More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_2821 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_2821  site-specific tyrosine recombinase XerD  100 
 
 		 314 aa  639    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.626713 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2415  site-specific tyrosine recombinase XerD  97.01 
 
 		 298 aa  561  1.0000000000000001e-159  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2544  site-specific tyrosine recombinase XerD  88.2 
 
 		 308 aa  545  1e-154  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0519  site-specific tyrosine recombinase XerD  73.81 
 
 		 302 aa  443  1e-123  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0998774  normal  0.238721 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0577  site-specific tyrosine recombinase XerD  72.64 
 
 		 305 aa  436  1e-121  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0855221  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0523  site-specific tyrosine recombinase XerD  68.83 
 
 		 315 aa  424  1e-118  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.221654  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3212  site-specific tyrosine recombinase XerD  67.43 
 
 		 311 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0750  site-specific tyrosine recombinase XerD  67.31 
 
 		 311 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0369  site-specific tyrosine recombinase XerD  69.49 
 
 		 305 aa  408  1e-113  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1067  site-specific tyrosine recombinase XerD  69.49 
 
 		 305 aa  407  1e-113  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0669  site-specific tyrosine recombinase XerD  69.49 
 
 		 305 aa  408  1e-113  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1948  site-specific tyrosine recombinase XerD  65.92 
 
 		 318 aa  407  1e-113  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2583  site-specific tyrosine recombinase XerD  65.92 
 
 		 318 aa  407  1e-113  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2559  site-specific tyrosine recombinase XerD  65.92 
 
 		 318 aa  407  1e-113  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0118  site-specific tyrosine recombinase XerD  69.49 
 
 		 333 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.412982  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0911  site-specific tyrosine recombinase XerD  69.49 
 
 		 333 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0914  site-specific tyrosine recombinase XerD  69.49 
 
 		 333 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.1246  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5891  site-specific tyrosine recombinase XerD  68.37 
 
 		 316 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.51818 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2504  site-specific tyrosine recombinase XerD  69.49 
 
 		 329 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0726  site-specific tyrosine recombinase XerD  69.8 
 
 		 333 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.218987  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0319  tyrosine recombinase XerD  67.32 
 
 		 307 aa  406  1.0000000000000001e-112  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.944891  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2478  site-specific tyrosine recombinase XerD  69.49 
 
 		 322 aa  404  1.0000000000000001e-112  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0183983 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0737  site-specific tyrosine recombinase XerD  67.32 
 
 		 316 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.088128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0292  tyrosine recombinase XerD  67.86 
 
 		 305 aa  405  1.0000000000000001e-112  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2022  tyrosine recombinase XerD subunit  67.65 
 
 		 309 aa  400  9.999999999999999e-111  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1174  tyrosine recombinase XerD  64.47 
 
 		 300 aa  397  9.999999999999999e-111  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.784052  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2607  site-specific tyrosine recombinase XerD  68.47 
 
 		 322 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0903  tyrosine recombinase XerD  66.78 
 
 		 303 aa  397  1e-109  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0988  tyrosine recombinase XerD  66.78 
 
 		 303 aa  397  1e-109  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.252447  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3191  tyrosine recombinase XerD subunit  64.8 
 
 		 300 aa  395  1e-109  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1313  tyrosine recombinase XerD  64.71 
 
 		 309 aa  384  1e-105  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1716  tyrosine recombinase XerD  64.86 
 
 		 303 aa  378  1e-104  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.500655  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2654  tyrosine recombinase XerD  62.09 
 
 		 306 aa  376  1e-103  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5117  tyrosine recombinase XerD  62.62 
 
 		 327 aa  367  1e-100  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.843466 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3458  tyrosine recombinase XerD  63.51 
 
 		 303 aa  365  1e-100  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.664548  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1146  tyrosine recombinase XerD  63.32 
 
 		 286 aa  362  6e-99  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0748  tyrosine recombinase XerD  55.63 
 
 		 303 aa  338  7e-92  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.50433  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0537  tyrosine recombinase XerD subunit  59.12 
 
 		 302 aa  336  2.9999999999999997e-91  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2329  tyrosine recombinase XerD  59.79 
 
 		 277 aa  334  1e-90  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00235896  normal  0.0350779 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2378  tyrosine recombinase XerD  58.98 
 
 		 296 aa  318  7e-86  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.336575 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3312  site-specific tyrosine recombinase XerD  56.61 
 
 		 298 aa  316  4e-85  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0396  tyrosine recombinase XerD  56.42 
 
 		 309 aa  315  7e-85  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3200  site-specific tyrosine recombinase XerD  56.61 
 
 		 298 aa  315  8e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.550002  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3380  site-specific tyrosine recombinase XerD  56.61 
 
 		 298 aa  315  8e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3212  site-specific tyrosine recombinase XerD  56.61 
 
 		 298 aa  315  8e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.476349 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3278  site-specific tyrosine recombinase XerD  56.61 
 
 		 298 aa  315  8e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3300  tyrosine recombinase XerD  55.93 
 
 		 299 aa  314  9.999999999999999e-85  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1196  tyrosine recombinase XerD  56.23 
 
 		 309 aa  314  9.999999999999999e-85  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0670859  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02726  site-specific tyrosine recombinase XerD  55.93 
 
 		 298 aa  313  1.9999999999999998e-84  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.292633  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0798  tyrosine recombinase XerD  55.93 
 
 		 298 aa  313  1.9999999999999998e-84  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.966972  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3275  site-specific tyrosine recombinase XerD  56.27 
 
 		 298 aa  313  1.9999999999999998e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3220  site-specific tyrosine recombinase XerD  55.93 
 
