More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_7575 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_7575  tyrosine recombinase XerD subunit  100 
 
 		 308 aa  618  1e-176  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.440547  normal  0.271837 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0488  tyrosine recombinase XerD  83.66 
 
 		 319 aa  504  9.999999999999999e-143  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0393  tyrosine recombinase XerD  81.11 
 
 		 319 aa  493  9.999999999999999e-139  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.543195  normal  0.555297 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0530  tyrosine recombinase XerD  78.83 
 
 		 320 aa  484  1e-136  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.931339  normal  0.0955198 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0296  tyrosine recombinase XerD  75.73 
 
 		 351 aa  449  1e-125  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.672808 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0507  tyrosine recombinase XerD  75.74 
 
 		 339 aa  448  1e-125  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0533  tyrosine recombinase XerD  76.38 
 
 		 347 aa  447  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1847  integrase family protein  58.63 
 
 		 314 aa  342  5e-93  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.475025 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1634  integrase family protein  58.01 
 
 		 354 aa  339  4e-92  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.280587  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3407  integrase family protein  57.24 
 
 		 325 aa  334  1e-90  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.155435 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2440  tyrosine recombinase XerD  57.1 
 
 		 332 aa  325  6e-88  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.691328  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2512  tyrosine recombinase XerD  58.42 
 
 		 328 aa  325  8.000000000000001e-88  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.234856 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2735  tyrosine recombinase XerD  58.42 
 
 		 328 aa  325  8.000000000000001e-88  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.206607 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0677  integrase family protein  59.47 
 
 		 291 aa  318  9e-86  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.92563 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0907  site-specific tyrosine recombinase XerD  54.61 
 
 		 307 aa  315  5e-85  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2567  site-specific tyrosine recombinase XerD  53.62 
 
 		 313 aa  314  9.999999999999999e-85  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.615759 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1134  tyrosine recombinase XerD  60.91 
 
 		 308 aa  313  1.9999999999999998e-84  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0533377  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1720  tyrosine recombinase XerD  54.58 
 
 		 319 aa  311  1e-83  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.514315 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3598  site-specific tyrosine recombinase XerD  54.4 
 
 		 317 aa  311  1e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2031  site-specific tyrosine recombinase XerD  57.24 
 
 		 307 aa  309  4e-83  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3062  site-specific tyrosine recombinase XerD  52.94 
 
 		 308 aa  309  4e-83  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1953  site-specific tyrosine recombinase XerD  56.91 
 
 		 307 aa  308  6.999999999999999e-83  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3891  site-specific tyrosine recombinase XerD  54.4 
 
 		 317 aa  306  3e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.125291  decreased coverage  0.00274094 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2172  tyrosine recombinase XerD  58.63 
 
 		 309 aa  306  3e-82  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0616277  normal  0.178894 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4056  site-specific tyrosine recombinase XerD  55.66 
 
 		 332 aa  303  3.0000000000000004e-81  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.111498  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2271  phage integrase family protein  51.95 
 
 		 321 aa  284  1.0000000000000001e-75  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1531  phage integrase family protein  49.84 
 
 		 311 aa  279  4e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.504949 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2815  integrase/recombinase XerD  48.86 
 
 		 311 aa  278  6e-74  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1481  phage integrase family protein  48.21 
 
 		 311 aa  272  4.0000000000000004e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0281722  normal  0.205606 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1428  phage integrase  47.23 
 
 		 317 aa  272  5.000000000000001e-72  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.473602  normal  0.0585003 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3738  tyrosine recombinase XerD subunit  52.46 
 
 		 328 aa  270  2.9999999999999997e-71  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2484  phage integrase  50.81 
 
 		 304 aa  265  8e-70  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.72317  normal  0.0269236 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0039  tyrosine recombinase XerD  46.71 
 
 		 312 aa  262  6e-69  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0724  integrase family protein  46.89 
 
 		 308 aa  256  3e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.971464 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1611  tyrosine recombinase  46.05 
 
 		 308 aa  246  2e-64  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.4794 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1468  phage integrase family protein  47.7 
 
 		 304 aa  240  2e-62  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1279  phage integrase family protein  48.08 
 
 		 323 aa  240  2e-62  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0644752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0011  phage integrase family protein  44.81 
 
 		 301 aa  231  1e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1797  phage integrase  46.86 
 
 		 303 aa  228  1e-58  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.742134 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0861  site-specific tyrosine recombinase XerD  46.2 
 
 		 299 aa  225  6e-58  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0645  site-specific tyrosine recombinase XerD  46.2 
 
 		 299 aa  225  6e-58  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.241995  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3312  site-specific tyrosine recombinase XerD  46.53 
 
 		 298 aa  225  9e-58  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3892  site-specific tyrosine recombinase XerD  45.54 
 
 		 299 aa  224  2e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.413643  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1902  phage integrase  43.61 
 
 		 293 aa  223  4e-57  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.162765  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02726  site-specific tyrosine recombinase XerD  45.21 
 
 		 298 aa  220  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.292633  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0798  tyrosine recombinase XerD  45.21 
 
