More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0388 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_0388  hypothetical protein  100 
 
 		 161 aa  325  2.0000000000000001e-88  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0457  integrase family protein  50 
 
 		 487 aa  89.7  2e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0780809 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6721  integrase family protein  48.51 
 
 		 494 aa  77.4  0.00000000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.917048  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3743  integrase family protein  46.39 
 
 		 445 aa  75.5  0.0000000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3794  integrase family protein  46.39 
 
 		 445 aa  75.5  0.0000000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0397442 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5518  integrase family protein  40.66 
 
 		 477 aa  75.1  0.0000000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0834932  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0831  integrase family protein  39.58 
 
 		 378 aa  74.7  0.0000000000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1849  integrase family protein  33.33 
 
 		 413 aa  73.6  0.000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2978  integrase family protein  42.7 
 
 		 377 aa  72  0.000000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.230554  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0846  phage integrase family protein  46.58 
 
 		 368 aa  72  0.000000000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0883  phage integrase family site specific recombinase  35.35 
 
 		 435 aa  71.6  0.000000000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0113166  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0993  phage integrase family protein  40.96 
 
 		 121 aa  71.6  0.000000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1796  Phage integrase  39.78 
 
 		 390 aa  71.2  0.000000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1187  integrase family protein  38.46 
 
 		 370 aa  70.5  0.000000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.474728  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1422  phage integrase  38.38 
 
 		 442 aa  69.3  0.00000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03620  phage integrase family protein  44 
 
 		 391 aa  69.7  0.00000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000382884  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6718  integrase family protein  39.86 
 
 		 656 aa  68.9  0.00000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1440  phage integrase family protein  38.38 
 
 		 393 aa  68.9  0.00000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1190  integrase family protein  46.15 
 
 		 463 aa  67.8  0.00000000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3662  integrase family protein  37.5 
 
 		 389 aa  66.6  0.0000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000552191  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1062  integrase family protein  35.79 
 
 		 391 aa  67  0.0000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.489924  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2540  integrase family protein  41.18 
 
 		 373 aa  66.6  0.0000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000519986  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2455  phage integrase  34.65 
 
 		 370 aa  66.2  0.0000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0747  integrase family protein  31.25 
 
 		 325 aa  65.9  0.0000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.194299  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1474  phage integrase family site specific recombinase  42.35 
 
 		 386 aa  65.5  0.0000000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.0051357  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0415  prophage LambdaBa04, site-specific recombinase phage integrase family protein protein  34.78 
 
 		 374 aa  65.1  0.0000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.611975  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0427  prophage lambdaba04, site-specific recombinase phage integrase family protein protein  34.78 
 
 		 374 aa  65.1  0.0000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3350  phage integrase  36.69 
 
 		 508 aa  65.5  0.0000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.292325  normal  0.0949526 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3388  phage integrase  36.69 
 
 		 508 aa  65.5  0.0000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.328241 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2252  phage integrase  33.94 
 
 		 305 aa  65.5  0.0000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.442177  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1179  integrase family protein  36.36 
 
 		 387 aa  64.3  0.0000000007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.208584 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5534  integrase family protein  40.21 
 
 		 426 aa  64.3  0.0000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1639  integrase family protein  41.3 
 
 		 301 aa  63.5  0.000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0514216  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0419  integrase family protein  35.16 
 
 		 414 aa  63.2  0.000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00000230336  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1927  phage integrase  34.44 
 
 		 379 aa  62.8  0.000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0252061  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3468  integrase family protein  32.14 
 
 		 381 aa  62.8  0.000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.459563  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1463  site-specific recombinase, phage integrase family  43.37 
 
 		 385 aa  63.2  0.000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000119227  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2157  hypothetical protein  37.35 
 
 		 120 aa  62.4  0.000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00218836  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2095  phage integrase  37.35 
 
 		 120 aa  62.4  0.000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000441723  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2312  hypothetical protein  37.35 
 
 		 120 aa  62.4  0.000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.430324  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2337  hypothetical protein  37.35 
 
 		 120 aa  62.4  0.000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3461  phage integrase  32.14 
 
 		 381 aa  61.2  0.000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3548  phage integrase family protein  32.14 
 
 		 209 aa  60.5  0.00000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.339654  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4726  integrase family protein  33.9 
 
 		 404 aa  59.3  0.00000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.981437  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3730  integrase family protein  33.7 
 
 		 381 aa  59.7  0.00000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000165595  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6303  integrase family protein  31.87 
 
 		 416 aa  58.9  0.00000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.66477  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0493  phage integrase family protein  34.94 
 
 		 383 aa  58.2  0.00000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000132895  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0012  integrase family protein  36.14 
 
 		 383 aa  58.2  0.00000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000168789  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3464  integrase family protein  42.99 
 
 		 377 aa  58.2  0.00000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0512  phage integrase  41.54 
 
 		 506 aa  57.4  0.00000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0000591844  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3446  integrase family protein  45.19 
 
 		 492 aa  57.4  0.00000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0407  phage integrase  33.33 
 
