More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_1144 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_1144  phage integrase  100 
 
 
422 aa  860    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.132159  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5323  integrase family protein  90.26 
 
 
422 aa  777    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0388032 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5395  integrase family protein  90.18 
 
 
402 aa  704    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0114  phage integrase  64.71 
 
 
431 aa  510  1e-143  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.646267 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4274  phage integrase  42.75 
 
 
407 aa  285  1.0000000000000001e-75  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.173259  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0476  integrase family protein  40.55 
 
 
371 aa  271  2e-71  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5518  integrase family protein  37.9 
 
 
477 aa  250  4e-65  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0834932  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2219  phage integrase  36.32 
 
 
378 aa  216  7e-55  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2978  integrase family protein  35.73 
 
 
377 aa  212  1e-53  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.230554  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1927  phage integrase  36.27 
 
 
379 aa  211  3e-53  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0252061  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1592  phage integrase  36.43 
 
 
377 aa  204  2e-51  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2026  integrase family protein  31.71 
 
 
392 aa  203  4e-51  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1179  integrase family protein  34.57 
 
 
387 aa  196  6e-49  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.208584 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1796  Phage integrase  31.93 
 
 
390 aa  190  5e-47  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1029  integrase family protein  30.58 
 
 
400 aa  183  4.0000000000000006e-45  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0923  integrase family protein  33.33 
 
 
363 aa  182  8.000000000000001e-45  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6303  integrase family protein  33.49 
 
 
416 aa  180  2.9999999999999997e-44  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.66477  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2923  phage integrase  34.67 
 
 
379 aa  179  5.999999999999999e-44  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2967  phage integrase family protein  34.67 
 
 
379 aa  179  5.999999999999999e-44  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.132884  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0846  phage integrase family protein  31.88 
 
 
368 aa  168  2e-40  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3730  integrase family protein  32 
 
 
381 aa  167  2.9999999999999998e-40  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000165595  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0419  integrase family protein  31.14 
 
 
414 aa  165  1.0000000000000001e-39  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00000230336  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5534  integrase family protein  31.63 
 
 
426 aa  165  2.0000000000000002e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03620  phage integrase family protein  30.51 
 
 
391 aa  161  3e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000382884  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0644  integrase family protein  30.09 
 
 
406 aa  151  2e-35  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0747  integrase family protein  30.43 
 
 
325 aa  150  3e-35  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.194299  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0407  phage integrase  31.59 
 
 
503 aa  146  5e-34  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.995866 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0415  prophage LambdaBa04, site-specific recombinase phage integrase family protein protein  26.57 
 
 
374 aa  145  1e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.611975  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0427  prophage lambdaba04, site-specific recombinase phage integrase family protein protein  26.57 
 
 
374 aa  145  1e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1474  phage integrase family site specific recombinase  28.47 
 
 
386 aa  144  2e-33  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.0051357  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0018  phage integrase family protein  30.03 
 
 
388 aa  145  2e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0172  integrase family protein  30.23 
 
 
437 aa  144  2e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.398776  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2455  phage integrase  28.24 
 
 
370 aa  145  2e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0493  phage integrase family protein  29.09 
 
 
383 aa  144  3e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000132895  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1463  site-specific recombinase, phage integrase family  29.26 
 
 
385 aa  135  9.999999999999999e-31  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000119227  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0883  phage integrase family site specific recombinase  27.86 
 
 
435 aa  135  1.9999999999999998e-30  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0113166  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2267  phage integrase  27.76 
 
 
392 aa  135  1.9999999999999998e-30  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.000000397895  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3662  integrase family protein  26.42 
 
 
389 aa  134  3e-30  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000552191  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0457  integrase family protein  31.02 
 
 
487 aa  132  9e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0780809 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2589  DNA integration/recombination/invertion protein  25.95 
 
 
369 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2734  DNA integration/recombination/invertion protein  25.66 
 
 
369 aa  130  6e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.117201  hitchhiker  0.0000120563 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2252  phage integrase  33.2 
 
 
305 aa  128  2.0000000000000002e-28  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.442177  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1407  integrase family protein  30.45 
 
 
374 aa  127  4.0000000000000003e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0609363  normal  0.0878514 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2205  DNA integration/recombination/invertion protein  25.48 
 
 
369 aa  125  1e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00883749  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4726  integrase family protein  31.29 
 
 
404 aa  124  4e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.981437  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1190  integrase family protein  28.53 
 
 
463 aa  122  9.999999999999999e-27  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1187  integrase family protein  27.98 
 
 
370 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.474728  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0012  integrase family protein  29.8 
 
 
383 aa  121  3e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000168789  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1422  phage integrase  25.17 
 
 
442 aa  120  3.9999999999999996e-26  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1062  integrase family protein  27.75 
 
 
391 aa  120  6e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.489924  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8572  DNA binding domain protein, excisionase family  28.64 
 
