More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0533 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_0533  tyrosine recombinase XerD  100 
 
 
347 aa  682    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0296  tyrosine recombinase XerD  85.75 
 
 
351 aa  560  1e-158  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.672808 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0507  tyrosine recombinase XerD  82.42 
 
 
339 aa  548  1e-155  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0393  tyrosine recombinase XerD  75.54 
 
 
319 aa  471  1e-132  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.543195  normal  0.555297 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0530  tyrosine recombinase XerD  77.19 
 
 
320 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.931339  normal  0.0955198 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0488  tyrosine recombinase XerD  75.54 
 
 
319 aa  467  9.999999999999999e-131  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7575  tyrosine recombinase XerD subunit  77.99 
 
 
308 aa  464  1e-129  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.440547  normal  0.271837 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1634  integrase family protein  56.82 
 
 
354 aa  338  7e-92  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.280587  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3407  integrase family protein  56.09 
 
 
325 aa  322  8e-87  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.155435 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1847  integrase family protein  57.14 
 
 
314 aa  321  9.999999999999999e-87  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.475025 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2512  tyrosine recombinase XerD  56.56 
 
 
328 aa  317  1e-85  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.234856 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2440  tyrosine recombinase XerD  55.31 
 
 
332 aa  317  2e-85  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.691328  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2735  tyrosine recombinase XerD  56.56 
 
 
328 aa  316  4e-85  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.206607 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2567  site-specific tyrosine recombinase XerD  54.22 
 
 
313 aa  311  6.999999999999999e-84  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.615759 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4056  site-specific tyrosine recombinase XerD  55.03 
 
 
332 aa  309  5e-83  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.111498  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1134  tyrosine recombinase XerD  59.55 
 
 
308 aa  308  8e-83  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0533377  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0677  integrase family protein  58.82 
 
 
291 aa  306  3e-82  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.92563 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1720  tyrosine recombinase XerD  51.77 
 
 
319 aa  304  1.0000000000000001e-81  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.514315 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3062  site-specific tyrosine recombinase XerD  53.87 
 
 
308 aa  301  1e-80  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3891  site-specific tyrosine recombinase XerD  54.05 
 
 
317 aa  298  7e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.125291  decreased coverage  0.00274094 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3598  site-specific tyrosine recombinase XerD  53.72 
 
 
317 aa  298  9e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0907  site-specific tyrosine recombinase XerD  53.53 
 
 
307 aa  297  2e-79  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2172  tyrosine recombinase XerD  57.83 
 
 
309 aa  296  4e-79  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0616277  normal  0.178894 
 
 
-
 
NC_004310  BR2031  site-specific tyrosine recombinase XerD  54.81 
 
 
307 aa  288  1e-76  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1953  site-specific tyrosine recombinase XerD  54.49 
 
 
307 aa  287  2e-76  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2815  integrase/recombinase XerD  51.15 
 
 
311 aa  284  2.0000000000000002e-75  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1531  phage integrase family protein  50.97 
 
 
311 aa  280  2e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.504949 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1481  phage integrase family protein  50.82 
 
 
311 aa  280  4e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0281722  normal  0.205606 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2271  phage integrase family protein  51.43 
 
 
321 aa  276  3e-73  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3738  tyrosine recombinase XerD subunit  52.6 
 
 
328 aa  273  3e-72  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0039  tyrosine recombinase XerD  48.7 
 
 
312 aa  266  4e-70  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1428  phage integrase  47.74 
 
 
317 aa  265  8e-70  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.473602  normal  0.0585003 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2484  phage integrase  49.84 
 
 
304 aa  263  3e-69  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.72317  normal  0.0269236 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1611  tyrosine recombinase  48.52 
 
 
308 aa  255  6e-67  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.4794 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0724  integrase family protein  47.77 
 
 
308 aa  248  9e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.971464 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1279  phage integrase family protein  46.67 
 
 
323 aa  243  3.9999999999999997e-63  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0644752  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1797  phage integrase  47.92 
 
 
303 aa  236  5.0000000000000005e-61  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.742134 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1468  phage integrase family protein  47.88 
 
 
304 aa  232  7.000000000000001e-60  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0401  integrase family protein  46.13 
 
 
304 aa  227  2e-58  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.966282 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3892  site-specific tyrosine recombinase XerD  45.71 
 
 
299 aa  223  4e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.413643  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3312  site-specific tyrosine recombinase XerD  45.16 
 
 
298 aa  220  1.9999999999999999e-56  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1902  phage integrase  46.43 
 
 
293 aa  220  3e-56  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.162765  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0011  phage integrase family protein  44.77 
 
 
301 aa  219  6e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0645  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.52 
 
