More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc2544 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc2544  site-specific tyrosine recombinase XerD  100 
 
 		 308 aa  623  1e-177  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2415  site-specific tyrosine recombinase XerD  90.6 
 
 		 298 aa  524  1e-148  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2821  site-specific tyrosine recombinase XerD  88.2 
 
 		 314 aa  516  1.0000000000000001e-145  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.626713 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0519  site-specific tyrosine recombinase XerD  73.88 
 
 		 302 aa  444  1e-123  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0998774  normal  0.238721 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0577  site-specific tyrosine recombinase XerD  72.51 
 
 		 305 aa  435  1e-121  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0855221  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0523  site-specific tyrosine recombinase XerD  70.26 
 
 		 315 aa  432  1e-120  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.221654  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0737  site-specific tyrosine recombinase XerD  71.57 
 
 		 316 aa  427  1e-119  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.088128  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0750  site-specific tyrosine recombinase XerD  68.52 
 
 		 311 aa  427  1e-119  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0369  site-specific tyrosine recombinase XerD  71.86 
 
 		 305 aa  425  1e-118  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1067  site-specific tyrosine recombinase XerD  71.86 
 
 		 305 aa  424  1e-118  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0118  site-specific tyrosine recombinase XerD  71.86 
 
 		 333 aa  424  1e-118  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.412982  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0726  site-specific tyrosine recombinase XerD  72.54 
 
 		 333 aa  424  1e-118  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.218987  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0914  site-specific tyrosine recombinase XerD  71.86 
 
 		 333 aa  425  1e-118  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.1246  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1948  site-specific tyrosine recombinase XerD  71.33 
 
 		 318 aa  425  1e-118  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0911  site-specific tyrosine recombinase XerD  71.86 
 
 		 333 aa  424  1e-118  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2583  site-specific tyrosine recombinase XerD  71.33 
 
 		 318 aa  425  1e-118  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0669  site-specific tyrosine recombinase XerD  71.86 
 
 		 305 aa  425  1e-118  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2559  site-specific tyrosine recombinase XerD  71.33 
 
 		 318 aa  425  1e-118  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2504  site-specific tyrosine recombinase XerD  71.86 
 
 		 329 aa  424  1e-117  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2478  site-specific tyrosine recombinase XerD  71 
 
 		 322 aa  422  1e-117  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0183983 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5891  site-specific tyrosine recombinase XerD  72.26 
 
 		 316 aa  422  1e-117  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.51818 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3212  site-specific tyrosine recombinase XerD  68.67 
 
 		 311 aa  424  1e-117  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2607  site-specific tyrosine recombinase XerD  71.92 
 
 		 322 aa  418  1e-116  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0292  tyrosine recombinase XerD  69.54 
 
 		 305 aa  410  1e-113  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2022  tyrosine recombinase XerD subunit  69.31 
 
 		 309 aa  410  1e-113  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3191  tyrosine recombinase XerD subunit  66.78 
 
 		 300 aa  406  1.0000000000000001e-112  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0319  tyrosine recombinase XerD  67.74 
 
 		 307 aa  406  1.0000000000000001e-112  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.944891  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0903  tyrosine recombinase XerD  69.13 
 
 		 303 aa  403  1e-111  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0988  tyrosine recombinase XerD  69.13 
 
 		 303 aa  403  1e-111  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.252447  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1174  tyrosine recombinase XerD  65.78 
 
 		 300 aa  399  9.999999999999999e-111  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.784052  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1313  tyrosine recombinase XerD  65.46 
 
 		 309 aa  391  1e-108  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2654  tyrosine recombinase XerD  65.23 
 
 		 306 aa  387  1e-107  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1716  tyrosine recombinase XerD  65.53 
 
 		 303 aa  377  1e-104  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.500655  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5117  tyrosine recombinase XerD  64.57 
 
 		 327 aa  374  1e-103  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.843466 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3458  tyrosine recombinase XerD  63.14 
 
 		 303 aa  377  1e-103  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.664548  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1146  tyrosine recombinase XerD  66.43 
 
 		 286 aa  373  1e-102  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0748  tyrosine recombinase XerD  58.25 
 
 		 303 aa  346  3e-94  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.50433  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0537  tyrosine recombinase XerD subunit  59.39 
 
 		 302 aa  334  1e-90  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2329  tyrosine recombinase XerD  59.35 
 
 		 277 aa  326  3e-88  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00235896  normal  0.0350779 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0396  tyrosine recombinase XerD  55.48 
 
 		 309 aa  324  1e-87  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3312  site-specific tyrosine recombinase XerD  57.88 
 
 		 298 aa  324  1e-87  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2378  tyrosine recombinase XerD  59.25 
 
 		 296 aa  321  9.000000000000001e-87  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.336575 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1381  site-specific tyrosine recombinase XerD  57.39 
 
 		 298 aa  317  1e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00360913  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16040  site-specific tyrosine recombinase XerD  57.39 
 
 		 298 aa  317  2e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3426  tyrosine recombinase XerD  56.85 
 
 		 299 aa  316  3e-85  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0861  site-specific tyrosine recombinase XerD  56.85 
 
 		 299 aa  316  4e-85  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0645  site-specific tyrosine recombinase XerD  56.85 
 
 		 299 aa  316  4e-85  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.241995  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02726  site-specific tyrosine recombinase XerD  56.85 
 
 		 298 aa  315  6e-85  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.292633  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0798  tyrosine recombinase XerD  56.85 
 
 		 298 aa  315  6e-85  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.966972  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02689  hypothetical protein  56.85 
 
 		 298 aa  315  6e-85  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.364794  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3220  site-specific tyrosine recombinase XerD  56.85 
 