 
507 aa  120  7e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0167813  normal  0.0589685 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1568  integrase family protein  27.86 
 
 
357 aa  118  3e-25  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3468  integrase family protein  25.35 
 
 
381 aa  117  3e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.459563  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3508  integrase family protein  24.49 
 
 
443 aa  116  6.9999999999999995e-25  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6718  integrase family protein  29.79 
 
 
656 aa  115  1.0000000000000001e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4536  integrase family protein  30.71 
 
 
409 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3461  phage integrase  24.79 
 
 
381 aa  113  6e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1440  phage integrase family protein  25.75 
 
 
393 aa  113  6e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1487  phage integrase  28.05 
 
 
376 aa  112  1.0000000000000001e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.16076  normal  0.536181 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1351  integrase family protein  28.3 
 
 
416 aa  111  3e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2540  integrase family protein  25.15 
 
 
373 aa  111  3e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000519986  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2786  phage integrase family protein  35.78 
 
 
471 aa  110  4.0000000000000004e-23  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.522283 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3747  phage integrase family protein  35.78 
 
 
471 aa  110  5e-23  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.51033  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3691  site-specific integrase  27.27 
 
 
370 aa  108  2e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6721  integrase family protein  28.4 
 
 
494 aa  107  5e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.917048  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0512  phage integrase  27.32 
 
 
506 aa  106  6e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0000591844  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1336  integrase family protein  28.28 
 
 
391 aa  104  3e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0831  integrase family protein  28.37 
 
 
378 aa  104  3e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0709  phage integrase family protein  23.46 
 
 
386 aa  104  3e-21  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2627  phage integrase family protein  24.03 
 
 
376 aa  103  8e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000511904  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_14150  site-specific recombinase XerD  25.57 
 
 
451 aa  102  9e-21  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2777  integrase family protein  28.67 
 
 
387 aa  101  2e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.684948  normal  0.708845 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7037  hypothetical protein  25.06 
 
 
387 aa  101  2e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.87328 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3836  prophage LambdaBa02, site-specific recombinase phage integrase family protein protein  23.82 
 
 
376 aa  97.4  4e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4134  prophage lambdaba02, site-specific recombinase phage integrase family protein protein  23.82 
 
 
376 aa  97.4  4e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.62629  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4036  prophage LambdaBa02, site-specific recombinase, phage integrase family  23.06 
 
 
376 aa  96.7  7e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.000000192232  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1966  phage integrase family protein  28.31 
 
 
403 aa  96.3  9e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  hitchhiker  0.00610288  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0820  integrase family protein  22.85 
 
 
378 aa  96.3  1e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2505  integrase family protein  37.43 
 
 
201 aa  95.9  1e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.355532 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3878  integrase family protein  26.56 
 
 
380 aa  95.5  2e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3437  integrase family protein  33.33 
 
 
458 aa  93.6  6e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.494815  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0597  integrase family protein  27.51 
 
 
447 aa  93.2  8e-18  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0217  phage integrase family site specific recombinase  23.66 
 
 
384 aa  92  2e-17  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.35128  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3520  integrase family protein  29.56 
 
 
365 aa  91.3  3e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0253  integrase family protein  27.72 
 
 
435 aa  88.2  3e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00000373788  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3269  phage integrase family protein  31.47 
 
 
465 aa  87.8  3e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1849  integrase family protein  26.6 
 
 
413 aa  86.3  9e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2020  LigA  27.99 
 
 
397 aa  86.3  9e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.389387  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0288  integrase family protein  29.66 
 
 
403 aa  86.3  9e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3350  phage integrase  26.82 
 
 
508 aa  86.3  0.000000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.292325  normal  0.0949526 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3388  phage integrase  26.82 
 
 
508 aa  86.3  0.000000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.328241 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1203  phage integrase  28.46 
 
 
394 aa  85.1  0.000000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.00426039  normal  0.328241 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0686  phage integrase family protein  22.71 
 
 
397 aa  84.7  0.000000000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0848514  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3464  integrase family protein  27.03 
 
 
377 aa  84.3  0.000000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1143  integrase family protein  25.62 
 
 
412 aa  83.2  0.000000000000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.00000465357  unclonable  7.38755e-19 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0882  phage integrase family protein  25.76 
 
 
414 aa  82.4  0.00000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.520245  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0726  phage integrase family protein  31.85 
 
 
401 aa  82.4  0.00000000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000125813  decreased coverage  0.0000000856927 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3350  integrase  29.67 
 
 
308 aa  82.4  0.00000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00359362  decreased coverage  0.00980373 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1299  ATP synthase C chain (Lipid-binding protein)(dicyclohexylcarbodiimide-binding protein)  31.53 
 
 
276 aa  82.4  0.00000000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.138166  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1574  integrase family protein  29.32 
 
 
385 aa  82.8  0.00000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.00294023  normal  0.46427 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>