More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_0488 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_0488  tyrosine recombinase XerD  100 
 
 		 319 aa  637    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0393  tyrosine recombinase XerD  88.71 
 
 		 319 aa  557  1e-158  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.543195  normal  0.555297 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7575  tyrosine recombinase XerD subunit  83.66 
 
 		 308 aa  504  9.999999999999999e-143  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.440547  normal  0.271837 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0530  tyrosine recombinase XerD  79.56 
 
 		 320 aa  498  1e-140  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.931339  normal  0.0955198 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0507  tyrosine recombinase XerD  78.91 
 
 		 339 aa  469  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0296  tyrosine recombinase XerD  76.03 
 
 		 351 aa  459  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.672808 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0533  tyrosine recombinase XerD  74.61 
 
 		 347 aa  451  1e-125  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3407  integrase family protein  57.61 
 
 		 325 aa  335  3.9999999999999995e-91  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.155435 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1847  integrase family protein  56.92 
 
 		 314 aa  327  1.0000000000000001e-88  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.475025 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1634  integrase family protein  57.32 
 
 		 354 aa  325  8.000000000000001e-88  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.280587  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2440  tyrosine recombinase XerD  58.22 
 
 		 332 aa  323  3e-87  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.691328  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2735  tyrosine recombinase XerD  57.89 
 
 		 328 aa  320  1.9999999999999998e-86  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.206607 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2512  tyrosine recombinase XerD  57.89 
 
 		 328 aa  320  1.9999999999999998e-86  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.234856 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0677  integrase family protein  60.8 
 
 		 291 aa  318  5e-86  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.92563 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2567  site-specific tyrosine recombinase XerD  55.59 
 
 		 313 aa  317  2e-85  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.615759 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3062  site-specific tyrosine recombinase XerD  55.74 
 
 		 308 aa  317  2e-85  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1720  tyrosine recombinase XerD  56.54 
 
 		 319 aa  315  7e-85  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.514315 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0907  site-specific tyrosine recombinase XerD  55.08 
 
 		 307 aa  311  1e-83  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1134  tyrosine recombinase XerD  60.5 
 
 		 308 aa  310  2.9999999999999997e-83  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0533377  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3598  site-specific tyrosine recombinase XerD  53.95 
 
 		 317 aa  306  4.0000000000000004e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2172  tyrosine recombinase XerD  59.16 
 
 		 309 aa  305  5.0000000000000004e-82  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0616277  normal  0.178894 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3891  site-specific tyrosine recombinase XerD  54.28 
 
 		 317 aa  303  2.0000000000000002e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.125291  decreased coverage  0.00274094 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4056  site-specific tyrosine recombinase XerD  54.06 
 
 		 332 aa  301  7.000000000000001e-81  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.111498  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2031  site-specific tyrosine recombinase XerD  55.92 
 
 		 307 aa  297  2e-79  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1953  site-specific tyrosine recombinase XerD  55.59 
 
 		 307 aa  296  3e-79  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2271  phage integrase family protein  52.37 
 
 		 321 aa  282  7.000000000000001e-75  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3738  tyrosine recombinase XerD subunit  53.7 
 
 		 328 aa  278  7e-74  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1531  phage integrase family protein  49.68 
 
 		 311 aa  276  4e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.504949 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1428  phage integrase  48.24 
 
 		 317 aa  276  4e-73  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.473602  normal  0.0585003 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2815  integrase/recombinase XerD  49.52 
 
 		 311 aa  275  7e-73  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1481  phage integrase family protein  48.87 
 
 		 311 aa  269  4e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0281722  normal  0.205606 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2484  phage integrase  49.2 
 
 		 304 aa  257  2e-67  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.72317  normal  0.0269236 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0039  tyrosine recombinase XerD  46.71 
 
 		 312 aa  256  3e-67  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1611  tyrosine recombinase  48.36 
 
 		 308 aa  255  6e-67  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.4794 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0724  integrase family protein  46.33 
 
 		 308 aa  244  1.9999999999999999e-63  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.971464 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0401  integrase family protein  48.18 
 
 		 304 aa  240  2e-62  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.966282 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1279  phage integrase family protein  46.39 
 
 		 323 aa  239  2.9999999999999997e-62  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0644752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3892  site-specific tyrosine recombinase XerD  46.03 
 
 		 299 aa  239  5.999999999999999e-62  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.413643  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1468  phage integrase family protein  47.85 
 
 		 304 aa  237  2e-61  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3847  site-specific tyrosine recombinase XerD  46.01 
 
 		 299 aa  234  1.0000000000000001e-60  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.349121 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0879  site-specific tyrosine recombinase XerD  46.01 
 
 		 299 aa  234  1.0000000000000001e-60  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.201006  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0920  site-specific tyrosine recombinase XerD  46.01 
 
 		 299 aa  234  1.0000000000000001e-60  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3312  site-specific tyrosine recombinase XerD  46.77 
 
 		 298 aa  229  4e-59  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3275  site-specific tyrosine recombinase XerD  47.52 
 
 		 298 aa  229  4e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1797  phage integrase  46.96 
 
 		 303 aa  229  5e-59  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.742134 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3278  site-specific tyrosine recombinase XerD  47.19 
 
 		 298 aa  227  2e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3212  site-specific tyrosine recombinase XerD  47.19 
 