 		 298 aa  313  1.9999999999999998e-84  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3053  site-specific tyrosine recombinase XerD  56.12 
 
 		 298 aa  313  1.9999999999999998e-84  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3314  site-specific tyrosine recombinase XerD  55.93 
 
 		 298 aa  313  1.9999999999999998e-84  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4185  site-specific tyrosine recombinase XerD  55.93 
 
 		 298 aa  313  1.9999999999999998e-84  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02689  hypothetical protein  55.93 
 
 		 298 aa  313  1.9999999999999998e-84  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.364794  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3027  site-specific tyrosine recombinase XerD  55.93 
 
 		 298 aa  313  1.9999999999999998e-84  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2127  tyrosine recombinase XerD  55.88 
 
 		 308 aa  313  2.9999999999999996e-84  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.518947  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0645  site-specific tyrosine recombinase XerD  55.59 
 
 		 299 aa  313  2.9999999999999996e-84  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.241995  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3892  site-specific tyrosine recombinase XerD  54 
 
 		 299 aa  312  4.999999999999999e-84  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.413643  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0815  site-specific tyrosine recombinase XerD  55.59 
 
 		 298 aa  310  1e-83  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.624778  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3847  site-specific tyrosine recombinase XerD  54 
 
 		 299 aa  310  2e-83  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.349121 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3426  tyrosine recombinase XerD  55.93 
 
 		 299 aa  310  2e-83  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0920  site-specific tyrosine recombinase XerD  54 
 
 		 299 aa  310  2e-83  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0879  site-specific tyrosine recombinase XerD  54 
 
 		 299 aa  310  2e-83  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.201006  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0861  site-specific tyrosine recombinase XerD  55.25 
 
 		 299 aa  308  5e-83  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1995  site-specific tyrosine recombinase XerD  52.54 
 
 		 302 aa  305  4.0000000000000004e-82  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39510  site-specific tyrosine recombinase XerD  55.59 
 
 		 298 aa  306  4.0000000000000004e-82  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2104  tyrosine recombinase XerD  53.85 
 
 		 301 aa  303  2.0000000000000002e-81  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.443082 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1488  tyrosine recombinase XerD  52.24 
 
 		 304 aa  304  2.0000000000000002e-81  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.221019  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2038  tyrosine recombinase XerD  54.36 
 
 		 311 aa  302  5.000000000000001e-81  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.487981  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1283  site-specific tyrosine recombinase XerD  50.17 
 
 		 297 aa  300  2e-80  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0562  site-specific tyrosine recombinase XerD  52.2 
 
 		 300 aa  299  3e-80  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1468  site-specific tyrosine recombinase XerD  52.98 
 
 		 298 aa  299  5e-80  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.208903 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4253  site-specific tyrosine recombinase XerD  52.98 
 
 		 298 aa  299  5e-80  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00956  site-specific tyrosine recombinase XerD  51 
 
 		 305 aa  298  7e-80  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1073  site-specific tyrosine recombinase XerD  52.98 
 
 		 298 aa  298  8e-80  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.344511  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1025  site-specific tyrosine recombinase XerD  51.99 
 
 		 298 aa  298  9e-80  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.899371  normal  0.6007 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1381  site-specific tyrosine recombinase XerD  54.73 
 
 		 298 aa  298  1e-79  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00360913  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16040  site-specific tyrosine recombinase XerD  54.73 
 
 		 298 aa  297  1e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1478  integrase/recombinase XerD  52.38 
 
 		 298 aa  296  3e-79  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0755097  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1286  site-specific tyrosine recombinase XerD  52.72 
 
 		 298 aa  296  4e-79  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0511461  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4151  site-specific tyrosine recombinase XerD  51.99 
 
 		 298 aa  295  5e-79  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.596099 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3396  site-specific tyrosine recombinase XerD  54 
 
 		 298 aa  295  7e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004441  site-specific recombinase XerD  50.67 
 
 		 305 aa  295  7e-79  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2276  tyrosine recombinase XerD  50.99 
 
 		 301 aa  294  1e-78  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.235275  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03409  tyrosine recombinase  49.68 
 
 		 308 aa  292  5e-78  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2255  tyrosine recombinase XerD  51.67 
 
 		 305 aa  290  2e-77  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000204462  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3304  tyrosine recombinase XerD  49.67 
 
 		 298 aa  289  3e-77  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0133185  normal  0.394454 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0540  site-specific tyrosine recombinase XerD  52.38 
 
 		 325 aa  288  1e-76  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0147694  normal  0.75101 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2471  tyrosine recombinase XerD  54.42 
 
 		 302 aa  285  5e-76  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2850  tyrosine recombinase XerD  54.42 
 
 		 302 aa  285  5e-76  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02665  site-specific tyrosine recombinase XerD  51.43 
 
 		 336 aa  285  5.999999999999999e-76  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3012  tyrosine recombinase XerD subunit  53.58 
 
 		 295 aa  283  4.0000000000000003e-75  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.146868  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3714  tyrosine recombinase XerD  51.17 
 
 		 301 aa  282  6.000000000000001e-75  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0663  tyrosine recombinase XerD  48.64 
 
 		 305 aa  281  9e-75  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2739  integrase/recombinase XerD  47.78 
 
 		 321 aa  279  4e-74  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0890  tyrosine recombinase XerD  49.83 
 
 		 300 aa  278  6e-74  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.267893  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0770  tyrosine recombinase XerD  49 
 
 		 303 aa  277  2e-73  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0646575 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3643  tyrosine recombinase XerD  48.64 
 
 		 309 aa  276  5e-73  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>