150 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3388 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_3350  phage integrase  100 
 
 		 508 aa  1028    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.292325  normal  0.0949526 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3388  phage integrase  100 
 
 		 508 aa  1028    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.328241 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6721  integrase family protein  33.71 
 
 		 494 aa  275  1.0000000000000001e-72  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.917048  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6718  integrase family protein  33.08 
 
 		 656 aa  252  1e-65  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3446  integrase family protein  37.36 
 
 		 492 aa  248  2e-64  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0457  integrase family protein  34.51 
 
 		 487 aa  236  8e-61  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0780809 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3464  integrase family protein  38.1 
 
 		 377 aa  211  3e-53  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1190  integrase family protein  32.49 
 
 		 463 aa  182  2e-44  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1458  hypothetical protein  85 
 
 		 202 aa  147  4.0000000000000006e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.360955 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1966  phage integrase family protein  29.46 
 
 		 403 aa  146  8.000000000000001e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  hitchhiker  0.00610288  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0415  prophage LambdaBa04, site-specific recombinase phage integrase family protein protein  24.16 
 
 		 374 aa  142  1.9999999999999998e-32  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.611975  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0427  prophage lambdaba04, site-specific recombinase phage integrase family protein protein  24.16 
 
 		 374 aa  142  1.9999999999999998e-32  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4726  integrase family protein  29.55 
 
 		 404 aa  140  3.9999999999999997e-32  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.981437  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3454  integrase family protein  33.45 
 
 		 337 aa  135  9.999999999999999e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4536  integrase family protein  29.52 
 
 		 409 aa  134  3e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1592  phage integrase  28.08 
 
 		 377 aa  133  6e-30  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0419  integrase family protein  27.14 
 
 		 414 aa  129  2.0000000000000002e-28  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00000230336  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1422  phage integrase  26.33 
 
 		 442 aa  127  5e-28  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0747  integrase family protein  25.62 
 
 		 325 aa  126  8.000000000000001e-28  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.194299  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1179  integrase family protein  27.58 
 
 		 387 aa  124  3e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.208584 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2026  integrase family protein  24.3 
 
 		 392 aa  122  9.999999999999999e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1796  Phage integrase  25.68 
 
 		 390 aa  120  3.9999999999999996e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3662  integrase family protein  25.39 
 
 		 389 aa  120  6e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000552191  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2219  phage integrase  27.05 
 
 		 378 aa  120  7.999999999999999e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2978  integrase family protein  29.03 
 
 		 377 aa  119  9e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.230554  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1440  phage integrase family protein  26.21 
 
 		 393 aa  119  9.999999999999999e-26  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2455  phage integrase  23.81 
 
 		 370 aa  114  4.0000000000000004e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1029  integrase family protein  24.63 
 
 		 400 aa  114  4.0000000000000004e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1351  integrase family protein  28.17 
 
 		 416 aa  113  7.000000000000001e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1927  phage integrase  27.13 
 
 		 379 aa  113  8.000000000000001e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0252061  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1463  site-specific recombinase, phage integrase family  26.87 
 
 		 385 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000119227  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3730  integrase family protein  23.5 
 
 		 381 aa  112  1.0000000000000001e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000165595  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2589  DNA integration/recombination/invertion protein  22.6 
 
 		 369 aa  112  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2540  integrase family protein  24.61 
 
 		 373 aa  112  2.0000000000000002e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000519986  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0018  phage integrase family protein  24.29 
 
 		 388 aa  111  4.0000000000000004e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1187  integrase family protein  22.47 
 
 		 370 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.474728  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5518  integrase family protein  24.56 
 
 		 477 aa  110  5e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0834932  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2205  DNA integration/recombination/invertion protein  21.48 
 
 		 369 aa  110  6e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00883749  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0114  phage integrase  27.33 
 
 		 431 aa  109  9.000000000000001e-23  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.646267 
 
 
-
 
NC_002936  DET0883  phage integrase family site specific recombinase  24.5 
 
 		 435 aa  109  1e-22  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0113166  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2734  DNA integration/recombination/invertion protein  22.37 
 
 		 369 aa  108  2e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.117201  hitchhiker  0.0000120563 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0846  phage integrase family protein  27.36 
 
 		 368 aa  106  8e-22  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6303  integrase family protein  26.58 
 
 		 416 aa  104  3e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.66477  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2267  phage integrase  23.85 
 
 		 392 aa  103  9e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.000000397895  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1474  phage integrase family site specific recombinase  26.43 
 
 		 386 aa  103  1e-20  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.0051357  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03620  phage integrase family protein  24.11 
 
 		 391 aa  102  2e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000382884  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0493  phage integrase family protein  23.28 
 
 		 383 aa  101  3e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000132895  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0012  integrase family protein  26.64 
 
 		 383 aa  100  5e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000168789  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5323  integrase family protein  27.27 
 
 		 422 aa  100  5e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0388032 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1144  phage integrase  26.82 
 