 		 298 aa  227  2e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.476349 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3380  site-specific tyrosine recombinase XerD  47.19 
 
 		 298 aa  227  2e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3200  site-specific tyrosine recombinase XerD  47.19 
 
 		 298 aa  227  2e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.550002  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02726  site-specific tyrosine recombinase XerD  46.86 
 
 		 298 aa  227  3e-58  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.292633  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0798  tyrosine recombinase XerD  46.86 
 
 		 298 aa  227  3e-58  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.966972  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3027  site-specific tyrosine recombinase XerD  46.86 
 
 		 298 aa  227  3e-58  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4185  site-specific tyrosine recombinase XerD  46.86 
 
 		 298 aa  227  3e-58  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3220  site-specific tyrosine recombinase XerD  46.86 
 
 		 298 aa  227  3e-58  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3314  site-specific tyrosine recombinase XerD  46.86 
 
 		 298 aa  227  3e-58  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3053  site-specific tyrosine recombinase XerD  46.84 
 
 		 298 aa  226  3e-58  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02689  hypothetical protein  46.86 
 
 		 298 aa  227  3e-58  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.364794  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0645  site-specific tyrosine recombinase XerD  45.37 
 
 		 299 aa  225  7e-58  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.241995  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1283  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.51 
 
 		 297 aa  225  7e-58  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0011  phage integrase family protein  44.87 
 
 		 301 aa  224  1e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0815  site-specific tyrosine recombinase XerD  46.53 
 
 		 298 aa  224  2e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.624778  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1902  phage integrase  45.74 
 
 		 293 aa  224  2e-57  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.162765  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0861  site-specific tyrosine recombinase XerD  45.05 
 
 		 299 aa  223  4e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3300  tyrosine recombinase XerD  45.54 
 
 		 299 aa  222  6e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3426  tyrosine recombinase XerD  44.41 
 
 		 299 aa  220  1.9999999999999999e-56  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0805  tyrosine recombinase XerD  42.49 
 
 		 300 aa  218  1e-55  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004441  site-specific recombinase XerD  43.31 
 
 		 305 aa  217  2e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2383  tyrosine recombinase XerD  45.81 
 
 		 295 aa  216  5e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00956  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.68 
 
 		 305 aa  215  7e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1995  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.67 
 
 		 302 aa  215  7e-55  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0770  tyrosine recombinase XerD  44.26 
 
 		 303 aa  215  9.999999999999999e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0646575 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2739  integrase/recombinase XerD  44.48 
 
 		 321 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0562  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.26 
 
 		 300 aa  213  3.9999999999999995e-54  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  38.83 
 
 		 295 aa  212  4.9999999999999996e-54  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1025  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.84 
 
 		 298 aa  212  5.999999999999999e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.899371  normal  0.6007 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0173  tyrosine recombinase XerD  37.03 
 
 		 309 aa  212  5.999999999999999e-54  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.861385  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0144  tyrosine recombinase XerD  36.59 
 
 		 305 aa  211  1e-53  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1659  tyrosine recombinase XerD subunit  43.73 
 
 		 296 aa  210  2e-53  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.538818 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1286  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.51 
 
 		 298 aa  209  7e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0511461  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2692  tyrosine recombinase XerD  43 
 
 		 295 aa  208  1e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.457784  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03409  tyrosine recombinase  42.24 
 
 		 308 aa  207  2e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0663  tyrosine recombinase XerD  42.95 
 
 		 305 aa  207  2e-52  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4151  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.52 
 
 		 298 aa  206  5e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.596099 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0116  Phage integrase, N-terminal SAM- like  35.13 
 
 		 309 aa  206  5e-52  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1488  tyrosine recombinase XerD  43.28 
 
 		 304 aa  205  7e-52  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.221019  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1750  tyrosine recombinase XerD  43.41 
 
 		 294 aa  205  9e-52  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3304  tyrosine recombinase XerD  41.94 
 
 		 298 aa  205  9e-52  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0133185  normal  0.394454 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1478  integrase/recombinase XerD  42.86 
 
 		 298 aa  205  1e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0755097  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2788  site-specific tyrosine recombinase XerD  40 
 
 		 296 aa  204  2e-51  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000777667  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1148  phage integrase family site specific recombinase  35.65 
 
 		 328 aa  204  2e-51  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0281308  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1381  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.27 
 
 		 298 aa  204  2e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00360913  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3714  tyrosine recombinase XerD  42.09 
 
 		 301 aa  204  2e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1073  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.87 
 
 		 298 aa  203  3e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.344511  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0747  tyrosine recombinase XerD  41.72 
 
 		 303 aa  202  8e-51  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000635712  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1513  site-specific recombinase  42.43 
 
 		 295 aa  201  9.999999999999999e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.110584  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3920  site-specific tyrosine recombinase XerD  40.66 
 
 		 296 aa  201  9.999999999999999e-51  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000317777  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2378  tyrosine recombinase XerD  44.01 
 
 		 296 aa  201  1.9999999999999998e-50  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.336575 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02665  site-specific tyrosine recombinase XerD  40.89 
 
 		 336 aa  200  1.9999999999999998e-50  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0893  tyrosine recombinase XerD  42.3 
 
 		 304 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0105661 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16040  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.63 
 
 		 298 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>