More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gdia_0401 on replicon NC_011365
Organism: Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011365  Gdia_0401  integrase family protein  100 
 
 
304 aa  590  1e-167  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.966282 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1468  phage integrase family protein  60.82 
 
 
304 aa  304  1.0000000000000001e-81  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3738  tyrosine recombinase XerD subunit  54.6 
 
 
328 aa  297  1e-79  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1720  tyrosine recombinase XerD  51.97 
 
 
319 aa  280  2e-74  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.514315 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3598  site-specific tyrosine recombinase XerD  50.16 
 
 
317 aa  263  2e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3891  site-specific tyrosine recombinase XerD  48.84 
 
 
317 aa  261  1e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.125291  decreased coverage  0.00274094 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3062  site-specific tyrosine recombinase XerD  49.67 
 
 
308 aa  261  1e-68  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2271  phage integrase family protein  50.32 
 
 
321 aa  259  5.0000000000000005e-68  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3407  integrase family protein  50.65 
 
 
325 aa  258  6e-68  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.155435 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2567  site-specific tyrosine recombinase XerD  48.84 
 
 
313 aa  258  9e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.615759 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0488  tyrosine recombinase XerD  48.18 
 
 
319 aa  248  6e-65  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0507  tyrosine recombinase XerD  48.03 
 
 
339 aa  245  6.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2512  tyrosine recombinase XerD  50 
 
 
328 aa  243  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.234856 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2735  tyrosine recombinase XerD  49.66 
 
 
328 aa  243  3.9999999999999997e-63  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.206607 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2440  tyrosine recombinase XerD  49.5 
 
 
332 aa  242  6e-63  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.691328  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1428  phage integrase  47.08 
 
 
317 aa  238  6.999999999999999e-62  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.473602  normal  0.0585003 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0677  integrase family protein  51.89 
 
 
291 aa  237  2e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.92563 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0393  tyrosine recombinase XerD  48.18 
 
 
319 aa  236  4e-61  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.543195  normal  0.555297 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1611  tyrosine recombinase  46.05 
 
 
308 aa  236  4e-61  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.4794 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4056  site-specific tyrosine recombinase XerD  45.62 
 
 
332 aa  234  9e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.111498  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0296  tyrosine recombinase XerD  44.84 
 
 
351 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.672808 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7575  tyrosine recombinase XerD subunit  47.04 
 
 
308 aa  231  1e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.440547  normal  0.271837 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2484  phage integrase  48.75 
 
 
304 aa  230  2e-59  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.72317  normal  0.0269236 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2172  tyrosine recombinase XerD  50.85 
 
 
309 aa  229  4e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0616277  normal  0.178894 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1847  integrase family protein  47.67 
 
 
314 aa  229  5e-59  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.475025 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0530  tyrosine recombinase XerD  46.43 
 
 
320 aa  228  9e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.931339  normal  0.0955198 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1531  phage integrase family protein  46.58 
 
 
311 aa  228  1e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.504949 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0533  tyrosine recombinase XerD  45.16 
 
 
347 aa  227  2e-58  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1953  site-specific tyrosine recombinase XerD  46.49 
 
 
307 aa  226  3e-58  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2031  site-specific tyrosine recombinase XerD  46.49 
 
 
307 aa  225  6e-58  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0907  site-specific tyrosine recombinase XerD  47.33 
 
 
307 aa  225  6e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0039  tyrosine recombinase XerD  45.79 
 
 
312 aa  225  6e-58  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0724  integrase family protein  47.23 
 
 
308 aa  223  2e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.971464 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1134  tyrosine recombinase XerD  49.33 
 
 
308 aa  224  2e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0533377  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1797  phage integrase  50.97 
 
 
303 aa  223  3e-57  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.742134 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2815  integrase/recombinase XerD  44.63 
 
 
311 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1481  phage integrase family protein  44.63 
 
 
311 aa  220  3e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0281722  normal  0.205606 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1427  tyrosine recombinase XerD subunit  45.07 
 
 
295 aa  216  2.9999999999999998e-55  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1634  integrase family protein  44.69 
 
 
354 aa  214  9.999999999999999e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.280587  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0144  tyrosine recombinase XerD  39.6 
 
 
305 aa  214  1.9999999999999998e-54  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1995  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.02 
 
 
302 aa  212  7e-54  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3892  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.38 
 
 
299 aa  211  1e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.413643  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1819  integrase/recombinase XerD  43.14 
 
 
295 aa  210  3e-53  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.530175  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00956  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.08 
 
 
305 aa  209  4e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1902  phage integrase  48.32 
 
 
293 aa  208  9e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.162765  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004441  site-specific recombinase XerD  41.08 
 
 
305 aa  207  1e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1513  site-specific recombinase  42 
 
 
295 aa  207  2e-52  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.110584  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3300  tyrosine recombinase XerD  42.47 
 
 
299 aa  207  2e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  39.27 
 
 
299 aa  205  6e-52  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3275  site-specific tyrosine recombinase XerD  42 
 
