240 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0878 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_0878  phage integrase  100 
 
 		 429 aa  843    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.964674 
 
 
-
 
NC_002936  DET1474  phage integrase family site specific recombinase  38.59 
 
 		 386 aa  123  5e-27  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.0051357  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1796  Phage integrase  39.66 
 
 		 390 aa  111  3e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0846  phage integrase family protein  39.02 
 
 		 368 aa  108  1e-22  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2219  phage integrase  39.29 
 
 		 378 aa  108  2e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1463  site-specific recombinase, phage integrase family  37.2 
 
 		 385 aa  105  1e-21  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000119227  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0883  phage integrase family site specific recombinase  31.2 
 
 		 435 aa  105  2e-21  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0113166  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0831  integrase family protein  40.24 
 
 		 378 aa  105  2e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2455  phage integrase  36.2 
 
 		 370 aa  105  2e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0493  phage integrase family protein  38.18 
 
 		 383 aa  105  2e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000132895  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0747  integrase family protein  39.29 
 
 		 325 aa  104  3e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.194299  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0415  prophage LambdaBa04, site-specific recombinase phage integrase family protein protein  37.42 
 
 		 374 aa  104  3e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.611975  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0427  prophage lambdaba04, site-specific recombinase phage integrase family protein protein  37.42 
 
 		 374 aa  104  3e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1422  phage integrase  39.38 
 
 		 442 aa  104  4e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1440  phage integrase family protein  39.38 
 
 		 393 aa  103  5e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1336  integrase family protein  44.23 
 
 		 391 aa  103  7e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0419  integrase family protein  41.21 
 
 		 414 aa  102  2e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00000230336  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0018  phage integrase family protein  40 
 
 		 388 aa  98.6  2e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1187  integrase family protein  38.69 
 
 		 370 aa  95.5  1e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.474728  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3730  integrase family protein  37.01 
 
 		 381 aa  95.9  1e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000165595  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03620  phage integrase family protein  33.17 
 
 		 391 aa  92.8  1e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000382884  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1592  phage integrase  42.58 
 
 		 377 aa  92  2e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0923  integrase family protein  37.65 
 
 		 363 aa  91.7  2e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1029  integrase family protein  36.31 
 
 		 400 aa  92  2e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0457  integrase family protein  40.13 
 
 		 487 aa  90.1  7e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0780809 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0012  integrase family protein  41.03 
 
 		 383 aa  90.1  8e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000168789  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2252  phage integrase  33.93 
 
 		 305 aa  89.7  9e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.442177  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2540  integrase family protein  32.7 
 
 		 373 aa  89.4  1e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000519986  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1179  integrase family protein  37.01 
 
 		 387 aa  88.6  2e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.208584 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2786  phage integrase family protein  35.76 
 
 		 471 aa  87.8  3e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.522283 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3464  integrase family protein  39.67 
 
 		 377 aa  87.4  5e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5518  integrase family protein  38.27 
 
 		 477 aa  87  5e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0834932  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3747  phage integrase family protein  35.76 
 
 		 471 aa  87.4  5e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.51033  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3446  integrase family protein  40 
 
 		 492 aa  86.7  7e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6718  integrase family protein  37.43 
 
 		 656 aa  86.3  0.000000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4726  integrase family protein  40.13 
 
 		 404 aa  85.9  0.000000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.981437  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1190  integrase family protein  37.13 
 
 		 463 aa  85.9  0.000000000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2026  integrase family protein  36.47 
 
 		 392 aa  85.1  0.000000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2978  integrase family protein  38.32 
 
 		 377 aa  85.5  0.000000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.230554  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2589  DNA integration/recombination/invertion protein  33.55 
 
 		 369 aa  85.1  0.000000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1927  phage integrase  36.76 
 
 		 379 aa  84.7  0.000000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0252061  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2734  DNA integration/recombination/invertion protein  32.9 
 
 		 369 aa  83.6  0.000000000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.117201  hitchhiker  0.0000120563 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1849  integrase family protein  26.96 
 
 		 413 aa  82.8  0.00000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3461  phage integrase  35 
 
 		 381 aa  82.4  0.00000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3468  integrase family protein  34.81 
 
 		 381 aa  82.8  0.00000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.459563  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5534  integrase family protein  32.84 
 
 		 426 aa  82.4  0.00000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2205  DNA integration/recombination/invertion protein  32.32 
 
 		 369 aa  81.6  0.00000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00883749  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3662  integrase family protein  31.54 
 
 		 389 aa  81.3  0.00000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000552191  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1096  integrase  32.32 
 
 		 374 aa  80.1  0.00000000000006  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.077251  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3548  phage integrase family protein  35 
 
 		 209 aa  80.1  0.00000000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.339654  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0810  resolvase helix-turn-helix region  48 
 
 		 106 aa  79.7  0.00000000000009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2275  integrase  29.51 
 
 		 393 aa  79.7  0.0000000000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0829  integrase  31.21 
 
