78 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_4338 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_4338  phage integrase  100 
 
 		 207 aa  387  1e-107  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.857538  normal  0.897623 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6721  integrase family protein  75.28 
 
 		 494 aa  99.4  3e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.917048  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6718  integrase family protein  66.67 
 
 		 656 aa  63.2  0.000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0457  integrase family protein  50.67 
 
 		 487 aa  58.2  0.00000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0780809 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3454  integrase family protein  51.16 
 
 		 337 aa  52.8  0.000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0993  phage integrase family protein  42.86 
 
 		 121 aa  51.2  0.00001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4828  phage integrase  54.05 
 
 		 433 aa  50.8  0.00001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.281268  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4448  phage integrase family protein  40.98 
 
 		 424 aa  51.2  0.00001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.322677  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3068  phage integrase family protein  54.76 
 
 		 407 aa  50.8  0.00001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1062  integrase family protein  38.89 
 
 		 391 aa  49.7  0.00003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.489924  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1187  integrase family protein  56.76 
 
 		 370 aa  49.3  0.00004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.474728  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0419  integrase family protein  61.11 
 
 		 414 aa  48.9  0.00005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00000230336  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3794  integrase family protein  58.97 
 
 		 445 aa  48.1  0.00009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0397442 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3743  integrase family protein  58.97 
 
 		 445 aa  48.1  0.00009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1796  Phage integrase  51.02 
 
 		 390 aa  47.8  0.0001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0493  phage integrase family protein  30.43 
 
 		 383 aa  48.1  0.0001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000132895  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0860  integrase family protein  51.35 
 
 		 370 aa  47.4  0.0002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1190  integrase family protein  42.19 
 
 		 463 aa  47.4  0.0002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3417  hypothetical protein  56.41 
 
 		 87 aa  45.8  0.0004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.548763  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03620  phage integrase family protein  35.09 
 
 		 391 aa  45.8  0.0005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000382884  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2219  phage integrase  53.49 
 
 		 378 aa  45.8  0.0005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0388  hypothetical protein  55.56 
 
 		 161 aa  45.8  0.0005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2236  integrase family protein  61.11 
 
 		 340 aa  45.4  0.0006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0483412  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0012  integrase family protein  51.35 
 
 		 383 aa  45.4  0.0007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000168789  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3508  integrase family protein  48.98 
 
 		 443 aa  45.1  0.0007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2455  phage integrase  41.18 
 
 		 370 aa  45.1  0.0009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0831  integrase family protein  58.33 
 
 		 378 aa  44.7  0.001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1463  site-specific recombinase, phage integrase family  56.76 
 
 		 385 aa  44.3  0.001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000119227  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0512  phage integrase  43.1 
 
 		 506 aa  44.3  0.001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0000591844  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0430  phage integrase family protein  44 
 
 		 132 aa  44.7  0.001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000124708  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3388  phage integrase  39.19 
 
 		 508 aa  44.3  0.001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.328241 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3350  phage integrase  39.19 
 
 		 508 aa  44.3  0.001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.292325  normal  0.0949526 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3730  integrase family protein  54.05 
 
 		 381 aa  44.3  0.001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000165595  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0882  phage integrase family protein  53.66 
 
 		 414 aa  44.7  0.001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.520245  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5518  integrase family protein  50 
 
 		 477 aa  43.9  0.002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0834932  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2782  phage integrase family protein  45.59 
 
 		 356 aa  43.9  0.002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.507501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1159  integrase family protein  44.26 
 
 		 344 aa  43.5  0.002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.226555 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12333  integrase  39.66 
 
 		 151 aa  43.9  0.002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1927  phage integrase  47.62 
 
 		 379 aa  43.9  0.002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0252061  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1592  phage integrase  46.51 
 
 		 377 aa  43.5  0.002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2978  integrase family protein  58.33 
 
 		 377 aa  43.9  0.002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.230554  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1247  Phage integrase  60.61 
 
