More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_0018 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009253  Dred_0018  phage integrase family protein  100 
 
 
388 aa  808    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2455  phage integrase  36.83 
 
 
370 aa  252  7e-66  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3730  integrase family protein  34.76 
 
 
381 aa  218  1e-55  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000165595  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2540  integrase family protein  34.63 
 
 
373 aa  208  1e-52  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000519986  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03620  phage integrase family protein  36.29 
 
 
391 aa  207  3e-52  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000382884  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2267  phage integrase  31.85 
 
 
392 aa  206  7e-52  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.000000397895  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2589  DNA integration/recombination/invertion protein  33.78 
 
 
369 aa  205  1e-51  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2734  DNA integration/recombination/invertion protein  33.24 
 
 
369 aa  204  2e-51  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.117201  hitchhiker  0.0000120563 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0012  integrase family protein  34.48 
 
 
383 aa  204  2e-51  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000168789  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1796  Phage integrase  33.86 
 
 
390 aa  201  1.9999999999999998e-50  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1187  integrase family protein  33.33 
 
 
370 aa  193  5e-48  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.474728  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1179  integrase family protein  31.08 
 
 
387 aa  191  2e-47  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.208584 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3662  integrase family protein  31.38 
 
 
389 aa  190  4e-47  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000552191  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2205  DNA integration/recombination/invertion protein  31.3 
 
 
369 aa  189  8e-47  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00883749  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0419  integrase family protein  31.15 
 
 
414 aa  186  5e-46  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00000230336  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0415  prophage LambdaBa04, site-specific recombinase phage integrase family protein protein  33.07 
 
 
374 aa  186  6e-46  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.611975  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0427  prophage lambdaba04, site-specific recombinase phage integrase family protein protein  33.07 
 
 
374 aa  186  6e-46  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0493  phage integrase family protein  33.25 
 
 
383 aa  186  7e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000132895  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0846  phage integrase family protein  33.63 
 
 
368 aa  184  2.0000000000000003e-45  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2219  phage integrase  33.96 
 
 
378 aa  182  1e-44  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1592  phage integrase  32.53 
 
 
377 aa  177  3e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1927  phage integrase  32.14 
 
 
379 aa  176  7e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0252061  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4536  integrase family protein  31.87 
 
 
409 aa  175  9.999999999999999e-43  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4726  integrase family protein  31.23 
 
 
404 aa  170  3e-41  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.981437  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1463  site-specific recombinase, phage integrase family  31.35 
 
 
385 aa  169  6e-41  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000119227  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1029  integrase family protein  30.59 
 
 
400 aa  168  1e-40  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5518  integrase family protein  29.6 
 
 
477 aa  168  1e-40  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0834932  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0923  integrase family protein  30.25 
 
 
363 aa  165  1.0000000000000001e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1062  integrase family protein  28.31 
 
 
391 aa  163  5.0000000000000005e-39  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.489924  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0883  phage integrase family site specific recombinase  32.07 
 
 
435 aa  161  1e-38  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0113166  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1474  phage integrase family site specific recombinase  29.66 
 
 
386 aa  159  6e-38  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.0051357  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2978  integrase family protein  29.66 
 
 
377 aa  159  7e-38  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.230554  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0476  integrase family protein  28.53 
 
 
371 aa  159  9e-38  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1190  integrase family protein  30.49 
 
 
463 aa  159  1e-37  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2026  integrase family protein  33.33 
 
 
392 aa  154  2e-36  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5395  integrase family protein  31.54 
 
 
402 aa  154  2.9999999999999998e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5323  integrase family protein  32.28 
 
 
422 aa  152  8e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0388032 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0747  integrase family protein  31.39 
 
 
325 aa  148  1.0000000000000001e-34  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.194299  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1849  integrase family protein  28.65 
 
 
413 aa  148  2.0000000000000003e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3691  site-specific integrase  28.86 
 
 
370 aa  145  1e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1144  phage integrase  30.03 
 
 
422 aa  145  1e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.132159  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0820  integrase family protein  28.96 
 
 
378 aa  143  4e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2923  phage integrase  36.32 
 
 
379 aa  142  8e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2967  phage integrase family protein  36.32 
 
 
379 aa  142  8e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.132884  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0114  phage integrase  30.75 
 
 
431 aa  140  3e-32  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.646267 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5534  integrase family protein  24.57 
 
 
426 aa  140  4.999999999999999e-32  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0709  phage integrase family protein  27.6 
 
 
386 aa  132  7.999999999999999e-30  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1422  phage integrase  24.94 
 
 
442 aa  132  1.0000000000000001e-29  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0457  integrase family protein  28.26 
 
 
487 aa  132  1.0000000000000001e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0780809 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0831  integrase family protein  26.7 
 
 
378 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2627  phage integrase family protein  28.27 
 
 
376 aa  130  3e-29  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000511904  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2252  phage integrase  31.54 
 