 		 298 aa  220  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.966972  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02689  hypothetical protein  45.21 
 
 		 298 aa  220  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.364794  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3053  site-specific tyrosine recombinase XerD  45.18 
 
 		 298 aa  220  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4185  site-specific tyrosine recombinase XerD  45.21 
 
 		 298 aa  220  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3220  site-specific tyrosine recombinase XerD  45.21 
 
 		 298 aa  220  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3314  site-specific tyrosine recombinase XerD  45.21 
 
 		 298 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3027  site-specific tyrosine recombinase XerD  45.21 
 
 		 298 aa  220  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0879  site-specific tyrosine recombinase XerD  45.21 
 
 		 299 aa  220  3e-56  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.201006  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0920  site-specific tyrosine recombinase XerD  45.21 
 
 		 299 aa  220  3e-56  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3847  site-specific tyrosine recombinase XerD  45.21 
 
 		 299 aa  220  3e-56  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.349121 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0401  integrase family protein  46.05 
 
 		 304 aa  219  3.9999999999999997e-56  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.966282 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3300  tyrosine recombinase XerD  45.9 
 
 		 299 aa  219  3.9999999999999997e-56  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3275  site-specific tyrosine recombinase XerD  45.21 
 
 		 298 aa  219  6e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0815  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.88 
 
 		 298 aa  218  1e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.624778  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3200  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.88 
 
 		 298 aa  217  2e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.550002  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3380  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.88 
 
 		 298 aa  217  2e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3278  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.88 
 
 		 298 aa  217  2e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3212  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.88 
 
 		 298 aa  217  2e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.476349 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1995  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.93 
 
 		 302 aa  216  5e-55  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1283  site-specific tyrosine recombinase XerD  40.46 
 
 		 297 aa  215  8e-55  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3426  tyrosine recombinase XerD  44.88 
 
 		 299 aa  215  9.999999999999999e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0173  tyrosine recombinase XerD  36.54 
 
 		 309 aa  211  1e-53  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.861385  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2383  tyrosine recombinase XerD  43.65 
 
 		 295 aa  209  4e-53  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0116  Phage integrase, N-terminal SAM- like  35.26 
 
 		 309 aa  209  4e-53  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3304  tyrosine recombinase XerD  42.35 
 
 		 298 aa  207  2e-52  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0133185  normal  0.394454 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1750  tyrosine recombinase XerD  43.09 
 
 		 294 aa  207  3e-52  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0562  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.38 
 
 		 300 aa  205  7e-52  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1148  phage integrase family site specific recombinase  35.74 
 
 		 328 aa  204  1e-51  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0281308  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00956  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.83 
 
 		 305 aa  204  1e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  37.17 
 
 		 295 aa  204  2e-51  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1488  tyrosine recombinase XerD  41.72 
 
 		 304 aa  203  3e-51  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.221019  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03409  tyrosine recombinase  40.66 
 
 		 308 aa  202  4e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3714  tyrosine recombinase XerD  42.62 
 
 		 301 aa  203  4e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0805  tyrosine recombinase XerD  41.45 
 
 		 300 aa  202  5e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004441  site-specific recombinase XerD  41.83 
 
 		 305 aa  202  7e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0144  tyrosine recombinase XerD  36.81 
 
 		 305 aa  202  8e-51  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0770  tyrosine recombinase XerD  43.56 
 
 		 303 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0646575 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2739  integrase/recombinase XerD  40.86 
 
 		 321 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1513  site-specific recombinase  40.66 
 
 		 295 aa  197  3e-49  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.110584  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0663  tyrosine recombinase XerD  41.12 
 
 		 305 aa  195  6e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1878  tyrosine recombinase XerD  42.16 
 
 		 292 aa  195  7e-49  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2692  tyrosine recombinase XerD  40 
 
 		 295 aa  195  9e-49  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.457784  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2104  tyrosine recombinase XerD  41.39 
 
 		 301 aa  195  9e-49  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.443082 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1025  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.48 
 
 		 298 aa  194  2e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.899371  normal  0.6007 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0747  tyrosine recombinase XerD  40.46 
 
 		 303 aa  193  2e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000635712  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1659  tyrosine recombinase XerD subunit  40.33 
 
 		 296 aa  194  2e-48  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.538818 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3396  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.72 
 
 		 298 aa  193  4e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2052  tyrosine recombinase XerD  39.34 
 
 		 296 aa  192  4e-48  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1286  site-specific tyrosine recombinase XerD  41.72 
 
 		 298 aa  192  5e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0511461  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1073  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.62 
 
 		 298 aa  192  6e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.344511  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4158  site-specific tyrosine recombinase XerD  38.31 
 
 		 296 aa  191  1e-47  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.44443  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02665  site-specific tyrosine recombinase XerD  40.79 
 
 		 336 aa  191  1e-47  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1427  tyrosine recombinase XerD subunit  39.61 
 
 		 295 aa  191  1e-47  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0651  tyrosine recombinase XerD  41.58 
 
 		 297 aa  191  1e-47  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0950079  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4222  site-specific tyrosine recombinase XerD  38.31 
 
 		 296 aa  191  1e-47  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160259  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>