More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_3407 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010581  Bind_3407  integrase family protein  100 
 
 		 325 aa  647    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.155435 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1847  integrase family protein  72.04 
 
 		 314 aa  421  1e-117  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.475025 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2440  tyrosine recombinase XerD  61.26 
 
 		 332 aa  350  2e-95  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.691328  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2512  tyrosine recombinase XerD  61.56 
 
 		 328 aa  344  1e-93  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.234856 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2735  tyrosine recombinase XerD  61.56 
 
 		 328 aa  344  1e-93  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.206607 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2172  tyrosine recombinase XerD  60.38 
 
 		 309 aa  335  5e-91  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0616277  normal  0.178894 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0488  tyrosine recombinase XerD  57.61 
 
 		 319 aa  335  5e-91  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7575  tyrosine recombinase XerD subunit  57.24 
 
 		 308 aa  334  1e-90  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.440547  normal  0.271837 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1720  tyrosine recombinase XerD  58.31 
 
 		 319 aa  334  1e-90  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.514315 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0393  tyrosine recombinase XerD  58.12 
 
 		 319 aa  332  8e-90  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.543195  normal  0.555297 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0530  tyrosine recombinase XerD  56.31 
 
 		 320 aa  328  8e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.931339  normal  0.0955198 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0507  tyrosine recombinase XerD  57.33 
 
 		 339 aa  326  4.0000000000000003e-88  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0296  tyrosine recombinase XerD  56.73 
 
 		 351 aa  324  1e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.672808 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0677  integrase family protein  60.61 
 
 		 291 aa  323  2e-87  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.92563 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1134  tyrosine recombinase XerD  61.18 
 
 		 308 aa  320  1.9999999999999998e-86  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0533377  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0533  tyrosine recombinase XerD  55.45 
 
 		 347 aa  316  4e-85  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2567  site-specific tyrosine recombinase XerD  54.81 
 
 		 313 aa  314  9.999999999999999e-85  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.615759 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3062  site-specific tyrosine recombinase XerD  53.62 
 
 		 308 aa  303  3.0000000000000004e-81  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1634  integrase family protein  52.78 
 
 		 354 aa  298  6e-80  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.280587  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3891  site-specific tyrosine recombinase XerD  52.12 
 
 		 317 aa  290  2e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.125291  decreased coverage  0.00274094 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0907  site-specific tyrosine recombinase XerD  52.61 
 
 		 307 aa  287  2e-76  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4056  site-specific tyrosine recombinase XerD  51.06 
 
 		 332 aa  286  4e-76  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.111498  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2031  site-specific tyrosine recombinase XerD  54.25 
 
 		 307 aa  284  2.0000000000000002e-75  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1953  site-specific tyrosine recombinase XerD  53.92 
 
 		 307 aa  283  3.0000000000000004e-75  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3598  site-specific tyrosine recombinase XerD  51.47 
 
 		 317 aa  283  4.0000000000000003e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3738  tyrosine recombinase XerD subunit  51.89 
 
 		 328 aa  281  1e-74  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1428  phage integrase  49.85 
 
 		 317 aa  279  4e-74  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.473602  normal  0.0585003 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2271  phage integrase family protein  52.7 
 
 		 321 aa  279  4e-74  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1531  phage integrase family protein  48.74 
 
 		 311 aa  277  2e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.504949 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2815  integrase/recombinase XerD  48.6 
 
 		 311 aa  276  3e-73  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1481  phage integrase family protein  47.98 
 
 		 311 aa  273  4.0000000000000004e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0281722  normal  0.205606 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1279  phage integrase family protein  51.72 
 
 		 323 aa  262  4.999999999999999e-69  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0644752  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0039  tyrosine recombinase XerD  47.27 
 
 		 312 aa  256  3e-67  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1611  tyrosine recombinase  47.59 
 
 		 308 aa  256  3e-67  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.4794 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2484  phage integrase  48.23 
 
 		 304 aa  256  4e-67  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.72317  normal  0.0269236 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0401  integrase family protein  50.65 
 
 		 304 aa  254  2.0000000000000002e-66  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.966282 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1468  phage integrase family protein  50 
 
 		 304 aa  251  9.000000000000001e-66  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0724  integrase family protein  45.89 
 
 		 308 aa  244  1.9999999999999999e-63  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.971464 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1995  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.45 
 
 		 302 aa  224  2e-57  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0645  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.01 
 
 		 299 aa  221  9.999999999999999e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.241995  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0890  tyrosine recombinase XerD  43.19 
 
 		 300 aa  219  3.9999999999999997e-56  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.267893  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3275  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.93 
 
 		 298 aa  219  3.9999999999999997e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3380  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.93 
 
 		 298 aa  219  6e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3212  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.93 
 
 		 298 aa  219  6e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.476349 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3278  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.93 
 
 		 298 aa  219  6e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0747  tyrosine recombinase XerD  43.85 
 