 
305 aa  130  4.0000000000000003e-29  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.442177  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0512  phage integrase  28.62 
 
 
506 aa  130  5.0000000000000004e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0000591844  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1487  phage integrase  26.58 
 
 
376 aa  129  1.0000000000000001e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.16076  normal  0.536181 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2783  phage integrase family protein  26.13 
 
 
367 aa  128  2.0000000000000002e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00148084  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2625  phage integrase family protein  26.23 
 
 
409 aa  128  2.0000000000000002e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0300817  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1966  phage integrase family protein  25.51 
 
 
403 aa  126  7e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  hitchhiker  0.00610288  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4036  prophage LambdaBa02, site-specific recombinase, phage integrase family  26.81 
 
 
376 aa  125  1e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.000000192232  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6718  integrase family protein  30.61 
 
 
656 aa  125  1e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6721  integrase family protein  27.38 
 
 
494 aa  124  3e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.917048  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0644  integrase family protein  26.15 
 
 
406 aa  124  3e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3836  prophage LambdaBa02, site-specific recombinase phage integrase family protein protein  26.4 
 
 
376 aa  124  3e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4134  prophage lambdaba02, site-specific recombinase phage integrase family protein protein  26.4 
 
 
376 aa  124  3e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.62629  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1440  phage integrase family protein  24.8 
 
 
393 aa  124  3e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1568  integrase family protein  27.61 
 
 
357 aa  124  4e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1182  phage integrase family protein  25.97 
 
 
376 aa  123  5e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000913824  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3508  integrase family protein  28.76 
 
 
443 aa  120  3.9999999999999996e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1351  integrase family protein  26.47 
 
 
416 aa  120  6e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0172  integrase family protein  24.64 
 
 
437 aa  119  7e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.398776  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3468  integrase family protein  27.89 
 
 
381 aa  119  7e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.459563  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3461  phage integrase  27.04 
 
 
381 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2786  phage integrase family protein  31.36 
 
 
471 aa  110  4.0000000000000004e-23  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.522283 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15860  site-specific recombinase XerD  27.61 
 
 
398 aa  110  5e-23  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.0008266  hitchhiker  0.0000733221 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4274  phage integrase  27.46 
 
 
407 aa  109  7.000000000000001e-23  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.173259  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3747  phage integrase family protein  31.36 
 
 
471 aa  109  7.000000000000001e-23  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.51033  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8572  DNA binding domain protein, excisionase family  24.21 
 
 
507 aa  104  2e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0167813  normal  0.0589685 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0217  phage integrase family site specific recombinase  23.91 
 
 
384 aa  103  4e-21  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.35128  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26510  site-specific recombinase XerD  24.62 
 
 
443 aa  103  7e-21  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.938683  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1203  phage integrase  25.79 
 
 
394 aa  102  1e-20  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.00426039  normal  0.328241 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_14150  site-specific recombinase XerD  24.54 
 
 
451 aa  102  1e-20  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0829  integrase  24.93 
 
 
388 aa  101  2e-20  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.141939  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0567  integrase family protein  27.7 
 
 
391 aa  100  3e-20  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.563798  hitchhiker  0.00485057 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0993  phage integrase family protein  43.1 
 
 
121 aa  100  3e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3318  integrase family protein  26.79 
 
 
423 aa  101  3e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.00000001885  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03080  site-specific recombinase XerC  24.69 
 
 
381 aa  100  4e-20  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0299404  hitchhiker  1.02879e-24 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3350  phage integrase  23.13 
 
 
508 aa  100  6e-20  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.292325  normal  0.0949526 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3388  phage integrase  23.13 
 
 
508 aa  100  6e-20  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.328241 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0878  phage integrase  40 
 
 
429 aa  98.6  1e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.964674 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6303  integrase family protein  23.77 
 
 
416 aa  99  1e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.66477  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1336  integrase family protein  26.76 
 
 
391 aa  98.6  2e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0407  phage integrase  23.46 
 
 
503 aa  98.6  2e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.995866 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1096  integrase  25.14 
 
 
374 aa  97.1  4e-19  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.077251  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3446  integrase family protein  26.57 
 
 
492 aa  96.7  7e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1407  integrase family protein  23.36 
 
 
374 aa  95.5  1e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0609363  normal  0.0878514 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2665  integrase family protein  26.38 
 
 
407 aa  95.1  2e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.000119591  normal  0.757223 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1724  phage integrase family protein  24.05 
 
 
378 aa  94.7  2e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2275  integrase  25.48 
 
 
393 aa  94.4  3e-18  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08320  site-specific recombinase XerD  23.17 
 
 
460 aa  94.4  3e-18  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.113738 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3464  integrase family protein  23.81 
 
 
377 aa  93.2  8e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1574  integrase family protein  23.95 
 
 
385 aa  92.8  9e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.00294023  normal  0.46427 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>