More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2567 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_2567  site-specific tyrosine recombinase XerD  100 
 
 		 313 aa  629  1e-179  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.615759 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3891  site-specific tyrosine recombinase XerD  71.29 
 
 		 317 aa  434  1e-121  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.125291  decreased coverage  0.00274094 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3598  site-specific tyrosine recombinase XerD  70.98 
 
 		 317 aa  435  1e-121  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4056  site-specific tyrosine recombinase XerD  65.57 
 
 		 332 aa  401  1e-111  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.111498  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3062  site-specific tyrosine recombinase XerD  61.31 
 
 		 308 aa  369  1e-101  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0907  site-specific tyrosine recombinase XerD  62.46 
 
 		 307 aa  353  2.9999999999999997e-96  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1720  tyrosine recombinase XerD  58.58 
 
 		 319 aa  348  7e-95  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.514315 
 
 
-
 
NC_004310  BR2031  site-specific tyrosine recombinase XerD  60 
 
 		 307 aa  334  1e-90  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1953  site-specific tyrosine recombinase XerD  59.67 
 
 		 307 aa  333  3e-90  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0507  tyrosine recombinase XerD  57.24 
 
 		 339 aa  320  9.999999999999999e-87  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0393  tyrosine recombinase XerD  55.92 
 
 		 319 aa  318  1e-85  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.543195  normal  0.555297 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0488  tyrosine recombinase XerD  55.59 
 
 		 319 aa  317  2e-85  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0296  tyrosine recombinase XerD  54.87 
 
 		 351 aa  315  6e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.672808 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7575  tyrosine recombinase XerD subunit  53.62 
 
 		 308 aa  314  9.999999999999999e-85  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.440547  normal  0.271837 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0039  tyrosine recombinase XerD  54.75 
 
 		 312 aa  314  9.999999999999999e-85  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3407  integrase family protein  54.81 
 
 		 325 aa  314  9.999999999999999e-85  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.155435 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2440  tyrosine recombinase XerD  54.49 
 
 		 332 aa  313  1.9999999999999998e-84  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.691328  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2735  tyrosine recombinase XerD  53.87 
 
 		 328 aa  304  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.206607 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0530  tyrosine recombinase XerD  52.27 
 
 		 320 aa  303  2.0000000000000002e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.931339  normal  0.0955198 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2512  tyrosine recombinase XerD  53.54 
 
 		 328 aa  303  2.0000000000000002e-81  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.234856 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0533  tyrosine recombinase XerD  52.92 
 
 		 347 aa  299  3e-80  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1847  integrase family protein  52.88 
 
 		 314 aa  294  1e-78  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.475025 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0677  integrase family protein  55.63 
 
 		 291 aa  288  1e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.92563 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2172  tyrosine recombinase XerD  52.15 
 
 		 309 aa  280  2e-74  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0616277  normal  0.178894 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1634  integrase family protein  49.39 
 
 		 354 aa  280  3e-74  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.280587  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3738  tyrosine recombinase XerD subunit  52.6 
 
 		 328 aa  279  4e-74  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1134  tyrosine recombinase XerD  53.16 
 
 		 308 aa  276  3e-73  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0533377  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2271  phage integrase family protein  49.84 
 
 		 321 aa  274  2.0000000000000002e-72  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1468  phage integrase family protein  49.84 
 
 		 304 aa  265  5.999999999999999e-70  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0724  integrase family protein  48.89 
 
 		 308 aa  264  2e-69  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.971464 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1428  phage integrase  46.41 
 
 		 317 aa  258  1e-67  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.473602  normal  0.0585003 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2484  phage integrase  49.47 
 
 		 304 aa  256  2e-67  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.72317  normal  0.0269236 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2815  integrase/recombinase XerD  45.42 
 
 		 311 aa  254  9e-67  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1481  phage integrase family protein  45.1 
 
 		 311 aa  253  2.0000000000000002e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0281722  normal  0.205606 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0401  integrase family protein  48.68 
 
 		 304 aa  250  2e-65  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.966282 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1531  phage integrase family protein  45.42 
 
 		 311 aa  250  2e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.504949 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1611  tyrosine recombinase  43.83 
 
 		 308 aa  249  5e-65  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.4794 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1279  phage integrase family protein  47 
 
 		 323 aa  239  4e-62  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0644752  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1797  phage integrase  49.84 
 
 		 303 aa  238  6.999999999999999e-62  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.742134 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0144  tyrosine recombinase XerD  40.66 
 
 		 305 aa  237  2e-61  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0011  phage integrase family protein  48.18 
 
 		 301 aa  236  3e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3300  tyrosine recombinase XerD  44.76 
 
 		 299 aa  234  1.0000000000000001e-60  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3212  site-specific tyrosine recombinase XerD  45.63 
 
 		 298 aa  229  3e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.476349 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3380  site-specific tyrosine recombinase XerD  45.63 
 
 		 298 aa  229  3e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3278  site-specific tyrosine recombinase XerD  45.63 
 