 		 303 aa  219  6e-56  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000635712  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3200  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.93 
 
 		 298 aa  219  6e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.550002  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3643  tyrosine recombinase XerD  42.86 
 
 		 309 aa  219  7e-56  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3300  tyrosine recombinase XerD  44.59 
 
 		 299 aa  218  8.999999999999998e-56  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3426  tyrosine recombinase XerD  43.89 
 
 		 299 aa  218  1e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3524  tyrosine recombinase XerD  42.86 
 
 		 309 aa  218  1e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3892  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.58 
 
 		 299 aa  218  1e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.413643  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2383  tyrosine recombinase XerD  44.66 
 
 		 295 aa  218  2e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0815  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.61 
 
 		 298 aa  218  2e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.624778  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3053  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.56 
 
 		 298 aa  217  2e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02726  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.61 
 
 		 298 aa  217  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.292633  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0798  tyrosine recombinase XerD  43.61 
 
 		 298 aa  217  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.966972  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4185  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.61 
 
 		 298 aa  217  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3314  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.61 
 
 		 298 aa  217  2.9999999999999998e-55  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02689  hypothetical protein  43.61 
 
 		 298 aa  217  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.364794  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3220  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.61 
 
 		 298 aa  217  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3027  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.61 
 
 		 298 aa  217  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0861  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.69 
 
 		 299 aa  217  2.9999999999999998e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0011  phage integrase family protein  46.38 
 
 		 301 aa  217  2.9999999999999998e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3312  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.97 
 
 		 298 aa  216  4e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1283  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.42 
 
 		 297 aa  216  5e-55  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3449  tyrosine recombinase XerD  42.19 
 
 		 300 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0950  integrase/recombinase XerD  42.19 
 
 		 300 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0843  tyrosine recombinase XerD  42.19 
 
 		 309 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3228  tyrosine recombinase XerD  41.2 
 
 		 300 aa  212  5.999999999999999e-54  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.302685  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1488  tyrosine recombinase XerD  45 
 
 		 304 aa  212  5.999999999999999e-54  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.221019  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0795  tyrosine recombinase XerD  41.2 
 
 		 300 aa  212  7.999999999999999e-54  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.83 
 
 		 299 aa  210  2e-53  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1902  phage integrase  45.7 
 
 		 293 aa  210  2e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.162765  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3714  tyrosine recombinase XerD  41.23 
 
 		 301 aa  211  2e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3331  tyrosine recombinase XerD  41.2 
 
 		 300 aa  210  2e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3847  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.48 
 
 		 299 aa  209  4e-53  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.349121 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0920  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.48 
 
 		 299 aa  209  4e-53  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1797  phage integrase  46.69 
 
 		 303 aa  209  4e-53  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.742134 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0879  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.48 
 
 		 299 aa  209  4e-53  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.201006  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0805  tyrosine recombinase XerD  40.59 
 
 		 300 aa  208  8e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0116  Phage integrase, N-terminal SAM- like  35.85 
 
 		 309 aa  208  9e-53  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0562  site-specific tyrosine recombinase XerD  40.45 
 
 		 300 aa  206  4e-52  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004441  site-specific recombinase XerD  42.12 
 
 		 305 aa  206  4e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1878  tyrosine recombinase XerD  44.88 
 
 		 292 aa  206  5e-52  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1142  tyrosine recombinase XerD  43.04 
 
 		 295 aa  205  9e-52  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0663  tyrosine recombinase XerD  40.2 
 
 		 305 aa  205  1e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2788  site-specific tyrosine recombinase XerD  40 
 
 		 296 aa  204  2e-51  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000777667  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00956  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.94 
 
 		 305 aa  203  3e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4113  site-specific tyrosine recombinase XerD  39.47 
 
 		 296 aa  202  6e-51  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.00015e-24 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3999  site-specific tyrosine recombinase XerD  39.47 
 
 		 296 aa  202  6e-51  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.189801  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3830  site-specific tyrosine recombinase XerD  39.47 
 
 		 296 aa  202  6e-51  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4311  site-specific tyrosine recombinase XerD  39.47 
 
 		 296 aa  202  6e-51  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.789664  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4158  site-specific tyrosine recombinase XerD  39.47 
 
 		 296 aa  202  7e-51  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.44443  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3846  site-specific tyrosine recombinase XerD  39.47 
 
 		 296 aa  202  7e-51  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0256715  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4222  site-specific tyrosine recombinase XerD  39.47 
 
 		 296 aa  202  7e-51  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160259  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1513  site-specific recombinase  42.19 
 
 		 295 aa  202  8e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.110584  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0144  tyrosine recombinase XerD  38.66 
 
 		 305 aa  202  8e-51  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2052  tyrosine recombinase XerD  40.07 
 
 		 296 aa  202  8e-51  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3920  site-specific tyrosine recombinase XerD  40.53 
 
 		 296 aa  201  9.999999999999999e-51  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000317777  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>