 
299 aa  218  8.999999999999998e-56  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.241995  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02726  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.92 
 
 
298 aa  218  2e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.292633  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0798  tyrosine recombinase XerD  44.92 
 
 
298 aa  218  2e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.966972  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3220  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.92 
 
 
298 aa  218  2e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0562  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.05 
 
 
300 aa  218  2e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4185  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.92 
 
 
298 aa  218  2e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3053  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.92 
 
 
298 aa  218  2e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3314  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.92 
 
 
298 aa  218  2e-55  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02689  hypothetical protein  44.92 
 
 
298 aa  218  2e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.364794  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3027  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.92 
 
 
298 aa  218  2e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3300  tyrosine recombinase XerD  44.3 
 
 
299 aa  216  4e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0770  tyrosine recombinase XerD  46.84 
 
 
303 aa  216  4e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0646575 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0805  tyrosine recombinase XerD  44.23 
 
 
300 aa  216  4e-55  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3275  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.73 
 
 
298 aa  216  5e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0861  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.19 
 
 
299 aa  216  5e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1283  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.61 
 
 
297 aa  215  7e-55  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3426  tyrosine recombinase XerD  44.41 
 
 
299 aa  215  7e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00956  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.68 
 
 
305 aa  214  9.999999999999999e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0815  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.59 
 
 
298 aa  214  9.999999999999999e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.624778  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3380  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.41 
 
 
298 aa  214  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3278  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.41 
 
 
298 aa  214  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3212  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.41 
 
 
298 aa  214  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.476349 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3200  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.41 
 
 
298 aa  214  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.550002  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0920  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.41 
 
 
299 aa  213  2.9999999999999995e-54  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1995  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.27 
 
 
302 aa  214  2.9999999999999995e-54  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0879  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.41 
 
 
299 aa  213  2.9999999999999995e-54  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.201006  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3847  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.41 
 
 
299 aa  213  2.9999999999999995e-54  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.349121 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004441  site-specific recombinase XerD  42.68 
 
 
305 aa  213  5.999999999999999e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03409  tyrosine recombinase  41.9 
 
 
308 aa  212  1e-53  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0173  tyrosine recombinase XerD  37.06 
 
 
309 aa  209  4e-53  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.861385  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1750  tyrosine recombinase XerD  44.59 
 
 
294 aa  209  5e-53  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0144  tyrosine recombinase XerD  36.79 
 
 
305 aa  207  3e-52  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0843  tyrosine recombinase XerD  43.17 
 
 
309 aa  206  5e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3449  tyrosine recombinase XerD  42.86 
 
 
300 aa  206  6e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0747  tyrosine recombinase XerD  43.93 
 
 
303 aa  206  6e-52  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000635712  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3643  tyrosine recombinase XerD  43.17 
 
 
309 aa  204  1e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02665  site-specific tyrosine recombinase XerD  40.87 
 
 
336 aa  204  2e-51  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0893  tyrosine recombinase XerD  42.9 
 
 
304 aa  204  2e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0105661 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2127  tyrosine recombinase XerD  47.54 
 
 
308 aa  203  3e-51  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.518947  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0116  Phage integrase, N-terminal SAM- like  34.38 
 
 
309 aa  204  3e-51  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0663  tyrosine recombinase XerD  42.41 
 
 
305 aa  203  3e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1878  tyrosine recombinase XerD  45.6 
 
 
292 aa  203  4e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3524  tyrosine recombinase XerD  42.86 
 
 
309 aa  203  4e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  38.44 
 
 
295 aa  202  6e-51  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3714  tyrosine recombinase XerD  44.16 
 
 
301 aa  202  8e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2739  integrase/recombinase XerD  41.85 
 
 
321 aa  202  9e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3304  tyrosine recombinase XerD  42.95 
 
 
298 aa  201  9.999999999999999e-51  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0133185  normal  0.394454 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2383  tyrosine recombinase XerD  41.69 
 
 
295 aa  201  1.9999999999999998e-50  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3396  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.16 
 
 
298 aa  200  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0895  tyrosine recombinase XerD  44.62 
 
 
308 aa  199  5e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2692  tyrosine recombinase XerD  43.65 
 
 
295 aa  199  7e-50  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.457784  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0950  integrase/recombinase XerD  43.04 
 
 
300 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0890  tyrosine recombinase XerD  43.17 
 
 
300 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.267893  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0795  tyrosine recombinase XerD  43.35 
 
 
300 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3228  tyrosine recombinase XerD  43.35 
 
 
300 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.302685  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  40.07 
 
 
299 aa  197  2.0000000000000003e-49  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2332  tyrosine recombinase XerD  45.28 
 
 
292 aa  197  2.0000000000000003e-49  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>