More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_2175 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_2175  tyrosine recombinase XerD  100 
 
 		 299 aa  610  9.999999999999999e-175  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5470  tyrosine recombinase XerD  59.73 
 
 		 316 aa  386  1e-106  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.602612  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2702  site-specific recombinase  61.43 
 
 		 299 aa  377  1e-103  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2797  tyrosine recombinase XerD  59.52 
 
 		 298 aa  355  3.9999999999999996e-97  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.650693  normal  0.205647 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2436  tyrosine recombinase XerD  57.48 
 
 		 305 aa  349  4e-95  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.578966 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1239  hypothetical protein  54.92 
 
 		 299 aa  330  2e-89  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.968724 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0124  phage integrase family protein  53.36 
 
 		 298 aa  324  1e-87  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.776243  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11988  putative tyrosine recombinase  53.77 
 
 		 298 aa  318  7e-86  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1732  integrase/recombinase XerD  50.5 
 
 		 308 aa  303  3.0000000000000004e-81  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0381  tyrosine recombinase XerD  50.17 
 
 		 303 aa  302  5.000000000000001e-81  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1769  tyrosine recombinase XerD  45.45 
 
 		 304 aa  271  1e-71  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.151783  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0927  tyrosine recombinase XerD  41.69 
 
 		 304 aa  262  4.999999999999999e-69  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.2 
 
 		 299 aa  261  8e-69  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0817  tyrosine recombinase XerD  43.85 
 
 		 305 aa  259  4e-68  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.763193  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1827  tyrosine recombinase XerD  42.11 
 
 		 306 aa  258  7e-68  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0727  tyrosine recombinase XerD  44.93 
 
 		 304 aa  255  6e-67  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.689003 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0590  tyrosine recombinase XerD  43.39 
 
 		 306 aa  254  2.0000000000000002e-66  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0367  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.03 
 
 		 298 aa  253  3e-66  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1118  tyrosine recombinase XerD  43.05 
 
 		 304 aa  253  3e-66  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1427  tyrosine recombinase XerD subunit  40.74 
 
 		 295 aa  248  9e-65  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1501  tyrosine recombinase XerD subunit  42.86 
 
 		 295 aa  248  1e-64  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1300  tyrosine recombinase XerD subunit  41.55 
 
 		 297 aa  248  1e-64  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  41.22 
 
 		 295 aa  246  3e-64  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1060  tyrosine recombinase XerD  40.2 
 
 		 295 aa  245  6e-64  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.17947  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4199  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.64 
 
 		 296 aa  244  9.999999999999999e-64  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00345142  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1038  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.64 
 
 		 296 aa  244  9.999999999999999e-64  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00331502  normal  0.0102802 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2692  tyrosine recombinase XerD  42.91 
 
 		 295 aa  244  1.9999999999999999e-63  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.457784  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3920  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.98 
 
 		 296 aa  244  1.9999999999999999e-63  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000317777  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  43.45 
 
 		 295 aa  243  3e-63  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2788  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.3 
 
 		 296 aa  243  3e-63  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000777667  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1750  tyrosine recombinase XerD  41.89 
 
 		 294 aa  243  3.9999999999999997e-63  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4158  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.3 
 
 		 296 aa  241  1e-62  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.44443  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4222  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.3 
 
 		 296 aa  241  1e-62  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160259  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1099  tyrosine recombinase XerD  42.76 
 
 		 296 aa  240  2e-62  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3999  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.3 
 
 		 296 aa  240  2e-62  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.189801  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3830  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.3 
 
 		 296 aa  240  2e-62  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3846  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.3 
 
 		 296 aa  241  2e-62  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0256715  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4311  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.3 
 
 		 296 aa  240  2e-62  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.789664  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4113  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.3 
 
 		 296 aa  240  2e-62  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.00015e-24 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2383  tyrosine recombinase XerD  41.36 
 
 		 295 aa  240  2e-62  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0607  recombinase  40.96 
 
 		 296 aa  239  2.9999999999999997e-62  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2052  tyrosine recombinase XerD  41.55 
 
 		 296 aa  238  6.999999999999999e-62  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1003  tyrosine recombinase XerD subunit  41.89 
 
 		 302 aa  238  1e-61  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.497558  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1142  tyrosine recombinase XerD  39.32 
 
 		 295 aa  231  1e-59  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1819  integrase/recombinase XerD  39.86 
 
 		 295 aa  230  2e-59  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.530175  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0476  tyrosine recombinase XerD  39.38 
 
 		 302 aa  230  2e-59  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1185  tyrosine recombinase XerD  40.48 
 
 		 310 aa  229  5e-59  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.497096  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1554  tyrosine recombinase XerD  38.91 
 
 		 295 aa  228  7e-59  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1585  tyrosine recombinase XerD  38.91 
 
 		 295 aa  228  7e-59  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0884  integrase  39.8 
 
 		 302 aa  228  7e-59  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.161871  hitchhiker  0.000000000000894527 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2332  tyrosine recombinase XerD  40.14 
 
 		 292 aa  228  8e-59  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1878  tyrosine recombinase XerD  39.93 
 
 		 292 aa  228  1e-58  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3450  tyrosine recombinase XerD  40 
 