 		 298 aa  229  3e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3200  site-specific tyrosine recombinase XerD  45.63 
 
 		 298 aa  229  3e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.550002  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3275  site-specific tyrosine recombinase XerD  45.63 
 
 		 298 aa  230  3e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0116  Phage integrase, N-terminal SAM- like  39.48 
 
 		 309 aa  229  5e-59  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3892  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.66 
 
 		 299 aa  228  8e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.413643  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3847  site-specific tyrosine recombinase XerD  46.15 
 
 		 299 aa  228  1e-58  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.349121 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3312  site-specific tyrosine recombinase XerD  45.63 
 
 		 298 aa  228  1e-58  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0879  site-specific tyrosine recombinase XerD  46.15 
 
 		 299 aa  228  1e-58  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.201006  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0920  site-specific tyrosine recombinase XerD  46.15 
 
 		 299 aa  228  1e-58  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02726  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.66 
 
 		 298 aa  226  3e-58  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.292633  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0798  tyrosine recombinase XerD  44.66 
 
 		 298 aa  226  3e-58  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.966972  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4185  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.66 
 
 		 298 aa  226  3e-58  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02689  hypothetical protein  44.66 
 
 		 298 aa  226  3e-58  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.364794  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  41.08 
 
 		 295 aa  226  3e-58  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3220  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.66 
 
 		 298 aa  226  3e-58  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3314  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.66 
 
 		 298 aa  226  3e-58  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3027  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.66 
 
 		 298 aa  226  3e-58  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0645  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.13 
 
 		 299 aa  226  4e-58  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.241995  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3053  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.63 
 
 		 298 aa  226  4e-58  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0815  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.66 
 
 		 298 aa  226  5.0000000000000005e-58  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.624778  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0861  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.81 
 
 		 299 aa  224  1e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3714  tyrosine recombinase XerD  44.04 
 
 		 301 aa  224  1e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3304  tyrosine recombinase XerD  45.51 
 
 		 298 aa  224  1e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0133185  normal  0.394454 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0562  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.82 
 
 		 300 aa  224  2e-57  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1902  phage integrase  45.82 
 
 		 293 aa  221  8e-57  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.162765  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0805  tyrosine recombinase XerD  44.44 
 
 		 300 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1283  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.05 
 
 		 297 aa  219  3e-56  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3643  tyrosine recombinase XerD  44.78 
 
 		 309 aa  219  6e-56  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0795  tyrosine recombinase XerD  43.77 
 
 		 300 aa  218  7.999999999999999e-56  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2332  tyrosine recombinase XerD  44.85 
 
 		 292 aa  218  1e-55  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0950  integrase/recombinase XerD  44.44 
 
 		 300 aa  218  1e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3524  tyrosine recombinase XerD  44.78 
 
 		 309 aa  218  1e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3228  tyrosine recombinase XerD  43.77 
 
 		 300 aa  218  2e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.302685  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3426  tyrosine recombinase XerD  43.65 
 
 		 299 aa  217  2e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0843  tyrosine recombinase XerD  44.78 
 
 		 309 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3449  tyrosine recombinase XerD  44.78 
 
 		 300 aa  216  4e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0890  tyrosine recombinase XerD  44.78 
 
 		 300 aa  216  5e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.267893  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0173  tyrosine recombinase XerD  38.44 
 
 		 309 aa  216  5.9999999999999996e-55  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.861385  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03409  tyrosine recombinase  41.2 
 
 		 308 aa  214  9.999999999999999e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1995  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.19 
 
 		 302 aa  214  1.9999999999999998e-54  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0747  tyrosine recombinase XerD  43.43 
 
 		 303 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000635712  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0770  tyrosine recombinase XerD  45.45 
 
 		 303 aa  213  1.9999999999999998e-54  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0646575 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3331  tyrosine recombinase XerD  43.43 
 
 		 300 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004441  site-specific recombinase XerD  43.33 
 
 		 305 aa  210  2e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1142  tyrosine recombinase XerD  44.82 
 
 		 295 aa  210  2e-53  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2378  tyrosine recombinase XerD  43.97 
 
 		 296 aa  210  3e-53  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.336575 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00956  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.81 
 
 		 305 aa  210  3e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2739  integrase/recombinase XerD  43.67 
 
 		 321 aa  209  3e-53  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2255  tyrosine recombinase XerD  43.96 
 
 		 305 aa  209  4e-53  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000204462  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1878  tyrosine recombinase XerD  44.04 
 
 		 292 aa  209  4e-53  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0663  tyrosine recombinase XerD  43.43 
 
 		 305 aa  209  4e-53  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1427  tyrosine recombinase XerD subunit  43 
 
 		 295 aa  209  7e-53  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2383  tyrosine recombinase XerD  42.81 
 
 		 295 aa  208  8e-53  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2127  tyrosine recombinase XerD  44.95 
 
 		 308 aa  207  1e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.518947  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3450  tyrosine recombinase XerD  38.29 
 
 		 322 aa  206  3e-52  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  40.66 
 
 		 299 aa  206  4e-52  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>