 		 278 aa  43.5  0.002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0883  phage integrase family site specific recombinase  38.98 
 
 		 435 aa  43.1  0.003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0113166  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3520  integrase family protein  45.95 
 
 		 365 aa  43.1  0.003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3929  site-specific tyrosine recombinase XerC  38.03 
 
 		 299 aa  42.7  0.004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000313294  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2567  site-specific tyrosine recombinase XerD  65.62 
 
 		 313 aa  42.4  0.004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.615759 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1487  phage integrase family protein  45.83 
 
 		 342 aa  42.7  0.004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.115706  normal  0.63189 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3572  site-specific tyrosine recombinase XerC  38.03 
 
 		 299 aa  42.7  0.004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000685052  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3843  site-specific tyrosine recombinase XerC  38.03 
 
 		 299 aa  42.7  0.004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.27577e-62 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2589  DNA integration/recombination/invertion protein  38.78 
 
 		 369 aa  42.7  0.004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3878  site-specific tyrosine recombinase XerC  38.03 
 
 		 299 aa  42.4  0.004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000107327  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2020  LigA  45.95 
 
 		 397 aa  42.7  0.004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.389387  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3969  site-specific tyrosine recombinase XerC  38.03 
 
 		 299 aa  42.7  0.004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000391393  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3682  site-specific tyrosine recombinase XerC  38.03 
 
 		 299 aa  42.7  0.004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.245295  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0727  tyrosine recombinase XerD  36.84 
 
 		 304 aa  42.4  0.005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.689003 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1314  site-specific tyrosine recombinase XerC  38.57 
 
 		 299 aa  42.4  0.005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000019497  unclonable  8.39468e-26 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3590  site-specific tyrosine recombinase XerC  38.03 
 
 		 299 aa  42.4  0.005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0796955  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3873  site-specific tyrosine recombinase XerC  38.57 
 
 		 299 aa  42.4  0.005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00557083  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0358  integrase family protein  51.52 
 
 		 287 aa  42.4  0.005  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2252  phage integrase  45.45 
 
 		 305 aa  42.4  0.005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.442177  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0590  tyrosine recombinase XerD  53.49 
 
 		 306 aa  42  0.006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3468  integrase family protein  51.52 
 
 		 381 aa  42  0.006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.459563  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3878  integrase family protein  40 
 
 		 380 aa  42  0.006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1769  tyrosine recombinase XerD  53.66 
 
 		 304 aa  42  0.007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.151783  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1458  hypothetical protein  42.11 
 
 		 202 aa  42  0.007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.360955 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1419  integrase family protein  58.06 
 
 		 390 aa  42  0.007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.447287  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3318  integrase family protein  26.97 
 
 		 423 aa  42  0.007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.00000001885  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0817  tyrosine recombinase XerD  63.64 
 
 		 305 aa  42  0.007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.763193  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1827  tyrosine recombinase XerD  63.64 
 
 		 306 aa  42  0.007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3891  site-specific tyrosine recombinase XerD  62.5 
 
 		 317 aa  41.6  0.008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.125291  decreased coverage  0.00274094 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0478  tyrosine recombinase XerD  52.5 
 
 		 319 aa  41.6  0.008  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2734  DNA integration/recombination/invertion protein  36.73 
 
 		 369 aa  41.6  0.008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.117201  hitchhiker  0.0000120563 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2175  tyrosine recombinase XerD  29.46 
 
 		 299 aa  41.6  0.009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2267  phage integrase  38.3 
 
 		 392 aa  41.6  0.009  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.000000397895  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2702  site-specific recombinase  35.06 
 
 		 299 aa  41.6  0.009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3598  site-specific tyrosine recombinase XerD  62.5 
 
 		 317 aa  41.6  0.009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3583  phage integrase  40.62 
 
 		 385 aa  41.6  0.009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0846  phage integrase family protein  54.05 
 
 		 368 aa  41.6  0.01  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>