More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_004441 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013456  VEA_004441  site-specific recombinase XerD  100 
 
 		 305 aa  627  1e-179  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00956  site-specific tyrosine recombinase XerD  95.41 
 
 		 305 aa  607  1e-173  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1995  site-specific tyrosine recombinase XerD  83.39 
 
 		 302 aa  518  1e-146  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0562  site-specific tyrosine recombinase XerD  80.6 
 
 		 300 aa  512  1e-144  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0645  site-specific tyrosine recombinase XerD  70.57 
 
 		 299 aa  432  1e-120  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.241995  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0879  site-specific tyrosine recombinase XerD  69.57 
 
 		 299 aa  432  1e-120  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.201006  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0920  site-specific tyrosine recombinase XerD  69.57 
 
 		 299 aa  432  1e-120  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3847  site-specific tyrosine recombinase XerD  69.57 
 
 		 299 aa  432  1e-120  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.349121 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3312  site-specific tyrosine recombinase XerD  69.36 
 
 		 298 aa  429  1e-119  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3892  site-specific tyrosine recombinase XerD  68.56 
 
 		 299 aa  428  1e-119  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.413643  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3300  tyrosine recombinase XerD  68.9 
 
 		 299 aa  425  1e-118  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02726  site-specific tyrosine recombinase XerD  68.35 
 
 		 298 aa  421  1e-117  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.292633  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0798  tyrosine recombinase XerD  68.35 
 
 		 298 aa  421  1e-117  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.966972  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4185  site-specific tyrosine recombinase XerD  68.35 
 
 		 298 aa  421  1e-117  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3314  site-specific tyrosine recombinase XerD  68.35 
 
 		 298 aa  421  1e-117  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3200  site-specific tyrosine recombinase XerD  68.35 
 
 		 298 aa  421  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.550002  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3027  site-specific tyrosine recombinase XerD  68.35 
 
 		 298 aa  421  1e-117  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3278  site-specific tyrosine recombinase XerD  68.35 
 
 		 298 aa  421  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3426  tyrosine recombinase XerD  68.9 
 
 		 299 aa  421  1e-117  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3220  site-specific tyrosine recombinase XerD  68.35 
 
 		 298 aa  421  1e-117  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3380  site-specific tyrosine recombinase XerD  68.35 
 
 		 298 aa  421  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02689  hypothetical protein  68.35 
 
 		 298 aa  421  1e-117  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.364794  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3212  site-specific tyrosine recombinase XerD  68.35 
 
 		 298 aa  421  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.476349 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0861  site-specific tyrosine recombinase XerD  69.87 
 
 		 299 aa  422  1e-117  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0815  site-specific tyrosine recombinase XerD  68.01 
 
 		 298 aa  418  1e-116  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.624778  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3053  site-specific tyrosine recombinase XerD  68.24 
 
 		 298 aa  419  1e-116  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3275  site-specific tyrosine recombinase XerD  68.01 
 
 		 298 aa  419  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1283  site-specific tyrosine recombinase XerD  63.85 
 
 		 297 aa  390  1e-107  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3304  tyrosine recombinase XerD  62.8 
 
 		 298 aa  380  1e-104  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0133185  normal  0.394454 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3331  tyrosine recombinase XerD  60.96 
 
 		 300 aa  359  3e-98  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0795  tyrosine recombinase XerD  60.27 
 
 		 300 aa  358  6e-98  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3228  tyrosine recombinase XerD  60.62 
 
 		 300 aa  358  8e-98  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.302685  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0805  tyrosine recombinase XerD  60.75 
 
 		 300 aa  357  9.999999999999999e-98  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0950  integrase/recombinase XerD  59.93 
 
 		 300 aa  355  3.9999999999999996e-97  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3524  tyrosine recombinase XerD  58.67 
 
 		 309 aa  353  2e-96  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3643  tyrosine recombinase XerD  58.67 
 
 		 309 aa  353  2.9999999999999997e-96  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3449  tyrosine recombinase XerD  58.67 
 
 		 300 aa  351  8e-96  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0843  tyrosine recombinase XerD  58.67 
 
 		 309 aa  351  8e-96  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1468  site-specific tyrosine recombinase XerD  58.98 
 
 		 298 aa  351  8.999999999999999e-96  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.208903 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4253  site-specific tyrosine recombinase XerD  58.98 
 
 		 298 aa  351  8.999999999999999e-96  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4151  site-specific tyrosine recombinase XerD  59.32 
 
 		 298 aa  350  1e-95  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.596099 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0890  tyrosine recombinase XerD  58.67 
 
 		 300 aa  348  5e-95  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.267893  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0663  tyrosine recombinase XerD  59.14 
 
 		 305 aa  346  3e-94  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0893  tyrosine recombinase XerD  59.93 
 
 		 304 aa  346  3e-94  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0105661 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1073  site-specific tyrosine recombinase XerD  58.31 
 
 		 298 aa  345  5e-94  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.344511  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0747  tyrosine recombinase XerD  58.9 
 
 		 303 aa  342  2.9999999999999997e-93  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000635712  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03409  tyrosine recombinase  57.53 
 
 		 308 aa  342  4e-93  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3396  site-specific tyrosine recombinase XerD  55.48 
 
 		 298 aa  340  1e-92  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1478  integrase/recombinase XerD  56.61 
 
 		 298 aa  340  2e-92  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0755097  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1025  site-specific tyrosine recombinase XerD  56.27 
 
 		 298 aa  340  2e-92  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.899371  normal  0.6007 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16040  site-specific tyrosine recombinase XerD  54.79 
 