 		 298 aa  315  6e-85  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4185  site-specific tyrosine recombinase XerD  56.85 
 
 		 298 aa  315  6e-85  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3314  site-specific tyrosine recombinase XerD  56.85 
 
 		 298 aa  315  6e-85  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3053  site-specific tyrosine recombinase XerD  57.04 
 
 		 298 aa  315  6e-85  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3027  site-specific tyrosine recombinase XerD  56.85 
 
 		 298 aa  315  6e-85  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3200  site-specific tyrosine recombinase XerD  57.53 
 
 		 298 aa  315  9e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.550002  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3380  site-specific tyrosine recombinase XerD  57.53 
 
 		 298 aa  315  9e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3278  site-specific tyrosine recombinase XerD  57.53 
 
 		 298 aa  315  9e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3212  site-specific tyrosine recombinase XerD  57.53 
 
 		 298 aa  315  9e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.476349 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3892  site-specific tyrosine recombinase XerD  56.16 
 
 		 299 aa  315  9e-85  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.413643  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1196  tyrosine recombinase XerD  57.33 
 
 		 309 aa  313  1.9999999999999998e-84  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0670859  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3275  site-specific tyrosine recombinase XerD  57.19 
 
 		 298 aa  313  1.9999999999999998e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2127  tyrosine recombinase XerD  56.95 
 
 		 308 aa  314  1.9999999999999998e-84  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.518947  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1488  tyrosine recombinase XerD  53.59 
 
 		 304 aa  313  1.9999999999999998e-84  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.221019  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3300  tyrosine recombinase XerD  56.51 
 
 		 299 aa  313  2.9999999999999996e-84  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2104  tyrosine recombinase XerD  54.88 
 
 		 301 aa  312  4.999999999999999e-84  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.443082 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2038  tyrosine recombinase XerD  57.04 
 
 		 311 aa  312  4.999999999999999e-84  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.487981  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0815  site-specific tyrosine recombinase XerD  56.51 
 
 		 298 aa  312  4.999999999999999e-84  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.624778  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1995  site-specific tyrosine recombinase XerD  53.42 
 
 		 302 aa  310  1e-83  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1025  site-specific tyrosine recombinase XerD  55.33 
 
 		 298 aa  310  2e-83  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.899371  normal  0.6007 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0879  site-specific tyrosine recombinase XerD  56.16 
 
 		 299 aa  310  2.9999999999999997e-83  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.201006  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3847  site-specific tyrosine recombinase XerD  56.16 
 
 		 299 aa  310  2.9999999999999997e-83  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.349121 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0920  site-specific tyrosine recombinase XerD  56.16 
 
 		 299 aa  310  2.9999999999999997e-83  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2276  tyrosine recombinase XerD  54.85 
 
 		 301 aa  310  2.9999999999999997e-83  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.235275  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39510  site-specific tyrosine recombinase XerD  55.18 
 
 		 298 aa  309  4e-83  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1478  integrase/recombinase XerD  55.33 
 
 		 298 aa  308  6.999999999999999e-83  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0755097  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4151  site-specific tyrosine recombinase XerD  54.18 
 
 		 298 aa  306  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.596099 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1286  site-specific tyrosine recombinase XerD  54.98 
 
 		 298 aa  306  4.0000000000000004e-82  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0511461  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1283  site-specific tyrosine recombinase XerD  51.37 
 
 		 297 aa  305  4.0000000000000004e-82  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1468  site-specific tyrosine recombinase XerD  54.67 
 
 		 298 aa  303  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.208903 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4253  site-specific tyrosine recombinase XerD  54.67 
 
 		 298 aa  303  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1073  site-specific tyrosine recombinase XerD  53.85 
 
 		 298 aa  303  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.344511  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3396  site-specific tyrosine recombinase XerD  54.24 
 
 		 298 aa  301  9e-81  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2255  tyrosine recombinase XerD  53.26 
 
 		 305 aa  301  1e-80  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000204462  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2739  integrase/recombinase XerD  52.65 
 
 		 321 aa  301  1e-80  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3012  tyrosine recombinase XerD subunit  57.04 
 
 		 295 aa  298  6e-80  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.146868  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0663  tyrosine recombinase XerD  51.2 
 
 		 305 aa  298  1e-79  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0562  site-specific tyrosine recombinase XerD  52.4 
 
 		 300 aa  296  2e-79  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00956  site-specific tyrosine recombinase XerD  51.71 
 
 		 305 aa  296  3e-79  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3714  tyrosine recombinase XerD  51.85 
 
 		 301 aa  296  4e-79  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0540  site-specific tyrosine recombinase XerD  54.18 
 
 		 325 aa  294  1e-78  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0147694  normal  0.75101 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0770  tyrosine recombinase XerD  51.2 
 
 		 303 aa  293  2e-78  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0646575 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03409  tyrosine recombinase  48.71 
 
 		 308 aa  293  3e-78  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004441  site-specific recombinase XerD  49.83 
 
 		 305 aa  293  3e-78  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3331  tyrosine recombinase XerD  51.55 
 
 		 300 aa  291  7e-78  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0795  tyrosine recombinase XerD  51.2 
 
 		 300 aa  290  2e-77  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3304  tyrosine recombinase XerD  50.68 
 
 		 298 aa  290  2e-77  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0133185  normal  0.394454 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0950  integrase/recombinase XerD  51.55 
 
 		 300 aa  290  3e-77  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02665  site-specific tyrosine recombinase XerD  51.59 
 
 		 336 aa  289  4e-77  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3228  tyrosine recombinase XerD  50.86 
 
 		 300 aa  288  9e-77  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.302685  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>