 		 503 aa  56.6  0.0000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.995866 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0878  phage integrase  35.96 
 
 		 429 aa  57  0.0000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.964674 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1592  phage integrase  42.37 
 
 		 377 aa  57  0.0000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2219  phage integrase  34.12 
 
 		 378 aa  57  0.0000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2194  integrase family protein  41.38 
 
 		 317 aa  56.2  0.0000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.103281  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0018  phage integrase family protein  36.36 
 
 		 388 aa  55.5  0.0000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1336  integrase family protein  38.1 
 
 		 391 aa  55.5  0.0000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4524  Phage integrase  39.02 
 
 		 310 aa  55.1  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1458  hypothetical protein  53.19 
 
 		 202 aa  54.7  0.0000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.360955 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3318  integrase family protein  27.45 
 
 		 423 aa  54.7  0.0000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.00000001885  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3836  prophage LambdaBa02, site-specific recombinase phage integrase family protein protein  32.53 
 
 		 376 aa  54.7  0.0000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4134  prophage lambdaba02, site-specific recombinase phage integrase family protein protein  32.53 
 
 		 376 aa  54.7  0.0000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.62629  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0772  phage integrase  36.26 
 
 		 304 aa  54.7  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.672054 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2205  DNA integration/recombination/invertion protein  29.9 
 
 		 369 aa  54.7  0.0000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00883749  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0114  phage integrase  33.33 
 
 		 431 aa  54.3  0.0000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.646267 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2026  integrase family protein  36.67 
 
 		 392 aa  53.9  0.0000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2627  phage integrase family protein  30.68 
 
 		 376 aa  53.9  0.0000009  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000511904  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1574  integrase family protein  35 
 
 		 385 aa  53.1  0.000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.00294023  normal  0.46427 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4036  prophage LambdaBa02, site-specific recombinase, phage integrase family  30 
 
 		 376 aa  53.5  0.000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.000000192232  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1100  phage integrase family protein  32.56 
 
 		 383 aa  52.4  0.000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4338  phage integrase  55.81 
 
 		 207 aa  52  0.000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.857538  normal  0.897623 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_14150  site-specific recombinase XerD  30.93 
 
 		 451 aa  52.4  0.000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0311  phage integrase family protein  27 
 
 		 401 aa  51.6  0.000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0304  phage integrase family protein  27 
 
 		 401 aa  51.6  0.000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1916  site-specific tyrosine recombinase XerC  40.24 
 
 		 315 aa  51.6  0.000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.391518  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2267  phage integrase  31.68 
 
 		 392 aa  51.6  0.000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.000000397895  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1844  site-specific tyrosine recombinase XerC  39.02 
 
 		 315 aa  51.2  0.000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.104424  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2589  DNA integration/recombination/invertion protein  30.12 
 
 		 369 aa  51.2  0.000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1568  integrase family protein  49.15 
 
 		 357 aa  51.2  0.000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0923  integrase family protein  29.07 
 
 		 363 aa  50.8  0.000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08320  site-specific recombinase XerD  33.72 
 
 		 460 aa  50.8  0.000007  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.113738 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1646  integrase family protein  36.25 
 
 		 330 aa  50.8  0.000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0820  integrase family protein  29.17 
 
 		 378 aa  50.8  0.000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2777  integrase family protein  42.86 
 
 		 387 aa  49.7  0.00001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.684948  normal  0.708845 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3124  integrase family protein  37.78 
 
 		 323 aa  50.1  0.00001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0704  integrase family protein  33.68 
 
 		 305 aa  50.1  0.00001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000143659  unclonable  0.0000000274126 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0430  phage integrase family protein  28.57 
 
 		 132 aa  50.1  0.00001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000124708  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2786  phage integrase family protein  35.29 
 
 		 471 aa  50.1  0.00001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.522283 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07060  site-specific recombinase XerD  38.75 
 
 		 315 aa  50.1  0.00001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.273434 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0485  site-specific tyrosine recombinase XerC  40.91 
 
 		 322 aa  50.1  0.00001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.853028 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2734  DNA integration/recombination/invertion protein  32.47 
 
 		 369 aa  50.4  0.00001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.117201  hitchhiker  0.0000120563 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10430  site-specific recombinase XerD  39.24 
 
 		 313 aa  50.4  0.00001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00129547  unclonable  0.000000000966981 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3747  phage integrase family protein  35.29 
 
 		 471 aa  50.1  0.00001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.51033  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3520  integrase family protein  33.77 
 
 		 365 aa  49.7  0.00002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2236  integrase family protein  39.66 
 
 		 340 aa  49.7  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0483412  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2275  integrase  31.76 
 
 		 393 aa  49.3  0.00002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1560  tyrosine recombinase XerD  40 
 
 		 331 aa  49.7  0.00002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.736869  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0942  site-specific tyrosine recombinase XerC  39.02 
 
 		 315 aa  48.9  0.00003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0251  site-specific tyrosine recombinase XerC  56.6 
 
 		 355 aa  48.9  0.00003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.00631913  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>