 		 298 aa  340  2e-92  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1286  site-specific tyrosine recombinase XerD  56.61 
 
 		 298 aa  339  2.9999999999999998e-92  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0511461  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39510  site-specific tyrosine recombinase XerD  57.04 
 
 		 298 aa  339  2.9999999999999998e-92  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1381  site-specific tyrosine recombinase XerD  54.45 
 
 		 298 aa  339  2.9999999999999998e-92  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00360913  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3714  tyrosine recombinase XerD  56.8 
 
 		 301 aa  338  5e-92  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2739  integrase/recombinase XerD  57.14 
 
 		 321 aa  338  7e-92  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0770  tyrosine recombinase XerD  55.74 
 
 		 303 aa  329  4e-89  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0646575 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2276  tyrosine recombinase XerD  54.03 
 
 		 301 aa  327  1.0000000000000001e-88  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.235275  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0895  tyrosine recombinase XerD  58 
 
 		 308 aa  323  2e-87  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2127  tyrosine recombinase XerD  55.14 
 
 		 308 aa  316  3e-85  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.518947  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0537  tyrosine recombinase XerD subunit  52.98 
 
 		 302 aa  312  3.9999999999999997e-84  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0396  tyrosine recombinase XerD  51.83 
 
 		 309 aa  308  5e-83  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2038  tyrosine recombinase XerD  51.88 
 
 		 311 aa  308  5.9999999999999995e-83  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.487981  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3212  site-specific tyrosine recombinase XerD  53.77 
 
 		 311 aa  308  6.999999999999999e-83  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2104  tyrosine recombinase XerD  53.24 
 
 		 301 aa  307  1.0000000000000001e-82  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.443082 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0750  site-specific tyrosine recombinase XerD  51.97 
 
 		 311 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1196  tyrosine recombinase XerD  50.5 
 
 		 309 aa  303  2.0000000000000002e-81  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0670859  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0540  site-specific tyrosine recombinase XerD  51.12 
 
 		 325 aa  303  2.0000000000000002e-81  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0147694  normal  0.75101 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1488  tyrosine recombinase XerD  50.82 
 
 		 304 aa  303  3.0000000000000004e-81  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.221019  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0748  tyrosine recombinase XerD  50.66 
 
 		 303 aa  301  6.000000000000001e-81  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.50433  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0914  site-specific tyrosine recombinase XerD  52.63 
 
 		 333 aa  301  9e-81  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.1246  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0911  site-specific tyrosine recombinase XerD  52.63 
 
 		 333 aa  301  9e-81  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0118  site-specific tyrosine recombinase XerD  52.63 
 
 		 333 aa  301  9e-81  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.412982  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0669  site-specific tyrosine recombinase XerD  52.63 
 
 		 305 aa  301  1e-80  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0369  site-specific tyrosine recombinase XerD  52.63 
 
 		 305 aa  301  1e-80  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2504  site-specific tyrosine recombinase XerD  52.63 
 
 		 329 aa  301  1e-80  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2378  tyrosine recombinase XerD  53.06 
 
 		 296 aa  300  2e-80  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.336575 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1067  site-specific tyrosine recombinase XerD  52.63 
 
 		 305 aa  300  2e-80  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2329  tyrosine recombinase XerD  53.38 
 
 		 277 aa  300  2e-80  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00235896  normal  0.0350779 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0523  site-specific tyrosine recombinase XerD  51.32 
 
 		 315 aa  299  5e-80  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.221654  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0726  site-specific tyrosine recombinase XerD  52.3 
 
 		 333 aa  298  6e-80  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.218987  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1716  tyrosine recombinase XerD  50.5 
 
 		 303 aa  298  6e-80  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.500655  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2255  tyrosine recombinase XerD  50.49 
 
 		 305 aa  298  8e-80  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000204462  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0577  site-specific tyrosine recombinase XerD  50.65 
 
 		 305 aa  296  2e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0855221  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2022  tyrosine recombinase XerD subunit  51.49 
 
 		 309 aa  297  2e-79  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1174  tyrosine recombinase XerD  51.32 
 
 		 300 aa  295  5e-79  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.784052  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02665  site-specific tyrosine recombinase XerD  47.91 
 
 		 336 aa  294  1e-78  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2544  site-specific tyrosine recombinase XerD  49.83 
 
 		 308 aa  293  3e-78  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0772  site-specific tyrosine recombinase XerD  46.93 
 
 		 324 aa  292  4e-78  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5891  site-specific tyrosine recombinase XerD  52.74 
 
 		 316 aa  292  4e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.51818 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0519  site-specific tyrosine recombinase XerD  51 
 
 		 302 aa  291  9e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0998774  normal  0.238721 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0737  site-specific tyrosine recombinase XerD  52.05 
 
 		 316 aa  291  1e-77  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.088128  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2583  site-specific tyrosine recombinase XerD  50.66 
 
 		 318 aa  289  4e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1948  site-specific tyrosine recombinase XerD  50.66 
 
 		 318 aa  289  4e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2559  site-specific tyrosine recombinase XerD  50.66 
 
 		 318 aa  289  4e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2478  site-specific tyrosine recombinase XerD  51.32 
 
 		 322 aa  289  5.0000000000000004e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0183983 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2607  site-specific tyrosine recombinase XerD  52.4 
 
 		 322 aa  289  5.0000000000000004e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0684  site-specific tyrosine recombinase XerD  46.6 
 
 		 324 aa  288  8e-77  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.631001  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3191  tyrosine recombinase XerD subunit  50 
 
 		 300 aa  288  1e-76  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0988  tyrosine recombinase XerD  50.85 
 
 		 303 aa  287  2e-76  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.252447  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>