
381 aa  67  0.0000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.459563  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1487  phage integrase  24.12 
 
 
376 aa  64.3  0.000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.16076  normal  0.536181 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1133  phage integrase  24.34 
 
 
454 aa  64.7  0.000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00289406  hitchhiker  0.000832848 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0993  phage integrase family protein  28.1 
 
 
121 aa  64.3  0.000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2020  LigA  26.1 
 
 
397 aa  64.3  0.000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.389387  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0939  integrase family protein  24.19 
 
 
357 aa  64.3  0.000000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0828563 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3508  integrase family protein  21.21 
 
 
443 aa  63.9  0.000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1849  integrase family protein  20.44 
 
 
413 aa  63.5  0.000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3520  integrase family protein  25.71 
 
 
365 aa  63.2  0.000000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0424  phage integrase  24 
 
 
374 aa  63.2  0.000000009  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.743387  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3461  phage integrase  19.58 
 
 
381 aa  62.8  0.00000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1527  integrase family protein  23.75 
 
 
357 aa  62.4  0.00000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.115316 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2145  integrase  23.15 
 
 
393 aa  62.8  0.00000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.234907  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3350  phage integrase  22.67 
 
 
508 aa  60.8  0.00000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.292325  normal  0.0949526 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3388  phage integrase  22.67 
 
 
508 aa  60.8  0.00000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.328241 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1602  hypothetical protein  68.89 
 
 
221 aa  60.5  0.00000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3269  phage integrase family protein  25.77 
 
 
465 aa  60.1  0.00000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19160  site-specific recombinase XerD  23.71 
 
 
356 aa  58.2  0.0000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.768051  normal  0.148917 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>