 		 322 aa  228  1e-58  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0651  tyrosine recombinase XerD  40.48 
 
 		 297 aa  226  5.0000000000000005e-58  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0950079  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0678  tyrosine recombinase XerD  39.8 
 
 		 294 aa  226  5.0000000000000005e-58  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0265142 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2276  tyrosine recombinase XerD  39.73 
 
 		 301 aa  225  6e-58  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.235275  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1432  tyrosine recombinase XerD  41.02 
 
 		 321 aa  225  6e-58  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0895087  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1971  tyrosine recombinase XerD subunit  40.2 
 
 		 309 aa  224  1e-57  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00000860406  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0396  tyrosine recombinase XerD  38.36 
 
 		 309 aa  224  2e-57  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1622  tyrosine recombinase XerD  41.1 
 
 		 310 aa  224  2e-57  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0842  hypothetical protein  40.07 
 
 		 290 aa  223  2e-57  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3396  site-specific tyrosine recombinase XerD  39.8 
 
 		 298 aa  223  3e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1457  tyrosine recombinase XerD  39.25 
 
 		 292 aa  220  1.9999999999999999e-56  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0432704  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1347  tyrosine recombinase XerD  38.38 
 
 		 306 aa  220  1.9999999999999999e-56  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.816733  normal  0.74121 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1513  site-specific recombinase  38.98 
 
 		 295 aa  219  3e-56  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.110584  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1025  tyrosine recombinase XerD subunit  37.92 
 
 		 302 aa  219  5e-56  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0023  integrase family protein  39.1 
 
 		 291 aa  218  7e-56  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2169  tyrosine recombinase XerD  39.19 
 
 		 298 aa  218  7.999999999999999e-56  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.167772  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1478  integrase/recombinase XerD  38.46 
 
 		 298 aa  218  1e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0755097  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1320  tyrosine recombinase XerD  39.32 
 
 		 302 aa  218  1e-55  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1674  tyrosine recombinase XerD  38.01 
 
 		 297 aa  218  1e-55  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0517708  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2104  tyrosine recombinase XerD  39.93 
 
 		 301 aa  218  1e-55  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.443082 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1286  site-specific tyrosine recombinase XerD  38.46 
 
 		 298 aa  217  2e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0511461  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2378  tyrosine recombinase XerD  35.35 
 
 		 296 aa  217  2e-55  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.336575 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2346  tyrosine recombinase XerC  37.46 
 
 		 302 aa  217  2e-55  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.126195  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_998  integrase/recombinase  37.25 
 
 		 302 aa  217  2e-55  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1381  site-specific tyrosine recombinase XerD  36.91 
 
 		 298 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00360913  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1687  tyrosine recombinase XerD subunit  38.93 
 
 		 314 aa  216  2.9999999999999998e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1215  tyrosine recombinase XerD  37.25 
 
 		 302 aa  216  4e-55  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.157843  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3090  tyrosine recombinase XerD  38.51 
 
 		 320 aa  216  4e-55  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2255  tyrosine recombinase XerD  40.96 
 
 		 305 aa  216  5e-55  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000204462  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4583  tyrosine recombinase XerD  37.2 
 
 		 317 aa  216  5e-55  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.422443 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1028  tyrosine recombinase XerD subunit  37.5 
 
 		 313 aa  215  8e-55  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00856798  unclonable  0.00000000634873 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1025  site-specific tyrosine recombinase XerD  37.37 
 
 		 298 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.899371  normal  0.6007 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39510  site-specific tyrosine recombinase XerD  37.67 
 
 		 298 aa  214  9.999999999999999e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1383  integrase family protein  39.06 
 
 		 299 aa  214  9.999999999999999e-55  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00162011  normal  0.640047 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2117  tyrosine recombinase XerD  37.92 
 
 		 298 aa  214  9.999999999999999e-55  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.815623  normal  0.0464222 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0470  tyrosine recombinase XerC  36.86 
 
 		 293 aa  214  1.9999999999999998e-54  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16040  site-specific tyrosine recombinase XerD  36.91 
 
 		 298 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1659  tyrosine recombinase XerD subunit  39.73 
 
 		 296 aa  214  1.9999999999999998e-54  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.538818 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4151  site-specific tyrosine recombinase XerD  37.25 
 
 		 298 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.596099 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0890  tyrosine recombinase XerD  37.5 
 
 		 300 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.267893  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1982  tyrosine recombinase XerC  38.72 
 
 		 298 aa  213  3.9999999999999995e-54  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0026523  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1521  tyrosine recombinase XerD  36.72 
 
 		 346 aa  213  3.9999999999999995e-54  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.531713  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09590  tyrosine recombinase XerD  37.76 
 
 		 302 aa  212  5.999999999999999e-54  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.0503565 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03409  tyrosine recombinase  35.47 
 
 		 308 aa  212  5.999999999999999e-54  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0748  tyrosine recombinase XerD  39.13 
 
 		 303 aa  211  9e-54  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.50433  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0478  tyrosine recombinase XerD  36.91 
 
 		 319 aa  211  1e-53  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1468  site-specific tyrosine recombinase XerD  36.03 
 
 		 298 aa  211  2e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.208903 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0950  integrase/recombinase XerD  36.49 
 
 		 300 aa  211  2e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>