 		 388 aa  78.2  0.0000000000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.141939  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2923  phage integrase  35.67 
 
 		 379 aa  77.4  0.0000000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1574  integrase family protein  33.33 
 
 		 385 aa  77.8  0.0000000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.00294023  normal  0.46427 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2967  phage integrase family protein  35.67 
 
 		 379 aa  77.4  0.0000000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.132884  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1062  integrase family protein  36.75 
 
 		 391 aa  77.4  0.0000000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.489924  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6721  integrase family protein  35.2 
 
 		 494 aa  76.3  0.000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.917048  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4536  integrase family protein  36.07 
 
 		 409 aa  75.9  0.000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1568  integrase family protein  38.99 
 
 		 357 aa  75.1  0.000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2145  integrase  30.57 
 
 		 393 aa  75.5  0.000000000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.234907  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1966  phage integrase family protein  37.23 
 
 		 403 aa  75.1  0.000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  hitchhiker  0.00610288  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26510  site-specific recombinase XerD  36.53 
 
 		 443 aa  74.7  0.000000000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.938683  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0301  integrase  30.77 
 
 		 398 aa  75.1  0.000000000003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_14150  site-specific recombinase XerD  30.46 
 
 		 451 aa  73.9  0.000000000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08320  site-specific recombinase XerD  31.15 
 
 		 460 aa  73.2  0.000000000008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.113738 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2783  phage integrase family protein  32.24 
 
 		 367 aa  71.6  0.00000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00148084  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0217  phage integrase family site specific recombinase  30.91 
 
 		 384 aa  71.6  0.00000000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.35128  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2505  integrase family protein  34.64 
 
 		 201 aa  70.9  0.00000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.355532 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2627  phage integrase family protein  29.8 
 
 		 376 aa  69.7  0.0000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000511904  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0114  phage integrase  34.42 
 
 		 431 aa  68.2  0.0000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.646267 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1144  phage integrase  35.29 
 
 		 422 aa  67.8  0.0000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.132159  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0512  phage integrase  32.53 
 
 		 506 aa  68.2  0.0000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0000591844  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03170  site-specific recombinase XerD  36.54 
 
 		 307 aa  67.4  0.0000000005  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000220198 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1407  integrase family protein  32.91 
 
 		 374 aa  66.6  0.0000000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0609363  normal  0.0878514 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2267  phage integrase  30.77 
 
 		 392 aa  65.9  0.000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.000000397895  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4036  prophage LambdaBa02, site-specific recombinase, phage integrase family  28.1 
 
 		 376 aa  65.5  0.000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.000000192232  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0567  integrase family protein  31.1 
 
 		 391 aa  65.1  0.000000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.563798  hitchhiker  0.00485057 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2337  hypothetical protein  38.46 
 
 		 120 aa  65.1  0.000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2157  hypothetical protein  38.46 
 
 		 120 aa  65.1  0.000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00218836  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2095  phage integrase  38.46 
 
 		 120 aa  65.1  0.000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000441723  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2312  hypothetical protein  38.46 
 
 		 120 aa  65.1  0.000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.430324  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0993  phage integrase family protein  38.32 
 
 		 121 aa  65.9  0.000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3508  integrase family protein  31.02 
 
 		 443 aa  65.1  0.000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6303  integrase family protein  34.39 
 
 		 416 aa  65.5  0.000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.66477  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5323  integrase family protein  33.99 
 
 		 422 aa  64.7  0.000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0388032 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1885  prophage LambdaSa2, site-specific recombinase phage integrase family protein  26.7 
 
 		 356 aa  64.3  0.000000004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1451  integrase family protein  29.73 
 
 		 371 aa  64.3  0.000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1074  integrase  27.53 
 
 		 446 aa  63.5  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000184312 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1107  integrase  27.53 
 
 		 446 aa  63.5  0.000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.781225 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0961  phage integrase  30.17 
 
 		 414 aa  63.2  0.000000009  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.531442  unclonable  0.0000381875 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1042  integrase  27.53 
 
 		 430 aa  63.2  0.000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000195373 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1487  phage integrase  35 
 
 		 376 aa  62.4  0.00000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.16076  normal  0.536181 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2069  phage integrase  29.94 
 
 		 359 aa  61.6  0.00000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.244007  hitchhiker  0.000737798 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5395  integrase family protein  32.68 
 
 		 402 aa  62  0.00000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3350  phage integrase  30.05 
 
 		 508 aa  61.6  0.00000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.292325  normal  0.0949526 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3388  phage integrase  30.05 
 
 		 508 aa  61.6  0.00000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.328241 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0371  phage integrase  29.89 
 
 		 471 aa  61.6  0.00000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000000794278  normal  0.310006 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0476  integrase family protein  32.89 
 
 		 371 aa  61.6  0.00000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3269  phage integrase family protein  35.53 
 
 		 465 aa  60.8  0.00000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>