 
298 aa  204  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2383  tyrosine recombinase XerD  40.67 
 
 
295 aa  203  2e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0562  site-specific tyrosine recombinase XerD  40.4 
 
 
300 aa  203  2e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0173  tyrosine recombinase XerD  36.6 
 
 
309 aa  203  3e-51  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.861385  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3200  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.67 
 
 
298 aa  203  4e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.550002  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3212  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.67 
 
 
298 aa  203  4e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.476349 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3380  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.67 
 
 
298 aa  203  4e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0011  phage integrase family protein  47.06 
 
 
301 aa  202  4e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3278  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.67 
 
 
298 aa  203  4e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1142  tyrosine recombinase XerD  41.33 
 
 
295 aa  202  5e-51  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02665  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.89 
 
 
336 aa  201  9.999999999999999e-51  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3999  site-specific tyrosine recombinase XerD  37.95 
 
 
296 aa  199  3e-50  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.189801  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3830  site-specific tyrosine recombinase XerD  37.95 
 
 
296 aa  199  3e-50  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3846  site-specific tyrosine recombinase XerD  37.95 
 
 
296 aa  199  3e-50  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0256715  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4311  site-specific tyrosine recombinase XerD  37.95 
 
 
296 aa  199  3e-50  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.789664  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4113  site-specific tyrosine recombinase XerD  37.95 
 
 
296 aa  199  3e-50  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.00015e-24 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4158  site-specific tyrosine recombinase XerD  37.95 
 
 
296 aa  199  3.9999999999999996e-50  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.44443  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0116  Phage integrase, N-terminal SAM- like  35.95 
 
 
309 aa  199  3.9999999999999996e-50  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4222  site-specific tyrosine recombinase XerD  37.95 
 
 
296 aa  199  3.9999999999999996e-50  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160259  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0367  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.61 
 
 
298 aa  199  3.9999999999999996e-50  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1279  phage integrase family protein  44.59 
 
 
323 aa  199  7e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0644752  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0815  site-specific tyrosine recombinase XerD  41 
 
 
298 aa  198  7.999999999999999e-50  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.624778  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3847  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.5 
 
 
299 aa  198  9e-50  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.349121 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  36.75 
 
 
295 aa  198  9e-50  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0879  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.5 
 
 
299 aa  198  9e-50  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.201006  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0920  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.5 
 
 
299 aa  198  9e-50  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02726  site-specific tyrosine recombinase XerD  41 
 
 
298 aa  198  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.292633  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0798  tyrosine recombinase XerD  41 
 
 
298 aa  198  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.966972  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0645  site-specific tyrosine recombinase XerD  40.67 
 
 
299 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.241995  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02689  hypothetical protein  41 
 
 
298 aa  198  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.364794  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3027  site-specific tyrosine recombinase XerD  41 
 
 
298 aa  198  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3312  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.67 
 
 
298 aa  198  1.0000000000000001e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3314  site-specific tyrosine recombinase XerD  41 
 
 
298 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3053  site-specific tyrosine recombinase XerD  41 
 
 
298 aa  198  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4199  site-specific tyrosine recombinase XerD  37.62 
 
 
296 aa  198  1.0000000000000001e-49  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00345142  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3220  site-specific tyrosine recombinase XerD  41 
 
 
298 aa  198  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4185  site-specific tyrosine recombinase XerD  41 
 
 
298 aa  198  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1038  site-specific tyrosine recombinase XerD  37.62 
 
 
296 aa  198  1.0000000000000001e-49  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00331502  normal  0.0102802 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2052  tyrosine recombinase XerD  38.08 
 
 
296 aa  196  4.0000000000000005e-49  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1283  site-specific tyrosine recombinase XerD  38.26 
 
 
297 aa  196  5.000000000000001e-49  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1750  tyrosine recombinase XerD  41.86 
 
 
294 aa  195  6e-49  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2788  site-specific tyrosine recombinase XerD  37.29 
 
 
296 aa  195  8.000000000000001e-49  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000777667  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3920  site-specific tyrosine recombinase XerD  37.62 
 
 
296 aa  195  8.000000000000001e-49  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000317777  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  44.04 
 
 
295 aa  194  1e-48  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2692  tyrosine recombinase XerD  42.57 
 
 
295 aa  194  1e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.457784  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2332  tyrosine recombinase XerD  43.05 
 
 
292 aa  194  1e-48  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1674  tyrosine recombinase XerD  40.2 
 
 
297 aa  194  1e-48  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0517708  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0540  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.62 
 
 
325 aa  194  1e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0147694  normal  0.75101 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2739  integrase/recombinase XerD  41.47 
 
 
321 aa  193  3e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0861  site-specific tyrosine recombinase XerD  39.67 
 
 
299 aa  192  4e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0139  tyrosine recombinase XerD  41.92 
 
 
312 aa  192  6e-48  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>