 		 422 aa  98.2  3e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.132159  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0831  integrase family protein  26.15 
 
 		 378 aa  98.2  3e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1849  integrase family protein  20.92 
 
 		 413 aa  97.4  5e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0923  integrase family protein  22.9 
 
 		 363 aa  97.4  5e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5395  integrase family protein  26.75 
 
 		 402 aa  95.9  1e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1336  integrase family protein  25.82 
 
 		 391 aa  95.5  2e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1062  integrase family protein  25.77 
 
 		 391 aa  93.6  8e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.489924  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2252  phage integrase  23.04 
 
 		 305 aa  92.4  2e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.442177  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0407  phage integrase  23.75 
 
 		 503 aa  90.5  6e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.995866 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2923  phage integrase  26.21 
 
 		 379 aa  85.1  0.000000000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2967  phage integrase family protein  26.21 
 
 		 379 aa  85.1  0.000000000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.132884  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3508  integrase family protein  21.26 
 
 		 443 aa  84.3  0.000000000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0172  integrase family protein  25.11 
 
 		 437 aa  83.2  0.00000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.398776  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0820  integrase family protein  21.92 
 
 		 378 aa  80.9  0.00000000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2783  phage integrase family protein  23.24 
 
 		 367 aa  77.8  0.0000000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00148084  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0512  phage integrase  25.24 
 
 		 506 aa  76.3  0.000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0000591844  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3691  site-specific integrase  23.59 
 
 		 370 aa  75.5  0.000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_14150  site-specific recombinase XerD  22.2 
 
 		 451 aa  74.7  0.000000000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0878  phage integrase  30.05 
 
 		 429 aa  74.3  0.000000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.964674 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1407  integrase family protein  26.43 
 
 		 374 aa  72.4  0.00000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0609363  normal  0.0878514 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6234  regulatory protein GntR HTH  27.38 
 
 		 514 aa  70.5  0.00000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0217  phage integrase family site specific recombinase  23.47 
 
 		 384 aa  70.1  0.00000000009  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.35128  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3747  phage integrase family protein  24.54 
 
 		 471 aa  69.7  0.0000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.51033  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2786  phage integrase family protein  24.54 
 
 		 471 aa  69.3  0.0000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.522283 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2505  integrase family protein  29.13 
 
 		 201 aa  68.9  0.0000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.355532 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4274  phage integrase  22.92 
 
 		 407 aa  68.2  0.0000000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.173259  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3878  integrase family protein  25.54 
 
 		 380 aa  67.8  0.0000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0709  phage integrase family protein  21.85 
 
 		 386 aa  67  0.0000000008  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1568  integrase family protein  25.13 
 
 		 357 aa  66.2  0.000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2625  phage integrase family protein  22.51 
 
 		 409 aa  65.9  0.000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0300817  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5534  integrase family protein  23.46 
 
 		 426 aa  65.5  0.000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26510  site-specific recombinase XerD  22.29 
 
 		 443 aa  64.7  0.000000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.938683  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0388  hypothetical protein  36.69 
 
 		 161 aa  64.3  0.000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0644  integrase family protein  23.64 
 
 		 406 aa  62.8  0.00000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15860  site-specific recombinase XerD  23.08 
 
 		 398 aa  62.4  0.00000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.0008266  hitchhiker  0.0000733221 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4036  prophage LambdaBa02, site-specific recombinase, phage integrase family  21.54 
 
 		 376 aa  62.4  0.00000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.000000192232  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08320  site-specific recombinase XerD  25 
 
 		 460 aa  62  0.00000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.113738 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3461  phage integrase  21.18 
 
 		 381 aa  60.5  0.00000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3836  prophage LambdaBa02, site-specific recombinase phage integrase family protein protein  20.73 
 
 		 376 aa  60.5  0.00000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4134  prophage lambdaba02, site-specific recombinase phage integrase family protein protein  20.73 
 
 		 376 aa  60.5  0.00000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.62629  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3468  integrase family protein  19.62 
 
 		 381 aa  59.3  0.0000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.459563  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2665  integrase family protein  24.04 
 
 		 407 aa  59.3  0.0000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.000119591  normal  0.757223 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2627  phage integrase family protein  22.5 
 
 		 376 aa  58.5  0.0000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000511904  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2777  integrase family protein  24.51 
 
 		 387 aa  57.8  0.0000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.684948  normal  0.708845 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0829  integrase  20.79 
 
 		 388 aa  57  0.0000009  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.141939  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3269  phage integrase family protein  23.99 
 
 		 465 aa  57  0.0000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3520  integrase family protein  24.88 
 
 		 365 aa  56.2  0.000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1182  phage integrase family protein  23.14 
 
 		 376 aa  53.9  0.000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000913824  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4162  integrase family protein  40.54 
 
 		 396 aa  53.9  0.000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0301  integrase  21.69 
 
 		 398 aa  53.9  0.000007  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0476  integrase family protein  22.08 
 
 		 371 aa  53.5  0.000009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>